인천세관-조심-2017-6

농업기술센터가 관세법 제90조에 따른 학술연구용품 관세감면대상기관에 해당하는지 여부 등

심판청구

감면

2017-04-25

인천세관

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심판청구를 기각한다.조심2017관0046 (2017.04.25)

1. 처분개요 가. 청구법인들은 1957년 3월 「농사지도법」이 공포되면서 농사교도소(農事敎導所)로 설립되어 1962.4.1. 「농촌진흥법」 제정으로 농촌지도소(農村指導所)로 개칭 및 운영되어 오다가, 1988.8.31. 「지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정」(이하 “지자체 정원 등에 관한 규정”이라 한다)이 개정되면서 농업기술센터로 개칭되어 운영되고 있다. 나. 청구법인들은 2015.7.10.부터 2015.10.1.까지 OOO 소재 OOO 등으로부터 수입신고번호 OOO호 외 8건(청구법인별 수입신고내역 <별지2> 기재)으로 OOO 등(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 수입신고하면서 수입신고하면서 「관세법」 제90조(학술연구용품 감면세)에 따른 관세감면(감면율 80%) 신청 및 수입신고수리전 반출승인을 신청하였고, 통관지세관장으로부터 이를 승인받았다. 다. 관세청장은 2015.12.10. 농업기술센터는 「관세법」제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정하는 학술연구용품감면 대상기관(시험소·연구소)에 해당하지 아니한다는 질의회신을 처분청에 통지하였고, 이에 처분청은 쟁점물품에 대한 관세감면을 배제하고 2016.10.20. 청구법인들에게 관세 합계 OOO원 및 부가가치세 합계 OOO원 총 합계 OOO원을 각 경정·고지(청구법인별 고지내역 <별지3> 기재)하였다. 라. 청구법인들은 이에 불복하여 2017.1.3. 및 2017.1.12. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인들 주장 (1) 「관세법」에서 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위를 규정하고 있지 않으므로 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 지방자치단체의 조례의 의하여 설치된 ‘시험소ㆍ연구소’ 등에 해당하는지 여부는 사실관계를 토대로 법조항의 합목적성에 비추어 판단하여야 하는바, 실제 시험ㆍ연구 사무를 수행하고 있는 청구법인들은 감면대상기관인 ‘시험소ㆍ연구소’에 해당한다. (가) 「관세법」제90조 제1항 제2호에서 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 사용할 학술연구용 등은 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 ‘기획재정부령으로 정하는 기관’에 대해 “「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소 등”을 규정하고 있으나, ‘시험소ㆍ연구소’의 범위에 대해서는 「관세법」상 별도의 규정이 없고, 관세청장이 이에 대해 유권해석한 바도 없다. ‘시험소ㆍ연구소’의 범위와 관련하여 관계법령 및 유권해석을 살펴보면 「학술진흥법 시행령」 제2조에서 “연구기관이란 해당 연구 분야에서 3년 이상 연구한 경력이 있는 연구전담요원 3명 이상을 상시 확보하고, 연구시설을 갖춘 국내외 연구기관을 말한다”고 규정하고 있다. 「부가가치세법 시행규칙」 제39조 제1항 제1호에서 정한 “지방자치단체의 조례에 따라 설치된 기관이 운영하는 시험소, 연구소 등”은 부가가치세를 면제하는데, 국세청장은 이와 관련하여 여러 차례에 걸쳐 “국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 시험소·연구소의 의미는 기관의 명칭이 시험소·연구소로 직제 되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소·연구소로 직제 되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있고, 시험·연구장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 「부가가치세법 시행규칙」에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 회신한 바 있다. (나) 청구법인들은 지방자치단체의 직속기관으로서 해당 지방자치단체의 조례에서 시험ㆍ연구사무를 그 소관사무로 규정하고 있고, 실제 다음과 같이 시험ㆍ연구사무를 수행하고 있다. 첫째, 청구법인들은 「농촌진흥법」 제7조 제2항 제2호에 따라 농촌진흥청장의 농촌진흥사업 중 연구개발 사업에 공동연구기관으로 참여하고 있는데, 이에 관한 대표적인 연구개발 사업은 토양검정이고, 토양검정이라 함은 “과학적 근거에 의한 작물의 시비량을 결정하기 위하여 포장에서 채취한 토양시료를 대상으로 유효양분함량 또는 석회소요량을 측정하는 분석작업”을 말한다. 둘째, 청구법인들은 중앙농촌진흥기관(농촌진흥청)이나 광역농촌진흥기관(농업기술원)이 수행하기 어려운 관내 농업분야의 시험·연구사무를 담당하고 있는데, 각 지방자치단체의 조례에서 규정한 시험ㆍ연구와 관련된 대표적인 사무는 청구법인들이 소재하는 지역의 특성을 고려하여 지역특화작목을 육성 및 개발, 신품종 육성 및 지역적응시험, 신ㆍ구 품종 간 특성비교, 안전생산 기술개발 등 관내에서 생산되는 농산물의 수확량을 증가시키거나 품질경쟁력을 향상시키기 위한 시험ㆍ연구 활동과 화학비료ㆍ화학농약을 대체하는 친환경 자재의 활용률을 증가시킬 것으로 기대되는 지역토착 유용미생물 시험ㆍ연구 활동이다. 청구법인들은 위와 같이 수행한 시험ㆍ연구 결과를 매년 보고서의 형태로 발간하고 있다. (다) 청구법인들은 매년 국비, 도비, 시ㆍ군비 및 지역발전특별회계를 토대로 하여 편성된 전체 예산 중 약 2%∼12%를 시험ㆍ연구사무에 배정하여 농업과학 분야에서 요구되는 새기술을 연구·개발하고, 새로운 소득 작목을 발굴·육성하여 관내 농업현장에 제공함으로써 과학 영농을 실현하고 있다. 또한, 시험ㆍ연구사무와 관련하여 전문인력을 배치하고 있는데, 「농촌진흥법」 제31조에서 농촌진흥사업에 종사하게 하기 위하여 “연구직공무원과 지도직공무원”을 두도록 규정하고 있고, 청구법인들은 「지방 연구직 및 지도직공무원의 임용 등에 관한 규정」 제4조의2에 따라 지방직 공무원을 임용하였으며, 이들은 「지방공무원법」 제4조 제2항에 의하여 “연구·지도 또는 특수기술 직렬 공무원”으로 분류되는 자로서 농촌진흥사업을 수행하는 데에 필요한 전문지식과 자격을 갖추고 있다. 특히 1998.8.31. 이후 농업기술센터가 시ㆍ군의 직속기관으로 전환되고, 기초지방자치단체 단위에서 요구되는 관내 특화작물의 시험ㆍ연구사업을 농촌진흥청 또는 농업기술원에서 수행하기에 적합하지 아니하였으므로 각 농업기술센터에 소속된 농촌지도사가 농업연구사로서의 사무를 동시에 수행하고 있다. (라) 청구법인들은 종합검정실, 농산물안전성분석실, 쌀품질관리실, 미생물배양실, 가공연구실 등을 갖추고 있고, 시험ㆍ검정실에는 토양(중금속분석 포함)ㆍ수질ㆍ잔류농약분석ㆍ식물체 분해ㆍ액비의 성분 및 부숙도 등 여러 분석시험을 위한 장비가 장치되어 있는데, 이러한 장비는 주로 물질 분석을 위한 분석화학 분야의 ‘기기분석시험’ 목적의 장비로서 여러 지역특화연구에 필요한 시험ㆍ분석이 가능하며, 시험ㆍ연구시설에서 도출된 기초자료는 지역특성에 맞는 시험연구사업의 자료로 활용될 수 있다. (마) 대표적으로 청구법인들은 농업자원 정밀분석을 위해 종합검정실을 운영하고 있는데, 종합검정실은 농업자원 정밀분석 진단 확대로 소비자 맞춤형 안전농산물의 생산을 뒷받침하기 위하여 설치된 시설로서 2015년 농업진흥청 자료에 의하면 약 155개의 시ㆍ군 단위의 농업기술센터에서 종합검정실을 운영하고 있고, 농촌진흥청 농촌지원국은 2013년 7월 종합검정실의 분석업무와 관련하여 “종합검정실 분석 매뉴얼”을 발간한 바 있으며, 청구법인들이 주로 보유한 장비들은 유도결합플라즈마분광계ㆍ고성능 액체크로마토 그래피 등 종합검정실에서 종합검정을 수행하기 위하여 필요한 분석장비로서 그 용도나 보유목적이 시험ㆍ분석에 있고, 당해 용도 이외로 사용을 할 수 없는 기기들이다. 종합검정실의 주요 검정분야는 토양검정ㆍ수질검정ㆍ식물체ㆍ가축분뇨ㆍ농약잔류검사 등으로 구분되고, 농촌진흥청에서 제시한 2015년 전국 농업기술센터의 정밀검정실적은 아래 <표1>과 같이 615,498점에 달하며, 동 시험ㆍ분석의 결과는 토양환경정보시스템 토양환경정보시스템(http://soil.rda.go.kr/soil/index.jsp) : 국립농업과학원에서 운영 및 관리하고 있는 웹사이트로서 농촌진흥청에서 생산, 배포하고 있는 방대한 토양, 농업환경정보 데이터베이스와 수십 년 동안의 조사·연구 경험을 집대성한 한국의 토양환경정보 포털에 등록되어 작물재배 적지, 농경지 화학성, 토양 특성, 정밀농업기후도, 생물상 분포, 농업환경 변동정보 등 농업환경의 보전, 농산물 안전 생산에 이용된다.OOO 결국 청구법인들은 토양종합검정 등 시험ㆍ분석ㆍ연구를 수행하는 기관으로서 일반적인 시험소ㆍ연구소에 부합하는 업무를 수행하고 있는바, 관세청 유권해석 내용의 일부를 받아들여 청구법인들이 ‘연구소’의 범위에는 해당하지 않는다고 하더라도 ‘시험소’의 범위에는 명확하게 포함된다고 볼 수 있으므로 청구법인들은 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소”의 범위에 포함된다. (2) 처분청 답변내용은 다음과 같이 이유 없고, 이 건 처분은 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배되므로 취소되어야 한다. (가) 처분청은 농업기술원은 시험·연구사업을 소관사무의 하나로 분장하였고, 그 주요 설립목적이 학술연구용품 감면대상기관에 부합하지만 청구법인들은 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 분장한다고만 규정하였으므로 이에 해당하지 않는다는 의견이나, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항에서 청구법인들의 소관사무를 농촌지도사업·농민교육훈련사업 “등”으로 규정하였는바, 농업기술원은 그 설치단위가 도ㆍ특별자치도이고, 청구법인들은 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 시ㆍ군으로 설치단위에 차이가 있을 뿐 농업기술원에서 수행하는 시험·연구사업은 농촌지도사업·농민교육훈련과 더불어 수행하는 사무 중 하나에 불과하고, 관세법령상 ‘시험소ㆍ연구소’ 해당 여부를 해당 기관의 주된 설립목적을 기준으로 판단하도록 한 규정이 없다. 이러한 사실을 고려하여 2016.12.30. 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항 내지 제2항이 개정되면서 농업기술원의 설립목적이 “농업ㆍ농업인ㆍ농촌에 관한 지역적인 연구개발사업ㆍ농촌지도사업ㆍ교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위함”으로, 농업기술센터 또한 농업기술원과 동일하게 “지방자치단체의 연구개발사업ㆍ농촌지도사업ㆍ교육훈련사업 및 국제협력사업을 분장하기 위함”으로 변경되었다. 청구법인들은 농업기술센터가 학술연구용품감면 대상기관이 아니라는 2000.7.29.자 재정기획부장관의 유권해석 이후, 관련 법령에 따라 농촌진흥청과 공동연구사업 등을 수행하기 위해 시험ㆍ연구장비를 본격적으로 구입한 사정변경이 있었고, 실제로 교육 또는 학술연구를 수행하여 학술의 진흥, 연구개발의 촉진 및 과학기술의 진흥에 기여하고 있으므로 학술연구용품 감면대상기관에 해당한다. (나) 감면물품은 수입신고시 서류제출 대상이고 「관세법」 제38조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제8조 제1항에서 수입신고수리 전에 감면의 적정여부를 심사하도록 규정하고 있는데, 처분청은 관세청장이 “농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관에 해당하지 않는다”고 회신한 사실을 알고 있었음에도 불구하고 지난 수년간 농업기술센터가 학술연구용품 감면세 적용대상으로 수입신고한 쟁점물품 등을 수입신고수리전 세액심사과정(이하 “사전세액심사”라 한다)을 거쳐 신고수리하였다. 이는 관세청장의 유권해석에도 불구하고 동일한 농업기술센터에 대해 국세청장이 여러 차례에 걸쳐 “시험소·연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험·연구를 관장하게 되어 있으며 시험·연구 장비를 갖추어 실제 시험·연구를 수행하고 있으면 「부가가치세법 시행규칙」에서 규정하는 시험소·연구소에 해당한다”고 상이한 해석을 내린 것과 실제 청구법인들이 시험·연구의 사무를 수행하기 위해 해당 물품을 수입한다는 사실을 확인하였기 때문이다. 또한, 최근 5년간 전국 농업기술센터가 수입신고한 건에 대한 학술연구용품 감면실적이 78%에 달하는바, 청구법인들에 대하여 수년 간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 사전세액심사를 하는 때에 관세청장의 유권해석을 근거로 학술연구용품감면 적용을 배제할 수 있음을 알면서도 그러지 아니한 것은 농업기술센터를 학술연구용품 감면대상기관으로 보아 과세하지 않겠다는 묵시적 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있다 할 수 있으므로 비과세 관행이 성립되었다 보아야 하며, 이를 신뢰한 청구법인들에게 귀책사유가 없음에도 불구하고 처분청이 이에 반하는 처분을 함으로써 청구법인들의 이익이 침해되었으므로 이 건 처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견 (1) 청구법인들은 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 수행하기 위해 설립되었으므로 학술연구를 주요 목적으로 하여 설립된 학술연구용품 감면대상기관이라 할 수 없고, 기획재정부 및 관세청에서 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품 감면대상기관이 아니라고 유권해석하여 왔다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다OOO 「관세법」 제90조 제1항 제2호에서 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용‧교육용‧훈련용‧실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품을 수입할 때 관세를 감면할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 ‘기획재정부령으로 정하는 기관’에 대해 “「정부조직법」 제4조 또는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소‧연구소 등”으로 규정하고 있으나, 청구법인들은 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 ‘시험소ㆍ연구소’에 해당하지 않는다. (나) 학술연구용품 감면제도의 취지는 국가기관이나 학교, 공공의료기관 등에서 학술·교육의 진흥, 연구개발의 촉진 및 문화·과학기술의 진흥을 위하여 수입하는 학술연구용품, 실험실습용품, 교육용품 등에 대하여 관세를 감면하는 것이나, 과세의 형평을 위하여 필요한 최소한의 학술연구용품에 대해서만 관세가 감면되어야 한다. 「관세법」에서 ‘시험소ㆍ연구소’와 관련하여 명확하게 정의하고 있지 않으나, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호의 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위는 위와 같은 학술연구용품에 대한 관세 감면의 취지 및 법리에 따라 교육 또는 학술연구만을 위하여 설립되었거나 교육 또는 학술연구가 주요한 설립목적의 하나인 기관에 한정되어야 한다. 청구법인들과 같이 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 설립된 지방농촌진흥기구인 농업기술원의 경우 농업기술센터와 달리 시험ㆍ연구사업을 주요 설립 목적으로 명시하고 있고, 이에 따라 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에서 학술연구용품 감면대상기관으로 명시적으로 규정하고 있는 것이다. 청구법인들이 시험 또는 연구사무를 수행한다 하더라도 그러한 사무는 부속사무에 해당할 뿐이고, 청구법인들은 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항에 따라 특별시‧광역시‧특별자치시 및 시‧군에 설치된 기구로서 주요 설립목적이 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 수행하기 위함이 분명하므로 학술연구용품 감면대상기관에 해당하지 않으며, 만일 청구법인들의 주장과 같은 이유로 농업기술센터를 학술연구용품 감면대상기관으로 적용할 의도였다면 농업기술원과 같이 「관세법 시행규칙」에 감면대상기관임을 명시적으로 규정하였을 것이다. (다) 기획재정부장관은 “농업기술센터는 「지방자치법」 시행에 따라 농촌지도소의 명칭이 변경된 기관으로서 시‧군에 설치되어 주로 농촌지도‧농민교육‧농업특화사업 등의 기능을 하는 기관으로서, 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소에 해당하지 아니”하여 학술연구용품 감면대상기관에 해당하지 않는다고 유권해석하였고, 관세청장도 농업기술센터가 학술연구용품감면 대상기관이 아님을 일관되게 유권해석하였으며, 2004.1.2. 유사쟁점과 관련한 과세전적부심사에서 관세청장은 농업기술센터의 경우 학술연구용품 감면대상기관이 아니라고 결정한 바 있다. 위와 같이 농촌지도사업과 농민교육훈련사업 등을 수행하기 위해 설립된 청구법인들은 학술연구를 주요 목적으로 설립된 학술연구용품 감면대상기관이라 할 수 없으므로 쟁점물품에 대한 감면을 배제하고 과세한 이 건 처분은 적법‧타당하다. (2) 청구법인들이 소관사무로 시험‧연구사무를 규정하고 있고, 예산 배정, 연구실, 장비 등을 갖추어 시험‧연구사무를 수행한다는 사정만으로 학술연구용품 감면대상기관에 해당한다고 할 수 없다. (가) 청구법인들은 소관사무로 시험‧연구사무를 규정하고 있고, 시험‧연구사무를 수행하기 위해 예산을 배정하고 인력을 배치하고 있으며 시설 및 장비를 갖추어 시험‧연구사무를 수행하고 있으므로 학술연구용품 감면대상기관인 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위에 해당한다고 주장하나, 지방자치단체에 따라 조례에 시험‧연구사무를 소관사무로 규정하고 있지 않은 곳도 있고, 설사 조례에 시험‧연구사무를 소관 사무로 규정하고 있고 청구법인들이 그러한 사무를 수행하고 있다고 하더라도, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인들의 주요 설립목적은 시험ㆍ연구사업의 수행이 아니기에 시험‧연구사무는 부속사무에 불과할 뿐이므로 학술연구용품 감면제도의 취지 등을 고려해 볼 때 시험‧연구사무를 소관사무로 규정하여 수행하고 있다는 사정만으로는 청구법인들이 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제1호의 ‘시험소ㆍ연구소’라 할 수 없다. (나) 청구주장처럼 일부 시험‧연구업무를 수행한다고 해서 청구법인들을 학술연구용품 감면대상기관으로 인정한다면 앞서 살펴본 학술연구단체 및 교육기관 등의 연구조직을 효율적으로 육성‧지원하여 우리나라 학술‧교육 등의 진흥을 위한 학술연구용품 감면제도의 취지에 부합하지 않을 뿐만 아니라, 일부 시험‧연구업무를 수행하는 모든 정부기관을 감면대상으로 인정하게 되는 불합리를 초래하게 되므로, 청구법인들이 실제 시험‧연구 사무를 수행한다는 이유로 학술연구용품 감면대상기관인 ‘시험소ㆍ연구소’의 범위에 해당한다는 청구주장은 모두 이유 없다. (3) 과세관청이 농업기술센터가 학술연구용품감면 대상기관에 해당한다는 묵시적 또는 명시적인 의사를 표명한 적이 없고, 동일 또는 유사물품에 대해서 감면을 신청하지 않은 농업기술센터도 다수 존재하여 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없다. (가) 비과세관행이 성립되었다 하려면 단순히 일정기간 과세누락 사실이 있었다는 것만으로는 부족하고, 묵시적 또는 명시적인 과세관청의 비과세에 관한 의사표시가 있고, 그것이 불특정의 일반 납세자에게 세법의 해석 또는 관행으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르러야 하나OOO, 다수의 농업기술센터가 적용받은 관세감면은 「관세법」 제90조 제1항 제1호에 따라 감면받은 것으로 같은 항 제2호와 관련한 기존의 유권해석에 반한다고 볼 수 없으며, 쟁점물품의 감면여부에 대하여 처분청에서 어떠한 문제제기 없이 승인 및 수입신고수리하였다고 하여 이를 과세관청의 묵시적 또는 명시적인 의사표시가 있었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 다수의 농업기술센터에서는 청구법인들이 감면적용 신청한 물품과 동일한 품목번호의 물품 수입시 학술연구용품 관세감면 신청을 하지 않고 다른 감면조항을 적용하였거나 감면 신청없이 일반수입물품으로 수입신고하고 있어 비과세 관행이 성립되었다고도 볼 수 없다. (나) 과세관청이 농업기술센터가 학술연구용품감면 대상기관에 해당한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 없어 신의성실원칙의 적용요건 중 하나인 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명이 존재하지 아니하므로 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장 역시 이유 없다.

3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 지방자치단체 조례에 따라 설치된 농업기술센터가 「관세법」 제90조에 따른 학술연구용품감면 대상기관에 해당하는지 여부 ② 이 건 처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

[쟁점물품설명] [사실관계및판단] 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 처분경위는 다음과 같다. (가) 청구법인들은 「조달사업에 관한 법률」에 따라 조달청장과 조달계약을 체결하고, 2015.7.10.부터 2015.10.1.까지 수입신고번호 OOO호 외 8건으로 쟁점물품을 수입하면서 「관세법」 제90조에 따른 학술연구용품 감면 적용 신청 및 수입신고수리전 반출 승인을 신청하였는데, 청구법인들 중 일부는 수입신고서상 감면코드를 “OOO”(「관세법」 제90조 제1항 제1호 : 감면대상기관이 국가기관, 지방자치단체 및 기획재정부령으로 정하는 기관)으로 신고하였고, 일부는 감면코드를 “OOO”(같은 항 제2호 : 감면대상기관이 학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관)로 신고하였다. (나) 청구법인들의 대리인OOO은 2015.8.20. 관세청장에게 「관세법」 제90조 제1항 제2호 및 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호에서 규정한 “지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소”의 범위 및 같은 법 제90조 제1항 제1호의 학술연구용ㆍ실험실습용 및 과학기술연구용에서 그 용도의 범위, 농업기술센터가 같은 법 제90조에서 규정한 감면대상 기관에 해당하지 않는 경우 기(旣) 감면처리된 건에 대해 신의성실원칙에 의거 추징하지 아니하는지 여부 등을 질의OOO하였다. (다) 관세청장은 2015.12.10. 위 질의에 대하여 기획재정부 및 관세청에서 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관에 해당하지 않는다고 회신하였고, 농업기술센터는 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 지정되어 있는 농업기술원과는 달리, 일부 농업개발시험연구를 수행하나 주 업무가 농촌지도사업, 농민교육훈련사업 등을 하는 기관으로서 별다른 사정변경이 없으므로 학술연구용품감면 감면대상기관이 아니며, 비록 국세청에서 농업기술센터가 부가가치세 면제대상기관이라고 회신한 사례가 다수 있으나 「부가가치세법 시행령」 제51조에서 과학용 등으로 수입하는 재화의 부가가치세가 면세되는 범위를 ‘관세가 감면되는 것으로 한정하여 적용한다’고 규정하고 있고, 관세청에서 일관되게 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 회신하였으므로 신의성실원칙에 위배된다고 할 수 없다고 회신OOO하였다. (라) 처분청은 2016.1.15. 관세청장에게 농업기술센터가 「관세법」 제90조 제1항 제1호의 ‘지방자치단체’에 해당하는지 여부에 대하여 질의하였고, 관세청장은 2016.6.24. 처분청에 농업기술센터의 학술연구용품감면 대상기관 여부는 같은 법 제90조 제1항 제1호의 지방자치단체 해당 여부가 아닌 제2호에 명시된 기관 해당 여부로 판단함이 적정하고, 기존 유권해석에서 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아님을 일관되게 회신하였으며, 감면대상기관으로 판단할 별다른 사정변경이 없으므로 학술연구용품감면 대상기관으로 볼 수 없다고 회신OOO하였다. (마) 처분청은 2016.10.20. 청구법인들이 적용받은 학술연구용품 관세감면을 배제하고 관세 등을 각 경정ㆍ고지하였고, 청구법인들은 이에 불복하여 2017.1.3. 및 2017.1.12. 각 심판청구를 제기하였다. (2) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 농업기술센터는 과거 농촌지도소가 「지방자치법」 시행에 따라 기관명이 변경된 것으로, 「농촌진흥법」 제3조에서 지방자치단체는 해당 지역의 농촌진흥사업을 수행하기 위하여 「지방자치법」 제113조에 따른 직속기관으로 지방농촌진흥기관을 둘 수 있도록 규정하고 있고, 「지방자치법」 제113조에서 지방자치단체의 조례로 교육훈련기관, 시험연구기관, 소방기관 등을 직속기관으로 설치할 수 있도록 규정하고 있으며, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에서는 농사에 관한 지역적인 시험연구사업·농촌지도사업·농민교육훈련에 관한 사업을 분장하기 위하여 도지사·특별자치도지사 소속으로 ‘농업기술원’을, 지역별 특화작목에 관한 시험·연구를 행하기 위하여 농업기술원장 소속으로 ‘특화작목시험장’을 둘 수 있도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 지방자치단체의 농촌지도사업·농민교육훈련사업 등을 분장하게 하기 위하여 특별시장·광역시장·특별자치시장과 시장·군수 소속으로 ‘농업기술센터’를 두도록 규정하고 있으며, 각 지방자치단체에서는 조례로 ‘농업기술센터’를 설치하고 있다. (나) 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 도지사ㆍ특별자치도지사 소속으로 설치된 ‘농업기술원’은 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, 같은 규정 제16조 제2항에 따라 시ㆍ군에 설치된 ‘농업기술센터’는 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항에 감면대상기관으로 규정되지 않았다. 두 기관의 설치근거 등을 비교하면 아래 <표2>와 같다.OOO (다) 한편, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제2항은 2016.12.30. 대통령령 제27713호로 개정시 농업기술센터의 사업에 “연구개발사업”을 포함하는 것으로 개정되었다. OOO (라) 다수의 지방자치단체의 조례에서 청구법인들의 소관사무에 시험ㆍ연구사무를 분장(소관사무에 명시적으로 시험ㆍ연구사무를 분장하지 않았더라도 “지역 특화작물에 대한 기술개발” 등이 소관사무로 분장된 경우를 포함하였다)하였고, 시험ㆍ연구사무를 소관사무에 분장하지 않았거나 ‘그 밖에 연구사업’으로만 분장한 지방자치단체도 확인된다. (마) 청구법인들이 제출한 시험ㆍ연구사업 관련 예산 배정 현황은 청구법인별로 전체 예산의 0.2∼38.2%로 다양하고, 예산 배정기준 및 근거자료는 제출되지 않았다. (바) 청구법인들이 제출한 청구법인별 시험ㆍ연구인력(연구사 외 이를 보조하는 실무자를 포함하였고, 농촌지도인력은 제외하였다) 및 청구법인들이 운영하는 연구실, 보유하고 있는 시험ㆍ연구장비의 수량(종)은 아래 <표4>와 같다.OOO (사) 청구법인들은 주요 시험ㆍ연구실적으로 농촌진흥청과 공동연구사업인 대표필지 및 주요 작물 재배지 토양검정을, 기타 자체 연구사업으로 주로 지역특화작목 시험연구 실적 등을 제출하였고, 청구법인들 중에는 연구성과를 책자 형태로 발간하는 곳도 있다. (아) 농업진흥청에서 2015년 발표한 “2015년 시ㆍ군센터 종합검정실 운영 결과”는 아래 <표5>와 같다.OOO (자) 재정경제부장관은 2000.7.29. 농업기술센터는 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 연구소에 해당하지 아니한다고 유권해석OOO하였고, 관세청장은 농업기술센터는 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 유권해석OOO하였으며, 재무부장관은 유사기관인 ‘농촌진흥원’ 및 ‘평창산채시험장’이 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 유권해석OOO하였다. (차) 국세청장은 국가 또는 지방자치단체에서 직영하는 ‘시험소ㆍ연구소’의 의미는 기관의 명칭이 시험소ㆍ연구소로 직제되어 있는 기관뿐만 아니라 시험소ㆍ연구소로 직제되어 있지 않더라도 직무 및 소관사무에 시험ㆍ연구를 관장하게 되어 있고, 시험연구장비를 갖추어 실제 시험ㆍ연구를 수행하고 있으면 같은 시행규칙에서 규정하는 ‘시험소ㆍ연구소’에 해당한다고 유권해석OOO하였고, 관세청장은 2001.11.23. 국세청장의 위와 같은 유권해석을 통보한 날인 2000.2.3. 이후 관세감면 신청이 있는 건에 대하여는 관세가 경감되는 분만큼 부가가치세를 감면처리하도록 산하세관에 지시OOO하였으며, 국세청장은 2008.10.31. 및 2009.6.15. 농업기술센터가 수입한 외자기기에 대하여 지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 기관이 토양 및 잔류 농약분석을 위하여 필요한 장비를 직접 수입하여 사용하는 경우 그 수입하는 장비에 대하여는 같은 시행규칙 제12조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제된다고 유권해석OOO하였다. (카) 2011년부터 2015년까지 전국 농업기술센터가 수입한 동일품목번호의 물품 중 학술연구용품 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 78%인데, 이 중 「관세법」 제90조 제1항 제1호(국가기관ㆍ지방자치단체)를 적용하여 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 54%이고, 같은 항 제2호(시험소ㆍ연구소)를 적용하여 감면 적용을 신청한 비율은 전체 수입건수 대비 24%이며, 학술연구용품 감면이 아닌 다른 감면조항을 적용한 비율은 전체 수입건수 대비 14%로, 감면 적용 신청없이 일반수입물품으로 수입한 비율은 전체 수입건수 대비 7%로 나타난다.OOO (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 지자체 정원 등에 관한 규정 제16조 제1항에 따라 설치된 ‘농업기술원’은 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제21호에 감면대상기관으로 규정되어 있는 반면, 같은 규정 제16조 제2항에 따라 설치된 ‘농업기술센터’는 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항에 규정되지 않은 점, 설립 목적이 주로 농촌지도사업, 농업인 교육 등인 청구법인들을 같은 시행규칙 제37조 제2항 제1호의 ‘지방자치단체의 조례에 의하여 설치된 시험소ㆍ연구소’ 등으로 보기 어려운 점, 청구법인들 중에는 시험ㆍ연구활동을 수행한 것으로 보기 어려운 곳도 있을 뿐만 아니라 시험ㆍ연구활동을 수행하였다고 하더라도 이는 청구법인들의 소관업무에 부수적인 활동으로 보이고, 그 시험ㆍ연구활동이 통상적인 업무수행의 하나로 수행되는 것인지 학술연구활동 차원에서 수행되는 것인지 여부가 불분명한 점, ‘농업기술센터’가 부가가치세 면제대상기관에 해당한다는 국세청장의 유권해석을 「관세법」에 따른 관세감면 대상기관에 그대로 적용하기 어렵고 기획재정부(구 재정경제부) 및 관세청에서 일관되게 ‘농업기술센터’는 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 유권해석한 점 등에 비추어 청구법인들을 학술연구용품감면 대상기관이 아니라고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세관장이 다수의 농업기술센터가 관세감면 적용을 신청한 물품들에 대하여 사전세액심사를 실시하였음에도 관세감면을 적용하여 수입신고수리하였다는 이유만으로 청구법인들이 학술연구용품감면 대상기관이라거나 쟁점물품에 대해 비과세하겠다는 과세관청의 암묵적 또는 명시적 견해표명이 있었다고 보기 어려운 점, 동일 또는 유사물품에 대해 다른 감면조항을 적용하여 수입통관하거나 감면 적용 신청을 하지 않고 일반수입통관한 농업기술센터가 상당하여 비과세 관행이 성립되었다고 보기도 어려운 점, 더욱이 대부분의 ‘농업기술센터’가 「관세법」 제90조 제1항 제2호(시험소ㆍ연구소)가 아닌 제1호(국가기관ㆍ지방자치단체)를 적용하여 감면신청한 점 등에 비추어 이 건 과세처분이 신의성실원칙 또는 소급과세금지원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」제131조와 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.