조심 2019지2593 (2019.12.03)

취득

취소

청구법인은 처분청의 안내에 따라 이 건 임차인에게 2016.1.29. 이전에 쟁점부동산에서 퇴거할 것을 요청하여 2016.1.24. 퇴거한 것으로 나타나는 점, 처분청 담당공무원이 2016.2.1. 이 건 부동산을 현지 확인하고 작성한 출장보고서에 청구법인이 이 건 부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하고 있으므로 취득세 등의 추징 대상이 아니라고 기재되어 있는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 임대 등 다른 용도로 사용하였다 하더라도 처분청의 세무공무원이 2015.10.21. (이 건 임대차계약 종료 후) 청구법인에게 2016.1.29.까지 쟁점부동산을 직접 사용하여야 한다고 안내하였고 청구법인은 이에 따라 이 건 임차인에게 쟁점부동산에서 퇴거할 것을 요구하여 2019.1.27.부터 직접 사용한 것으로 보아 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 임대 등 다른 용도로 사용하였다 하더라도 여기에는 정당한 사유가 있다고 판단됨.

지방세특례제한법 제120조

OOO이 2019.1.16. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2014.1.29. OOO 소재 부동산(토지 1,388.8㎡, 건축물 4,100.24㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후,「조세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것, 이하 같다) 제120조 제3항에 따른 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 벤처기업 확인일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산 중 건축물 2,850.07㎡(부속토지를 포함하여, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 그 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않았다고 보아, 2019.1.16. 청구법인에게 쟁점부동산의 취득가격 OOO원(이 건 부동산의 취득가격 OOO원의 69.49%임)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조 제2항 제1호의 세율(1천분의 80, 대도시 내 법인의 취득세 중과)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.3.14. 이의신청을 거쳐 2019.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청 공무원이 2015.10.21. 및 2016.2.1. 쟁점부동산의 사용 현황을 조사하고, 이 건 부동산의 취득일부터 2년 이내인 2016.1.29.까지 쟁점부동산을 직접 사용하지 않는 경우 면제받은 취득세 등이 추징될 수 있다고 안내함에 따라 청구법인은 전 소유자로부터 쟁점부동산을 임차하여 사용하고 있던 OOO(이하 “이 건 임차인”이라 한다)에게 2015.10.29.까지 쟁점부동산을 비워줄 것을 요청하였고, 그 후에도 수차례 퇴거를 요청하여 이 건 임차인이 2016.1.25. 퇴거한 후인 2016.1.27.부터 현재까지 공장으로 직접 사용하고 있는바, 청구법인은 쟁점부동산을 그 유예기간(취득일부터 2년) 이내에 직접 사용한 것으로 취득세 추징 대상에 해당되지 아니함에도 처분청은 아무런 이유 없이 쟁점부동산의 유예기간을 당초 2016.1.29.에서 2015.9.21.[전 소유자와 OOO이 체결한 임대차계약(이하 “이 건 임대차계약”이라 한다)의 종료일]로 변경한 후 청구법인이 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 않고 다른 용도(임대)로 사용하였다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 직접 사용하지 않고 다른 용도에 사용하였다 하더라도 처분청은 2회(2015.10.21., 2016.2.1.)에 걸쳐 쟁점부동산의 직접 사용 여부에 대한 세무조사를 하였고, 그 때마다 유예기간(2년)이 경과하지 않았으므로 취득세 등의 추징 대상이 아니라고 결정하였음에도 2017.3.10. 다시 3차 세무조사를 하겠다는 통지를 하였고, 청구법인이 세무조사 관련 자료를 제출한 2017.4.21.부터 무려 1년 6개월이 경과한 2018.12.17.에서야 쟁점부동산을 취득세 추징 대상으로 하는 세무조사 결과통지를 하였으나, 청구법인에게 「지방세기본법」제80조 제2항 각 호에서 규정한 사유가 없음에도 처분청은 2017.3.10.부터 2018.12.17.까지 3차례에 걸쳐 세무조사를 하였는바 이는 재(중복)조사로서 위법할 뿐만 아니라 그 조사기간도 1년 6개월에 달하여 같은 법 제84조 제1항에서 규정한 세무조사기간(20일)을 훨씬 초과하였는바, 이 건 취득세 등은 재조사 금지의 원칙 등을 위배한 것으로 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제120조 제3항 단서에서 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 이 경우 임차인이 사용하고 있는 경우에는 그 임대차기간을 사용할 수 없는 정당한 사유로 인정하고 있으나, 청구법인은 이 건 임대차계약만료일(2015.9.21.) 이후에도 이 건 임차인에게 사실상 임대하고 있는 점, 청구법인은 이 건 부동산을 취득할 당시부터 이 건 임차인이 쟁점부동산의 명도를 거부하는 경우 이를 직접 사용하는데 장애사유가 될 수 있음을 인지한 것으로 보이는바 추후 이를 근거로 직접 사용하지 못하였다 하더라도 이와 같은 사유는 정당한 사유에 해당하지 않는 점 청구법인은 이 건 임대차계약이 만료된 2015.10.21. 이후 비로소 이 건 임차인에게 쟁점부동산에서 퇴거할 것을 요청하였을 뿐만 아니라 명도소송을 제기한 사실도 없으므로 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 이내에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 행정관청이나 법령 등의 제한이 있었던 것도 아닌 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점부동산을 그 유예기간 내에 다른 용도로 사용하였다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 2017.4.21. 처분청에 서면세무조사서 및 법인장부 등을 제출한 것은 처분청이 청구법인을 일반조사 대상자로 선정하여 실시한 서면 세무조사의 과정이고, 처분청이 2회에 걸쳐 쟁점부동산의 사용 현황을 확인한 것은 취득세 등을 면제받은 부동산을 그 유예기간 이내에 해당 사업에 직접 사용하고 있는지 여부 등을 파악하기 위한 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것으로 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다 할 것이며, 3차 세무조사에 있어서 조사기간 준수 등과 관련한 일부 흠결이 있었다 하더라도 세무조사 사전 통지의 절차 위반 등을 이유로 그에 기초한 처분이 무효라 하거나 당해 처분을 취소하기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 재조사금지의 원칙을 위배하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 유예기간 이내에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부

② 처분청이 2017.3.10. 통보한 서면세무조사가 재(중복)조사에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2013.3.15. OOO를 본점소재지로 하고, 전기회로 개폐, 보호 및 접속장치 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2013.8.14. 창업벤처중소기업으로 확인을 받은 후 그 날부터 4년 이내인 2014.1.29. 이 건 부동산을 취득하고, 쟁점부동산을 포함한 전부를 사업용 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았으며, 청구법인이 처분청에 이 건 부동산의 취득세 면제를 신청하면서 제출한 사용계획서를 보면, 쟁점부동산은 그 임대차계약이 종료되는 대로 직접사용할 것이라고 기재되어 있고, 종료일은 2015.9.21.인 것으로 나타난다.

(다) 처분청 담당공무원이 2015.10.21. 쟁점부동산의 사용 현황을 확인하고 작성한 출장보고서는 아래와 같다.

(라) 처분청 세무공무원은 2015.10.21. 쟁점부동산의 사용현황(임대)을 확인한 후 청구법인에게 2016.1.29.까지 쟁점부동산을 직접 사용하지 않을 경우 면제한 취득세 등이 추징될 수 있다고 안내하였고, 그 당시에는 이미 임대차계약기간(2015.9.21.)이 종료된 것으로 나타난다.

(마) 쟁점부동산의 임대차계약과 관련하여, 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후인 2015.4.28. 이 건 임차인에게 이 건 임대차계약을 연장하지 않을 것이라고 통보하였고, 처분청 공무원의 현지 확인 후인 2015.10.29. 이 건 임차인에게 2016.1.29.까지 쟁점부동산을 비워 줄 것으로 요청하였으며, 2016.1.15. 이 건 임차인에게 2016.1.24.까지 쟁점부동산에서 퇴거하지 않을 경우 손해배상 등을 요구하겠다는 취지의 내용증명을 발송하였다.

(바) 이 건 임차인이 쟁점부동산에서 퇴거함에 따라 2016.1.27. 쟁점부동산에 생산라인을 설치하고, 현재까지 공장으로 사용하고 있는 것으로 나타난다.

(사) 처분청 담당공무원이 2016.2.1. 이 건 부동산의 사용 현황을 확인하고 작성한 출장복명서에는 청구법인이 이 건 부동산의 취득일부터 2년 이내에 이 건 부동산 전체를 해당 용도로 직접 사용하고 있으므로 취득세 등의 추징대상이 아니라고 기재되어 있다.

(아) 처분청은 2017.3.10. 청구법인에게 서면세무조사 대상으로 선정되었음을 알리면서 2013년부터 2016년까지 법인장부 등을 2017.4.21.까지 제출할 것을 통보하였다.

(자) 청구법인은 2017.4.21. 법인장부 및 이 건 부동산 사용 관련 자료 등을 처분청에 제출하였고, 처분청은 1년이 경과한 2018.11.8. 세무조사 결과를 통지하면서 당초에는 이 건 부동산 전부를 100분의 35 감면대상으로 보아 면제한 세액의 100분의 65 상당액을 추징하겠다고 하였으나, 그 후 청구법인의 소명을 받아들여 2018.12.17. 쟁점부동산에 대하여 면제한 취득세 등을 추징할 것임을 통지하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제120조 제3항에서 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업벤처기업승인일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되, 그 단서에서 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함)하는 경우에는 면제한 세액을 추징한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청 담당 공무원이 이 건 임대차계약이 종료한 2015.10.21. 쟁점부동산의 사용현황을 확인하고, 청구법인에게 2016.1.29.까지 직접 사용하지 않을 경우 면제한 취득세 등이 추징될 수 있다고 안내한 사실이 확인되고 청구법인은 이를 그대로 신뢰한 것으로 보이는 점, 청구법인은 처분청의 안내에 따라 이 건 임차인에게 2016.1.29. 이전에 쟁점부동산에서 퇴거할 것을 요청하여 2016.1.24. 퇴거한 것으로 나타나는 점, 처분청 담당공무원이 2016.2.1. 이 건 부동산을 현지 확인하고 작성한 출장보고서에 청구법인이 이 건 부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하고 있으므로 취득세 등의 추징 대상이 아니라고 기재되어 있는 점, 「조세특례제한법」제120조 제3항 단서에서 “정당한 사유”는 특별한 사정이 없는 한 해당사업에 직접 사용하지 않는 경우와 다른 목적으로 사용․처분하는 경우를 모두 포섭하는 것으로 보아야 하는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 임대 등 다른 용도로 사용하였다 하더라도 처분청의 세무공무원이 2015.10.21. (이 건 임대차계약 종료 후) 청구법인에게 2016.1.29.까지 쟁점부동산을 직접 사용하여야 한다고 안내하였고 청구법인은 이에 따라 이 건 임차인에게 쟁점부동산에서 퇴거할 것을 요구하여 2019.1.27.부터 직접 사용한 것으로 보아 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 임대 등 다른 용도로 사용하였다 하더라도 여기에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 정당한 사유 없이 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용하였다고 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 심리하지 아니한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)

제120조[취득세의 면제 등] ③ 2014년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.