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[청구번호]
조심 2019전0464 (2019.11.14)
[세 목]
상증
[결정유형]
기각
[결정요지]
2008.2.22. 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항에서 성실공익법인 요건으로 회계감사요건이 추가되었으나, 청구법인은 회계감사를 받지 아니함으로써 위 개정된 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 것이므로 소급과세금지원칙에 위반되었다고 보기 어려운 점, 청구주장과 같이 2008년 이전에 취득한 주식에 대하여 개정 전 법령을 적용한다면 공익법인이 보유한 주식을 그 취득일을 기준으로 2008년 이전 취득분은 개정 전 성실공익법인 요건을, 2008년 이후 취득분은 개정 후 성실공익법인 요건을 각각 달리 적용하여야 하는 결과가 되어 불합리한 점 등에 비추어 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 출연받은 주식 중 5% 초과분에 대하여 초과보유가산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[관련법령]
[참조결정]
조심2011전3332
[따른결정]
조심2019서1862 / 조심2020서0966
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO OOO 및 OOO OOO를 개교하여 운영하고 있는 비영리 학교법인으로, 1989.8.14. OOO로부터 발행주식 OOO(이하 “쟁점①주식”이라 한다)를, 1993.12.22. OOO으로부터 발행주식 OOO(이하 “쟁점②주식”이라 하고, 쟁점①주식과 합하여 “쟁점주식”이라 한다)를 각각 출연받아 2008.12.31. 현재 계속하여 보유하고 있으나 회계감사를 받지 아니하였다.
나. 처분청은 청구법인이 초과보유주식에 대한 매각의무이행 제외대상인 성실공익법인에 해당하는지 여부에 대하여 검토한 결과, 청구법인은 회계감사를 받지 아니하여 「상속세 및 증여세법 시행령」(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 것, 이하 “개정된 상증법 시행령”이라 한다) 제13조 제5항의 요건을 충족하지 못하여 성실공익법인에 해당하지 아니한다고 보아 2018.12.21. 청구법인에게 2008.12.31. 증여분 증여세(초과보유가산세) OOO을 경정․고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 주식 등의 보유기준을 초과하여도 가산세가 부과되지 아니하는 성실공익법인에 해당됨에도 처분청이 개정된 성실공익법인 등에 대한 요건을 소급적용하여 보유기준 초과주식 등에 대하여 이 건 증여세(초과보유가산세)를 과세한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 부당하다.
(1) 청구법인은 동일기업의 주식 5%를 초과하여 보유하고 있으나, 그 운영소득의 90% 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 성실공익법인이므로 주식 보유기준 적용대상에 해당하지 아니한다. 2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제49조 제1항은 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 보유하는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등에 대하여 매각의무를 부여하면서 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등에 대해서는 주식보유기준 적용대상에서 제외하였다.
또한, 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전 상증법 시행령 제42조 제1항은 당해 공익법인 등의 운용소득의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 경우 성실공익법인 등에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 동 법령에 따르면 공익법인 등이 운용소득의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용하기만 하면 성실공익법인에 해당하는 것이다. 청구법인은 「사립학교법」에 의해 문교부장관의 설립인가를 받아 설립된 공익법인이고 정관 제1조 목적에도 중등 및 고등보통교육을 실시하는 것으로 규정하고 있는 등 공익목적사업을 영위하고 있으며, “2008학년도 OOO 법인회계 세입세출결산서”를 보면 각종 수입액 OOO 중 학교 강당 등 신축관련 부채 상환 원금과 이자 OOO을 포함한 OOO 전액을 공익사업을 위하여 사용하였음을 확인할 수 있다. 따라서 청구법인은 개정 전 성실공익법인의 요건을 충족하므로 이 건 가산세 부과처분은 위법하다.
(2) 성실공익법인 요건은 개정 전 상증법 제42조 제1항을 적용하여야 한다. 상증법 제16조 제2항에 의한 성실공익법인 요건은 2007.12.31. 개정되었고, 그 부칙 제3조에서 2008.1.1. 이후 출연하거나 취득하는 분부터 적용하도록 하였는바, 이에 대하여 조세심판원도 상증법 제16조 제2항의 성실공익법인 요건 규정은 부칙 제3조에 의하여 2008.1.1. 이후 최초로 공익법인에 주식 등을 출연하거나 공익법인이 주식 등을 취득하는 분부터 적용되는 것이므로, 2007.12.31. 이전에 주식 등의 출연이 완료되어 2008.1.1. 이후에 새로운 주식 등의 출연 또는 취득 사실이 없는 경우에는 2007.12.31. 이전의 성실공익법인 요건이 적용되어야 한다고 판단한 바 있다OOO. 따라서 처분청이 1989년에 취득한 쟁점①주식과 1993년에 취득한 쟁점②주식에 대하여 개정된 성실공익법인 요건(외부감사, 전용계좌의 개설 및 사용, 결산서류 등의 공시의무 이행 등)을 적용하여 청구법인이 성실공익법인에 해당하지 아니하는 것으로 보아 초과보유가산세를 부과한 이 건 처분은 법령의 해석과 적용에 있어서 중대한 하자라고 볼 수밖에 없다.
(3) 「국세기본법」 제18조 제2항에서 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1항 제11호는 가산세의 납세의무 성립 시기는 가산할 국세의 납세의무가 성립하는 때로 규정하고 있으며, 상증법에서는 주식 등 보유기준 5%를 초과하는 주식 등에 대해 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과하도록 하되 성실공익법인 요건을 충족하는 경우는 제외하고 있으므로 매년 말 현재를 기준으로 성실공익법인 요건과 주식 등 보유기준 초과 여부를 판단하여야 하고, 성실공익법인 요건을 충족하지 못하는 공익법인이 보유기준을 초과하는 경우 매년 말 현재를 기준으로 납세의무가 성립하는 것으로 보아야 한다. 다만, 성실공익법인 요건은 2007.12.31. 개정되었고 그 적용시기는 2008.1.1. 이후 출연하거나 취득하는 분부터 적용하도록 하고 있다. 따라서 처분청은 이 건 가산세의 납세의무 성립일을 2008.12.31.로 보아 과세하였음에도 납세의무 성립일 이후에 개정된 성실공익법인 요건을 적용한 것이므로 「국세기본법」 제18조에 의한 소급과세의 금지원칙을 위배하였다.
(4) 처분청은 상증법 제49조 제1항을 적용함에 있어서 개정된 상증법 시행령 부칙 제3조에 대하여 문리 해석이 아닌 목적론적 해석을 하여야 한다는 의견이나, 개정된 상증법은 투명성을 갖춘 성실공익법인이 되기 위해서 전용계좌 개설 및 사용, 결산서 등 공시 이행, 외부감사 도입, 운용소득의 90% 이상을 고유목적사업에 사용, 출연자 및 특수관계자가 이사현원의 5분의 1 이하여야 한다고 규정하고 있고, 이에 대한 부칙 제5조 및 제7조의 공익법인 등의 외부전문가 세무확인 등에 관한 적용례 및 공익법인 등의 결산서류 등의 공시의무에 관한 적용례에서 동일하게 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으며, 제6조 공익법인 등의 전용계좌 개설·사용 의무에 관한 적용례에서는 이 법 시행 후 최초로 공익법인 등이 지급받거나 지급하는 수입 또는 지출분부터 적용하도록 규정하고 있다.
다만, 공익법인 등의 외부전문가 세무확인 등에 관한 적용례 및 공익법인 등의 결산서류 등의 공시의무에 관한 적용례와 관련하여 2008년도에 출연받거나 취득한 주식 등의 경우는 위 요건을 적용할 수 없는 모순이 발생하게 되었고, 이를 보완하기 위해 개정된 상증법 시행령 부칙 제3조 제1항에서 제13조 제3항ㆍ제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다고 하면서 제2항에서 2008년도에 주식 등을 출연받거나 취득한 공익법인이 2008년도에 개시하는 과세기간 또는 사업연도에 대하여 법 제50조 제3항에 따른 회계감사를 받거나 법 제50조의3에 따른 결산서류 등을 공시한 경우에는 해당 주식 등의 출연일 또는 취득일부터 제13조 제5항 제1호 및 제3호의 개정규정에 따른 공익법인 등에 포함되는 것으로 본다는 규정을 마련하였다.
기획재정부의 ‘2008년 간추린 개정세법(543쪽, 성실공익법인의 요건 보완)’에 의하면, 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항은 성실공익법인의 판정을 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 하고 있다고 하면서, 회계감사나 결산서류 등의 공시는 당해 과세연도 경과 후에 가능하므로 2008년에 주식 등을 출연하는 경우에는 출연일 또는 취득일 현재 성실공익법인 요건 충족이 불가능하므로 동 사업연도에 대한 외부감사나 결산서류 등의 공시를 이행하면 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항의 성실공익법인 요건 중 제1호와 제3호를 충족하는 것으로 한다고 해설하고 있다. 만약 2008.1.1. 이전부터 보유하던 주식에 대하여도 개정된 성실공익법인 요건을 적용하여야 한다면 상증법 및 같은 법 시행령 부칙 등에 해당 규정을 마련하였을 것이고 입법미비가 있었다 하더라도 적어도 개정세법 해설책자에는 언급하였을 것이나 기존 보유주식에 대하여 언급한 내용은 전혀 없었다. 이와 같이 법령에도 규정되어 있지 아니하고 처분청의 상위기관인 기획재정부의 해설에서 조차 언급하지 아니한 사항에 대하여 목적론적 해석을 언급하는 것은 합리적이라 할 수 없다. 따라서 처분청의 이 건 처분은 위법한 소급과세이며 부당한 해석으로 판단할 수밖에 없다.
나. 처분청 의견
개정된 상증법 시행령 부칙은 초과보유가산세를 적용함에 있어서 단순 문리해석할 것이 아니고, 조세법률주의와 「국세기본법」상 엄격해석의 원칙도 단순한 문리해석을 의미한다 할 수 없는바, 해당 법 및 시행령의 개정 취지는 과세요건 중 납세의무자에 대한 투명성을 높여 공익법인의 주식매각의무를 강화한 것이고, 초과보유가산세는 매년 성실공익법인 요건을 충족하지 못한 경우 부과되는 것이므로 개정 후 요건을 충족하지 못하였다면 가산세 부과대상임이 명백하다. 따라서 회계감사요건을 충족하지 못한 청구법인에게 초과보유가산세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 개정된 상증법 시행령의 개정 이유는 “공익법인 등의 투명성을 높이기 위한 외부 회계감사제도 등이 도입됨에 따라 같은 법에서 위임된 사항을 정하고, 그 밖에 현행 제도의 운영상 나타난 미비점을 개선․보완하려는 데에 있는바, 이러한 개정 이유에 비추어 볼 때 상증법 시행령 제42조 제1항의 개정 이유는 동 조항 및 같은 법 제78조 제5항에 의하여 매년 말 성립되는 초과보유가산세에 대한 과세요건(납세의무자)을 엄격하게 하기 위함이다.
(2) 개정된 상증법 시행령 부칙 제3조는 같은 법 제49조 제1항을 적용함에 있어서 문리해석이 아닌 목적론적 해석을 하여야 한다. 동 부칙에는 “제13조 제3항․제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다.”고 규정되어 있으나, 상증법 제49조 제1항 및 제78조 제4항에 의한 초과보유가산세는 1996년 12월 31일 현재 보유주식분에 대한 제재로서 그 이후에 취득하는 주식은 애초에 적용대상이 아니므로, 입법자가 애초에 과세할 수 없는 2008.2.22. 이후에 취득하는 주식에 대하여 과세요건을 엄격하게 하기 위하여 위 제42조 제1항을 개정할 이유는 없다.
다만, 위 부칙을 위와 같이 개정한 이유는 “ 상증법 제48조 제9항 및 제78조 제7항에 의한 초과보유가산세”와 같이 전진적용이 의미가 있기 때문이다. 즉, 상증법 제48조 제9항과 제49조 제1항은 그 적용이 제외되는 성실공익법인에 대하여 같은 법 시행령 제42조 제1항에 위임하고 있으나, “제48조 제9항”과 “제49조 제1항”은 그 규제대상이 서로 다르다. “제48조 제9항”은 개념적으로 그 시행령 부칙에 따라 시행령 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용이 가능한 반면, “제49조 제1항”의 규제대상은 “1996년 12월 31일 현재 보유하고 있는 주식 등”에 대한 것으로 개념적으로 2008.2.22. 위 시행령 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용이 애초에 불가능한 조항이다.
한편, 청구법인이 제시하는 심판청구례OOO는 “ 상증법 제48조 제9항 및 제78조 제7항에 의한 초과보유가산세”에 관한 것으로 해당 조항은 시행령 부칙을 문리해석하는 것이 타당하다고 결정하였으나, 이 건은 사건은 “ 상증법 제49조 제1항 및 제78조 제4항에 의한 초과보유가산세”로서 이 건에 그대로 적용할 수 없다. 따라서 이 조항은 시행령 부칙을 단순 문리해석할 것이 아니라 입법취지에 기초하여 목적론적 해석을 함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 출연받은 주식 중 5% 초과분에 대하여 초과보유가산세를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령
제49조[공익법인 등의 주식 등의 보유기준] ① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 기간 이내에 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 "주식등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 이 법 시행일부터 3년 이내
2. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 이 법 시행일부터 5년 이내
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주식 등의 보유기준의 계산방법등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제78조[가산세 등] ④ 세무서장 등은 공익법인 등이 제49조 제1항 각 호의 1에 규정된 기한 경과 후 동항의 규정에 의한 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각 호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재를 말한다) 그 보유기준을 초과하는 주식 등의 액면가액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 다만, 같은 사유로 이미 부과된 경우에는 그러하지 아니하다.
부칙＜법률 제5193호, 1996.12.30.＞
제2조[일반적 적용례] 이 법은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 것부터 적용한다.
제42조[주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등] ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이라 함은 당해 공익법인 등의 운용소득 중 다음 각 호의 1에 해당하는 금액 중 큰 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등(이하 이 조에서 "성실공익법인등"이라 한다)을 말한다.
1. 제38조 제4항 제1호의 규정에 의한 금액에서 동항 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액의 100분의 80에 상당하는 금액
2. 총리령이 정하는 출연재산(직접 공익목적사업에 사용한 분을 제외한다)가액의 100분의 5에 상당하는 금액
③ 제1항의 규정에 의한 성실공익법인등의 판정은 공인법인등의 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 한다. 다만, 최초로 당해 성실공익법인등을 판정하는 경우에는 법 제49조 제1항 각 호의 1에서 규정하는 기간의 종료일로 한다.
제16조[공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세과세가액 불산입] ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제48조, 제49조 및 제78조 제4항·제7항에서 "주식등"이라 한다)을 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(이하 이 조와 제48조·제49조 및 제63조제3항에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 5[대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등으로서 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용과 제50조의3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)에 출연하는 경우에는 100분의 10]를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세과세가액에 산입한다. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제9조의 규정에 의한 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등에 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식등을 출연하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등
제48조[공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등] ① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.
1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등
2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등
⑪ 제16조 제2항 각호외의 부분 단서 또는 제48조 제2항 제2호 단서의 규정에 해당하는 공익법인 등이 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에서 규정하는 공익법인 등에 해당하지 아니하게 되거나 당해 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제16조 제2항 각호외의 부분 본문 또는 제48조 제1항의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항의 규정에 의하여 즉시 증여세를 부과한다.
제49조[공익법인 등의 주식 등의 보유기준] ① 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 기간까지 당해 발행주식총수 등의 100분의 5(이하 "주식 등의 보유기준"이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인 등의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등과 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 공익법인 등에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일까지
2. 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일까지
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주식 등의 보유기준의 계산방법 등 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제78조[가산세 등] ④ 세무서장 등은 공익법인 등이 제49조 제1항 각 호의 1에 규정된 기한경과 후 동항의 규정에 의한 주식 등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 동항 각 호의 1에 규정된 기한의 종료일 현재(동항 단서의 규정을 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식 등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. 이 경우 가산세의 부과기간은 10년을 초과하지 못한다.
부칙＜법률 제8828호, 2007.12.31.＞
제3조[공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례] 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다.
제13조[공익법인 출연재산에 대한 출연방법 등] ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인 등을 말한다.
1. 해당 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 90 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인 등
2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그와 특수관계에 있는 자(제19조 제2항 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 "주주 등 1인"은 "출연자"로 본다)가 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니하는 공익법인 등
⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인 등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 주식 등의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 공익법인등을 말한다.
1. 법 제50조 제3항에 따라 외부감사를 이행한 공익법인등
2. 법 제50조의2에 따라 전용계좌를 개설하여 사용하고 있는 공익법인등
3. 법 제50조의3에 따라 결산서류 등의 공시를 이행한 공익법인등
4. 제3항에 해당하는 공익법인등
제42조[주식 등의 보유기준의 적용대상에서 제외되는 공익법인 등] ① 법 제49조 제1항 단서 전단에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인 등"이라 함은 성실공익법인 등을 말한다.
부칙＜대통령령 제20621호, 2008.2.22.＞
제3조[공익법인 등의 주식 등의 출연·취득에 관한 적용례] 제13조 제3항·제5항 및 제7항 제2호, 제37조 제6항 및 제7항, 제40조 및 제42조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하거나 공익법인 등이 주식 등을 취득하는 분부터 적용한다.
제13조[공익법인 출연재산에 대한 출연방법 등] ③ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.
1. 해당 공익법인 등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것
2. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것
3. 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것
4. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것
④ 제3항 제1호를 적용함에 있어서 직접 공익목적사업에 사용한 실적 및 기준금액에 관하여는 제38조 제6항을 준용한다.
⑤ 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 따른 성실공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)은 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 확인받아야 하고, 이후 5년마다 재확인받아야 한다. 이 경우 기획재정부장관은 관련 사실을 확인하여 성실공익법인등에 해당하는지 여부를 해당 공익법인등과 주무관청에 통보하여야 한다.
⑥ 제5항에 따른 성실공익법인등이 해당 요건을 모두 충족하였는지의 여부는 대상 사업연도 전체를 기준으로 판단한다. 다만, 제12조 제4호에 해당하는 사업을 영위하는 자의 요건 충족 여부를 판단하는 경우로서 제3항 제2호의 요건의 경우에는 해당 사업연도(성실공익법인등으로 처음 확인받으려는 경우로 한정한다)의 제2분기부터 제4분기까지를 기준으로 판단한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청은 청구법인이 개정된 상증법 시행령 제13조 제5항의 성실공익법인 요건 중 회계감사 요건을 미충족하여 이에 해당하지 아니한다고 보아 초과보유주식에 대하여 초과보유가산세를 부과처분하였는바, 청구법인이 2008.12.31. 현재 보유하고 있는 쟁점주식의 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 처분청은 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점주식을 2008.12.31. 현재의 시가로 환산하여 초과보유액의 5%에 해당하는 금액을 가산세로 산정한 것으로 나타난다.
＜표1＞ 쟁점주식 보유내역
＜표2＞ 초과보유액 산정 내역
(2) 이 건은 성실공익법인 해당 여부 판정시 그 적용법령에 관한 것으로, 청구법인은 1996.12.31. 대통령령 제15193호로 개정된 상증법 시행령 제42조 제1항을 적용하여야 한다는 주장이고, 처분청은 2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정된 상증법 시행령 제13조 제3항 및 제5항의 요건을 충족하는 경우 성실공익법인에 해당한다는 의견을 제시하고 있는데, 청구법인과 처분청이 제시하는 성실공익법인 판정요건을 비교하면 아래 ＜표3＞과 같고, 청구법인이 운용수익의 90% 이상을 직접공익목적으로 사용하였다는 사실에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.
＜표3＞ 성실공익법인 판정요건 비교
(3) 처분청은 이 건 초과보유가산세 과세여부에 대하여 2017.11.22. 국세청에 과세기준자문을 신청하였고, 국세청은 2017.12.28. 다음과 같이 초과보유가산세를 부과하여야 한다고 회신하였다.