국심2004서3335 (2005.01.12)

부가

취소

유권해석에 따라 과세여부를 공식적으로 표명한 경우, 추가납부세액이 있는 과세기간에는 수정신고를 허용하고 경정기간이 도과한 과세기간의 경정을 거부하여 환급하지 아니하는 것은 ‘신의성실의 원칙’에 위배됨

국세기본법 제15조【신의·성실】

OOO세무서장이 2004.6.4. 청구법인에게 한 1999년 제1기 및 1999년 제2기 과세기간에 대한 경정청구거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

청구법인은 주택건설의 촉진 및 주택분양계약자를 보호하기 위하여 주택건설에 대한 각종 보증업무, 보증이행을 위한 주택건설 및 하자보수업무를 제공하는 정부출자기관으로 1993.4.24. 주택사업공제조합으로 설립되었다가 1999.6.3. OOOOOO(주)으로 전환설립된 법인으로 건설회사에 주택에 대한 분양보증, 하자보수보증, 인허가 보증 등 보증용역을 제공하고 수취하는 보증수수료 수입금액은 부가가치세 면세수입금액으로 신고하고, 청구법인이 보증용역을 제공한 건설회사의 부도, 파산 등으로 인하여 제공하는 보증이행관련 주택건설용역은 수입금액으로 계상하지 아니하였다.

OOOOOOOO은 2001년 12월부터 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시하고, 2002.3.25. 그 세무조사결과를 통지하면서 1997～2001사업연도 합계 1,842,093천원의 법인세를 결정할 예정이며, 이 건 분양이행과 관련된 각 사업장별 부가가치세 과세표준신고의 적정여부에 대하여는 관계기관의 유권해석에 따라 조사가 재개될 수 있음을 통지하였다.

청구법인은 “OOOOOO(주)가 주택분양계약에 대한 보증인으로서 분양계약자에게 주택을 완성하여 인도하고 그 대가를 받는 분양이행용역은 부가가치세가 과세되는 용역이다”라는 OOOOOOO의 유권해석(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에 따라 1998년 제2기～2002년 제2기 (예정)과세기간의 부가가치세 과세표준에 분양이행용역을 제공하고 수납한 잔여분양대금 중 상가 및 국민주택규모 이상 주택에 해당하는 금액을 산입하여 2004.3.23. 각 과세기간의 예정·확정신고기간별로 붙임 내역과 같이 수정신고 및 경정청구하여 474,128,323원의 부가가치세를 환급신청하는 한편, 2004.3.31. 613,511,890원의 부가가치세를 추가 자진납부하였다.

(OO O O)

처분청은 2004.6.4. 위 1998년 제2기 (확정)과세기간 및 2000년 제1기 이후 과세기간에 대한 수정신고에 대하여는 신고시인하고, 1999년 제1기 및 제2기 과세기간의 경정청구에 대하여는 국세기본법 제45조의 2 제1항에 규정하는 청구기한(법정신고기한 경과후 2년 이내)을 경과하였다하여 경정이 불가능하다는 뜻을 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OOOOOOOO은 청구법인에 대한 법인세 조사결과를 통지하면서 청구법인이 보증이행을 위하여 제공한 주택건설용역에 대한 부가가치세 과세여부에 대한 판단을 관계기관의 유권해석에 따를 것임을 공식적으로 표명하였으나, OOOOOOO의 “청구법인이 제공한 분양이행용역은 부가가치세 과세대상이다”라는 유권해석(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에도 불구하고 경정 등 필요한 조치를 하지 아니하였고, 청구법인은 조속한 조세채권·채무의 확정을 위하여 위 유권해석에 따라 각 사업장별로 부가가치세 과세표준 및 세액을 재계산하여 신고 납부하였는 바,

처분청이 OOOOO 등 관계기관의 유권해석에 따라 이 건 분양이행용역에 대한 부가가치세 과세여부를 판단한다는 공식적인 견해를 표명한 바 있고, 청구법인은 이를 신뢰하여 유권해석에 따라 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 수정신고 및 경정청구하였음에도, 처분청이 추가납부세액이 있는 과세기간에 대하여는 추가납부세액을 수납하면서 환급세액이 있는 과세기간에 대하여는 그 경정을 거부하여 환급하지 아니하는 것은 국세기본법 제15조에 규정하는 “신의성실의 원칙”에 위배되는 부당한 처분이다.

처분청은 1999년 제1기 및 제2기 과세기간에 대한 경정청구는 경정청구기한이 경과하여 경정이 불가능하다고 주장하고 있으나, 법정수정신고기한(경정청구기한) 경과 후 감액수정신고(경정청구)시에도 과다납부한 사실이 확인되면 과세관청은 부과제척기간내에 경정할 수 있는 것이므로(OO O, OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO) 청구법인이 OOOOOOOO의 조사결과통지에 따라 관련기관의 유권해석에 의하여 자발적으로 분양이행용역을 부가가치세 과세분으로 분류하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 정정하여 신고한 일련의 과정을 고려할 때 부과제척기간내의 과세기간에 대하여는 청구법인의 경정청구를 받아들여 경정결정함이 보다 합리적이고 적법한 처분이다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOOOOOOO이 분양이행용역에 대하여 “관계기관의 유권해석에 따라 경정할 것임”을 공식적으로 견해표명하였다고 주장하나, 세무조사결과통지서상의 특기사항에 “분양이행과 관련된 제세신고의 적정여부 검토는 제외되었으며, 분양이행의 납세의무 주체에 대한 관계기관의 유권해석에 따라 조사가 재개될 수 있음”을 명시한 것을 법정경정청구기한 이후의 경정청구에 대하여도 적법한 청구로 본다고 하는 공식적인 견해표명으로 볼 수 없으므로 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

또한, 국세기본법 제45조의 2 제1항의 규정에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한자는 법정신고기한 경과후 1년 이내(2000.12.29.이 속하는 과세기간부터는 2년 이내)에 경정청구 할 수 있도록 규정하고 있는 바, 1999년 제1기 및 제2기 과세기간에 대한 감액신고는 경정청구기한을 경과한 경정청구로 적법한 경정청구로 볼 수 없으므로 단순한 민원의 성격을 가지며, 처분청의 경정청구 거부처분 역시 민원회신에 불과하므로 이를 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다 할 것이므로 경정청구를 구하는 이 건 심판청구는 각하하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세무조사결과 및 OOOOO의 유권해석에 따라 분양이행용역을 부가가치세 과세분으로 정정하여 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 수정신고 및 경정청구한데 대하여 추가납부세액이 있는 과세기간에 대한 수정신고는 신고시인하면서 환급세액이 있는 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부 및 이 건 경정청구가 국세기본법 제45조의 2 제2항 제4호의 규정에 의하여 적법한 경정청구로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다.

국세기본법 제15조【신의·성실】

납세자가 그 의무를 이행함에 있어서 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1 에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내(2000.12.29. 개정전 법률 1년 이내)에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세 액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당 해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또 는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의 하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과 세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규 정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경 정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신 고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사 유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사 유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구 할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판 결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하 여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초 과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후 발생한 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 일괄적으로 정정하여 수정신고 및 경정청구하게 된 경위를 살펴본다.

(가) 청구법인은 당초 보증이행과 관련하여 제공하는 주택건설용역에 대하여 청구법인이 분양계약자로부터 수취하는 잔여분양대금을 청구법인에 귀속되는 매출금액으로 인식하지 아니하고, 주택분양이행을 위해 지출한 공사비도 매출원가로 인식하지 아니하여 매입세금계산서합계표는 제출하면서도 관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

(나) 2001년 12월 OOOOOOOO은 청구법인에 대한 제세통합 세무조사를 실시한 결과, 분양이행용역에 대하여 청구법인이 사실상 사업주체의 지위에서 독립적으로 건설용역을 제공한 것으로 보아 국민주택규모 이상 주택 및 상가분에 대하여 부가가치세 과세대상이라는 의견을 제시하고 OOOOOOO의 유권해석을 구하였고, 2002.3.25. 청구법인에게 세무조사결과를 통지하면서 특기사항으로 “분양이행과 관련된 제세신고의 적정여부 검토는 제외되었으며, 분양이행의 납세의무주체에 대한 관계기관의 유권해석 여하에 따라 조사가 재개될 수 있음”을 통지하였다.

(다) OOOOOOO은 OOOOOO(주)의 분양보증용역 등에 대한 부가가치세 과세대상 여부의 질의에 대한 회신(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)에서 “OOOOOO(주)가 주택사업자에게 주택분양 등의 보증용역을 제공하고 동 사업자로부터 받는 보증료에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것이며, OOOOOO(주)가 주택분양계약에 대한 보증인으로서 분양계약자에게 주택을 완성하여 인도하고 그 대가를 받은 분양이행용역에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것이다”라는 요지의 회신을 하였다.

(라) OOOOOOOO은 위 OOOOOOO의 유권해석문을 수령한 이후 청구법인의 부가가치세 수정신고 및 경정청구시(2004.3.23. 및 2004.3.31.)까지 조사재개 등 아무런 경정조치를 하지 아니하였다.

(마) 청구법인은 조속한 조세채권·채무의 확정을 위하여 위 유권해석에 따라 각 사업장별로 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 재계산하여 수정신고 납부 및 경정청구하였다.

(바) 처분청은 청구법인의 위 수정신고 및 경정청구 중 1998년 제2기(확정) 및 2000년 제1기 이후 과세기간에 대한 수정신고는 신고시인하였으나, 나머지 1999년 제1기 및 제2기 과세기간에 대하여는 경정청구기간이 경과한 경정청구로 보아 2004.4.2. 경정청구 거부의 뜻을 통지하였다.

(2) 이러한 사실에 기초하여 처분청의 경정청구 거부처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부를 살펴본다.

(가) 국세기본법 제15조에 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있어야 하며, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하며, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 바(OO O, OOOOOOOO, OOOOOOOOOO), 이러한 요건을 모두 충족할 때 신의성실의 원칙에 위배된 것으로 볼 수 있다 할 것이다.

(나) 처분청은 OOOOOOOO의 조사결과통지내용은 단지 “분양이행용역의 납세의무주체에 대한 관계기관의 유권해석 여하에 따라 조사가 재개될 수 있음”을 예고한 것에 불과하며, 청구법인에게 “관계기관의 유권해석에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정한다”는 공적인 견해 표명을 한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, OOOOOOOO이 청구법인에 대하여 조사당시 분양이행용역은 부가가치세 과세용역이라는 견해를 표명하였고, 이에 대한 상급기관(OOOOOOO)의 유권해석을 구한 점에서 이는 분양이행용역에 대한 부가가치세의 과세방침을 상급기관의 유권해석이 나올 때까지 그 처분을 유예한다는 의미를 내포하고 있는 것으로 보이며, 다른 사정이 없는 한 OOOOOOO의 유권해석에 따라 경정할 것임을 예고한 공적인 의사표시가 있었다고 봄이 타당하다.

(다) 그렇다면, OOOOOOOO은 보증이행용역에 대한 부가가치세 과세문제를 관계기관의 유권해석에 따른다는 공적인 견해표명을 하였음에도 경정 등 조치를 취하지 아니하였고, 청구법인은 조세채권·채무의 조속한 확정을 위하여 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 OOOOOOO의 유권해석에 따라 과세표준 및 세액을 자발적으로 재계산하여 수정신고 및 경정청구를 하였다고 보아야 할 것인 바, 청구법인이 위 OOOOOOOO의 공적인 견해표명을 신뢰한데 대하여 청구법인의 귀책사유가 있었다고 볼 수 없으며, OOOOOOOO이 OOOOOOO의 유권해석에 따라 경정할 것이라는 공적인 견해표명을 하였음에도 납부세액이 있는 과세기간에 대하여는 신고시인하면서, 환급세액이 발생하는 과세기간에 대하여는 경정청구기한의 경과를 이유로 경정결정을 거부한 것은 처분청이 당초 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 청구법인의 이익을 침해한 것으로 볼 수 있으므로 신의성실의 원칙에 위배되는 것으로 보인다.

(3) 한편, 청구법인은 분양을 제대로 이행하지 못하는 건설업자를 대위하여 분양이행용역을 제공한 것은 청구법인이 보증채무를 이행한 것에 불과한 것으로 보아 분양이행에 따라 수취하는 잔여분양대금을 수입금액으로 계상하지 아니하였고, 이에 따라 분양이행을 위하여 시공회사 등으로부터 건설용역을 제공받고 그 대가를 지급하면서 거래징수 당한 부가가치세 매입세액은 적법하게 매입처별세금계산서합계표로 신고하면서도 매입세액불공제분으로 분류하여 매입세액을 공지받지 아니하였는 바, 청구법인이 수취한 위 잔여분양대금을 부가가치세 과세표준에 산입하여 경정하는 경우 이에 대응하는 매입금액으로 세금계산서를 수취한 사실이 확인되는 금액 또한 관련매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이다.

(4) 사실이 이러하다면, 분양이행용역에 대하여 OOOOOOO의 유권해석에 따라 부가가치세 과세분으로 분류하여 과세표준 및 세액을 재계산하여 경정청구한 이 건의 경우 동일한 분양이행용역에 대하여 과세기간별로 부가가치세 과세·면세 분류를 달리하는 것은 타당하지 아니하며, OOOOOOOO이 분양이행용역에 대하여 OOOOOOO의 유권해석에 따라 부가가치세를 과세하겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 보아야 하므로 청구법인의 경정청구가 적법한지 여부를 떠나, 부과제척기간 내의 과세기간에 대하여는 당해 과세기간의 부가가치세 과세표준에 국민주택규모 이하의 주택이외의 주택 및 상가의 분양을 이행하고 수납하는 잔여분양대금을 산입하고 이에 대응하는 관련매입세액은 매입세액으로 공제하여 경정하는 것이 타당하다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.