청구법인이 미등록사업자들로부터 쟁점세금계산서 상당의 실물(폐동)을 실제 매입한 것으로 인정할 수 있는지 여부 (경정)

OOO세무서장이 2010.9.13. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세39,483,300원의 부과처분과 대표자(OOO)에게 상여처분하여 소득금액변동통지(2008년 귀속 163,420,000원)한 처분은 청구법인이 위의 사업연도에 미등록사업자로부터 실제 황동폐자원을 매입한 것인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구법인은 비철금속 도소매업을 영위하는 사업자로 2008.9.1. OOOO으로부터 공급가액이 148,400,000원인 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받은 후에, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 해당 매입금액을 손금에 산입하여 2008년 제2기 부가가치세 및 2008사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 중부지방국세청장으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서라는 내용의 과세자료를 통보받은 뒤, 관련 매입세액을 불공제하고 해당 매입금액을 손금불산입하여 2010. 9.13. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 26,205,950원과 2008사업연도 법인세 39,483,300원을 경정ㆍ고지하고, 매입대가인 163,240,000원의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자(OOO)에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 법인세 부과처분과 대표자 상여처분에 의한 소득금액변동통지처분에 불복하여 2010.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

미등록사업자들로부터 OOOOO(OO OOOOOO OO)을 구입하다 보니 매입자료를 확보할 수가 없어 OOOO으로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것인바, 청구법인이 OOOO과 실물거래가 없이 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 사실이지만, 그에 상당하는 실물을미등록사업자들로부터 매입하였으므로 해당 금액을 손금으로 인정하여 법인세 과세처분과 소득금액변동통지처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점세금계산서 상당의 실물을 위장으로 매입하였다고주장하며 사실확인서, OO의 매입내역과 임가공내역 등을 증거서류로 제출하였으나, 그러한 증빙서류만으로는 청구법인이 미등록사업자들로부터 실제 쟁점세금계산서 상당의 실물을 매입하였는지 여부가 확인되지 아니하므로 당해 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 법인세를 과세하고 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 미등록사업자들로부터 쟁점세금계산서의 공급가액에 상당한 실물(OO)을 실제 매입한 것으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 법인세법

제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2007.1.1.부터 비철금속 도소매업을 영위하고 있는 사업자로 2008.9.1. OOOO으로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 후 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 해당 매입금액을 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 신고하였고, 처분청은 중부지방국세청장으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서라는 내용의 과세자료를 통보받아 관련 매입세액을 불공제하고 매입금액을 손금불산입하여 2010.9.13. 청구법인에게 부가가치세와 법인세를 경정ㆍ고지하면서 가공매입대금의 귀속이 불분명하다고 보아 대표자(OOO)에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 청구법인은 OOOO과 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 교부받은 것은 사실이나, 미등록사업자인 이OO 외 3인으로부터 쟁점세금계산서 상당의 실물을 매입하였다고 주장하며 그에 대한 증빙자료로 사실확인서, 거래일지, OO의 매입내역과 임가공내역을 제출하였다.

(가) 쟁점세금계산서에 청구법인이 2008.9.1. OOOO으로부터 OO 2만kg을 공급가액 148,400천원에 매입한 것으로 표시되어 있다.

(나) 미등록사업자들인 이OO은 2008.8.4. 24,000,000원, 2008.9.1. 16,000,000원, 박OO는 2008.8.11. 39,740,400원, 2008.9.1. 3,590,800원,염OO은 2008.9.1. 34,000,000원, 방OO은 2008.9.1. 32,000,000원 상당의 OO을 청구법인에게 납품하였다는 내용으로 사실확인서를 각각 제출하였고, 청구법인의 대표이사 OOO의 예금계좌(OO은행260-004110 -02-***)에서 2008.8.11. 현금 39,740,400원이 인출된 내역이 나타난다.

(다) 청구법인의 2008.8.4., 2008.8.11., 2008.9.1. 거래일지에 의하면, 이OO 외 3인으로부터 OO의 합계 26,090kg을 매입하고 그 대가로 현금 149,331,200원을 지급한 것으로 기록되어 있다.

(라) OO의 매입내역과 임가공내역에 의하면, 청구법인이 2008년에OO 500,300.6kg(미등록사업자로부터 매입하였다 주장하는 26,090kg을 포함)을 매입하고, 임가공업자인 (주)OO 외 4개 업체를 통하여 OO 495,558.6kg를 가공한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인과 (주)OO이 체결한 임가공계약서에 의하면, OO을 가공하는 경우에는 2%의 용해 손실율을 적용한 사실이 확인된다.

(3) 처분청은 청구법인이 제출하는 증빙자료만으로는 당해 법인이 미등록사업자로부터 쟁점세금계산서에 상당하는 OO을 매입하였는지 여부가 확인되지 아니하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 법인세를 과세하고 가공매입대금을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분이 정당하다는 의견이므로 살피건대, 청구법인이 쟁점세금계산서에 상당한 OO을 미등록사업자들로부터 매입하고 그대가를 현금으로 지급한 내역이 금융거래증빙 등의 객관적 증거자료에 근거하여 확인되지는 아니하지만, 미등록사업자들인 이OO 외 3인이 자신들에게 불이익이 초래될 수 있음에도 OO을 청구법인에게 납품하였다고 확인하고 있는 점, 청구법인이 작성하여 관리하고 있는 거래일지에는 동 거래내역이 기록되어 있고 대표이사인 OOO 명의 예금계좌에서 거래대금 중 일부가 현금으로 인출된 내역이 나타나는 점, 미등록사업자들로부터 매입하였다는 OO의 양(26,090kg)을 부정하는 경우 청구법인이 2008사업연도에 매입한 OO의 양(474,210.6kg) 보다 가공한 OO의 양(495,558.6kg)이 많게 되므로 불합리한 점 등을 감안하면, 미등록사업자들로부터 OO을 매입하였다는 청구법인의 주장이신빙성이 있으므로 처분청이 쟁점세금계산서와 관련하여 미등록사업자들로부터 실제 OO을 매입하였는지 여부를 재조사하여 그에 따라 이 건 처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례