조특법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분모의 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산정한 것이 적법한지 여부

가. 청구인은 1999.10.26. OOO원에 매입한 입주권으로(멸실전 OOO, 이하 “종전주택”이라 한다), 2002.8.9.(사용승인일) OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후, 신축일로부터 5년 이내인 2006.3.31. 이를 OOO원에 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3이 규정한 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’ 대상으로 보아, 산출세액 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나.처분청은 청구인의입주권 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 감면세액을 OOO원으로재계산하여, 2012.5.15. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.6. 이의신청을 거쳐 2013.4.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 신축주택에 대한 입주권, 즉 주택이 아니라 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하였다가, 사용승인일에 신축주택을 취득한 것이므로, 취득시기를 사용승인일로 보아 양도소득세 감면소득을 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고,신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일전까지의 양도소득은 감면대상에 해당되지 않고,법령상 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일로부터5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기어려우므로, 조특법 시행령 제40조의 산식상 분모에 종전주택(입주권) 취득당시의 기준시가를 적용하여 감면소득금액을 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 과세특례의 적용방법이 적정한지 여부

나. 관련법령 : 별지. 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가에는 종전주택의 입주권 취득당시의 기준시가OOO를 적용하여 청구인의 감면대상 소득금액을 계산하였다.

(2) 이에 대하여 청구인은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가에 신축주택의 사용승일인인 2002.8.29. 당시의 기준시가를 적용하여야 한다고 주장하는바, 그 상세 내용은 다음과 같다.

(가) 입주권을 승계취득한 경우 기존 건물의 멸실여부와 관계없이 부동산 입주권으로 보아 주택 보유기간을 판단하는바, 이 때 재건축된 아파트의 취득시기는 종전 입주권의 취득시기가 아닌 사용승인일이 되는 것이고, 양도소득은 당연히 양도시기와 취득시기 사이의 양도소득으로만 판단해야 하므로, 입주권 취득일부터 신축주택 전일까지의 양도소득은 아예 세법상 존재하지 않는 것이고, 따라서 양도소득은 전액 감면대상에 해당한다.

(나) 처분청 의견에 따를 경우 입주권 취득기간에 대하여 일반분양자는 감면대상으로 보나 승계조합원은 감면대상으로 보지 않는 차별이 발생하게 되고, 처분청이 근거로 한 국세청 예규(재산-227, 2009.1.20.)는 종전 ‘주택’에 대한 양도소득을 규정하고 있을 뿐 입주권에 대한 것은 구체적으로 예시하고 있지 않으므로 이를 확대 해석하는 것은 부당하며, 최근에는 국세청도 청구주장과 같은 취지로 해석(서면법규-448, 2013.4.19.)하고 있다.

(3) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항은 “신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 양도소득세의 세액을 감면”하도록 규정하고 있어, 명문상 종전주택에 기한 입주권의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합할 때, 처분청이 입주권 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 소득을 제외하고 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면을 허용하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서5054, 2013.3.25., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

별지. 관련법령

1. 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2. 조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

참조조문

-조세특례제한법 시행령 제40조 제1항

-주택건설촉진법

-주택법

유사 판례