국심2006전3366 (2007.09.03)

부가

경정

과세사업과 면세사업에 사용할 목적으로 증축한 퇴비공장이 과세사업에 공하는 면적과 면세사업에 공하는 면적이 구분되어 있는 경우에는 과세사업과 면세사업에 사용되는 면적의 비율에 따라 매입세액을 계산함이 타당함.

부가가치세법 제12조【면 세】 / 부가가치세법시행령 제29조【의료보건용역의 범위】

국심2001중1093 / 국심1999광1277 / 국심1999부0341 /

OO세무서장이 2006.3.15. 청구법인에게 한 2005년 1기 부가가치세 39,959,280원의 부과처분은 청구법인이 2004년 2기에 OOO종합건설 주식회사로부터 수취한 세금계산서의 매입세액 45,000,000원을 별지<표3>와 같이 전액 공제되는 매입세액 32,574,974원과 공통매입세액 12,425,026원으로 구분하여 이를 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOOO OOO OOO OOO OO에서 ‘산업폐기물 수집·처리 및 퇴비 제조업’을 영위하는 법인으로, 2004.10.6. OOO종합건설 주식회사(OOO OOO OOO OOO OOOOOO OOOO OO, 대표이사 OOO, 이하 OOOOOOOOO이라 한다)와 ‘퇴비공장 건설공사’에 관한 도급계약을 체결하고 공사진행에 따라 세금계산서(2004년 2기 공급가액 4억5천만원, 별지<표2>참조)를 수취하고, 2004년 2기 부가가치세 신고시 OOOOO건설 등으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액 56,052,351원을 과세사업(사업장폐기물처리용역·퇴비제조)과 면세사업(생활폐기물처리용역·퇴비제조)의 공통매입세액으로 하여 당해 과세기간의 총공급가액 155,831,250원 중 면세공급가액 31,477,500원이 차지하는 비율(20%)에 해당하는 11,322,426원을 매입세액불공제 금액으로 안분계산 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 OOOOO건설로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 과세사업(사업장폐기물처리용역)과 면세사업(생활폐기물처리용역)에 공통으로 사용되는 공통매입세액으로 보아 안분계산 하였지만, 청구법인의 2005년 1기 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율이 100%로 확인된다(별지<표1>참조) 하여 당초 신고한 면세공급가액의 비율 20%과의 차이 80%에 해당하는 매입세액을 재계산함에 따라 매입세액 34,200,000원을 추가 불공제 하고, 신고납부불성실가산세 5,759,280원을 납부세액에 가산하여 2006.3.15. 청구법인에게 2005년 1기 부가가치세 39,959,280원을 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.13. 이의신청을 거쳐 2006.10.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 증축한 퇴비공장의 시설투자금액에 대한 매입세액은 그 실지귀속에 따라 과세사업과 면세사업으로 구분하여야 하는바, 퇴비를 생산하는 면적 1,750㎡에 대한 매입세액은 전액 공제하여야 하고, 사업장폐기시설과 생활폐기물처리시설에 공통으로 사용하는 면적 667.5㎡에 대한 매입세액은 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 하여 안분계산 함이 타당하다.

(2) 청구법인은 부가가치세 과세사업인 퇴비제조와 산업폐기물처리용역, 부가가치세 면세사업인 생활폐기물처리용역을 제공하고 있으며, 생활폐기물은 앞단계 가공시설에서 파쇄, 선별, 탈수 등의 공정을 거쳐 혼합장에 투입되고, 사업장폐기물은 앞단계 처리공정 없이 혼합장에 곧바로 투입되며, 혼합장은 폐기물의 퇴비화를 위하여 톱밥과 미생물을 투입하여 혼합하는 곳이며, 혼합장부터 퇴비출하까지가 퇴비제조 공정에 해당한다.

(3) 청구법인이 증축한 퇴비공장은 사업장폐기물과 생활폐기물의 처리를 위한 시설과 여기서 생산된 부산물과 톱밥을 혼합하여 발효시키는 시설로 구성되어 있으며, 음식물폐기물 처리설비(A)는 하루 80톤이고, 동식물 및 유기성오니와 슬러지 처리설비(B)는 하루 120톤이며, 톱밥 및 미생물 등 혼합장과 바로크발효실(C), 퇴비생산 전용설비(D)는 교반발효장, 선별장, 포장으로 구분되며, 전체 투자면적 중 A는 20%이며, B는 10%, C+D는 70%를 차지한다.

(4) 생활폐기물의 경우, 과거에는 민간사업자에게 위탁처리 하였다가 지금은 각 지방자치단체가 이를 직접 처리하기 위하여 시설을 설치하고 있으므로, 청구법인 입장에서는 면세대상인 생활폐기물처리시설을 위해 막대한 투자비를 지출할 필요가 없고, 현재는 지방자치단체 등으로부터 음식물류폐기물을 공급받고 있다.

(5) 처분청은 이의신청결정에서 청구법인의 생활폐기물처리공정이 폐기물반입부터 퇴비생산까지이고, 사업장폐기물 또한 같은 공정을 사용하고 있으므로, 면세사업인 생활폐기물처리용역과 과세사업인 사업장폐기물처리용역에 공통으로 사용되는 것으로 주장하면서 이 과정에서 생산되는 퇴비는 폐기물처리용역에 필연적으로 발생되는 부수재화로 주된 용역에 포함되어 과세재화 생산시설로 볼 수 없다고 주장하지만, 청구법인은 2004.6.29. 비료생산업을 등록하였고, 2004.8.27. 폐기물처리시설 설치승인을 받았는바, 청구법인이 비료생산시설과 사업장폐기물과 생활폐기물을 처리하기 위한 일련의 처리시설을 갖추고 있었기에 대규모 용량의 폐기물처리시설 설치승인이 허가된 것이며, 처분청의 주장처럼 생활폐기물처리 인허가를 득하기 위하여 반드시 대규모 퇴비생산시설까지 갖춰야만 하는 것은 아니다.

(6) 청구법인의 경우 면세사업인 생활폐기물처리용역과 과세사업인 사업장폐기물처리용역에 공통으로 사용되는 부분은 음식물류폐기시설 반입호퍼와 사업장폐기시설 반입호퍼 및 파쇄 및 선별기 등과 톱밥을 혼합하기 위한 혼합실, 바로크발효실이 해당된다.

(7) 처분청이 폐기물처리용역에 필연적으로 발생되는 부수재화로 간주하는 퇴비는 생산초기에는 농민들에게 그 효능을 홍보할 목적으로 무상으로 제공할 수밖에 없었지만, 지금은 농민들에게 그 효능에 대한 소문이 퍼져 농가에 판매가 확장되어 청구법인의 수익을 올리고 있는 실정이며, 앞으로는 농협에 납품을 추진하고 있다. 또한, OO군은 퇴비에 대한 보조사업(농민이 퇴비 구매시 20킬로 1포당 2,000원 지원)을 추진하고 있으므로 청구법인이 생산하고 있는 퇴비는 단순한 부산물이 아닌 청구법인의 주된 수입원이라고 할 수 있다.

(8) 결론적으로, 과세·면세 겸영사업자의 매입세액은 먼저, 그 실지 귀속에 따라 안분하여야 하는바, 과세사업인 퇴비공장에 사용되는 면적에 대한 매입세액은 전액 공제하여야 하고, 사업장 및 생활폐기물처리시설에 사용되는 면적에 대한 매입세액은 공통매입세액으로서 안분계산 함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 부가가치세 면세사업인 생활폐기물처리용역과 부가가치세 과세사업인 사업장폐기물처리용역을 겸업하는 사업자로서, 퇴비제조 과정은 폐기물처리에 필수적인 공정으로서 과세용역과 면세용역에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없으므로 청구법인이 공통매입세액을 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산 한 것은 잘못이 없고, 2005년 1기에 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율이 100%로 당초 신고한 면세비율 20%보다 80%가 차이가 발생하고 있는바, 2005년 1기에 공통매입세액을 재계산하여 청구법인에게 고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인의 퇴비공장 건설공사의 매입세액 전부를 면세사업(생활폐기물처리용역)에 사용된 경우로 보아 부가가치세 납부세액을 재계산한 것이 타당한지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제12조【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4.의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액

(1-1) 부가가치세법시행령 제29조【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(괄호생략)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제26조의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역

(2) 폐기물관리법 제26조【폐기물처리업】① 폐기물의 수집·운반 또는 처리를 업(이하 “폐기물처리업”이라 한다)으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

④ 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

1. 폐기물수집·운반업 : 폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업

2. 폐기물중간처리업 : 폐기물중간처리시설을 갖추고 폐기물을 소각·중화·파쇄·고형화 등의 방법에 의하여 중간처리(생활폐기물을 재활용하는 경우를 제외한다)하는 영업

3. 폐기물최종처리업: 폐기물최종처리시설을 갖추고 폐기물을 매립 등(해역배출을 제외한다)의 방법에 의하여 최종처리하는 영업

4.폐기물종합처리업: 폐기물처리시설을 갖추고 폐기물을 중간처리 및 최종처리를 함께 하는 영업

(3) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.

(3-1) 부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은실지귀속에 따라 하되,과세사업과 면세사업에공통으로 사용되어실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

(산식) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3-2) 부가가치세법시행령 제63조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

1. 건물 또는 건축물의 가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1-5/100 × 경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

2. 기타의 감가상각자산의 가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOOO OOO OOO OOO OO에서 부가가치세 과세사업인 ‘사업장폐기물처리 및 퇴비제조업’과 면세사업인 ‘생활폐기물처리 및 퇴비제조업’을 영위하고 있음이 다음의 서류에 의해 확인된다.

(가)OO군수의 폐기물처리시설 설치승인서(2004.8.27.)에는 청구법인의 업종은‘폐기물재활용’, 처리시설명은 ‘퇴비화시설’,처리시설규격은 ‘980㎡×2’(25톤/시간),처리대상 폐기물종류는 ‘음식물류폐기물, 하수처리오니, 분뇨처리오니’이며, 처리예상량은 ‘연 73,000톤’, 방지시설명은 ‘습식탈취시설’임이 나타난다.

(나) OO군수의 폐기물재활용신고필증(2004.10.13.)에는 청구법인의 재활용대상 폐기물은 ‘유기성오니, 음식물류, 동식물성잔재물’ 년 18,000톤이며, 재활용 방법 및 용도는 폐기물을 수집·운반하여 파쇄, 혼합, 발효, 선별과정을 거쳐 비료 연 6,900톤을 생산한다고 기재되어 있다.

(다) 산업기술시험원장의 ‘폐기물설치시설’에 대한 검사결과서(2005.12.21.)에는 청구법인의 업종은 ‘산업폐기물수집 및 비료생산’이며, 처리형식은 ‘퇴비화’(호기성)이며, 처리공정은 저장호퍼 → 이물질 자동선별 및 파쇄기 → 탈수기 → 바루커 퇴비장 → 교반발효기 → 퇴비선별기 → 퇴비저장실 → 출고 순으로 이루어지며, 특기사항 란에는 음식물류폐기물 하루 80톤, 하수슬러지 및 분뇨오니 하루 120톤(합계 200톤)을 처리하는 시설이라고 기재되어 있다.

(라) OOOO지사의 비료생산업등록증(2004.6.29.)에는 청구법인이 생산하는 비료의 종류는 ‘퇴비’라고 기재되어 있다.

(2) 청구법인과 OOOOO건설 간에 체결한 청구법인의 OOOOOO 퇴비공장 건설공사 도급계약서’(2004.10.6.)에 도급자는 청구법인, 수급자는 OOO종합건설, 공사기간은 2004.10.20.부터 2005.1.20.까지, 계약금액은 11억원(부가가치세 별도), 공사대금 중 선급금 3억원은 계약체결후 30일 내에, 기성부분에 대한 대금은 중도금 60%, 잔금 10%는 준공 후 20일 내에 각각 지급한다고 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 퇴비공장 건설공사와 관련하여 OOO종합건설로부터 별지<표3>과 같이 공급가액 11억8천6백만원상당(위 계약금액과 차이가 나는 것은 추가공사와 관련된 공사대금이 포함되어 있기 때문이다)의 세금계산서를 수취하였음이 나타난다.

(4) 청구법인이 건축한 퇴비공장의 건축물관리대장(2005.9.27. 증축)에는 청구법인이 그 동안 공장 및 창고·사무실 등으로 사용하던 가, 나, 다, 라동에다 2005.9.27.부로 마동 공장(1,750㎡), 바동 공장(667,5㎡) 합계 2,417.5㎡가 증축되어 있음이 나타난다.

(5) 청구법인은 위 퇴비공장 증축에 대하여 마동 1,750㎡은 사업장폐기물을 발효하여 퇴비를 생산하는 과세사업 전용시설이며, 바동 667,5㎡은 수분이 함유된 사업장폐기물과 생활폐기물을 파쇄, 선별, 탈수과정을 거치고 이를 발효하여 퇴비를 생산하므로 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용한다고 주장한다.

(6) 청구법인을 현지조사 한 OO세무서장의 조사복명서(2005년 12월)에 기재된 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2004.8.27. OO군수로부터 폐기물처리시설 설치승인을 받고 음식물폐기물, 하수처리오니, 분뇨처리오니를 처리하여 이를 퇴비화한다.

(나) 청구법인의 매출처는 시단위 이상 지방자치단체와 생활음식폐기물처리용역에 관한 계약을 체결하고, 식품회사 및 타 폐기물처리업체에서 배출되는 하수오니(침전물) 등을 처리하는 이른바, 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자로서 이에 대한 부가가치세 신고를 정상적으로 하고 있다.

(다) 청구법인이 퇴비제조 공장으로 사용하기 위해 설치한 공장동 2동(건축물관리대장의 마동과 바동을 말함) 및 퇴비제조설비 등은 청구법인의 신고내용이 적정하다.

(라) 청구법인의 퇴비제조 공정은 청구법인이 수거한 음식물폐기물과 사업장폐기물을 각각의 별도의 처리시설에서 탈수, 이물질분류 등과 같은 앞단계 공정을 거치고, 톱밥 등과 혼합하는 1차 공정과 발효하는 2차 공정을 거쳐 최종적으로 퇴비를 생산한다.

(마) 청구법인이 증축한 퇴비공장은 퇴비생산을 주목적으로 하여 증축되었다기 보다는 음식물폐기물과 사업장폐기물을 처리하는 과정에서 필연적으로 발생하는 부산물인 퇴비를 농민에게 무상으로 공급하는 것으로 보아 퇴비공장은 과세사업 전용시설로 볼 수 없고, 음식물폐기물과 사업장배출폐기물 처리에 공통으로 사용되는 일련의 연속적 공정으로 판단되므로, 이와 관련된 매입세액 전부를 공통매입세액으로 보아 공급가액을 기준으로 안분계산함이 타당하다.

(7) 이를 바탕으로, 처분청이 퇴비공장 증축과 관련된 매입세액 전부를 면세사업에 사용된 경우로 보아 부가가치세 납부세액을 재계산한 것이 타당한지에 대하여 본다.

(가) 먼저, OO세무서장은 청구법인이 생산하는 비료(퇴비)가 음식물폐기물과 사업장폐기물을 처리하는 과정에서 필연적으로 발생하는 부산물이라고 주장하지만, 청구법인이 생산하는 퇴비는 음식물폐기물과 사업장폐기물을 각각의 별도의 처리시설에서 탈수, 이물질분류 등과 같은 앞단계 공정을 거친 후 톱밥 등과 혼합하는 1차 공정과 발효하는 2차 공정을 거쳐 최종적으로 퇴비를 생산하는바, 이와 같이 혼합과 발효과정을 거쳐 생산된 퇴비는 부가가치세 과세대상 재화로서 부가가치세 납세의무가 있다 할 것이다(OOO OOOOOOOO, 2007.3.19. 외 다수 같은 뜻임).

(나) 또한, 부가가치세 납세의무가 있는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 각각의 사업과 관련된 매입세액은 실지귀속에 따라 매입세액 공제여부를 결정하는 것이 원칙이고, 여기서 실지귀속이라 함은 공급받은 당해 재화 또는 용역의 사용처가 과세사업과 면세사업으로 명확히 구분되는 경우를 말한다고 하겠다.

(다) 부가가치세법시행령 제61조 제1항에서도 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 각각의 사업에 관련된 매입세액 계산은 먼저, 실지귀속에 따라야 하고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 당해 과세기간의 총공급가액을 기준으로 안분계산 하되, 당해 과세기간의 공급가액이 없는 경우에는 총매입가액을 기준으로 안분계산 하거나, 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 우선적으로 예정사용면적을 기준으로 안분계산 하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우에도 청구법인이 과세사업과 면세사업에 사용할 목적으로 증축한 퇴비공장이 과세사업에 공하는 면적과 면세사업에 공하는 면적이 구분되어 있는 경우에는 과세사업과 면세사업에 사용되는 면적의 비율에 따라 매입세액을 계산함이 타당하다 할 것이다(OO OOOOOOO, 1999.10.8., OO OOOOOO, 1999.8.14., OO OOOOOOOOO, 2001.10.6. 다수 같은 뜻임).

(라) 청구법인이 과세사업과 면세사업에 사용할 목적으로 증축한 퇴비공장이 과세사업에 공하는 면적과 면세사업에 공하는 면적으로 구분하여 사용하는지를 보면, 청구법인이 증축한 퇴비공장 2,417㎡ 중 ‘마동’ 1,750㎡ 부분은 수분이 없는 사업장폐기물이 톱밥과 미생물을 혼합하여 비료화 되는데 사용하는 것으로 보이고, ‘바동’ 667.5㎡ 부분은 수분함량이 85%이상인 생활폐기물이 파쇄, 선별, 탈수 등의 공정을 거쳐 혼합장으로 투입되는 부분과 일부 수분이 함유된 사업장폐기물이 ‘마동’으로 곧바로 갈 수가 없어 호퍼를 통하여 처리되는 부분으로 혼재되어 사용하는 것으로 보인다.

(마) 이와 같이 퇴비공장 2,417㎡ 중 ‘마동’ 1,750㎡ 부분은 과세재화인 비료를 생산하는 면적으로 구분하여 사용하고, ‘바동’ 667.5㎡ 부분은 생활폐기물과 사업장폐기물 처리에 공통으로 사용하므로, ‘마동’ 1,750㎡에 관련된 매입세액 상당금액(별지<표3>참조)은 전액 매입세액으로서 공제함이 타당하고, ‘바동’ 667.5㎡에 관련된 매입세액 상당금액(별지<표3>참조)은 공통매입세액으로서 총공급가액을 기준으로 안분계산 함이 타당하다 할 것이다.

(바) 따라서 처분청이 퇴비공장 증축과 관련된 매입세액 전부를 면세사업에 사용된 경우로 본 것은 잘못이지만, ‘바동’ 667.5㎡에 관련된 매입세액 상당금액은 공통매입세액에 해당하므로, 이를 재계산한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<표1>과세·면세 부가가치세 과세표준 및 신고내역

<표2>퇴비공장 건축관련 세금계산서 수취내역

<표3>매입세액 계산내역

☞ 전액공제 매입세액 계산내역; 45,000,000원×1,750㎡/2,417.5㎡=32,574,974원