조심2010중2723 (2011.06.14)

법인

취소

청구법인에게 한 소득금액변동통지처분은 그 처분의 근거사유가 소멸된 것임으로 처분청이 조세심판원 심판결정문의 주문 또는 결정내용 중 쟁점금액에 대한 소득처분과 관련한 기재가 없었다는 이유를 들어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소함이 타당함

국세기본법 제14조【실질과세】

○○○세무서장이 2010.12.29. 청구법인에게 한 2004년 귀속 원천징수분 법인세 4,357,736,290원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1991.12.29.부터 현재까지 ○○○에서 반도체 패키지 디자인 및 반도체 소자 조립과 테스트 솔루션을 제공하는 법인으로, ○○○가 100% 출자한 외국인 투자 법인이다.

나. ○○○국세청장은 청구법인에 대해 1999사업연도~2002사업연도 기간에 대한 세무조사(2003.6.2.~2003.12.23.)를 실시하면서, 청구법인과 ○○○와의 거래와 관련하여 1999사업연도 및 2000사업연도에는 신고수입금액이 정상가격에 미달하는 이전가격 14,979백만원(1999사업연도 3,555백만원, 2000사업연도 11,424백만원)이 발생하고, 2001사업연도 및 2002사업연도에는 신고수입금액이 정상가격을 초과하여 부(負)의 이전가격 88,012백만원(2001사업연도 59,044백만원 및 2002사업연도 28,968백만원)이 발생하는 것으로 분석하고, 1999사업연도 및 2000사업연도의 정상가격에 미달하는 이전가격 및 ○○○에 대한 채권회수 지연에 따른 인정이자 상당액을 합산한 금액 17,431백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금산입액으로 산정하여 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이를 근거로 2004.1.1. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 1,343,236,980원 및 농어촌특별세 124,430,660원, 2000사업연도 법인세 32,348,800원 및 농어촌특별세 188,020원을 각각 경정·고지하였으며, 청구법인은 이에 대해 불복을 제기하지 않았다.

다. 청구법인은 2003사업연도 법인세를 신고하면서 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과분으로 계산된 88,428백만원(2001사업연도 59,122백만원, 2002사업연도 29,306백만원)에서 ○○○에 대한 채권회수 지연에 따른 인정이자 상당액 9,782백만원(2001사업연도 3,492백만원, 2002사업연도 6,290백만원)을 차감한 78,646백만원(2001사업연도 55,630백만원, 2002사업연도 23,016백만원)에 대해, 세무조사당시 익금산입된 쟁점금액을 2004.2.6. ○○○로부터 반환받아 소득(배당)처분은 면제받은 후 2004.2.9.동 금액을 ○○○로 다시 송금하고 신고조정에 의해 손금산입하였으며, 쟁점금액을 차감한 나머지 61,215백만원은 특별손실로 계상하였다.

라. ○○○국세청장은 2008년 3월 처분청에 대한 감사시 청구법인이 2003사업연도에 특별손실 등으로 손금에 산입한 78,646백만원은 합리적 근거없이 임의 계상한 업무무관비용에 해당한다 하여 이를 손금불산입하고, 그 중 ○○○로 송금한 쟁점금액은 배당으로 소득처분하도록 지적하였으며, 처분청은 이에 따라 2009.1.2. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 3,855,563,010원 및 농어촌특별세 330,438,010원, 2004사업연도 법인세 6,919,786,870원 및 농어촌특별세 753,093,770원, 2005사업연도 법인세 658,030,360원 및 농어촌특별세 87,303,950원, 2006사업연도 법인세 5,885,921,200원 및 농어촌특별세 877,345,510원을 각각 경정·고지하는 한편, 2009.1.5. 청구법인에게 배당처분에 따른 소득금액변동통지를 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.2. 심판청구(조심 2009중1189)를 제기하였다〔청구법인은 2009.9.10., 2009.10.12., 2009.11.10. 세 차례에 걸쳐 소득처분에 따른 2004년 귀속 원천징수분 법인세 4,357,736,280원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 자진납부함〕.

마. 조세심판원은 2010.11.18. ‘청구법인이 국외특수관계자와의 거래에 따른 이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도 3,555,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액과 2000사업연도 11,424,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액을 각각 익금에 불산입하는 것으로 하여 1999사업연도 및 2000사업연도의 각 사업연도 소득을 계산한 후 이에 따라 발생된 각 사업연도의 결손금은 「법인세법」제13조 제1호의 규정에 따라 이후 사업연도의 각 사업연도의 과세표준 계산시 순차 공제되는 이월결손금으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다’라고 결정하였으나, 배당처분에 따른 소득금액변동통지를 취소하지 아니함에 따라, 청구법인은 2009.1.5. 청구법인에게 소득금액변동통지한 배당처분은 취소되어야 한다는 취지의 경정청구를 2010.12.15. 처분청에 제기하였으나, 처분청은 소득처분과 관련하여 심판결정주문이 없고 심리가 되지 아니하였다는 이유로 2010.12.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

1999사업연도와 2000사업연도에 대해 정상가격 미달분으로 익금산입한 쟁점금액은 부당하므로 익금불산입 되어야 한다는 심판결정(조심 2009중1189, 2010.11.18.)에 따라 처분청이 1999사업연도와 2000사업연도의 각 사업년도 소득을 다시 계산하였는 바, 청구법인이 쟁점금액의 익금산입에 따른 배당처분을 면하고자 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제16조의 규정에 의해 2004.2.6. ○○○에게서 반환받았다가 2004.2.9.○○○로 재송금한 쟁점금액은 비용이나 소득처분과는 관계없는 단순한 자금이동일 뿐이므로, 처분청이 2004.2.9. 재송금한 쟁점금액을 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제16조 제3항에 따라 배당처분을 면하기 위한 것으로 보아 2009.1.5. 청구법인에게 통지한 배당소득 처분은 처분의 근거가 없는 소득처분이므로 취소되어야 하며, 동 소득처분에 근거하여 청구법인이 자진납부한 쟁점세액은 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

조세심판원의 심판결정서(조심 2009중1189, 2010.11.18.)를 보면, 세무조정으로 손금산입한 쟁점금액은 2003사업연도에 속하는 손금이 아니고, 1999사업연도~2002사업연도에 대한 조사결과에 따른 처분청의 처분이나 부작위에 대하여 불복을 제기하거나 경정청구를 제기하지 아니하였으며, 또한 5년의 부과제척기간이 완료되어 조사대상 사업연도에 대한 경정결정을 할 수는 없다고 기재되어 있으므로, 심판청구에서 심리하지도 않고 심판결정에 포함되지 않은 소득처분에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

국외특수관계자와의 거래에서 정상가격에 미달하여 익금산입된 금액을 익금불산입하라는 심판결정(조심 2009중1189, 2010.11.18.)에 의해, 소득처분대상금액이 없으므로 배당처분으로 납부한 원천징수세액의 환급을 구하는 경정청구의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 국제조세조정에 관한 법률

제9조【소득금액 조정에 따른 소득처분 및 세무조정】① 제4조의 규정을 적용함에 있어서 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계자로부터

내국법인에게 반환될 것임이 증빙에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 동 금액은 법인세법 제67조의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 국외특수관계자에 대한 배당으로 처분하거나, 출자 또는 대여금으로 조정한다.

② 제4조의 규정을 적용함에 있어서 익금에 산입되는 금액이 국외특수관계자로부터 내국법인에게 반환될 것임이 증빙에 의하여 확인되는 경우에는 별도의 소득처분을 하지 아니한다.

(4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004.12.31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것)

제15조 【소득금액조정에 따른 소득처분 및 세무조정】법 제9조에서 규정하는 소득금액 조정에 따른 소득처분 및 세무조정은 다음 각호의1에서 정하는 바에 의한다.

1. 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 내국법인의 주주에 포함되는 경우(제2조 제1항 제1호에 해당하는 경우를 포함한다)에는 내국법인의 익금에 산입하는 금액 중 내국법인에게 반환하지 아니하는 금액은 당해 국외특수관계자에게 귀속되는 배당으로 한다.

제16조 【익금에 산입되는 금액의 반환】① 법 제9조의 규정에 의하여 국외특수관계자로부터 익금에 산입되는 금액의 전부 또는 일부를 반환하고자 하는 내국법인은 다음 각호의 1에 해당하는 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 재정경제부령이 정하는 이전소득금액반환확약서를 과세당국에 제출하여야 한다.

1. 과세당국이 소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서는 재정경제부령이 정하는 이전소득금액통지서를 받은 날

② 제1항의 규정에 의한 이전소득금액반환확약서에는 다음 각호의 요건이 포함되어야 한다.

1. 반환기한은 이전소득금액반환확약서의 제출일(당해 과세처분에 대하여 상호합의절차에 의한 합의를 반환의 조건으로 하는 경우에는 그 상호합의절차의 종료일)부터 3월 이내로 할 것

③ 제1항의 규정에 의하여 내국법인이 이전소득금액반환확약서를 제출하는 경우에는 법 제9조의 규정에 의하여 반환사실이 증빙에 의하여 확인된 것으로 하되,(중간 생략) 제2항 제1호의 규정에 의한 반환일까지 소득금액이 반환되지 아니한 금액은 과세당국에 의한 과세표준 및 세액의 결정이 있은 날에 제15조 각호의 규정이 적용되어 소득처분 및 세무조정이 된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점금액과 관련하여 소득금액 조정내용을 살펴보면,

○○○국세청장은 청구법인에 대해 1999사업연도~2002사업연도 기간에 대한 세무조사(2003.6.2.~2003.12.23.)를 실시한 결과, 청구법인과 ○○○와의 거래와 관련하여 1999사업연도 및 2000사업연도에는 신고수입금액이 정상가격에 미달하는 이전가격 17,431백만원이 발생하고 2001사업연도 및 2002사업연도에는 신고수입금액이 정상가격을 초과하여 부(負)의 이전가격 78,646백만원이 발생하는 것으로 분석하고 1999사업연도 및 2000사업연도의 정상가격에 미달하는 쟁점금액을 익금산입하도록 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이를 근거로 2004.1.1. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 1,343,236,980원 및 농어촌특별세 124,430,660원, 2000사업연도 법인세 32,348,800원 및 농어촌특별세 188,020원을 각각 경정·고지하였으며, 2001사업연도 및 2002사업연도에 발생한 부(負)의 이전가격 78,646백만원에 대하여는 별도로 소득금액을 조정하지 않은 것으로 나타나고,

청구법인은 2003사업연도 법인세를 신고하면서 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과분으로 계산된 78,646백만원 중 세무조사당시 익금산입된 쟁점금액은 2004.2.6. ○○○로부터 반환받아 소득(배당)처분을 면제받은 후 2004.2.9. 동 금액을 ○○○로 다시 송금하고 신고조정에 의해 손금산입하였으며, 쟁점금액을 차감한 나머지 61,215백만원은 특별손실로 계상하였으나, 처분청에서는 손금산입한 78,646백만원은 합리적 근거없이 임의 계상한 업무무관비용에 해당한다 하여 이를 손금불산입하고, 그 중 ○○○로 재송금한 쟁점금액은 국외특수관계자로부터 익금에 산입되는 금액을 반환받지 아니한 것으로 보아 2009.1.5. 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지하였으며,

처분청은 조세심판원의 심판결정(조심 2009중1189, 2010.11.18.)에 따라 1999사업연도~2000사업연도 익금불산입액(쟁점금액)에 대해 아래 〈표1〉과 같이 소득금액 조정하고 2003사업연도 법인세 2,983백만원 및 농어촌특별세 258백만원을 환급결정하였으나, 쟁점금액을 배당으로 소득처분하고 소득금액변동통지한 처분은 취소되어야 한다는 청구법인의 경정청구에 대하여는 2010.12.29. 거부한 사실이 나타난다.

○○○

(2) 조세심판원의 심판결정문(조심 2009중1189, 2010.11.18.)을 보면,

청구법인이 2003사업연도에 결산조정으로 손익계산서상 특별손실에 계상한 61,215백만원과 세무조정으로 손금산입한 17,431백만원은 2003사업연도에 속하는 손금이 아니므로 청구법인이 이를 2003사업연도의 손금으로 신고한 것은 잘못인 것으로 판단되나,

청구법인이 2003사업연도에 특별손실이나 인정이자상당액으로 손금에 산입한 금액은 OO국세청장이 1999사업연도~2002사업연도의 이전가격 조사와 관련된 것으로, OOOO국세청장이 청구법인의 각 사업연도 과세표준과 세액 신고시 제출한 1999사업연도~2002사업연도에 대한 정상가격산출방법인 거래순이익율법(원가가산법)에 대하여 Mark-up율 변경을 통하여 매출액 및 매출총이익을 조정하고 차입금 규모를 변경하여 지급이자를 조정함으로써 매년 손익에 대하여 인위적으로 조절이 가능한 문제점이 있다고 본 것은, 청구법인이 국외특수관계법인으로부터 반도체 조립용역을 의뢰받고 주재료인 웨이퍼를 무상으로 공급받아 반도체 칩을 조립가공하여 납품하는 형태로 보아 청구법인의 매년 손익은 반도체 시장의 가격변동에 영향을 받는 것으로 보기는 어려운 것으로 보여지고, OOOO국세청장이 계산한 방법에 의할 경우 2001사업연도와 2002사업연도에는 1999사업연도 및 2000사업연도의 정상가격 미달액보다 과다한 정상가격 초과액이 발생하고 있어 이를 두고 청구법인이 손익을 인위적으로 조절한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단되므로 ○○○이 청구법인에 대하여 이전가격 조사대상사업연도인 1999사업연도~2002사업연도에 있어서 이전가격이 발생한 사업연도인 1999사업연도 및 2000사업연도만 소득이 인위적으로 조정된 것으로 판단한 것은 잘못이므로,

청구법인이 국외특수관계자와의 거래에 따른 이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도 3,555,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액과 2000사업연도 11,424,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액을 각각 익금에 불산입하는 것으로 하여 1999사업연도 및 2000사업연도의 각 사업연도 소득을 계산한 후 이에 따라 발생된 각사업연도의 결손금은 「법인세법」제13조 제1호의 규정에 따라 이후 사업연도의 각 사업연도의 과세표준 계산시 순차 공제되는 이월결손금으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다고 결정하였다.

따라서, 배당처분의 근거가 된 청구법인의 1999사업연도 및 2000사업연도에 정상가격에 미달하여 익금산입된 쟁점금액은 그 실체가 없게 되었다 할 것이다.

(3) 처분청의 경정청구를 거부한 내용을 보면,

조세심판원에서는 청구법인의 1999사업연도~2000사업연도 과세표준 및 세액은 부과제척기간이 완료되어 경정할 수 없으나, 이전의 사업년도에 공제 가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산할 수 있다고 판단하였고, 이는 2003사업연도에 손금으로 계상한 특별손실 등이 정당한 것인지 여부를 심리하여 결정한 것이므로 청구법인이 주장하는 소득처분에 대해서는 심리된 사실이 없었으며,

심판결정에 따라 처분청에서는 이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도~2000사업연도의 각 사업연도 소득을 계산한 후 청구법인의 2003사업연도 법인세 3,412백만원(환급가산금 포함)을 환급하였지만, 소득처분에 대하여는 당초 심판결정 주문에 포함되지 않았고 심리되지도 않았다고 보아 소득처분에 대한 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(4) 「법인세법」 제67조 및 「법인세법 시행령」제106조에 의하면, 「법인세법」제66조 또는 제69조에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등으로 소득처분하도록 규정하고 있고, 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제15조에는 국제거래의 상대방인 국외특수관계자가 내국법인의 주주에 포함되는 경우에는 내국법인의 익금에 산입하는 금액 중 내국법인에게 반환하지 아니하는 금액은 당해 국외특수관계자에게 귀속되는 배당으로 한다고 규정하고 있으며, 당원의 심판결정문(조심 2009중1189, 2010.11.18.)에는 청구법인이 국외특수관계법인과의 거래에 따른 이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도 3,555,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액과 2000사업연도 11,424,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액을 각각 익금에 불산입하는 것으로 한다고 적시되어 있다.

(5) 상기 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인의 1999사업연도 및 2000사업연도에 정상가격에 미달하여 익금산입된 쟁점금액은 상기〈표1〉과 같이 익금불삽입하는 것으로 하여 과세표준이 조정되었으므로, 「법인세법」상 익금에 산입한 금액이 없다 할 것이고, 익금에 산입한 금액이 없으므로 사외로 유출되어 그 귀속자에게 처분할 소득금액 또한 없다 할 것이다. 또한, 처분청은 청구법인의 국외특수관계자인 ○○○로부터 익금에 산입한 쟁점금액을 반환받지 아니하였다고 하여 배당으로 소득처분하였으나, 2010.11.18. 심판결정에서 1999사업연도 및 2000사업연도에 익금산입된 쟁점금액을 익금불산입하는 것으로 결정된 점을 감안하면 국외특수관계자인 ○○○로부터 반환받을 대상금액도 없다 할 것이므로 2009.1.5. 청구법인에게 한 소득금액변동통지처분은 그 처분의 근거사유가 소멸된 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 조세심판원 심판결정문의 주문 또는 결정내용 중 쟁점금액에 대한 소득처분과 관련한 기재가 없었다는 이유를 들어 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.