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취소
자료상혐의 사업자로부터 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입하여 과세한 처분의 당부(취소)
조세심판원 조세심판 | 조심2008서3249 | 법인 | 2009-04-24
[사건번호]

조심2008서3249 (2009.04.24)

[세목]

법인

[결정유형]

취소

[결정요지]

청구법인을 피보험자로하여 공사현장에 투입되는 근로자에 대한 근로자재해보장책임보험에 가입한 것으로 나타나는 점 등으로 보아 실제 공사를 하고 세금계산서를 수수한 것으로 봄이 타당함

[관련법령]

부가가치세법 제16조【세금계산서】 / 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

[주 문]

OO세무서장이 2008.3.4. 청구인에게 한 2002년 1기부가가치세 26,100,900원, 2002년 2기부가가치세 13,329,000원, 2002사업연도 법인세 69,540,330원의 부과처분(대표자 상여처분 포함)은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인(이하 “청구법인”이라 한다)은 2000.6.10.~2005.1.1.기간동안 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOO OO에서 ‘화장장 소각로’ 기계설치 및 제작업을 주로 하는 법인으로, 2002년에 주식회사 OOOO(OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOO OO, ‘화장장 소각로’ 설치업, 대표이사 OOO, 2002.1.9. 개업, 2003.12.31. 직권폐업, 이하 “OOOO”라 한다)로부터 세금계산서(공급가액 합계 172,820,820원)를 수취한 후, 세금계산서에 기재된 부가가치세 17,282,088원을 매입세액으로, 세금계산서에 기재된 공급가액172,820,820원을 손금으로 계상하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인이 자료상혐의 사업자 OOOO로부터 화장장 설치공사와 관련하여 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입(대표자 상여처분 포함)하여 2008.3.4. 청구법인에게 부가가치세 39,429,900원(2002년 1기26,100,900원, 2002년 2기13,329,000원), 2002사업연도 법인세 69,540,330원을 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.24. 이의신청을 거쳐 2008.9.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2005년 1월 경리직원의 사문서 위조 및 허위세금계산서 발급 등에 따른 사고로 인해 사업을 폐업함에 따라 세금관련 자료가 파기되어 이 건 거래가 실제 거래임을 규명하는데 한계가 있지만, OOOO가 청구법인의 재하도급업체로서 OOOO 화장장 설치공사 와 관련하여 전기공사를 수행하면서 ‘근로자재해보장책임보험’에 가입한 사실과 청구법인이 하도급업체로서 발주처인 (주)OOOO을 피보험자로 하여 ‘계약이행보증보험’에 가입한 점에 비추어, 청구법인과 OOOO 간에 실제 하도급거래가 이루어졌음을 확인할 수 있다. 한편, 청구법인이 재하도급업체 OOOO에 공사대금을 현금으로 지급하게 된 것은 청구법인의 발주처인 (주)OOOO이 화장장 설치공사에 따른 노무비 체임문제를 해결하고자 청구법인을 포함한 모든 하도급업체에 지급할 기성금에 대해 지정된 기성일에 모든 하도급업체 및 재하도급업체를 한 장소에 불러 모아 놓고 모두 현금으로 지급하도록 함에 따라 청구법인도 재하도급업체인 OOOO에 지급할 기성금에 대해 OOOO를 포함한 재하도급업체를 한 장소에 불러 모아 놓고 OOOO가 청구법인의 공사담당자 앞에서 현금으로 노임을 지급하도록 한 데 기인한다. 따라서, 처분청이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOOO가 ‘근로자재해보장책임보험’에 가입하였다는 이유만으로 청구법인과 OOOO 간에 하도급거래가 이루어졌다고 단정하기 어렵고, 또 청구법인이 발주처인 (주)OOOO의 입회하에 재하도급업체인 OOOO에 지급할 공사대금을 현금으로 지급하였다고 주장하지만, 발주처인 (주)OOOO의 공사담당자는 하도급업체와 재하도급업체와의 대금결제에 대해서는 재하도급 당사자 간의 문제로서 발주처가 관여할 문제가 아니라고 확인한 바 있고, 또 발주처인 (주)OOOO이 청구법인에게 지급한 최종 공사대금지급일은 2002년 6월인 반면, 청구법인이 OOOO에 지급한 최공사대금지급일은 2002.12.26.로 나타나고 있어 발주처인 (주)OOOO의 입회하에 현금으로 하도급공사대금을 지급하였다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다. 더욱이, 청구법인이 제시한 공사대금 입금표는 물론, 다른 거래처의 공사대금 입금표에 OOOO의 직원 OOO가 서명된 점에 비추어, 청구법인이 제시한 공사대금 입금표는 하도급거래에 대한 증빙으로 인정하기 어렵다. 따라서, 청구법인이 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아매입세액불공제 및 손금불산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

OOOO 화장장 설치공사와 관련하여 자료상혐의 사업자 OOOO로부터 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. (단서생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

(2) 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2-1) 부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

(3) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(3-1) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(괄호생략)과 그 부대비용

(4) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(4-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 재하도급업체 OOOO로부터 적법한 세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 청구법인이 발주처인 (주)OOOO을 피보험자로 하여 가입한 ‘계약이행보증보험’ 보험료 영수증, OOOO가 청구법인을 피보험자로 하여 가입한 ‘근로자재해보장책임보험’ 보험료 영수증, OOOO가 청구법인으로부터 하도급 공사대금을 수령한 데 대한 ‘공사대금입금표’ 등을 제출하고 있는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인이 2002.3.22. OOOOOO(주)에 가입한 ‘계약이행보증보험’ 보험료 영수증에는 피보험자는 (주)OOOO, 보험기간은 2000.12.14.~2002.4.30., 보험가입금액은 143,000,000원, 보험료는 737,020원으로 각각 기재되어 있다.

(나) OOOO가 2002.3.6. OOOOOOOO(주)에 가입한 ‘근로자재해보장책임보험’ 보험료 영수증에는 피보험자는 청구법인, 보험기간은 2002.3.6.~2002.4.30., 보험가입과 관련한 공사금액은 187,000,000원,적용노무비는 30,800,000원, 보험료는 242,300원으로 각각 기재되어 있다.

(다) 청구법인이 심리자료로 제출한 청구법인의 매출장부에는 청구법인이 OOOO 화장로 설치공사를 수행하고 (주)OOOO에 대한 매출금액 692,968,999원을 계상한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인이 OOOO로부터 수취한 세금계산서 및 OOOO가 청구법인에게 교부한 공사대금 입금표 내역은 아래 <표>와 같다.

(2) OOO세무서장이 작성한 ‘OOOO에 대한 자료상혐의 조사서’(2006년 10월) 내용 중 OOOO의 매출처인 (주)OOOOO(OOOO)에 대한 조사 부분에는 (주)OOOOO의 대표이사 OOO이 OOO가 (주)OOOO의 경리업무를 담당하면서 회사의 명판 등을 도용하여 허위세금계산서를 발행하였다고 진술하고 있고, 위 OOO이 OOO를 사문서 위조 등을 이유로 고소한 서류를 검토한 바 (주)OOOOO와 OOOO 간의 2002년 거래는 정상거래로 판단된다고 기재되어 있으며, OOOO의 가공세금계산서 발행과 관련된 조사 부분에는 OOOO가 2002~2003년에는 정상적으로 사업을 하였지만, 폐업(2003.12.31.)이후 2004년 2기에 실물거래 없이 가공세금계산서를 교부(공급가액 9억9천만원)한 데 대해 관할경찰서에 고발조치한다고 기재되어 있다.

(3) 청구법인의 대표이사 OOO이 (주)OOOO의 경리과장 OOO를 상대로 사기, 업무상횡령, 사문서위조, 조세범처벌법 위반 등을 이유로 고소한 사건에 대한 OOOO지방법원의 판결문(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO)에는 피고 OOO가 2004.4.2.경 OOOOO OOO OOO OOOOOOOOO OO (O)OOOO OOOOO OOOOOO OOOOOO OOOOOO OOOO (O)OOOOOOO(OOOO) 대표이사 명의의 재직증명서 1매를 위조하였고, 또한 2004년 12월 말경 위 (주)OOOO 사무실에서 OOOO가 (주)OOOO에 2004.6.30.경 350,000,000원, ...... 중간기재생략 ......... 2004.12.30.경 150,000,000원, 합계 990,000,000원의 허위세금계산서를 발행·교부하는 등 조세범처벌법을 위반한 사실이 인정된다 하여 징역 1년 2월에 처한다고 기재되어 있다.

(4) 처분청의 청구법인에 대한 ‘부가가치세 및 법인세 조사서’(2008년 1월)에는 청구법인이 OOO세무서장이 자료상혐의 사업자로 고발한 OOOO와의 2002년 거래에 대해 해명안내문을 발송하였지만, 현재까지 반송·회신이 없는 것으로 보아 가공세금계산서를 수취한 것으로 판단된다 하여 이 건 매입세액불공제 및 손금불산입한 것으로 나타난다.

(5) 국세청 전산자료인 2002년 귀속 ‘근로소득 조회서’에는 OOOO의 직원 OOO가 OOOO로부터 급여 5,500,000원을 지급받은 것으로 나타난다.

(6) 청구법인은 발주처인 (주)OOOO으로부터 공사대금을 최종적으로 지급받은 날은 2002.6.26.이고, 청구법인이 재하도급업체 OOOO에 최종적으로 공사대금을 지급한 날은 2002.12.26.이며, OOOO에 대한 하도급 공사대금 최종지급일(2002.12.26.)이 계약이행보증보험의 만기일(2002.4.30.)보다 늦게 된 사정은 2002.4.4.까지 OOOO의 하도급 공사대금 187,000,000원 중 3차 기성금 112,820,000원을 지급하였으나 설계변경으로 인해 OOOO의 공사 미수행분에 대한 삭감을 통보하였는데, OOOO가 잔여기성금 74,180,000원 전체를 지불할 것을 요구하는 바람에 장기간 다툼이 계속되다가 2002년 12월초 미공사분 14,180,000원을 삭감하기로 합의하여 2002.12.26. 잔여기성금 60,000,000원을 지급하게 된 것이라고 주장하고, 또한 처분청이 공사대금 입금표에 청구법인의 직원 OOO가 이 건 거래와 관련된 입금표는 물론, 성도정공 등 다른 거래처의 입금표에 서명·날인하게 된 것은 OOOO 화장장 설치공사를 수행하면서 발주처인 (주)OOOO이 재하급업체의 노무비 체불에 대한 사고를 미연에 방지하고자 하도급업체에 노임직불 위임계약을 요구함에 따라 청구법인이 하도급업체의 노임금액을 발주처에 올리고 청구법인의 경리부가 노임지급대장에 재하도급업체의 도장을 받으면서 현장노무자에 대한 노임을 지급하게 되어 OOO가 서명·날인하게 된 것이라고 주장한다.

(7) 이를 바탕으로 하여, 청구법인이 OOOO 화장장 설치공사와 관련하여 자료상혐의 사업자 OOOO로부터 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입한 처분이 타당한지를 살펴본다.

(가) 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2에서는 사업자가 교부받은 세금계산서 기재 내역 중 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 법인세법 제19조동법 시행령 제19조 제1호에서는 법인의 사업과 관련된 지출로서 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입금액은 손금에 해당한다고 규정하고 있다.

(나)일반적으로 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있다고 하겠지만, 세금계산서를 발행한 사업자가 자료상혐의 사업자로 판명된 경우에는 세금계산서를 수취한 사업자가 실물거래가 이루어졌음을 적극적으로 입증하는 것이 바람직하다 할 것이다.

(다) 살피건대, 이 건의 경우 처분청은 OOOO가 청구법인을 피보험자로 하여 가입한 근로자재해보장책임보험에 가입하였다는 사정만으로 청구법인과 OOOO 간에 재하도급 공사계약이 이루어졌다고 단정하기 어렵다는 점, 청구법인의 발주처 (주)OOOO이 청구법인에게 지급한 최종 공사대금지급일이 2002년 6월인 반면, 청구법인이 재하도급업체 OOOO에 지급한 최종 공사대금지급일이 2002.12.26.로 나타나고 있는 점, OOOO의 직원 OOO가 이 건 공사대금 입금표는 물론 다른 하도급업체의 공사대금 입금표에 서명·날인하고 있는 점을 이유로 청구법인이 OOOO로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보았지만, 첫째, 처분청의 이 건 과세근거가 된 OOO세무서장의 OOOO에 대한 자료상 조사서에는 OOOO가 2003.12.31. 직권·폐업된 후 2004년 2기 이후에 실물거래 없이 가공세금계산서를 발행한 데 대해 사법당국에 고발한 것으로 나타난 반면, 청구법인과 OOOO 간의 2002년분 거래에 대해서는 정상거래로 판정한 것으로 나타나는 점, 둘째, 청구법인은 발주처인 (주)OOOO을 피보험자로 하여 ‘계약이행보증보험’에 가입하였고, 또 청구법인의 재하도급업체인 OOOO는 청구법인을 피보험자로하여 공사현장에 투입되는 근로자에 대한 ‘근로자재해보장책임보험’에 가입한 것으로 나타나는 점, 셋째, 청구법인이 OOOO에 최종적으로 하도급 공사대금을 지급한 날(2002.12.26.)이 발주처인 (주)OOOO의 청구법인에 대한 최종 공사대금지급일(2002.6.26.) 보다 늦어지게 된 사정은 청구법인과 OOOO 간에 설계변경에 따른 잔여기성금 다툼이 발생하여 잔여기성금을 지급하지 못하다가 2002년 12월 초에 당사자 간에 공사미수행분 14,180,000원을 삭감하기로 합의함에 따라 나머지 잔여기성금 60,000,000원을 2002.12.26.에 지급한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구법인과 OOOO 간에는 하도급 공사계약이 이루어진 것으로 보인다. 그렇다면, 청구법인이 OOOO로부터 수취한 세금계산서는 적법한 세금계산서에 해당한다 할 것이다.

(라) 따라서, 청구법인이 OOOO로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 처분청이 관련 매입세액불공제 및 손금불산입(대표자 상여처분 포함)하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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