조심2010지0214 (2011.02.08)

취득

취소

사업 공고내용을 알 수 없는 상태에서 강제 수용에 의해 쟁점토지를 종교용지로 사용할 수 없게 되었으므로 쟁점토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 부당함

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】 / 지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】

처분청이2009.11.19.청구법인에게 한취득세 11,818,710원, 농어촌특별세 809,390원, 등록세 11,818,710원, 지방교육세2,216,560원, 합계 26,663,370원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분 개요

가.처분청은 청구법인이 2005.4.22. OOO OOOO OOO OOO 산 40-1 등 6필지 9,132㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 데 대하여 「 지방세법」제107조 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의거 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 이 건 토지 중 OOO OOOO OOO OOO 산 40-5 2,620㎡ 및 동 소 634-5 전33㎡ 합계 2,653㎡(이하 “이 건 쟁점 토지”라 한다)가 2006.2.2. 국가에 수용되어 이 건 쟁점 토지의 취득가액 367,909,975원에 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 11,818,710원, 농어촌특별세 809,390원, 등록세 11,818,710원, 지방교육세2,216,560원, 합계 26,663,370원(가산세 포함)을 2009.11.19. 부과처분 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 종교시설을 축조하기 위하여 2004.7.2. OOOOO고속도로 건설공사 도로구역 결정고시일 이전인 2003.12.6. 매매대금 18억원으로 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으나, 대금을 지급하는 과정에서 이 건 토지상의 건물을 점유하고 있는 점유자가 이전 장소를 준비중에 있어 잔금 지급을 미루어 오다가, 2004.12.6. 합의가 이루어져 그 날을 편의상 매매계약일로 기재하고 지상의 건물가액156,240,000원을 당초의 매매가액 18억원에서 공제하여 1,643,760,000원을 매매대금으로 정하여 2005.4.22. 이 건 토지 매수에 따른 잔금을 지급하고, 처분청으로부터 종교용 부동산으로 취득세 등을 비과세 받았으나,처분청은 2006.2.2. 이 건 쟁점토지가 국가에 수용된 것은, 「 지방세법」제107조 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 “정당한 사유”에 해당하지 않는다고 주장하면서 이 건 토지에 대한 취득세 등을 부과처분 하였다.

(2) 하지만, 청구법인은 이 건 토지의 매매계약 및소유권이전등기 시에 어떤 토지가 OOOOO고속도로 사업대상에 포함되는지언제 수용되는지를 몰랐고, 청구법인의소재지가 OOOO에 있어공고문이나 지역소식을 접하지 못했으며, 일간 신문도 구독하지 않고 있어 사업 공고내용을 알수 없는 상태에서강제 수용에 의해 이 건 쟁점토지를 종교용지로 사용할 수 없게 되었으므로 이 건 쟁점토지에 대한취득세 등의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 쟁점토지 취득시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애 사유가 있음을 알고 있었고,취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 이는 정당한 사유가 될 수 없다(OOOOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO OO)할 것이므로, 청구법인이 처분청과 등기소에 제출한 매매계약서상 이 건 쟁점토지계약일은 OOOOO고속도로 건설공사 도로구역결정고시일(2004.7.2.)이후인 2004.12.6.이고, 잔금 지급은 2005.4.22.에 이루어진 것으로나타나므로 이 건 토지 매매계약 시점에 이 건 쟁점토지를 종교용 부동산에 사용할 수 없다는 사실상의 장애사유를알고 있었으므로이 건 쟁점토지를 종교용에 사용치 못한정당한 사유로 볼 수 없다.

(2) 비록, 청구법인이 주장하는2003.12.6.의 최초계약서를 인정할지라도OOOOO고속도로 시행자인 OOOO고속도로(주)는 민간투자사업제안서를 2001.9.15. 제출하였고, 2002.9.10. 협상대상자 지정,2002.10.26. OOOO, OOOO, OOOOOO O OOOO에 환경 및 교통영향평가를 위한 주민설명회 개최 공고, 2002.11.1. OOO OOOOOOO사무소에서 환경ㆍ교통영향 평가서 초안 주민 공람 및 설명회 개최, 2003.1.23. 기본설계 VE 완료, 2003.8.26.OOO OOOOOOO사무소에서 주민 약 60명을 대상으로 OOI.C 관련 주민공청회를 개최하는 등이 건 쟁점 토지에대한 최초계약서를 체결하기 전부터 주민 의견을수렴하는 일련의절차가 진행되었고, 청구법인이 이 건 토지 매매에 대한 통상적인 주의만 기울였더라도 사업토지의 수용을 알 수 있었던 상황하에서 언제 수용될지 등을 몰랐다는 청구법인의 주장은 신빙성이 없어 이 건 쟁점토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종교단체 소유 부동산이 수용된 경우 그 수용이 종교용에 사용치못한“정당한 사유”에 해당하는지여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2003.12.6. 매도인 OOO로부터 이 건 토지 및 위지상 건물 1동을 매매대금 18억원으로 하여 매매계약을 체결하고, 같은 날 계약금 1억 8천만원을 지급하고, 2003.12.16. 중도금 3억원 및2003.12.26. 중도금 2억원을 지급한 후2004.3.10. 지급하기로 되어있는 잔금 11억 2천만원을, 이 건 토지상의 건물점유자의 건물명도 협의 문제로잔금지급을 하지 않았다는 사실을 매매계약서,청구법인의 장부기재(2003.12.6. 성당 신축부지 매입 계약금 1억8천만원 지급, 2003.12.16. 성당 신축부지 매입 중도금 1차 3억원 지급, 2003.12.26. 성당 신축부지 매입 중도금 2차 2억원 지급)내역, 청구법인이 제출한 이 건 토지 매수계약금관련 자기앞수표번호별 거래원장(OOOO OOOOOOOO O OO, OOOOOOOOOOOOO,OOOO OOOOOO) 및 2004.3.15. 청구법인이 보낸 내용증명 우편물에 대한 매도인 OOO의 답변내용(매매계약서 내용에 이 건 토지상의 점유인 OOO의 명도건에 대한 사항을 기재치 않았으므로 명도 문제를 주장하면서 이 건 토지에 대한 잔금지불의 지연으로 손해가 발생할 경우 청구법인의 책임임을 기록)에서 확인할 수 있다.

(나) 청구법인은 2004.12.6. 매도인 OOO로부터 이 건 토지를 매매대금 1,643,760,000원으로 하고, 2004.12.6. 계약금 1억 5천만원을 지급하고, 2004.12.26. 중도금 493,760,000원을 지급하고, 2005.4.22. 잔금 10억원을 지급하기로하는 매매계약을 체결한 후 처분청으로부터 부동산검인을 받아 2005.4.26. 이 건 토지 취득에 대한 취득세 등을 비과세받은 후 2006.1.2. OOO OOOO OOO OOO 산 40-2 등 5필지에대한 건축허가를 받아지상 3층 연면적 1,998.87㎡의 종교시설을2007.2.21.사용승인을 받은 것으로 확인된다.

(다) 이 건 토지의 도로구역결정은 2004.7.2.에 모번지(OOO OOOO OOO OOO O OOOO O O O OOOOO)가 건설교통부 OOOOOOOOO호로 고시되었고, 2005.3.26.에 모번지에서 분할된 이 건 쟁점토지가 건설교통부 OOOOOOOOO로 고시되었으며, 2006.2.2. 이 건 쟁점토지가 수용되어 2007.2.9. 건설교통부로 소유권이전등기가 경료되었다.

(라) 이 건 쟁점토지의 수용과 관련한 사업추진현황에 의하면 2001.9.15. 민간투자사업 제안서를 제출하였고, 2002.10.16. 환경ㆍ교통 영향 평가서(초안)에 대한 주민 공람 및 설명회를 개최하였고, 2003.1.5. 환경ㆍ교통 영향 평가서(초안)에 대한 주민 공청회를 개최하였고,2003.8.26.OOO OOOOOOO사무소에서 주민 약 60명을 대상으로 OOI.C 관련 주민공청회를 개최한 것으로OOOO고속도로(주)의 회신내용(OOO OO OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO) 등에서 나타난다.

(2) 관련 규정을 살펴보면, 「 지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의하면 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)의 취득·등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

(3) 「 지방세법」제107조 소정의 정당한 사유란 부동산 취득시이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 사실상의 장애 사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고, 실제 그 해소를 위해 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다고(OOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOO OO)할 것이나, 청구법인의 장부 및이 건 토지 매수계약금관련 자기앞수표번호별 거래원장(OOOO OOOOOOOO O OO, OOOOOOOOOOOOO,OOOO OOOOOO) 등에 비추어보면청구법인은 이 건 쟁점토지의 모번지에 대한 도로구역결정 고시일(2004.7.2.) 이전인 2003.12.6.이 건 토지에 대한 매매계약을 체결한 것으로 판단되고, 이 건 쟁점토지에 대한 도로구역 변경결정 고시일인 2005.3.26. 이전에는 구체적인 수용 편입규모 등을 청구법인이 알 수 없었다고 여겨지며,2006.1.2. 수용된 이 건 쟁점토지를 제외한 나머지 필지상에 청구법인이 건축허가를 득하여지상 3층 연면적 1,998.87㎡의 종교시설을2007.2.21.사용승인 받은 것으로 확인되는 점에서 이 건 토지 매매계약 체결 후 이 건 쟁점토지가 국가에 수용되어 부득이 종교용 부동산으로 사용할 수 없었다는 청구인의 주장은 설득력이 있어 보인다.

(4) 한편, 처분청은 청구법인이 2003.12.6.의이 건 쟁점 토지에대한 매매계약 체결이 있기 전부터 주민 의견을수렴하는 일련의절차가 진행되었고, 청구법인이 이 건 토지 매매에 대한 통상적인 주의만 기울였더라도사업토지의 수용을 알 수 있었던 상황하에서 토지가 언제 수용될지 등을 몰랐다는 청구법인의 주장은 이해할 수 없다고 주장하나, 처분청이 주장하는 2002.11.1. 환경ㆍ교통영향 평가서 초안에 대한 주민 공람 및 설명회 개최 및 2003.8.26.주민 약 60명을 대상으로 한 OOI.C 관련 주민공청회 개최 등이2003.12.6.의 매매계약 체결 전이었고, 그 매매계약 체결시 청구법인의 주소지가 OOO OOOO에 있었으며, 이 건 쟁점토지의 모번지에 대한 도로구역결정 고시일이 2004.7.2.인 점에서 청구법인이 이 건 토지에 대한 매매계약 체결시에 이 건 쟁점토지가 수용될 지 몰랐다는 주장에도 수긍이 간다.

따라서, 이 건 쟁점토지에 대하여 「 지방세법」제107조 및 제127조 제1항의 부과사유에 해당된다는 처분청의 주장은 법리를 오해한 것으로서 이를 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.