국심2007부5333 (2008.12.31)

법인

기각

쟁점 농특세를 쟁점 ○○○주식 중 청구법인이 별도의 대가를 지급하고 취득한 ○○○ 주식의 취득가액에 산입하여야 한다는 주장에 이유가 없어 의제배당금액을 손금에 산입하고 경정을 거부함

법인세법 제16조【배당금 또는 분배금의 의제】 / 법인세법시행령 제14조【재산가액의 평가 등】

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOOOOO 주식회사(이하 “OOOO”이라 한다)의 주주로서 1999.2.11. OOOO은 주식회사 OOOO(이하 “OOOO”이라 한다)에 흡수합병(이하 “1차합병”이라 한다)되었고, 1999.9.11. OOOO은 주식회사 OOOO(이하 “OOOO”이라 한다)에 흡수합병(이하 “2차합병”이라 한다)되었다.

나. 청구법인은 1차합병시 OOOO 보유주식 21,446,770주(장부가액 112,211,334천원, 이하 “OOOO주식”이라 한다)에 대하여 OOOO 주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800천원, 이하 “OOOO주식”이라 한다)를 교부받아, OOOO주식의 액면가액 577,817,800천원에서 OOOO주식의 장부가액 112,211,334천원을 차감한 465,606,466천원과 합병교부금으로 받은 현금 2천원 합계 465,606,468천원의 의제배당금액이 발생하였다.

다. 청구법인은 2차합병시 OOOO주식에 대하여 OOOO 주식 12,089,238주(액면가액 60,446,190천원, 이하 “쟁점OOOO주식”이라 한다)를 교부받았다.

라. 청구법인은 2004.5.21. 및 2004.6.18. 쟁점OOOO주식 전량을 38,449,692천원에 매각하고 이를 결산에 반영하여 2004사업연도 법인세 신고를 하였으나, 2007.6.29. 쟁점OOOO주식의 취득원가에 포함되어야 하는 의제배당금액 465,606,468천원과 농어촌특별세 30,780,020천원(이하 “쟁점농특세”라 한다) 합계 496,386,488천원을 손금에 산입하지 않고 신고하였다면서, 이를 손금에 산입하여 2004～2006사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하여 줄 것을 청구하였다.

마. 처분청은 2007.10.1. 의제배당액 465,606,468천원은 손금에 산입하고, 쟁점농특세는 손금에 산입하지 아니하는 내용으로 2004사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하여 청구법인에게 2004사업연도 법인세11,088,109천원, 2005사업연도 법인세 22,271,248천원, 2006사업연도 법인세 78,547,025천원을 각각환급 결정 통보하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2007.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

1차합병시 OOOO이 OOOO에 흡수합병되면서 청산소득 법인세 비과세에 따른 농어촌특별세 납세의무가 성립되었으나 이를 납부하지 아니하고 소멸되어 OOOO이 납세의무를 승계하였고, 2차합병시 농어촌특별세 납세의무를 고려하지 않은 채 합병비율을 산정함에 따라 OOOO이 납부할 농어촌특별세를 OOOO 주주 중 OO계열사 법인주주들이 OOOO 주식소유 지분율에 따라 별도로 지급하기로 약정을 체결하고 청구법인의 농어촌특별세 분담금액을 OOOO에 지급한 것으로, 이는 쟁점OOOO주식을 취득하기 위하여 추가 지급한 비용이므로 쟁점농특세가 쟁점OOOO주식의 취득가액에 포함되어야 함에도 이에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

합병에 의하여 주주가 취득하는 주식의 취득가액은 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 단서 규정에 의하여 종전의 장부가액에서 법인세법 제16조 제1항 제5호의 금액만을 가산하도록 규정되어 있으므로 의제배당액에 대하여만 당초 주식의 취득가액에 산입하여 경정(환급) 결정하고, 피합병법인의 주주인 청구법인이 부담한 쟁점농특세 상당액은 주식의 취득가액에 산입하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

합병법인의 주주인 청구법인이 피합병법인의 청산소득 법인세 비과세에 따른 농어촌특별세 상당액을 부담한 경우 청구법인이 취득한 합병법인의 주식 취득가액에 농어촌특별세 상당액이 포함되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제16조 (배당금 또는 분배금의 의제)①다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 “피합병법인”이라 한다)의 주주 등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병 후 존속하는 법인(이하 “합병법인”이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 “합병대가”라 한다)이 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

제41조 (자산의 취득가액) ①내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.(98.12.28. 개정)

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

②제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(’98.12.28. 개정)

제80조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ①내국법인이 합병으로 인하여 해산하는 경우 그 청산소득(이하 “합병에 의한 청산소득”이라 한다)의 금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제14조 (2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) (재산가액의 평가 등) ①법 제16조 제1항 각호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 “주식 등”이라 한다)인 경우에는 다음 각목의 금액

가. 법 제16조 제1항 제2호ㆍ제3호ㆍ제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 것에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액

제72조 (자산의 취득가액 등) ①법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.(98.12.31. 개정)

3.현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산: 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.(’01.12.31. 개정)

4. 현물출자, 합병 또는 분할에 의하여 주주등이 취득한 주식등 : 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

제122조 (합병에 의한 청산소득금액의 계산) ①법 제80조 제1항의 규정에 의한 합병대가의 총합계액은 다음 각호의 금액을 합한 금액으로 한다.

1. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액

3. 합병법인이 납부하는 다음 각목의 1에 해당하는 금액의 합계액

가. 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세

(3) 조세특례제한법 제49조 (금융기관합병에 대한 법인세 등 과세특례) ①금융산업의 구조개선에 관한 법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서 “금융기관”이라 한다)이 동법에 따라 1999년 12월 31일 이전에 합병 또는 영업을 전부 양도하는 경우 그 합병 또는 영업의 전부 양도로 인하여 소멸하는 금융기관의 주주·사원 또는 출자자가 지급받는 소득세법 제17조 제2항 제3호·제4호 또는 법인세법 제16조 제1항 제4호·제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 과세하지 아니하며, 당해 금융기관에 대하여는 법인세법 제77조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세는 이를 과세하지 아니한다.

(4) 국세기본법 제23조 (법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 때에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 납부할 의무를 진다.

다. 사실관계 및 판단

(1)2007.6.29. 청구법인이 2004사업연도 법인세 과세표준에 대한 경정청구시의제배당액 465,606,468천원과 쟁점농특세 30,780,020천원 합계 496,386,488천원을손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하여 줄 것을 청구한 것에 대해, 2007.10.1. 처분청은 2004사업연도 법인세 과세표준 계산시 의제배당액 465,606,468천원에 대해서는 이를 손금에 산입하여 법인세 11,088,106천원을 환급하고, 쟁점농특세 상당액 30,780,020천원에 대해서는 경정청구를 거부하여 통보한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 1차합병의 결과 OOOO이 납부할 농어촌특별세 상당액을 납부하지 아니하고 소멸됨에 따라 1차 합병법인인 OOOO이 농어촌특별세의 납세의무를 승계하였고, 2차 합병으로 OOOO이 소멸되어 최종 합병법인인 OOOO이 납부할 농어촌특별세를 OOOO주주 중 OO계열사 법인주주들이 OOOO 주식소유 지분율에 따라 별도로 지급하기로 약정을 체결하여 농어촌특별세분담금 상당액을 OOOO에 지급하도록 하였고, 이에 따라 청구법인이 OOOO에 농어촌특별세 분담분을 지급한 것으로 쟁점OOOO주식은 이러한 계약에 규정된 분담금액을 지급하고 취득한 것이어서 쟁점농특세는 쟁점OOOO주식의 취득가액에 산입하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 1차합병시 OOOO주식 21,446,770주(장부가액 112,211,334천원)에 대하여 OOOO주식 115,563,560주(액면가액 577,817,800천원)를 교부받고, OOOO주식의 액면가액 577,817,800천원에서 OOOO주식의 장부가액 112,211,334천원을 차감한 465,606,466천원과 합병교부금으로 받은 현금 2천원 합계 465,606,468천원의 의제배당금액이 발생한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) OOOO은 1차합병시 OOOO에 흡수합병되면서 청산소득 법인세 비과세에 따른 농어촌특별세 납세의무가 성립되었으나, 농어촌특별세를 납부하지 않은 채 소멸됨으로써 당해 납세의무를 OOOO이 승계한 사실이 확인된다.

(다) 1999.8.16. 청구법인과 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO(이하 “청구외법인들”이라 한다) 간에 체결된 ‘합의서’ 제3조(세금보전의무의 분담)를 보면, ‘이 합의서 당사자들과 (주)OOOO 및 (주)OOOO 사이에 1999년 8월 10일자로 체결된 “농어촌특별세 보전합의서”상 이 합의서 당사자들이 연대하여 부담하기로 한 청산소득에 대한 농특세 상당액 및 그 이자 상당액은 제반 쟁송절차에도 불구하고 세금을 납부하여야 하는 것으로 최종 확정되거나 2000년 12월 31일까지 이 건 세금부과가 면제되는지 여부가 최정 확정되지 않는 경우 1999년 8월 9일 현재 이 합의서 당사자들이 보유하는 OOOO 주식 수의 비율에 의하여 각 당사자들이 분담하여 OOOO에 지급한다. 2000년 12월 31일 이후 세금납부의무가 없는 것으로 최종 확정되는 경우에는 그 환급금액을 OOOO으로부터 동 분담비율에 의거 수취하도록 한다. 그 분담비율은 다음과 같다.’라고 되어 있고 그 분담내용은 다음 <표>와 같은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(라) 청구법인은 OOOO이 납세의무를 승계한 OOOO의 농어촌특별세 중 청구법인 분담분 54,276,470천원을 2000.12.29. 청구법인의 OOOO 당좌예금에서 36,640,528천원, 2001.12.29. 청구법인의 외환은행 당좌예금에서 17,635,942천원을 각각 인출하여 OOOO에 지급한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(마) 청구법인은 2004.5.21. 및 2004.6.18. 최종 보유하고 있던 OOOO 주식 12,089,238주를 38,449,692천원에 매각한 사실이 다음 <표>와 같이 확인된다.

(OOOO, OO)

(바) 청구법인이 쟁점OOOO주식의 취득원가에 산입하여 줄 것을 청구한 쟁점농특세는 청구법인의 농어촌특별세 분담액 54,276,470천원을 청구법인이 보유한 OOOO 주식 115,899,542주가 총 OOOO발행 주식 375,855,640주에서 차지하는 지분율 30.84%에 해당하는 30,780,020천원*으로 계산된 것이 확인된다.

* 산식 = 99,805,512천원( = 54,276,470천원 ÷ 54.38%) × 30.84%

(3) 법인세법 제16조(배당금 또는 분배금의 의제) 제1항 제5호의 규정에 의하면, 의제배당금액의 계산은 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 합계액이 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액은 이익을 배당받은 것으로 보고 있고, 같은법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) 제1항 제4호의 규정에 의하면, 합병에 의하여 주주 등이 취득한 주식의 취득가액은 종전의 장부가액에 같은 법 제16조(배당금 또는 분배금의 의제) 제1항 제5호의 의제배당금액을 가산한 가액으로 한다고 규정되어 있으며, 같은 법 제80조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) 제1항의 규정에 의하면, 피합병법인의 청산소득금액은 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액에서 피합병법인의 합병등기일 현재의 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제122조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) 제1항 제3호 가목의 규정에 의하면, 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세를 합병법인이 납부하는 경우에는 이를 합병대가에 포함하는 것으로 규정되어 있다.

(4)살피건대,1차합병시 피합병법인인 OOOO의 주주였던 청구법인이 합병법인인 OOOO으로부터 주식 115,563,560주를 교부받아, OOOO주식의 액면가액 577,817,800천원에서 OOOO주식의 장부가액 112,211,334천원을 차감한 465,606,466천원과 합병교부금으로 받은 현금 2천원 합계 465,606,468천원의 의제배당금액이 발생된 사실이 있어 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) 제1항 제4호의 규정에 따라 의제배당금액이 OOOO 주식의 취득가액에 포함되는 것임을 알 수 있는 반면

(가) 농어촌특별세의 경우, 피합병법인인 OOOO이 청산소득에 대한 법인세 비과세에 따른 농어촌특별세 상당액의 납세의무를 이행하지 아니하고 소멸됨에 따라 OOOO이 농어촌특별세의 납세의무를 승계하여 납부한 경우라면, 이는 법인세법 시행령 제122조(합병에 의한 청산소득금액의 계산) 제1항 제3호 가목의 규정에 따라 OOOO이 납부한 농어촌특별세 상당액은 합병대가에 포함되고 이는 결국 피합병법인 주주들의 의제배당금액이 증가되는 결과를 가져오게 되면서 의제배당금액에 포함된 농어촌특별세 상당액이 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) 제1항 제4호의 규정에 따라 OOOO 주식의 취득가액에 포함되는 것으로 볼 수도 있으나

OOOO이 농어촌특별세 상당액을 납부한 것이 아니라 청구법인이 청구외법인들 간에 체결된 합의서 내용에 따라 농어촌특별세 분담분을 지급한 경우로서, 청구법인이 OOOO의 과점주주로서 제2차납세의무를 부담하는 경우가 아니라면 OOOO이 납세의무를 승계한 농어촌특별세를 부담할 의무는 없는 것으로 보이고, 청구법인이 농어촌특별세 분담분을 OOOO에 지급하였다 하더라도 이를 쟁점OOOO주식을 취득하기 위한 합병신주의 대가나 부대비용으로 지급한 것으로 보기는 어려우므로 쟁점농특세를 쟁점OOOO주식의 취득가액으로 볼 수는 없는 것으로 판단된다.

(나) 한편, 청구법인은 2차합병시 OOOO이 납세의무를 승계한 농어촌특별세 상당액을 고려하지 아니한 채 합병비율을 산정하여 청구법인이 취득한 쟁점OOOO주식의 수량은 농어촌특별세 상당액을 고려한 합병비율에 따라 취득할 합병신주의 수량보다 과다하여 쟁점OOOO주식에는 농어촌특별세 분담금액을 지급하고 추가로 취득한 주식이 포함되어 있는 것이라면서 쟁점농특세를 쟁점OOOO주식의 취득가액에 산입하여야 한다고 주장하나,

쟁점OOOO주식의 취득가액은 법인세법 시행령 제14조(재산가액의 평가 등, 2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 액면가액 60,446,190천원임으로서, 청구법인이 2004.5.21. 및 2004.6.18. 쟁점OOOO주식 전량을38,449,692천원에매각함에 따라 처분손실이 발생하였음을 알 수 있고, 이러한 처분손실에는 청구법인의 주장처럼 농어촌특별세 상당액을 고려할 경우 달라질 개연성이 있는 합병비율에 따라 취득한 주식의 처분손실 또한 반영되었음을 추정할 수 있으므로, 쟁점농특세를 쟁점OOOO주식 중 청구법인이 별도의 대가를 지급하고 취득한 OOOO 주식의 취득가액에 산입하여야 한다는 주장은 타당성이 없는 것으로 판단된다.

(다) 따라서, 처분청이 청구법인의 2004사업연도 경정청구에 대하여 의제배당금액 465,606,468천원을 손금에 산입하고, 쟁점농특세 30,780,020천원에 대해서는 경정을 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.