국심2006부3303 (2007.05.09)

부가

경정

사후적인 사정변경에 의해 불가피하게 공사가 중단되기 전에 공급시기가 도래한 공통매입세액의 경우 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당함

부가가치세법 제17조【납부세액】 / 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

국심2003서0616 / 국심1996서1029 /

OO세무서장이 2006.4.15. 청구법인에게 한 부가가치세 130,170,330원(별지<표1>참조)의 부과처분은 2004.9.22. 이전에 공급시기가 도래하여 공통매입세액으로 공제한 부분은 신고 및 납부불성실가산세를 적용하지 아니하고 그 세액을 경정하며, 나머지 청구를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.2.1. 주택신축판매업에 관한 사업자등록을 한 후, OOOOO OOOO OOO OOOOO 외 1필지에 지하 3층, 지상 35층 규모의 주상복합건물 OOOOOOOO을 건축(이하 OOOOOO 건축사업”이라 한다)할 예정으로 (O)OOOOO건설산업(이하 OOOOOO건설산업”이라 한다)과 공사도급계약을 체결하고 토목공사까지 진행하다가 분양저조로 인해 2005.9.28. 사업권 일체를 (O)OOOOOO(이하 OOOOOOOO이라 한다)에 토지가액 8,100,000,000원으로 매각하였다.

나. 청구법인은 2003년 1기～2005년 2기 부가가치세 신고시 위 OOOOOO 건축사업에서 발생한 매입세액 중 건축예정사용면적에 의해 국민주택규모 이하의 비율을 74.73%로 계산하여 공통매입세액을신고하였다.

다. 처분청은 위 과세기간에 대한 조사에서 청구법인이 2005.9.28. OOOOOO 건축사업을 포기하고 OOOOOO에 토지분으로 매각하였다 하여 청구법인이 신고한 공통매입세액 전부를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제하고 2003년 1기～2005년 1기 과세기간에 대한 신고 및 납부불성실가산세 34,869,750원을 납부세액에 가산하여 2006.4.15. 청구법인에게 부가가치세 130,170,330원을 고지하였다.

라. 청구법인은 위 고지세액 중 신고 및 납부불성실가산세 부과처분에 대하여 2006.6.9. 이의신청을 거쳐 2006.7.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청이 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 항목을 보면, 건물신축용 공사비, 모델하우스 건축비, 분양홍보물 제작비, 광고료, 집기비품 구입비 등으로 대부분 토지관련 매입세액으로 볼 수 없고, 청구법인이 OOOOOO 건축사업을 진행하다가 분양저조로 인해 부도위기를 면하고자 2005.9.28. OOOO건설에 토지가격만 인정하여 사업일체를 매각하였는 바, 이는 과세·면세 겸영사업자의 공통매입세액이 최종적으로 면세공급가액으로 확정된 것이므로 공통매입세액 정산규정에 의해 면세분에 해당하는 부가가치세만 불공제하면 되는 것이지, 신고 및 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 공통매입세액으로 신고한 금액이 전부 면세사업과 관련된 것으로 확정되었으므로 공사원가관련 매입세액 전부를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고, 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 OOOOOO 건축사업에서 발생한 매입세액을 공통매입세액으로 신고한 경우로, 처분청이 이를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고, 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2) 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

(3) 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

<산식> 면세사업에 관련된 매입세액 = (공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액)

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(4) 부가가치세법시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (이하 각호생략)

(5) 부가가치세법 제22조【가산세】⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

<산식> 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 지하 3층, 지상 35층 규모의 주상복합건물 OOOOOOOO을 건축할 예정으로 OOOOOOOOO(OOO OOO OOO OOOO OOOOO, 대표이사 OOO)과 도급계약(계약금액; 40,503,980,000원)을 체결하여 2005.8.8. 토목공사 기성금액 3,135,609,658원까지 공사를 진행하다가 분양저조로 인해 부도위기에서 2005.9.28. OOOOOO(OOOOO OOOO OOOO OOOOO, 주택건설, 대표이사 OOO)에 토지가액 81억원에 매각(토지매각시 인허가와 일체 사업권 일괄양도 조건)하였으며, 청구법인은 2005.9.30. 토지매각에 따른 계산서를 OOOO건설에 교부하고 이를 면세사업의 부가가치세 과세표준으로 신고(별지<표2>참조)하였음이 확인된다.

(2) OOOOOO 건축사업의 공사시공자인 OOOOOOOOO이 제출한 심리자료에 의하면, OOOOOOOOO은 2003.11.27. 토목공사를 착수하여 2004.3.31. 1차 기성청구(공사기간; 2003.11.27.～2004.3.20., 청구금액; 1,902,400,000원, 정산금액; 1,715,970,000원)를 하여 2004.5.14. 청구법인에게 미지급금에 대한 지급촉구를 하였고, 2004.5.22. 청구법인에게 2차 기성청구(공사기간; 2004.3.21.～2004.5.31., 토목공사공정율 84.7%, 미확정 청구금액; 1,349,000,000원)를 하였으며, 2004.6.7. 청구법인에게 기성청구 일부금액에 대한 미지급을 이유로 공사중단 예정통보를 하였고, 2004.6.21. 청구법인에게 2004.6.13.부로 공사를 중단하였다고 통보하였다.

이에 대해 청구법인은 2004.7.1. OOOOOOO산업의 대표회사 (O)OOOOO에게 공사중단에 따른 이의제기를 하겠다고 통보하였고, 2004.7.5. OOOOOOO산업에게 공사중단시 위약금 등 손해배상할 금액이 120억원에 이른다고 통보하면서 공사를 재개할 수 있도록 조치하여 줄 것을 요청하였다. 그 후 청구법인과 OOOOO건설산업은 2004.9.22.자 합의서에 의거 OOOOOO 건축사업에 관한 공사도급계약을 해제하였음이 확인된다.

(3) 처분청이 제출한 부가가치세 조사서, 청구법인의 부가가치세 신고서(수정신고서 포함)에 의하면, 청구법인은 2003년 1기부터 2005년 2기까지 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서에서 규정한 바와 같이 OOOOOO 건축사업의 예정사용면적비율에 의해 면세사업 비율을 74.73%로 계산(이에 대해서는 당사자 간에 다툼이 없음)하여 과세·면세사업의 공통매입세액을 신고하였고, 2005.9. 28. OOOOOO에 토지를 매각하면서 사업권일체를 포함하여 81억원에 양도하고 이를 공통매입세액 정산사유로 보아 2006.1.25. 추가납부세액을 계산하였음이 확인된다.

(4) 처분청이 제출한 청구법인에 대한 법인세 신고서에 의하면, 청구법인은 2005.9.28. OOOOOO에 OOOOOO 신축공사의 토지 및 인·허가 사업권일체를 81억원에 매각하면서 48억원을 대물변제(OOOOO OOO OOO OOOOOO, OOOOOO 상가 19호, 22억원, 아파트 26호, 26억원) 받기로 함에 따라 2004.9.22. OOOOOO 신축공사가 중단된 후에도 2005～2006사업연도에 상가 및 아파트의 분양수입금액이 발생(별지<표3>참조)하였음이 확인된다.

(5) 청구법인은 과세·면세 겸영사업자의 공통매입세액이 최종적으로 면세공급가액으로 확정된 것이므로 공통매입세액의 정산규정에 의하여 면세분에 해당하는 부가가치세만 불공제하면 되는 것이지, 이에 대해 신고 및 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장한 반면, 처분청은 청구법인이 공통매입세액으로 신고한 매입세액이 전부 면세사업과 관련된 것으로 확정되었으므로 공사원가관련 매입세액 전부를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고, 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 정당하다는 의견이다.

(6) 이를 바탕으로 신고 및 납부불성실가산세 부과처분이 정당한 지를 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과 되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는 반면, 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무이행 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(OOO OOOOOOOO, 1997.8.22. 같은 뜻임).

이 건의 경우 관련 심리자료에 의하면, 청구법인이 자금사정 악화로 기성청구된 금액을 납부하지 못함에 따라 청구법인과 OOOOO 건설산업 간에 공사중단 여부를 놓고 책임공방이 이루어지다가 결국, 2004.9.22. OOOOOO 건축사업에 대한 공사도급계약이 해제됨으로써 더이상 공사가 진행되지 못하였음을 알 수 있다. 이와 같이 사후적인 사정변경에 의해 불가피하게 공사가 중단된 2004.9.22. 이전에 공급시기가 도래한 공통매입세액의 경우, 청구법인이 부가가치세가 면세되는 토지의 공급이 이루어질 것을 예상하고 스스로 이를 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 신고하기를 기대하는 것은 무리라고 인정되므로, 처분청이 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라 판단된다.

한편, 2004.9.23. 이후 공급시기가 도래한 공통매입세액의 경우, 청구법인이 OOOOOO 건축사업을 더이상 진행할 수 없음을 알 수 있음에도 이를 매출세액에서 공제하였다고 인정되므로, 처분청이 신고 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(국심 2003서616, 2003.7.10. 같은 뜻임, 국심 96서1029, 1996.10.14. 참고).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<표1> 청구법인이 공통매입세액으로 계산한 매입세액불공제 금액과 처분청이 토지매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 금액의 내역

(단위: 원)

<표2> 청구법인의 과세·면세 부가가치세 과세표준 신고 내역

(단위: 원)

<표3> 청구법인의 법인세 수입금액 신고 내역

(단위: 원)