법인의 업무용자산을 양도한 후 대체취득한 토지를 3년 이내에 업무용(버스주차장)으로 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부와 특별부가세 추징의 경우 미납부가산세를 부과 할 수 있는지 여부(경정)

청구법인은 시내버스 운수업체로서 73.4.17 취득하여 업무용(버스주차장)으로 사용하던 서울특별시 도봉구 OO동 OOOOO외 1필지 토지 3,406㎡를 다른 고정자산으로 대체 취득할 목적으로 85.9.27, 927,000,000원에 양도하고 이에따른 특별부가세분 법인세 201,700,027원을 법인세법 제59조의 3(89.12.30 개정되기 이전의 것) 제2항 제2호의 규정에 의하여 86.1.1～12.31 사업년도분 법인세 신고시 면제받고, 위 양도자산에 OO 대체자산으로서 85.12.15 위 같은시 도봉구 OO동 OOO소재 토지 3,570㎡와 건물 710㎡를 404,200,000원에 취득하고, 87.12.30 위 같은시 노원구 OO동 OOOOOOO소재 토지11,400㎡중 지분 2,850㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 616,000,000원에 취득하였다.

처분청은 위 대체 취득자산중 쟁점토지의 경우는 청구법인이 위 양도자산을 양도한 후 3년이내(88.9.26까지)에 업무용(버스주차장)으로 직접 사용한 사실이 없다하여 법인세법 시행령 제124조의 6(89.12.30 개정되기 이전의 것) 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 91.7.16 청구법인에게 85.1.1～12.31 사업년도의 특별부가세분 법인세 223,694,720원(미납부 가산세 109,942,005원 포함)을 추징하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 91.9.13 심사청구를 거쳐 91.12.31 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

1) 쟁점토지는 서울특별시 노원구 OO동 일대가 택지로 개발됨에 따라 도시계획에 의거 주차장용지로 지정된 지역으로서 취득당시부터 OO주택공사와 주차장이외 다른 용도로 사용하는 것을 금하는 조건으로 취득한 후 주차장시설이 완공되지 않은 상태에서 일부를 주차장으로 사용하다가(OOOOO번 노선버스등 13대를 87.12.15～88.12까지 주차시킴) 인근주민들의 주차장설치를 반대하는 민원제기로 공사가 중단되어 현재에 이르고 있는 바, 이와같이 서울특별시 도봉구 OO동 소재 양도자산 양도(85.9.27)후 3년 이내에 대체 취득자산인 쟁점토지를 업무용으로 사용하였고 그 전부를 사용하지 못한 것은 청구법인의 귀책사유가 아니므로 이 건 특별부가세 추징은 부당하며,

2) 이 건 특별부가세 추징이 타당하다 하더라도 처분청은 특별부가세를 추징하면서 이에따른 미납부가산세를 부과할 근거규정이 없는데도 처분청이 법인세법상 일반가산세 규정을 적용하여 부과한 것은 잘못이라는 주장이다.

나. 국세청장 의견

1) 청구법인은 87.12.15부터 쟁점토지중 일부를 주차장으로 사용하였다는 주장이나 이에 OO 확인자료가 불충분하고 OOOO공사에서 89.8월말까지 주차장 부지공사를 완료하여 인도하겠다는 내용의 문서등을 보면 이 건 특별부가세 면제요건 기한인 88.9.26까지 주차장용지로 사용하지 않았음이 확인되므로 이 건 특별부가세 추징은 정당하다 하겠으며,

2) 이 건의 경우 양도자산 양도 후 3년이내에 대체자산을 취득하고 동 대체자산을 업무에 직접 사용하여야 면제요건에 해당됨에도 위에서 본바와 같이 쟁점토지를 업무에 사용하지 않았기 때문에 당초부터 면제받지 못할 세액을 면제받은 것으로서 이 건 납부의무를 이행하지 못한 경우이므로 법인세법 제41조 제1항, 동법 제59조의 5, 동법시행령 제124조의 6 제5항의 규정에 의하여 이 건 특별부가세 추징에 따른 미납부 가산세를 부과한 것은 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

청구법인이 업무용자산을 85.9.27 양도한 후 대체취득한 쟁점토지를 3년이내(88.9.26까지)에 업무용(버스주차장)으로 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부와(이하 쟁점“가”라 한다) 이 건 특별부가세가 추징되는 경우로 볼 경우 이에따른 미납부가산세를 부과할 수 있는지 여부에(이하 쟁점“나”라 한다) 다툼이 있다.

1) 쟁점“가”에 대하여

먼저, 관련 법 규정을 보면,

법인세법 제59조의 3 (89.12.30 개정되기 이전의 것) 제2항 제2호에서 양도일까지 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것으로 규정되어 있으며, 동법시행령 제124조의 6 (89.12.30 개정되기 이전의 것) 제3항에서 “법 제59조의 3 제2항 제2호의 규정은 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년 이내에 토지·건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해법인의 업무용으로 직접사용한 경우에 한하여 적용한다”고 규정하고 있고, 동조 제5항에서 “소관 세무서장은 법 제59조의 3 제2항 제2호의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 제3항의 요건을 갖추지 아니한 때에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 지체없이 추징하여야 한다.

라고 규정하고 있다.

다음으로 사실관계를 보면,

첫째, 청구법인은 쟁점토지를 버스주차장 용지로 사용하기 위하여 87.12.30 OOOO공사로부터 616,000,000원에 취득한 사실은 매매계약서에 의해 확인되고 있으나, OOOO공사가 청구법인에게 보낸 88.1.13자 확약서를 보면 쟁점토지 지상의 가옥(3호)과 OOO유아원시설물을 88.2.28 까지 이전시킬 것을 확약한다는 내용이 있고, 다시 89.7.10자로 보낸 문서(OOOO공사, 판매 810-7268, “OO동 버스터미널 부지공사 완료시기 회신”)내용을 보면, 그동안 집단민원제기로 공사가 중단되었던 사실과 89.8월말까지는 버스정차·회차에 지장이 없도록 하겠다는 내용이 있는 점등으로 보아 89.7.10 현재까지도 쟁점토지에 OO 주차장공사가 완료되지 아니한 상태에 있었음을 알 수 있으며,

둘째, 청구법인은 87.12.15부터 88.12월말까지 청구법인 소유의 OOOOO번 노선버스등 13대의 임시차고지로서 쟁점토지를 사용하였다고 주장하면서 그 증빙자료로서 서울특별시 공문(운일 33120-1192, 87.11.28)과 청구법인 버스기사 확인서, 주민확인서등을 제시하고 있으나,

위 서울특별시 공문은 버스노선의 신설운행에 관한 사항으로 그 당시 쟁점토지를 주차장으로 사용하였다는 증명이 될 수는 없다 하겠고 기타 쟁점토지를 주차장으로 직접 사용하였다고 볼만한 구체적인 입증자료가 없어 청구주장을 진실된 것으로 믿기는 어렵다 하겠으며,

셋째, 청구법인이 쟁점토지에 주차장시설등 공사를 하기 위하여 89.12.29자로 노원구청장에게 도시계획사업시행허가신청을 하여 90.11.26자로 동 사업시행인가를 받고 공사를 진행시키던중 인근주민들의 민원제기로 91.3.6자로 공사중지명령(노원구, 도정30310-333)을 받은 사실등은 있으나 현재까지도 주차장 공사가 완료되지 않아 업무용으로 사용하지 못하고 있다.

위 사실들을 종합하여 볼 때 청구법인이 양도자산 양도후 3년이내인 88.9.26까지 대체취득한 쟁점토지를 업무용(버스주차장)으로 직접 사용한 것으로는 볼 수 없으므로 처분청이 앞에서 본 법인세법시행령 제124조의 6 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 이 건 특별부가세를 추징한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

2) 쟁점 “나”에 대하여 본다.

이 건의 경우 특별부가세 추징대상이 되는 것으로 볼 경우 그에 따른 미납부가산세를 부과할 수 있는지 여부를 본다.

처분청이 이 건 가산세 부과의 처분근거를 보면 법인세법 제59조의 5와 동법 제41조 제1항 규정의 일반가산세부과에 관한 규정을 준용하여 부과한 것임을 알 수 있다.

한편 이 건 특별부가세 추징에 관한 규정을 보면 앞의 쟁점 “가”에서 본 법인세법 시행령 제124조의 6 제5항에서 특별부가세 본세에 OO 추징세액 계산방법에 관한 사항만 규정되어 있고, 이에 따른 가산세 부과에 관한 사항은 별도로 규정되어 있지 않고 있다.

위와같이 이 건의 경우 가산세 부과에 관한 명문규정이 없을 뿐만 아니라 이 건과 같이 면제받은 세액을 사후관리하는 과정에서 추징하는 경우까지 납부하여야 할 세액을 납부하지 않거나 미달하게 납부한 경우에 적용되는 일반 가산세 부과규정인 법인세법 제41조 제1항 제3호(미납부가산세)의 규정을 적용할 수는 없다 하겠다.

(국세청 예규, 법인 22601-21, 91.1.9 법인 22601-1586, 86.5.17 같은뜻임)

그러하다면 이 건의 경우 쟁점 “가”의 사실관계에서 본 바와같이 청구법인이 쟁점토지를 업무용으로 사용하지 못한 이유가 민원발생등의 원인으로 공사가 늦어진 것으로서 그 귀책사유를 전부 청구법인에게 있다고 볼 수 없고 또한 이 건 가산세에 관한 명문규정이 없으므로 이 건 특별부가세 추징에 따른 미납부가산세는 부가할 수 없는 것으로 보여진다.

따라서, 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-법인세법 시행령 제124조의6 제3항

-법인세법 시행령 제124조의6 제5항

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