조심2009중1189 (2010.11.18)

법인

경정

국제거래에서 그 거래가격이 정상가격에 미달·초과하는 경우 정상가격을 기준으로 증액경정(결정)뿐만 아니라 감액경정(결정)도 하여야 하는 것임

국제조세조정에 관한 법률 제3조【다른 법률과의 관계】

조심2011중0387 / 조심2014중3295

OOO세무서장이 2009.1.2. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 3,855,563,010원 및 농어촌특별세 330,433,010원, 2004사업연도 법인세 6,919,786,870원 및 농어촌특별세 758,093,770원, 2005사업연도 법인세 658,030,360원 및 농어촌특별세 87,303,950원, 2006사업연도 법인세 5,885,921,200원 및 농어촌특별세 877,345,510원의 부과처분은

1. 청구법인이 국외특수관계자와의 거래에 따른 이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도 3,555,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액과 2000사업연도 11,424,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액을 각각 익금에 불산입하는 것으로 하여 1999사업연도 및 2000사업연도의 각 사업연도 소득을 계산한 후 이에 따라 발생된 각사업연도의 결손금은 「법인세법」제13조 제1호의 규정에 따라 이후 사업연도의 각 사업연도의 과세표준 계산시 순차 공제되는 이월결손금으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은OOO에 본사 및공장을 두고 반도체패키지 디자인 및 반도체소자 조립과 테스트 솔루션등임가공 용역을 제공하는 법인으로서

1998년 6월 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)의 “비메모리반도체 조립사업부”에서 분사하여 주식회사OOO로 출발한 후 1999년 8월 OOO가 지분 100%를 OOO에 본사를 둔 OOO(이하 “국외특수관계법인”이라 한다)에 양도하였고, 2004년 8월 유한회사OOO로 상호가 변경된 이래 현재에 이르고 있다.

나. 청구법인은 국외특수관계법인과의 거래와 관련하여 청구법인의 매출액을 1999년 8월부터 2002년 12월까지의 기간동안원가가산법(원가가산율은 1999～2000사업연도는 발생원가의 7%, 2001～2002사업연도는 발생원가의 12.5%를 각각 적용)으로 산출하였으며, 그 산출액을 청구법인의 수입금액으로 하여 1999～2002사업연도의 법인세 등을 신고·납부하였다.

다. OOO지방국세청장은 2003년 6월～12월 중 청구법인의 1999～2002사업연도에 대한 법인제세 통합조사시 청구법인이 신고한 이전가격결정방법(원가가산법)을 부인하고이익분할법을 적용하였고, 그 적용에 있어서 청구법인의 기여도를 1999사업연도 및 2000사업연도에는 91.5%, 2001사업연도에는 91.6%, 2002사업연도에는 92.0%로 산정하였으며, 이러한 방식으로 이전가격을 산정할 경우 1999사업연도 및 2000사업연도에는 신고수입금액이 정상가격에 미달하는 이전가격 14,979백만원(1999사업연도 3,555백만원, 2000사업연도 11,424백만원)이 발생하고, 2001사업연도 및 2002사업연도에는 신고수입금액이 정상가격을 초과하여 負의 이전가격 88,012백만원(2001사업연도 59,044백만원 및 2002사업연도 28,968백만원)이 발생하는 것으로 분석되자,

이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도 3,555,000,000원 및 2000사업연도 11,424,000,000원을 국외특수관계법인에 소득을 이전한 것으로 보아 이를 1999사업연도 및 2000사업연도 청구법인의 익금으로 산입하고, 국외특수관계법인에 대한 채권회수의 지연에 따른 인정이자 1999사업연도 795,722,682원, 2000사업연도 1,656,222,497원을 익금산입하여, 2004.1.1. 청구법인에게 1999사업연도 법인세 1,343,236,980원 및 농어촌특별세 124,430,660원, 2000사업연도 법인세 32,348,800원 및 농어촌특별세 188,020원을 각각 경정·고지하였다(2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과분에 대하여는 소득이전혐의가 없는 것으로 보아 소득금액을 조정하지 아니하였음).

라. 청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도의 부과처분에 대하여 불복을 제기하거나, 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과분에 대하여 경정청구 등을 하지 아니하였으며, 2003사업연도에 와서 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과분으로 계산된 88,428백만원(2001사업연도 59,122백만원, 2002사업연도 29,306백만원)에 동일 사업연도의 매출채권 지연회수에 따른 인정이자 상당액 9,782백만원(2001사업연도 3,492백만원, 2002사업연도 6,290백만원)을 차감한78,646백만원(2001사업연도 55,630백만원, 2002사업연도 23,016백만원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 특별손실 등 손금으로 계상하였고, 그에 따라 발생된 결손금 66,029백만원을 2004사업연도～2006사업연도의 각 사업연도소득금액 계산시 이월결손금으로 공제하였다.

마. 2008년 3월 OOO지방국세청장이 처분청에 대한 감사시 청구법인이 2003사업연도에 계상한 특별손실 등으로 손금에 산입한 쟁점금액은 합리적 근거없이 임의 계상한 업무무관비용에 해당한다 하여이를 손금불산입하고 해외특수관계법인에 지급한 금액을 배당소득으로처분하도록 지시하자, 처분청은 2009.1.2. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 3,855,563,010원 및 농어촌특별세 330,438,010원, 2004사업연도 법인세 6,919,786,870원 및 농어촌특별세 753,093,770원, 2005사업연도 법인세 658,030,360원 및 농어촌특별세 87,303,950원, 2006사업연도 법인세 5,885,921,200원 및 농어촌특별세 877,345,510원을 각각 경정·고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.2. 심판청구를제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「국제조세조정에 관한 법률」제4조(정상가격에 의한 과세조정) 제1항을 보면, “과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다”고 규정되어 있고, 이와 관련하여 기획재정부는 2008.9.26. 청구법인의 질의에 대한 회신에서 “과세당국은 거래당사자 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제4조에 따라 정상가격을 기준으로 증액경정(결정)뿐만 아니라 감액경정(결정)을 할 수 있는 것이고, 이러한 과세당국의 증액·감액경정(결정)은 국외특수관계자의 거주지국이 이에 대하여 대응조정을 하는지 여부에 관련없이 할 수 있다”고 해석OOO하였는 바, 과세관청이 2003년도 청구법인에 대한 세무조사 당시 조사대상 1999사업연도∼2002사업연도 전체에 대하여 청구법인이 신고한 정상가격산출방법(원가가산법)에 의한 거래금액을 인정할 수 없다 하여 4개 사업연도 공히 이익분할법을 적용하여 이전가격을 결정함에 있어서 1999사업연도 및 2000사업연도에는 정상가격 미달액이 발생하고, 2001사업연도 및 2002사업연도에는 정상가격 초과액이 발생함에도 그 중 정상가격 미달액이 발생하는 1999사업연도 및 2000사업연도에만 그 미달액을 익금산입하는 처분을 하고, 이와 반대로 정상가격 초과액이 발생하는 2001사업연도 및 2002사업연도에는 이전가격혐의가 없다는 판정만을 하였을 뿐 그 상당액을 손금으로 산입하지 아니한 처분은 과세형평성에 위배되어 부당하다.

(2) 과세관청이 2003년도 청구법인에 대한 세무조사 당시 실제거래가격이 정상가격을 초과하는 경우 손금에 산입할 수 없다는 국세청의 잘못된 해석 및 과세관행에 따라 정상가격 초과액의 손금산입 절차를 행하지 아니한 사실에대하여 청구법인이 경정청구 등의 절차를 거치지 아니하고 2003사업연도에 특별손실 등으로 손금처리하였으나 이는 그와 같은 절차를 취할 수 없는 특별한 사정에 기인한 것이고, 설사 청구법인이 2001사업연도 및 2002사업연도 정상가격 초과액을 손금산입하여 달라는 경정청구 등의 절차를 거치지 아니하고 2003사업연도에 쟁점금액을 특별손실 등으로 처리한 것이 잘못된 회계처리라 하더라도 그 상당액이세무계산상2001사업연도 및 2002사업연도 귀속 손금에 해당하므로,이를 2003사업연도 이후 사업연도의 법인세 과세표준계산시 이월결손금으로공제할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1)2003년도 조사당시 조사공무원이 작성한 ‘이전가격 조사보고서’에기재된 2001사업연도 및 2002사업연도 정상가격은 이전가격 혐의여부를 판단하기 위한 추정치로서 그 기재사항은 단순한 비교검토 단계에불과할 뿐이고정상가격 결정여부는 과세관청의 조사결과통지및그에 따른 경정결정으로 확정되는 것이며,정상가격을 결정할 수 있는권한은 과세당국에만있을 뿐 청구법인에는 그 권한이 없기 때문에 청구법인이 2003사업연도에특별손실 등 손금으로 계상한 쟁점금액은 그 결정권한이 없는 납세자가 임의 계상한 것으로서 이를 정상가액 초과분으로 인정할 수 없으며,

또한,「국제조세조정에 관한 법률」제4조에 대한 기획재정부 질의회신은 기존 국세청의 회신을 확대해석한 일반적인 법조항에 대한 해석이므로 청구법인의 사례에는 적용될 수 없고, 청구법인이 주장하는 쟁점금액을 발생연도의 손금으로 산입할 경우 2001사업연도 및 2002사업연도만 고액의 결손이 발생하는 바, 이는 특수관계가없는 독립기업간에는 합의될 수 있는 가격이 아니므로 이를 정상가격으로 인정할 수 없다.

(2) 청구법인이 주장하는 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과액이나 1999사업연도 및 2000사업연도의 정상가격 미달액에 대하여는 경정청구 및 불복청구 기한이 경과되어 정상가격 초과액을 2001사업연도 및 2002사업연도의 손금으로 공제하는 것은 불가능할 뿐 아니라, 이후 사업연도에 이월결손금으로 공제가능한 손금은 과세관청이나 권한 있는 당국에서 인정한 손금으로서 그 지출이 수반되는 손금만 가능한 반면, 청구법인이 특별손실 등으로 임의로 손금산입한 쟁점금액을 2003사업연도의 공제받을 수 있는 이월결손금으로 인정할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 2003사업연도 특별손실 등으로 손금산입한 쟁점금액은 OOO지방국세청장 세무조사시 확인하고 결정한 2001사업연도와 2002사업연도의 국외특수관계법인과의 거래에서 발생한 정상가격 초과액인지 여부 및 실제거래가격이 정상가격을 초과하는 경우 정상가격을 초과하는 금액에 대하여「국제조세 조정에 관한 법률」상 손금산입하는 감액 과세조정이 가능한지 여부

② 손금귀속시기를 달리하여 특별손실 등으로 손금계상한 쟁점금액에 대하여 처분청이 손금불산입하는 경우 반드시 경정청구절차를 거쳐야만 쟁점금액의 해당 손금귀속시기의 손금으로 인정받을 수 있는지 여부 및 부과처분일 현재 쟁점금액과 같이 부과제척기간이 경과한 사업연도의 결손금이 발생하는 경우 동 세무상 결손금을 이후 과세연도의 과세표준 계산시 각 사업연도소득 금액에서 이월결손금으로 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국제조세조정에 관한 법률 제3조 (다른 법률과의 관계) ① 이 법은 국세및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대하여는 소득세법 제41조 및 법인세법 제52조의 규정은이를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다.

제4조 (정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래(그 일방이 국내사업장인 경우로서 「소득세법」제119조 또는 「법인세법」제93조에 따른국내원천소득을 발생시키는 거래는 제외한다. 이하 이 장에서 같다)에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.

제5조 (정상가격의 산출방법) ① 정상가격은다음 각호의 방법중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법 : 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

2. 재판매가격방법 : 거주자와 국외특수관계자가 자산을 거래한 후 거래 일방인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 동 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 차감하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

3.원가가산방법 : 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 자산의제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산의 판매자나용역의 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 가산하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4.대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법

② 제1항의 규정에 의한 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제4조 (정상가격의 산출방법)법 제5조제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법”이란 다음 각 호에서 정하는 방법을 말한다. (2009. 2. 4. 개정)

1.이익분할방법: 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어, 거래쌍방이 함께실현한 거래순이익[제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가및 영업비용(판매와 일반관리비를 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 차감한 금액]을 다음 각 목에서 정하는 배부기준에 의하여 측정된거래당사자들간의 상대적 공헌도에 따라 배부(거래형태별로 거래당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다. 이하같다)하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 이 경우 상대적 공헌도는 유사한 상황에서특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여 측정한다.

가. 자산의 매입ㆍ제조ㆍ판매 또는 용역의 제공을 위하여 지출하였거나지출할 비용

나. 자산의 개발 또는 용역의 제공을 위하여 소요된 자본적 지출액, 사용된 자산총액 또는 부담한 위험정도

다. 각 거래단계에서 수행된 기능의 중요도

라. 기타 측정가능한 합리적인 배부기준

제5조 (정상가격산출방법의 선택) ① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음각호에서 정하는 기준을 고려하여가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각목의 1에 해당하는 경우를 말한다.

가. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우

나. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

2. 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것

3. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 거래를비교하기 위하여 설정된 경제여건ㆍ경영환경등에 대한 가정이 현실에부합하는 정도가 높을 것

4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는영향이 작을 것

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 비교가능성이 높은지의 여부를 평가하는경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화，경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다.

③ 제4조 제2호 라목의 방법은 거주자가 재고에 대한 부담이 없이 단순 판매활동을 수행하거나 용역을 수행하는 경우에 적용할 수 있다.

④ 제4조 각 호에 따른 정상가격산출방법을 적용하는 경우 같은 조 제4호의 방법은 같은 조 제1호 및 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에만 적용한다.

⑤ 과세당국은 특수관계가 없는 자간의 거래가 거래당사자에 의하여 임의로조작되어 정상적인 거래로 취급될 수 없는 경우에는 동 거래를 비교가능한거래로 선택하지 아니할 수 있다.

제7조 (정상가격산출방법의 제출등)① 거주자는 제5조의 기준에 따라 가장 합리적인 정상가격산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고시 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 해당 사업연도 국제거래금액 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 전체 재화거래 금액의 합계액이 50억원 이하로서 용역거래 금액의 합계액이 5억원 이하인 경우

2. 국외특수관계자별 재화거래 금액의 합계액이 10억원 이하로서 용역거래 금액의 합계액이 1억원 이하인 경우

② 거주자는 실제거래가격이 정상가격산출방법에 의한 정상가격과 다른경우에는 정상가격을 거래가격으로 보아 조정한 과세표준 및 세액을 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 기한내에 기획재정부령이 정하는 거래가격조정신고서를 첨부하여 신고 또는 경정청구할 수 있다.이 경우 조정되는 소득금액에 대하여는 제15조ㆍ제15조의 2ㆍ제16조 및 제18조를 준용한다.

1.「 소득세법」제70조 내지 제74조 또는 「법인세법」제60조 제1항에따른신고기한

2.「 국세기본법」제45조에 따른 수정신고기한

3.「 국세기본법」제45조의 2 제1항에 따른 경정청구기한

(3) 법인세법 제13조 (과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 (2008. 12. 26. 개정전의 것)

제14조 (각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제15조 (익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제19조 (손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(4) 법인세법 시행령 제10조 (결손금공제) ① 법 제13조 제1호의 규정에의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다.

② 법 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에해당하는 결손금은 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제된 것으로 본다.

1. 법 제17조 제2항의 규정에 따라 충당된 결손금

2. 법 제18조 제8호의 규정에 따라 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금

3. 법 제72조 제1항의 규정에 따라 공제받은 결손금

(5) 국세기본법 제26조의2 (국세부과의 제척기간)① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제45조의2 (경정 등의 청구)① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다)이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

다.사실관계 및 판단

(1) 2003년 12월 OOO지방국세청 조사공무원이 작성한 청구법인에 대한 1999～2002사업연도 ‘이전가격 조사보고서’를 보면,

(가) 먼저 청구법인의 거래흐름 조사에서, 판매법인인 국외특수관계법인이 OOO 등의 거래처로부터 반도체 조립용역을 수주하여 제조법인인 청구법인에 가공의뢰하면, 청구법인은 OOO 등 거래처로부터 주재료인 웨이퍼를 무상공급받고 부재료를 제3자로부터 구입하여 반도체칩을 조립 가공하여 국외특수관계법인에 납품하고, 국외특수관계법인은 청구법인으로부터 공급받은 제품을 OOO 등의 거래처에 납품하는 형태로 거래가 이루어지는 것으로 되어 있으며, 국외특수관계법인이 청구법인에 직접출자한 금액이 787억원 99.9%로 특수관계에 해당하는 것으로 되어 있다.

(나) 다음으로 이전가격 조사와 관련하여, 청구법인이 1999년 8월 외자도입전까지 사업연도인 1998년 7월～1999년 7월의 공급가액 산정방법은 판매법인인 국외특수관계법인의 최종판매가에 94.5%를 공급가액으로 하였으나, 외자도입 이후 사업연도인 1999년 8월～2002년 12월의 공급가액 산정방법은 국외특수관계법인은 청구법인에게 제조원가 중 노무비 등 가공비에 7%(또는 12%)를 가산(Mark-up)하고 원가보상되는 재료비를 더하는 가액을 공급가액으로 한 것에 대하여, 제조관련 가공비에 일정률을 가산하여 산정된 청구법인의 손익은 반도체경기와 무관하며, 가산율 변경을 통하여 매출액 및 매출총이익을 조정하고, 차입금 규모를 변경하여 지급이자를 조정함으로써 인위적으로 손익 조절이 가능한 문제점이 있는 것으로 되어 있으며, 이에 따라 정상가격산출방법을 검토하여 외자도입전 청구법인이 적용한 이전가격율인 최종판매가의 94.5%의 적정성여부를 검토한 후 외자도입에 의하여 국외특수관계법인과 청구법인간에 변경된 기능차이를 감안하여 이전가격을 조정하는 것이 가장 합리적이라고 판단하는 것으로 되어 있다.

(다) 한편 최종판매가격에 대한 이전가격을 검토한 내용을 보면, 1999년 8월 외자도입전까지의 사업연도에 대하여는 청구법인과 국외특수관계법인간의 거래에 있어서 이전가격을 조작하여 한국의 소득을 외국으로 이전시켰다고 볼 수가 없는 것으로 판단한 반면,

외자도입후의 청구법인과 국외특수관계법인과의 변경된 기능을 분석하여 이전가격을 재조정하는 것으로 되어 있고, 외자도입전 최종판매금액 94.5%에서 총괄관리법인(OOO는 1999년 8월 외자도입시 OOO의 판매기능을 국외특수관계법인에 이전하고 칩팩관계사의 총괄관리법인으로 법인성격이 변경된 법인임)이 청구법인에 기여한 부분을 감안한 이전가격율을 1999사업연도 91.5%, 2000사업연도 91.5%, 2001사업연도 91.6%, 2002사업연도 92.1%로 재조정하여, 1999사업연도 및 2000사업연도는 이전가격이 발생하는 것으로 2001사업연도 및 2002사업연도는 이전가격에 의한 소득이전혐의가 없는 것으로 되어 있으며, 그 내용은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 청구법인의 1999～2002사업연도 이전가격 조사내역

OOO

(라) 기타 조사사항으로 매출채권 지연회수에 대한 인정이자를 계산하는 것으로 되어 있고, 그 내용은 다음 <표2>와 같다.

<표2> OOO 매출채권회전율 및 인정이자 관련

OOO

(2) OOO지방국세청장의 청구법인에 대한 1999사업연도～2002사업연도 이전가격 조사결과에 따라 이전가격이 발생한 사업연도인 1999사업연도 및 2000사업연도에 대하여, 2004.1.1. 처분청은 청구법인에게 1999사업연도 법인세 1,343,237천원 및 2000사업연도 법인세 32,348천원을 각각 경정·고지하였으며,

청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도의 고지처분에 대하여처분청으로부터납세고지서를 받은 날로부터 90일이 경과할 때까지 아무런 불복청구를 제기하지 아니하였고, 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과액에 대하여 경정청구를 제기하지 아니하였으며, 2008.3.31. 2002사업연도 이전 사업연도의 국세부과제척기간 5년이 만료된 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 OOO지방국세청장의 세무조사결과를 반영하였다는 2003사업연도의 회계처리 내용을 보면, 청구법인이 2001사업연도 및 2002사업연도에 정상가격 초과분 88,428백만원(2001년 59,122백만원, 2002년 29,306백만원)을 산정한 후 국외특수관계법인에 대한 장기미회수채권과 관련된 2001사업연도 및 2002사업연도 인정이자상당액 9,782백만원(2001년 3,492백만원, 2002년 6,290백만원)을 차감한 78,646백만원을 손금대상으로 하여 1999사업연도 및 2000사업연도에 익금에 산입한 이전가격 및 인정이자상당액 17,431백만원(1999년 4,351백만원, 2000년 13,080백만원)과의 차액 61,215백만원을 손익계산서상 특별손실로 계상하였으며, 2004.2.6. 국외특수관계법인으로부터 반환받은 17,431백만원을 2004.2.9. 국외특수관계법인에게 재송금한 후 2003사업연도 세무조정으로 17,431백만원을 손금에 산입하여 2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 것으로 나타난다.

(4) OOO지방국세청 감사관실이 2008년 3월 처분청에 대한 감사에서, 청구법인이 이전가격 조정과 관련하여 2003사업연도 회계처리 및 세무조정한 내용에 대하여 감사지적한 내용을 보면, 청구법인이 2003사업연도에 업무와 관련없이 손익계산서에 특별손실로 61,215백만원을 계상하고, 세무조정으로 인정이자상당액 17,431백만원을 손금산입하여 법인세 22,461백만원을 부족징수한 사실이 있는 것으로 되어 있고,

세무조정으로 신고한 17,431백만원은 청구법인에 대한 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 조사시 이전가격 14,979백만원(1999사업연도 3,555백만원, 2000사업연도 11,424백만원) 및 매출채권 지연회수에 따른 인정이자 상당액 2,452백만원(1999사업연도 796백만원, 2000사업연도 1,656백만원)에 대하여 배당처분된 금액을「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제16조(익금에 산입되는 금액의 반환) 규정에 의하여 2004.2.6. 반환받아 배당처분을 면제받은 금액으로 동 금액을 업무와 관련없이 2004.2.9. 해외특수관계법인에게 재송금하여 배당소득세를 면탈한 것을 그대로 둠으로써 법인세 등 합계 26,819백만원을 부족징수한 사실이 있는 것으로 되어 있다.

(5) OOO지방국세청 감사관실의 감사지적에 따라 처분청은 이 건 심판청구와 관련된 청구법인의 2003사업연도 및 이후 사업연도에 대하여 경정결정을 하였으며, 그 내용은 다음 <표3>과 같다.

<표3> OOO지방국세청장의 감사지적에 따른 2003～2006사업연도 신고 및 경정내용

OOO

(6) 청구법인이 OOO지방국세청 조사공무원이 작성한 ‘이전가격 조사보고서’에 나타난 2001사업연도 및 2002사업연도의 정상가격 초과분에 대하여「국세조세조정에 관한 법률 시행령」제7조(정상가격산출방법의 제출 등) 제2항의 규정에 의한 경정청구를 하지 아니한 경우, 그 귀속 시기를 달리한 2003사업연도 결산에 있어 손익계산서상 특별손실로 계상하거나 세무조정으로 인정이자상당액을 손금산입한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 「법인세법」제14조(각 사업연도의 소득) 규정에 의한 각 사업연도의 소득(결손금)은 그 사업연도에 속하는 익금(손금)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(익금)의 총액을 공제한 금액으로 하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제40조(손익의 귀속사업연도) 제1항에서 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것으로 규정하고 있다.

(나) 청구법인이 2003사업연도 손익계산서상 특별손실로 계상한 61,215백만원과 세무조정으로 손금산입한 인정이자상당액 17,431백만원은 청구법인의 2001사업연도 및 2002사업연도의 ‘이전가격 조사보고서’상의 정상가격 초과분에 대하여 2001사업연도 및 2002사업연도의 과세표준과 세액에 대한 경정청구를 하는 대신 2003사업연도에 전년도 발생 손익을 2003사업연도에 특별손실로 계상한 것이라는 주장에서와 같이 2003사업연도에 특별손실로 계상하거나 세무조정으로 손금산입한 인정이자상당액의 귀속사업연도가 당초의 귀속사업연도와 다르게 된 경우에는「법인세법」상 권리의무확정주의에 따라 당해 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도를 그 귀속시기로 보아야 할 것이므로, 청구법인이 2003사업연도에 특별손실로 계상한 정상가격 초과분과 세무조정으로 손금산입한 인정이자상당액은 청구법인의 2003사업연도에 속하는 손금으로 볼 수는 없는 것으로 판단된다.

(7) 청구법인은 2008.9.28.자 기획재정부 질의회신에서 ‘과세당국은 거래 당사자 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률 제4조(정상가격에 의한 과세조정)에 따라 정상가격을 기준으로 증액경정(결정) 뿐만 아니라 감액경정(결정)을 할 수 있는 것이고 이러한 과세당국의 증액·감액경정(결정)은 국외특수관계자의 거주지국이 이에 대하여 대응조정을 하는지 여부에 관계없이 할 수 있다.’라는 회신내용에 따라, 2001사업연도 및 2002사업연도의 이전가격 초과분을 감액조정할 경우 발생되는 이월결손금을 2003사업연도 및 이후 사업연도의 각 사업연도소득금액의 계산에 있어 공제받을 수 있는 이월결손금으로 인정하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 당초 OOO지방국세청장이 청구법인의 1999사업연도～2002사업연도에 대한 이전가격 조사결과에 따라 처분청이 청구법인에게 한 1999사업연도 및 2000사업연도의 경정·고지처분에 대하여 「국세기본법」제55조(불복)에 따른 심사청구나 심판청구를 한 사실이 없는 것으로 나타나고, 2001사업연도 및 2002사업연도의 과세표준 및 세액에 대하여 같은 법 제45조의2(경정 등의 청구)에 따른 경정청구를 한 사실이 없는 것으로 나타나며, 같은 법 제26조의2(국세부과의 제척기간) 제1항 제3호의 규정에 의한 국세부과제척기간 5년이 완료된 것으로 나타난다.

(나)「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제7조(정상가격산출방법의 제출 등) 제1항에 따라 청구법인이 정상가격산출방법을 신고한 방법을 보면, 1999사업연도～2002사업연도까지 각 사업연도 과세표준 및 세액의 확정신고시에 거래의 실질과 관행에 비추어 가장 합리적인 방법이라고 판단한 거래순이익율법으로 신고한 것으로 나타나고, 거래순이익율법은 제조원가 및 일반관리비에 통상의 이윤을 가산하여 정상가격을 결정하는 방법으로 제조원가에 통상의 이윤을 가산하여 정상가격을 결정하는 원가가산법과 유사한 방법으로 보여진다.

(다) OOO지방국세청장의 이전가격 조사결과를 보면, 1999사업연도 및 2000사업연도는 14,979백만원의 이전가격이 발생하는 것으로, 2001사업연도 및 2002사업연도는 △88,012백만원의 이전가격이 발생하는 것으로 되어 있어, 조사대상사업연도인 1999사업연도～2002사업연도 전체적으로는 △73,033백만원의 이전가격이 발생된 것으로 나타난다.

(라) OECD 이전가격 과세지침(Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administration)에 따르면, 특정기업의 이전가격이 정상가격원칙(Arm's length principle)에 부합하는지 여부를 판단할 때에는 특정사업연도의 자료만을 보아서는 아니되고 관련사업 및 시장의 속성에 비추어 적절한 수개의 사업연도에 걸친 자료를 종합적으로 보아 전기간에 걸친 거래가격의 전체적인 합리성을 보아야 한다는 다년간 분석원칙과 기준(multiple year rule)으로 규정하고 있으며,「국제조세조정에 관한 법률」제4조(정상가격에 의한 과세조정) 제1항에서 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(마) 위와 같은 OECD 이전가격 과세지침(Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administration) 및「국제조세조정에 관한 법률」제4조(정상가격에 의한 과세조정) 제1항의 규정에 비추어 OOO지방국세청장이 청구법인에 대한 조사대상사업연도인 1999사업연도～2002사업연도 전체적으로는 익금에 산입할 이전가격이 발생하지 아니한 것으로 나타남에도, 정상가격 미달액이 발생한 1999사업연도 및 2000사업연도분에 대하여만 이전소득금액을 익금산입하여 과세한 것은 「국세기본법」제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제1항의 “세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지아니하도록 하여야 한다.”는 규정에비추어 볼 때 잘못이라고 판단된다.

그렇다면 1999사업연도 및 2000사업연도에 대하여 익금에 산입한 이전소득과 인정이자상당액을 감액하는 경정결정을 하여야 하나 청구법인이 이에 대하여 불복을 제기한 사실이 없고, 처분청 또한 부과제척기간이 경과하여 1999사업연도 및 2000사업연도에 대하여 경정결정을 할 수는 없다 할 것이나, 이 건은 청구법인이 2003사업연도에 손금으로 계상한 특별손실 등이 정당한 것인지 여부를 다투는 사안이고, 청구법인이 2003사업연도에 손금으로 계산한 특별손실 등이 1999사업연도～2002사업연도에 대한 처분청의 과세조정을 근거로 한 것이므로 1999사업연도～2002사업연도 과세조정의 적정성 여부에 대한 확인이 필요하며, 부과제척기간이 경과한 1999사업연도～2002사업연도의 세액을 경정할 수 없지만 손익의 재계산은 가능하고, 이로 인하여 발생할 결손금은 이후 사업연도의 이월결손금으로 순차적으로 공제받을 수 있는 결손금을 계산할 수는 있는 것으로 판단된다.

(8) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인이 2003사업연도에 결산조정으로 손익계산서상 특별손실에 계상한 61,215백만원과 세무조정으로 손금산입한 인정이자상당액 17,431백만원은 2003사업연도에 속하는 손금이 아니므로 청구법인이 이를 2003사업연도의 손금으로 신고한 것은 잘못인 것으로 판단되나,

청구법인이 2003사업연도에 특별손실이나 인정이자상당액으로 손금에 산입한 금액은 OOO지방국세청장이 1999사업연도～2002사업연도의 이전가격 조사와 관련된 것으로, 청구법인이 1999사업연도～2002사업연도에 대한 조사결과에 따른 처분청의 처분이나 부작위에 대하여 불복을 제기하거나 경정청구를 제기하지 아니하고 또한 부과제척기간 5년이 완료되어 조사대상 사업연도에 대한 경정결정을 할 수는 없다 할 것이나, OOO지방국세청장이 청구법인의 각 사업연도 과세표준과 세액신고시 제출한 1999사업연도～2002사업연도에 대한 정상가격산출방법인 거래순이익율법(원가가산법)에 대하여 청구법인의 손익으로 반도체경기와 무관하고, Mark-up율 변경을 통하여 매출액 및 매출총이익을 조정하고 차입금 규모를 변경하여 지급이자를 조정함으로써 매년 손익에 대하여 인위적으로 조절이 가능한 문제점이 있다고 본 것은, 청구법인이 국외특수관계법인으로부터 반도체 조립용역을 의뢰받고 주재료인 웨이퍼를 무상으로 공급받아 반도체 칩을 조립가공하여 납품하는 형태로 보아 청구법인의 매년 손익은 반도체 시장의 가격변동에 영향을 받는 것으로 보기는 어려운 것으로 보여지고, OOO지방국세청장이 계산한 방법에 의할 경우 2001사업연도와 2002사업연도에는 1999사업연도 및 2000사업연도의 정상가격 미달액보다 과다한 정상가격 초과액이 발생하고 있어 이를 두고 청구법인이 손익을 인위적으로 조절한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단되므로, OOO지방국세청장이 청구법인에 대하여 이전가격 조사대상사업연도인 1999사업연도～2002사업연도에 있어서 이전가격이 발생한 사업연도인 1999사업연도 및 2000사업연도만 소득이 인위적으로 조정된 것으로 판단한 것은잘못이라고 판단된다.

따라서,「법인세법」상 결손금은 반드시 법인의 과세표준 확정신고나 정부의 조사ㆍ결정에 의한 과세표준 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 아니라 어느 사업연도의 손금 총액이 익금 총액을 초과하는 경우 그 금액은 당연히 결손금에 해당한다고 보아야 하는 것이고, 또한 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 하는 것인데다가 어느 사업연도에 이월결손금을 공제할 것인지 여부를 납세자의 선택에 맡길 경우 소득발생여부에 따라 자의로 각 사업연도의 과세표준 및 세액을 왜곡시킬 가능성이 있어 객관적으로 존재하는 이월결손금의 액수를 산정하는 것이 상당하다는 점 등을 감안하면, 비록 청구법인의 1999사업연도 및 2000사업연도 과세표준 및 세액이 확정되었더라도 그 후 사업연도의 과세표준 등을 산출함에 있어서는 전의 사업연도에 공제가능하였던 정당한 이월결손금이 순차로 공제되었음을 전제로 당해 연도에 공제할 결손금을 계산하여야 하는 것이라OOO 할 수 있으므로, 청구법인이 국외특수관계법인과의 거래에 따른이전가격이 정상가격에 미달하는 1999사업연도 3,555,000,000원 및 이에따른 인정이자 상당액과 2000사업연도 11,424,000,000원 및 이에 따른 인정이자 상당액을 각각 익금에 불산입하는 것으로 하여 1999사업연도 및 2000사업연도의 각 사업연도 소득을 계산한 후 이에 따라 발생된 각사업연도의 결손금은 2003사업연도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도의 결손금으로 순차 공제하여 2003사업연도 및 이후 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.