beta
[청구번호]
[청구번호]조심 2017서2931 (2017. 11. 20.)
[세목]
[세목]양도[결정유형]취소
[결정요지]
[결정요지]청구인이 쟁점부동산을 쟁점법인에 현물출자할 당시에는 이월과세에 대한 사후관리 규정이 없었던 점, 청구인이 현물출자로 취득한 쟁점법인의 주식을 양도할 당시에는 주식양도에 대한 별도의 사후관리 규정이 없었던 점, 2013년 신설된 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호에서 “적격합병이라면 사업의 폐지로 보지 않는다”는 규정은 「상법」제235조와 법인전환시 양도소득세 이월과세 규정의 취지로 보아 확인적 규정으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 2011.12.31. 신설된 조특법 제32조 제5항 제1호를 적용하여 쟁점부동산의 현물출자에 따른 양도소득세 이월과세액을 청구인에게 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
[관련법령]
[관련법령] 조세특례제한법 제32조
[참조결정]
[참조결정]조심2016서1185
[주 문]
OOO세무서장이2016.11.11. 청구인에게 한2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 2002.1.1.부터 경상북도 OOO라는 상호로 개인사업을 영위하였으며, 2008.6.3. 같은 시 OOO 소재 토지 및 건물(이하 ‘쟁점부동산’ 이라 한다)을 OOO 주식회사(이하 ‘쟁점법인’ 이라 한다)에 현물출자하고「조세특례제한법」(이하 ‘조특법’ 이라 한다) 제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다.
나. 청구인은 현물출자로 취득한 쟁점법인의 주식 200,002주와 2008년도 중 유상증자로 인해 취득한 쟁점법인의 주식 40,000주를 2008년 200,002주, 2010년 12,000주, 2011년 28,000주를 양도하였다(위 200,002주와 합하여 이하 ‘쟁점주식’이라 한다).
다. 쟁점법인은 2012.1.9. 주식회사 OOO(존속법인, 이하 ‘합병법인’이라 한다)에 흡수합병되어 해산하고, 쟁점부동산은 합병법인 명의로 소유권이전등기가 되었다.
라. OOO(이하 ‘조사청’이라 한다)은 쟁점법인이 법인전환 이월과세의 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항 제1호(쟁점법인이 법인 전환 후 5년이내 사업을 폐지한 경우)에 해당된다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2016.11.11. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
마. 청구인은 이에 불복하여 2017.1.9. 이의신청을 거쳐 2017.5.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인이 전환법인의 주식을 모두 양도한 후 합병이 이루어진 이상 청구인에게 양도소득세를 추징할 수는 없으며, 조세심판원은 이 건과 동일한 사안에서 과세처분이 위법하다고 판단(조심 2016서1185, 2016.6.3.)한바 있다.
그 논지를 보면, ① 청구인이 부동산 등을 현물출자하여 법인으로 전환한 시점(2008.6.2.)에는 이월과세에 대한 사후관리 규정이 없었고, ② 청구인이 주식을 전부 양도한 시점(2008.6.24. 부터 2011.8.17.)에도 주식양도에 관한 사후관리 규정이 없었으며, ③ 청구인이 주식을 양도한 것을 두고 사후관리 규정을 위반했다고 볼 수 없고, ④ 청구인이 이미 쟁점법인의 주식을 전부 양도한 이상 법인의 사업폐지를 이유로 사후관리 규정을 적용할 수도 없으므로 이 건 처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.
(2) 처분청은 구「조세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것, 이하 ‘2012년 조특법’ 이라 한다) 제32조 제5항 제1호를 적용하여 쟁점법인이 흡수합병된 것을 사후관리 요건 중 하나인 사업의 폐지로 보아 청구인에게 이월과세된 양도소득세를 추징하였으나, 이 건 합병은 적격합병으로서 사업의 폐지가 아니며, 구「법인세법」(2013.1.1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것) 제44조 제2항 제3호에서는 적격합병의 요건으로 "합병법인(존속법인)이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인(소멸법인)으로부터 승계받은 사업을 계속할 것"을 요구하고 있으며, 구 「법인세법」제44조의3 제3항 제1호에서는 그 사후관리 요건으로서 "합병법인(존속법인)이 피합병법인(소멸법인)으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우"를 규정하고 있다. 즉, 적격합병이면 사업을 계속하는 것이지, 사업을 폐지하는 것으로 볼 수 없다. 그런데 이 건 합병은 적격합병이며, 실제로 존속법인인 OOO는 소멸법인인 쟁점법인이 영위하던 자전거의 제조·판매업을 승계한 후에 계속하여 사업을 영위하고 있으므로 이 건 합병으로 사업이 폐지되었다고 볼 수 없다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 이 건 조항인 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 사후관리 규정의 시행 전인 2011.8.17.까지 쟁점법인의 주식을 모두 처분하였으므로, 그 후 쟁점법인이 흡수합병된 것을 사유로 주식처분 이후에 시행되는 2012년 조특법을 적용하여 이월과세의 혜택을 배제할 수 없다고 주장하나, 2011.12.31. 신설된 이 건 조항에 따르면, 2012.1.1. 이후 전환법인이 법인전환 후 5년 이내 사업을 폐지하거나 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자하는 경우 양도소득세를 해당 거주자로부터 징수한다고 하고 있는바, 청구인이 2011.8.17.까지 쟁점법인의 주식을 모두 처분한 행위는 2012.1.1. 이후 사업폐지 및 유상감자시 적용되는 이 건 조항과는 무관하고, 쟁점법인이 2012.1.9. 합병으로 인해사업폐지된 행위에 대하여 이 건 조항을 적용한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 청구인은 합병법인이 쟁점법인을 적격합병한 후 그 사업을 계속하고 있는 이상 사업을 폐지한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 이 건 조항은 2011.12.31. 신설되어 법인전환으로 신설된 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우 양도소득세를 거주자로부터 징수하도록 하고 있고, 2013.1.1. 전환법인이 「법인세법」제44조 제2항에 따른 합병, 즉 적격합병인 경우에는 사업의 폐지로 보지 않도록 개정되었는바, 이에 따르면 당초 사업의 폐지에는 합병도 해당되나 2013년 법 개정으로 인하여 예외적으로 적격합병인 경우 사업의 폐지로 보지 않는 것으로 해석이 가능하며, 또한 이 건 조항 신설 이전에도 전환법인이 자산을 양도하면 양도소득세 산출세액을 전환법인이 납부해야 하는데, 전환법인이 타법인에 흡수합병된 경우 이월과세된 양도소득세 산출세액 상당액을 법인세로 납부해야 한다(법인세과-122 1, 2009.11.5. 등)고 일관되게 해석해 오고 있으므로 전환법인이 적격합병된 경우에는 사업의 폐지로 보아야 한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 적용을 부인한 처분의 당부
나. 관련 법령
제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.
1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우
2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우
부칙 <제11133호, 2011.12.31.>
제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 단서생략
제12조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제32조 제5항의 개정규정은2012년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 유상감자하는 분부터 적용한다.
제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우
2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우
부칙 <제11614호, 2013.1.1.>
제1조(시행일) 이 법은 2013년 1월 1일부터 시행한다.
제11조(중소기업 간의 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세에 관한 적용례) 제31조 제7항 및 제32조 제5항의 개정규정은2013년 1월 1일 이후 사업을 폐지하거나 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다.
제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑥ 법 제32조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.
1. 법 제32조 제5항 제1호의 경우 :이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액
2. 법 제32조 제5항 제2호의 경우 : 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액에 곱한 금액
부칙 <제23590호, 2012.2.2.>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 "쟁점법인"이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.
1. 쟁점법인이 파산하여 승계받은 자산을 처분한 경우
2.쟁점법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조 제1항에 따른 물적분할, 같은법 제47조의2 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우
3. 쟁점법인이 법 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도한 경우
4. 쟁점법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우
부칙 <제24368호, 2013.2.15.>
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
(5)상법
제235조(합병의 효과) 합병후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구인은쟁점부동산을 쟁점법인에 현물출자한 후 2008.8.31. <표1>과 같이 양도소득세 OOO원을 신고하고, 조특법제32조에 따른 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았으나, 처분청은쟁점법인이 법인전환 이월과세의 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항 제1호(쟁점법인이 법인 전환 후 5년이내 사업을 폐지한 경우)에 해당된다고 보아 이 건 양도소득세를 경정·고지하였다.
(나) 쟁점법인의 사업이력은 <표2>와 같다.
(다) 청구인의 쟁점법인 주식 보유·변동 현황은 <표3>과 같다.
(라)쟁점법인의 증권거래세 신고내역은 <표4>와 같다.
2) 쟁점부동산의등기부등본에 나타난 소유권이전 현황을 보면, 청구인은 2003.11.4. 쟁점부동산을 매매로 취득하였고, 쟁점법인은 2008.6.27. 청구인의 현물출자를 등기원인으로 하여 취득하였으며, 2012.1.31. 합병법인이 회사합병으로 취득한 것으로 나타난다.
(3) 쟁점법인과 존속법인 간의 합병이 적격합병이라는 사실에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법상 양도소득세의 이월과세는 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것인바, 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받게 되는 경우, 세목이 소득세에서 법인세로, 납세의무자가 현물출자를 한 거주자에서 전환법인으로 각 변경됨과 아울러 양도소득 산출세액 상당액의 납부시기도 거주자의 현물출자 시에서 전환법인의 양도 시까지로 이연되는 효과가 발생하게 되는데, 이러한 과세특례는 개인기업의 법인기업으로의 전환 내지 구조조정을 촉진하기 위한 것이다(헌재 2016헌바275, 2017.7.27. 결정 참조).
청구인이 쟁점부동산을 쟁점법인에 현물출자할 당시에는 이월과세에 대한 사후관리 규정이 없었던 점, 청구인이 현물출자로 취득한 쟁점법인의 주식을 양도할 당시(2011.8.17.)에는 주식양도에 대한 별도의 사후관리 규정이 없었던 점, 2013년 신설된 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호에서 “적격합병이라면 사업의 폐지로 보지 않는다”는 규정은 「상법」제235조와 법인전환시 양도소득세 이월과세 규정의 취지로보아 확인적 규정으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 2011.12.31. 신설된 조특법 제32조 제5항 제1호를 적용하여 쟁점부동산의 현물출자에 따른 양도소득세 이월과세액을 청구인에게 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.