[청구번호]조심 2018서0247 (2018. 6. 8.)

[세목]부가[결정유형]취소

[결정요지] 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호 또는 제6호에 따라 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단되나, AA가 임대사업장에 사업자등록을 하지 않고, 본점명의로 사실과 다른 세금계산서를 발급한 주된 책임이 있다하더라도, 청구법인은 지점이 아닌 본점으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 행위에 조세탈루에 의한 고의성이 있다거나 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 알지 못한데 대하여 중대한 과실이 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

[관련법령] 부가가치세법 제15조

OOO세무서장이 2017.6.26., 2017.12.7. 및 2017.12.28. 청구법인에게 한 2012년 제1기～2017년 제1기 부가가치세 합계 OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.12.23. 여행알선 및 서비스업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2008년 제1기부터 2017년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)가 소유하는 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 임차하고, OOO 본점(120-81-89***, OOO)으로부터 쟁점사업장의 임대료에 대하여 공급가액 합계 OOO의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

나. OOO세무서장은 2017.5.11.부터 2017.5.15.까지 OOO에 대한 조기환급 현장확인을 실시하여, OOO가 쟁점사업장 소재 부동산을 취득하여 임대사업을 개시 후, 별도의 사업자등록을 하지 아니하고 본점을 공급자로 하여 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고, 처분청에 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 내용의 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 청구법인에게 관련 매입세액을 불공제하여 <표1>과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

<표1> 부가가치세 경정·고지 내역

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.4. 이의신청을 거쳐 2017.12.6. 및 2018.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서가 필요적 기재사항 중 일부가 사실과 다르게 기재되었다고 하더라도 매입세액이 공제될 수 있는 경우에 해당한다.

(가) 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호에서는 “법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우”에는 예외적으로 사실과 다른 세금계산서의 경우에도 매입세액공제를 허용하고 있다.

쟁점세금계산서는 OOO가 임대용역을 제공한 사업장이 아닌 본점의 사업자등록번호를 기재하여 세금계산서를 발행한 것으로, 임대인과 전혀 무관한 사업자등록번호가 기재된 것이 아닐 뿐만 아니라, 비록 세금계산서의 일부 사항이 잘못 기재되었다고 하더라도 그것이 부가가치세 거래질서를 해할 고의에 의한 것이 아니라 단순한 착오에서 기인한 것이며, 세금계산서상 다른 필요적 기재사항과 임의적 기재사항으로 임대용역 거래사실이 충분히 확인된다.

또한, OOO는 청구법인으로부터 징수한 부가가치세를 본점 소재지 관할세무서에 신고·납부하여 국고의 손실이 전혀 발생하지 않았으므로 실제 발생한 거래에서 정상적으로 징수하여 신고·납부한 부가가치세를 불공제하는 것은 부당하다.

(나) 「부가가치세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 것) 제75조 제6호에 의하면 “실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우” 매입세액공제가 허용되는 것으로 규정하고 있다.

이는 정상적으로 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부하였음에도 세금계산서상의 단순 오류로 인해 불이익을 받을 수 있는 부분을 개선하기 위해 도입된 것으로, 기획재정부 역시 “세금계산서 관련 규제 완화로 납세자 부담 완화”를 그 개정 이유로 들고 있으며, 개정 규정의 입법취지를 고려해 볼 때 창설적인 규정이라기보다는 확인적 규정이라 할 것이다.

따라서, OOO는 2012년 제2기 귀속분부터 총괄납부를 승인받아 임대료를 전부 본점에서 총괄하여 납부하고 있으므로 비록 실제로 임대용역을 공급한 쟁점사업장이 아닌 본점을 공급하는 자로 하여 쟁점세금계산서를 발급하였다고 하더라도 위 시행령에 따라 매입세액공제를 받을 수 있다.

(다) 쟁점세금계산서상 공급자에는 청구법인과 임대차계약을 체결한 임대차계약서상 임대인인 OOO가 기재되어 있고, OOO의 사업자등록증상 사업의 종류에 부동산임대도 포함되어 있었기 때문에 청구법인은 쟁점세금계산서가 사실과 다르다는 것을 달리 의심하지 않았으며, 청구법인 입장에서 임대인이 쟁점사업장을 지점으로 사업자등록을 하였는지 여부까지 확인하기는 어렵다.

따라서, 임대인이 단순 착오로 일부 기재사항을 달리 기재하여 발급한 세금계산서로 인해 실제 임대용역을 제공받고 관련 부가가치세를 부담한 선의의 거래당사자인 청구법인이 매입세액을 공제받지 못하는 것은 청구법인에게 너무 가혹한 결과를 초래하는 것이다.

(2) 설령, 「부가가치세법 시행령」 제75조 제6호의 시행일 전(2013.2.15. 이전) 귀속분은 매입세액공제를 받을 수 없다 하더라도 2013.2.15. 이후 귀속분에 대해서는 개정 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있음이 명백하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(가) 쟁점세금계산서의 경우 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 부분은 ‘공급하는 사업자의 사업자등록번호’라 할 것이고, 쟁점사업장은 미등록사업장인 관계로 당초부터 공급하는 사업자의 사업자등록번호가 없어 세금계산서를 발급할 수 없었던 것이므로 이를 세금계산서의 일부 기재사항이 잘못 기재된 단순 착오에서 기인한 것으로 볼 수는 없다.

(나) 청구법인은 「부가가치세법 시행령」 제75조 제6호가 2013년 신설되어 총괄납부 사업자의 경우 실제 용역을 공급한 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고·납부한 경우에는 매입세액 공제가 가능하다고 주장하나,

위 법령 개정취지에 의하면, “필요적 기재사항 중 공급하는 자 또는 공급받는 자가 사실과 다르게 기재된 경우로서 실제 공급하는 자 또는 공급받는 자가 속하는 사업자 단위과세 또는 총괄납부 범위내의 다른 사업장 중 하나로 잘못기재”된 경우로 한정하고 있는바, 총괄납부 종사업장(지점)이 용역을 공급하였으나 주사업장(본점)의 명의로 발급한 세금계산서를 수취한 경우, 그 매입세액을 공제받으려면 총괄납부 범위 내 사업장으로 승인을 받아야 할 것이므로 쟁점사업장은 미등록사업장으로 총괄납부승인을 받은 총괄납부 범위내의 사업장이 아니어서 위 규정을 적용받을 수 없다.

(2) 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수도 없다.

청구법인이 선의의 거래당사자가 되기 위해서는 세금계산서 수취자인 청구법인이 선량한 관리자의 주의의무를 다하고도 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 알지 못한 경우에 해당되어야 할 것이나, 청구법인은 임대차계약시 OOO의 사업자등록 내용을 주의 깊게 살폈더라면 사업자등록증상의 소재지 및 쟁점세금계산서상 공급자의 사업장 주소와 쟁점사업장의 소재지가 다르다는 것을 인지하였을 것이고, 쟁점세금계산서상 공급자의 업종도 임대업이 아닌 서비스(금융)으로 되어 있다는 사실을 알 수 있었을 것임에도 이러한 사실의 확인을 해태하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 알지 못하였다는 점에서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

사업자등록을 하지 아니한 쟁점사업장의 임대료에 대하여 본점을 공급하는 자로 하여 세금계산서를 교부받은 경우 매입세액공제를 받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.7.1. 법률 제11873호로 개정된 것) 제8조【사업자등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

② 사업자는 제1항에 따른 사업자등록의 신청을 사업장 관할 세무서장이 아닌 다른 세무서장에게도 할 수 있다. 이 경우 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청한 것으로 본다.

③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제51조【주사업장 총괄 납부】① 사업장이 둘 이상인 사업자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장의 관할 세무서장에게 주사업장 총괄 납부를 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부할 세액을 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.7.1. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제8조【사업장의 범위】① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우(2013.2.15. 신설)

※ 부칙 <대통령령 제24359호, 2013.2.15.>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 등에 의해 확인되는 OOO의 사업자등록 현황은 아래 <표2>와 같고, OOO는 2012.4.19. 주사업장 총괄 납부를 신청하여 2012년 제2기부터 이를 적용받았으며, 종사업장은 OOO이며, 쟁점사업장은 미등록사업장으로 종사업장에 포함되지 아니하였다.

<표2> OOO의 사업자등록 현황

한편, 이의신청결정서에 의하면, 이의신청 과정에서 OOO에 근무하는 OOO이사는 쟁점사업장 소재의 부동산 취득 당시 부동산의 등기부상 소재지에 사업장을 등록해야 하는지 알지 못하여 지점등록을 하지 않았으나, 그 외 다른 부동산의 경우 세무대리인의 조언으로 지점등록을 하였다고 진술한 것으로 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 2008.3.17. OOO와 2008.3.13.부터 2010.12.31.까지 쟁점사업장을 임대하는 부동산임대차계약을 체결하였고, 이후 3차례 계약을 갱신하였으며, OOO는 2017.3.2. 쟁점사업장을 매각하였다.

2008.3.17. 청구법인과 OOO가 작성한 위 부동산임대차계약서에 의하면 임대인은 OOO의 명의와 본점OOO 주소 및 법인등록번호(110111-1706***)가 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 2012년 제1기부터 2017년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO 본점으로부터 쟁점사업장에 대한 임대용역을 공급받은 것으로 하여 쟁점세금계산서를 수취하였고, 쟁점세금계산서의 기재사항은 다음과 같다.

(4) OOO세무서장은 OOO가 쟁점사업장에서 부동산임대업을 영위하면서 사업자등록을 하지 아니하고 본점을 공급자로 하여 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고, OOO의 본점에 세금계산서 불성실가산세 OOO, 쟁점사업장을 지점으로 직권등록하여(888-85-00***) 무신고가산세 및 세금계산서 미교부가산세 합계 OOO을 부과하였으며, 처분청에 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 내용의 과세자료를 통보하였다.

(5) 기획재정부가 발간한 2012년 간추린 개정세법(2013년 3월)에 나타나는 관련 법령 개정 내용 및 개정이유는 다음과 같다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 기재되어 있으나 그 밖의 기재사항으로 거래사실이 확인되고, OOO가 주사업장 총괄납부를 신청하여 본점에서 납부할 세액을 총괄하여 납부하였으므로 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호 또는 제6호에 따라 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나,

OOO는 본점을 공급하는 자(본점의 사업자등록번호 기재)로 하여 쟁점세금계산서를 발급하였으므로 쟁점세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하는 점, OOO는 쟁점사업장에 사업자등록을 하지 아니하여 미등록 임대사업자가 당해 용역을 공급하고 쟁점세금계산서를 발급한 것이므로 기타 기재사항으로 거래사실이 확인된다 하더라도 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호를 적용하여 매입세액공제를 적용하기 어려워 보이는 점, 「부가가치세법 시행령」 제75조 제6호의 개정취지 및 관련 규정에 의하면 해당 규정은 “실제 공급하는 자가 아닌 사업장을 기재하였다고 하더라도 그 사업장이 총괄 납부 범위 내의 사업장에 해당하고, 그 범위 내의 다른 사업자로 잘못 기재한 경우”를 말하는 것으로 해석되는바, 쟁점사업장이 총괄 납부 범위내의 종사업장에 포함되지 아니하여 이를 적용하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 「부가가치세법 시행령」 제75조 제2호 또는 제6호에 따라 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다만, 원칙적으로 「부가가치세법」상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없으나, 세금계산서의 기재내용 중 명의상의 거래상대방이 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때에는 알지 못하였음에 과실이 없는 경우에 한하여 매입세액으로 공제할 수 있는 것인바(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결, 참조),

쟁점세금계산서상 공급하는 자의 사업자등록번호 이외에 공급받는 자의 등록번호, 공급가액 및 세액 등 필요적 기재사항이 모두 사실관계에 부합하고, 청구법인은 쟁점사업장의 임대와 관련하여 OOO와 계약체결 및 대금결제 등을 하여 OOO를 임대용역의 실지공급자로 인식할 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, OOO는 쟁점사업장 소재지에 사업자등록을 하지 않고, 본점 명의로 쟁점세금계산서를 발급함에 있어 주된 책임이 있는 것으로 보이는 점, OOO는 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 청구법인으로부터 거래징수하여 이를 신고·납부함으로써 국고손실도 발생하지 아니한 점, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 조세탈루 또는 기타 부정한 행위를 목적으로 이루어진 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 알지 못한데 대하여 중대한 과실이 있다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.