조심2014광3238 (2014.10.21)

부가

기각

청구법인은 쟁점공사의 공급시기를 시운전 완료 및 준공시점으로 인식하고 있다가 환급 현장확인 결과 처분청과의 공급시기에 대한 이견으로 후에 발급받을 쟁점세금계산서에 대한 매입세액이 불공제될 것을 우려하여 거래사실확인신청을 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 매입자발생세금계산서제도의 취지에 맞지 않는다고 보아 거래사실확인신청을 거부통지한 처분은 잘못이 없음

조세특례제한법 시행령제126조의4

조심2014중5793

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 골재(규석 등) 제조, 도‧소매업을 영위하는 법인으로 OOO 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 공급가액 OOO원에 탈수 및 수(水)처리 설비공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 제공받기로 하는 공사도급계약을 체결하고, OOO 공급가액 OOO의 세금계산서를, OOO 공급가액 OOO의 세금계산서를 각 발급받은 후 동 세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하여 OOO 2013년 제2기 부가가치세 조기환급신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 조기 환급신고에 대하여 환급 현장확인(2014.2.11.～2014.2.14.)을 실시한 결과, 2013년 12월초 쟁점공사가 완료된 것으로 보아 공사도급금액 OOO 중 선발급세금계산서의 요건을 충족한 OOO에 대한 세금계산서는 정상적인 세금계산서로 인정하였으나, 2013년 제2기 부가가치세 과세기간을 경과한 후 쟁점공사와 관련하여 발급받을 세금계산서는공급시기 후에 발급받는 것이므로 관련 매입세액을 불공제함이 타당하다고 조사하였다.

다. 청구법인은 쟁점공사 도급금액 OOO 중 2013년 제2기에 세금계산서를 발급받은 OOO을 제외한 OOO(이하 “쟁점금액”이라 하고, 해당 금액에 대한 세금계산서를 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)에 대하여 매입자발행세금계산서를 발급받기 위하여 2014.2.21. 거래일을 OOO로 하여 처분청에 거래사실확인신청을 하였고, 이와 별개로 OOO은 작성 연월일이 OOO인 쟁점세금계산서(전자세금계산서)를 OOO 발급하고, 이를 2014년 제1기의 매출로 보아 부가가치세를 신고하였으며, 청구법인은 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 하여 2014년 제1기 부가가치세 신고를 하였다.

라. 처분청은 이 건 거래사실확인신청은 2013년 제2기 부가가치세 조기환급신고에 대한 처분청의 환급 현장확인에 따른 것으로서, 청구법인은 2013년 제2기에 용역제공이 완료되지 않아 일부인 OOO에 대하여만 세금계산서를 발급받았다고 주장하나, 2013년 12월 초순경 용역제공이 완료된 것으로 보이고, 청구법인이 2014년 제1기에 쟁점금액에 대한 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 하더라도 불공제할 예정이었으며, 청구법인은 처분청의 환급 현장확인 당시 향후 발급받을 세금계산서에 대한 매입세액이 불공제될 것을 인지하고이 건 거래사실확인신청을 한 것이라 하여 OOO 이를 거부하는 통지를 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점공사는 계약서상 납기일OOO보다 늦은 OOO경 완료되었는데 당초 양사는 설치 완료 후 약 2개월간 시운전을 마친 후 검수가 완료되는 것으로 합의하고 있었으므로 2013년 12월말까지 지급된 공사대금 OOO에 대하여는 2013년 제2기에 세금계산서를 발급받았고, 쟁점세금계산서는 시운전 완료시 발급받을 예정이었는데 처분청이 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 조기환급 신고에 대한현장확인 과정에서 쟁점공사용역의 공급시기를 2013년 12월 초순경으로 보는 게 합리적이라는 의견을 제시함에 따라 관련 법령과 예규 등을 검토한 결과, 계약서에 검수조건부 공급이라는 점이 명시되어 있지 않고, 설비의 정상 작동시 기대되는 생산량에 못 미치지만 시운전을 통한 제품의 생산이 이루어졌으며, 공급시기에 대한 처분청의 입장이 확고한 점 등을 고려하면 공급시기에 대한 처분청의 의견도 일리가 있다고 판단하여 OOO 이 건 거래사실확인신청을 하게 되었다.

처분청은 청구법인이 향후(2014년 제1기) 발급받을 세금계산서가 매입세액 불공제대상임을 인지하고 이 건 거래사실확인신청을 하였다는 이유로 거부통지를 하였으나, 「조세특례제한법 시행령」 제121조의4 제5항에서는 거래사실확인신청에 대한 보정요구에 응하지 않은 경우, 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우, 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우를 거부사유로 규정하고 있으나, 청구법인은 공급시기로부터 3개월 이내에 거래사실확인신청을 하였고, 처분청이 보정요구한 사실이 없으므로 보정요구에 응하지 않은 경우에도 해당하지 않으며, OOO은 정상사업자이므로 거래사실확인신청 거부사유에 해당하지 않음이 명백하고, 처분청에서는 과세관청이 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 한 경우에는 수정신고에 따른 세제상 혜택을 배제한다는 규정을 이 건에 유추적용한 것으로 보이나, 매입자발행세금계산서 관련 규정에서 ‘미리 알고 한’ 경우에 대한 배제규정이 없는 한 문언에 충실하게 해석하여야 한다.

또한, 처분청은 청구법인이 시운전 후 잔고장 등 문제점이 해결되어야 대금을 지급하겠다고 하는 등 청구법인의 귀책으로 세금계산서 발급이 지연되었다는 의견이나, 청구법인이 OOO의 대표이사에게 확인한바, ‘설비공사의 경우 대기업에서도 시운전 완료 후 세금계산서를 발급하는 것으로 알고 있고, 본 공사의 경우도 선발행 부분을 제외한 잔여 부분에 대한 세금계산서는 시운전 완료 및 준공승인 후인 2014년 2월경 발급예정이었다’는 내용으로 처분청 공무원에게 설명하였다고 진술하고 있어 처분청의 의견은 사실과 다르고, 청구법인의 입장에서는 2013년 제2기에 세금계산서를 발급받는 것이 환급을 일찍받을 수 있어 유리함에도 발급받지 않았다는 것은 양사가 시운전 완료 및 준공시점을 공급시기로 인식하고 있었다는 것을 의미하며, 세금계산서의 발급과 대금지급은 별개이므로 OOO이 공급시기를 2013년 12월 초순경으로 인식하고 있었음에도 그 때 쟁점세금계산서를 발급하지 않았다면 이는 OOO에 지연발급의 책임이 있는 것이지 청구법인에게 있는 것이 아니다.

나. 처분청 의견

환급 현장확인시 및 심판청구 답변서 작성당시 OOO의 담당자 및대표이사 OOO과 유선으로 통화한 결과, 2013년 12월 초순경쟁점공사가 완료되어 세금계산서를 발급하려고 하였으나 청구법인측에서 수처리 기계설비의 시운전 후 잔고장 등 문제점이 해결되어야나머지 대금을 지급하겠다고 하는 등 이견이 있어서 세금계산서의 발급이 지연되었다고 진술하였는바, 매입자발행세금계산서의 취지는 공급자가 세금계산서의 발급을 거부할 때 공급받는 자가 매입세액을 공제받기 위해 거래사실확인신청을 할 수 있도록 하는 것이나, 쟁점세금계산서의 지연발급에 귀책사유가 있는, 공급받는 자인 청구법인이이 건 거래사실확인신청을 하였으므로 제도의 취지에 어긋난다.

청구법인은 「조세특례제한법 시행령」 제121조의4 제5항에 열거된 거부사유에 해당하지 않음에도 거부처분한 것은 부당하다고 주장하나, 환급 현장확인시 거래사실 등 제반 사실관계에 대하여 이미 확인하였고, 법령상 거부사유로 열거되어 있지는 않으나 「부가가치세법」상 세금계산서 발급시기(2013년 제2기)에 쟁점세금계산서를 발급받지 못한 상태에서 처분청의 환급 현장확인을 통해 2014년 제1기에 쟁점세금계산서를 발급받을 경우 매입세액이 불공제될 것임을 알고 거래사실확인신청을 한 것으로서 이를 정상적인 거래로 인정한다면 공급시기 이후 당사자 간의 합의 여부에 따라 재화 또는 용역의 공급시기가 인위적으로 조정되는 문제점이 있으므로 거부한 당초 처분은 정당하며, 이는 청구법인에게 세금계산서 지연발급의 귀책사유가 없었다고 하더라도 마찬가지이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액에 대한 매입자발행세금계산서를 발급받기 위하여 청구법인이 한 거래사실확인신청을 거부한 처분의 당부

나.관련 법령

(1) 조세특례제한법 제126조의4 [매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례] ① 「부가가치세법」 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 발급시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)를 발행할 수 있다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제121조의4 [매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등] ② 법 제126조의4 제1항에 따른매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」 제34조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야한다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2.신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야한다. (단서 생략)

1.거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2.거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터제8항의통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 신청인 관할세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인통지를 받은 신청인은 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 교부한 것으로 본다.

⑪ 제10항에 따라 매입자발행세금계산서를 교부한 신청인은 「부가가치세법」 제48조에 따른 예정신고 및 같은 법 제49조에 따른 확정신고 또는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구시 기획재정부령이 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 「부가가치세법」 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

(3) 부가가치세법

제16조 [용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제34조 [세금계산서 발급시기] ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

3.관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

(4) 부가가치세법 시행령 제75조 [세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제] ① 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 경우’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점공사와 관련하여 발급된 세금계산서의 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 세금계산서 발급내역

(2) 청구법인과 OOO 간에 OOO 체결된 쟁점공사 도급계약서에 의하면,공사명은 탈수 및 수처리 설비공사이고, 계약기간은 OOO이며, 도급금액은OOO인데 계약금 및 중도금으로 OOO, 잔금은 생산일부터 6회에 걸쳐 분할하여 지급받는 것으로 되어 있고, 특약사항으로 ① 청구법인은 OOO이 설치공사를 원만히 착공할 수 있도록 기초토목공사를 책임 시공한다. ② 청구법인은 1,2차 전기 및 용수를 OOO에게 제공한다. ③ 공사금액 지불이 완료될 때까지는 본 설비 플랜트의 소유권은 OOO에게 있고, 공사금액 지불이 완료될 시 청구법인의 소유로 한다. ④ 공급 범위는 견적 사양에 준한다. ⑤ 설비 개선을 위해 청구법인의 승인을 득한 후 사양을 변경할 수 있다. ⑥ 심명 직원의 기계 가동 숙지를 위해 현장에 인력을 투입하여 준다는 내용이 기재되어 있으나, 동 계약서의 일반계약 내용 및 특약 내용에 검수조건에 관한 내용은 기재되어 있지 않은 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 청구법인에 대한 2013년 제2기 부가가치세 조기환급 현장확인 보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 유한회사 OOO이 제출한 작업일지와 거래명세표 및 세금계산서에 의하면, 청구법인은 OOO 동안 유한회사 OOO에 공급가액 OOO의 규사 8㎜ 28,851㎥와 규사 4㎜ 187㎥를 공급하고OOO 공급가액 OOO의 세금계산서를 발급하였고, OOO에도 공급가액 OOO의 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 쟁점공사계약은 검수조건부 계약으로 OOO까지 검수를 받지 않았고, 환급 현장확인일까지도 시운전중이었으며, 유한회사 OOO에 발급한 세금계산서는 선급금 명목으로 발급한 것으로서 실제 물량은 인도되지 않았으므로 쟁점공사의 용역제공이 2013년 12월에 완료되지 않았다고 주장하고 있다.

(다) OOO 현장확인 당시 수 대의 덤프트럭이 규사를 상차하기 위하여 대기하고 있었고, 수처리 시설도 제대로 작동되고 있는 것으로 확인되었다.

(라) 위 확인내용과 같이 쟁점공사의 용역제공완료일을 2013년 12월 초순경으로 보는 것이 합리적이므로 OOO과 OOO발급받은 공급가액 각 OOO과 OOO의 세금계산서는 선발급 세금계산서의 요건을 충족하므로 정상적인 거래로 확인되나, 사후에 청구법인이 발급받을 세금계산서는 공급시기를 도과하여 발급받는 세금계산서에 해당하므로 동 세금계산서에 의한 환급신청시 매입세액 불공제함이 타당하다.

(4) OOO은 쟁점공사 계약에 따라 OOO동안 관련 시설을 제작하여 OOO 동안 동 시설을 설치하였다는 내용으로 OOO 제작증명서를 작성‧제출하였다.

(5) 기획재정부에서 발간한 “2006년 간추린 개정세법”과 “2010년 간추린 개정세법” 책자에 의하면, 매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화‧용역의 매출자가 과세표준 노출 등을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하는 동시에 매입자의 세액공제를 허용하기 위하여 매입자발행세금계산서제도를 도입하여 2007.7.1. 이후공급하거나 공급받는 분부터 적용하도록 하였고, 동 제도 신설당시에는 재화‧용역의 공급시기 이후 15일 이내에 관할 세무관서에 거래사실확인신청을 하도록 규정하고 있었으나, 2010.2.18. 납세편의 및 세원 투명성 제고를 위하여 공급시기 이후 3개월 이내로 그 신청기간을 연장하면서 2010.2.18.이 속하는 과세기간에 재화나 용역을 공급하는 분부터 적용하도록 한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,매입자발행세금계산서제도를 도입한 취지는 재화‧용역의 공급자가 과세표준 노출 등을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 것을 방지하여 공급받는 자가 매입세액공제를 받을 수 있도록 하기 위함인바,

청구주장에 따르면, 청구법인과 OOO은 처분청의 환급 현장확인 당시(2014.2.11.)에도 쟁점공사의 공급시기를 시운전 완료 및 준공시점(2014년 2월)으로 인식하고 있었던 것으로 확인되고, 더구나 OOO은 OOO을 작성 연월일로 하여 OOO 쟁점금액에 대한 세금계산서를 발급한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점공사의 공급시기를 시운전 완료 및 준공시점으로 인식하고 있다가 환급 현장확인 결과 처분청과의 공급시기에 대한 이견으로 후에 발급받을 쟁점세금계산서에 대한 매입세액이 불공제될 것을 우려하여 거래사실확인신청을 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 거래사실확인신청은 매입자발행세금계산서제도의 취지에 맞지 않는다고 보이고, 그렇다면 당초부터 거래사실확인신청의 대상이 아니라고 봄이 타당하므로 처분청이 거래사실확인을 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.