[청구번호]조심 2018지0652 (2018. 7. 10.)

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]청구법인이 취득할 당시부터 쟁점부동산을 노인요양병원으로 사용하기 위해서는 ooo도지사로부터 정관 변경허가 및 처분청으로부터 병원 종별 변경허가를 받아야 하고. 이 허가가 어려울 수도 있다는 사실을 알았거나, 설령 알지 못하였다 하더라도 취득 이전에 처분청에 문의를 하였거나 조금만 주의를 기울였다면 알 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 취득할 당시부터 알 수 있었던 사유로 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못하여 정당한 사유가 있다고 보기는 어려움

[관련법령] 「지방세특례제한법」제38조 제1항 및 제178조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 ‘의료법인 OOO’(이하 OOO이라 한다)이라는 상호로 병원급 의료재단을 운영하고 있는 법인으로서 2016.9.12. OOO소재 부동산(건물 1,660.38㎡, 토지 725.6㎡, 이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)을 OOO에 취득하고 「지방세특례제한법」제38조 제1항에 따른 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 OOO을 감면받고 나머지 취득세 등 OOO을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유없이 취득일부터 1년이 경과할 때 까지 의료업에 직접 사용하지 아니하여 추징사유가 발생한 것으로 보아 2017.11.17. 청구법인에게 감면한 취득세 OOO(가산세 OOO포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부동산을 요양병원 및 의원급 의료기관으로 운영하기 위하여 처분청(보건의료과)에 요양병원 종별 변경에 대해 문의하였고, OOO에게 정관 변경허가 신청을 하였으나 불허 처분을 받아 부득이하게 쟁점부동산을 취득한 후 1년 이내에 의료용으로 직접 사용하지 못하였고, 처분청(보건의료과)이 종별 허가가 적절치 않다는 근거로 제시한 요양병원 수 적정여부 판단은 법률에 근거하지 않은 자의적 판단으로 납득하기가 어려우며, OOO의 정관변경 불허 처분에 대한 행정심판을 청구하고 취득 이후 타인에게 임대하지 않고 1년 6개월 동안 공실 상태로 두는 등 의료업에 사용하기 위해 제반 노력을 다하였으므로 1년 이내 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 이유가 있으므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2016.9.12. 쟁점부동산을 취득한 후 2016.12.24. 의료기관을 개설할 지역의 처분청(보건의료과)에 요양병원 종별 변경에 대해 질의하여 인근의 의료수요 및 의료자원 현황, 의료기관 분포, 규모 등의 적정여부 등을 고려할 때 요양병원 개설허가가 적절치 않다는 회신을 받았음에도 요양병원 개설 절차 진행에 착수하였던 점, 청구법인의 주사무소 소재지 주무관청으로부터 의료기관을 개설하기 위한 정관변경 허가신청을 하였으나 불허처분을 받은 점 등으로 볼 때 이는 취득 후 1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세를 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하여 확인되는 사항은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 2001.8.29. OOO에 OOO을 설립하여 운영 중에 있고, 2008.12.1. 쟁점부동산에 의료법인 OOO의원이라는 명칭으로 의원급 의료기관 개설 허가를 받아 이를 운영하여 왔다.

(나) 청구법인은 2016.9.12. 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하기 위한 목적으로 취득한 후 OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항의 세율(40/1000)에서 1천분의 15를 경감한 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO을 신고·납부 하였다.

(다) 2016.12.24. 청구법인은 처분청(보건의료과)에 서울 분사무소에 입원실을 확충하여 노인요양병원으로 종별 변경하는 것에 대해 질의하였으나 2017.1.9. 처분청OOO으로부터 의료기관을 개설하고자 할 경우 의료법인의 정관에 개설하고자 하는 의료기관의 소재지를 기재하여 주사무소 소재지 주무관청으로부터 정관변경허가를 받는 등 정해진 절차에 의해 진행하여야 하고, 처분청에서 허가를 득한 요양병원 수가 비슷한 조건의 인근 자치구 대비 부족하다고 보기 어려우며, 의료법인은 의료의 공공성 제고 및 의료기관의 지역적 편중을 해소하기 위한 목적으로 도입한 제도로 의료법인을 개설자로 한 요양병원 개설은 허가하기에 적절치 아니하므로 종별변경허가가 적절치 않다는 회신을 받았다.

(라) 청구법인은 2017.3.22. OOO에게 쟁점부동산의 의원급 의료기관을 노인요양병원으로 종별을 변경하는 내용으로 정관변경을 신청하였으나, OOO는 2017.3.30. 처분청의 개설허가를 할 수 없다는 의견에 따라 불허한다는 회신을 하였으며, 이에 대하여 청구법인은 2017.5.26. 행정심판을 제기하여 2017.12.19. 중앙행정심판위원회로부터 ‘기각’ 결정을 받았다.

(마) 처분청은 2017.11.10. 쟁점부동산을 의료업에 사용하기 위하여 취득(2016.9.12.)하였으나, 1년이 경과할 때까지 정당한 사유없이 쟁점부동산을 의료업으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면받은 취득세 OOO(가산세 OOO포함)을 부과·고지 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」 제38조 제1항에서 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15를 경감하는 것을 말한다)한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

위 법률에 규정된 “정당한 사유”라 함은 부동산 취득 이후에 발생한 법령상, 사실상의 장애사유로 당해 부동산을 사용할 수 없게 된 사유 등을 말하는 것이고, 부동산 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이며, 실제 그 해소를 위하여 노력하고 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다 할 것(대법원 2002.4.26. 선고, 2000두10038 판결, 같은 뜻임)이다.

청구법인은 쟁점부동산을 의료업에 사용하기 위하여 제반 노력을 다하였음에도 처분청이 요양병원으로 종별 변경을 허가하지 아니하여 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인은 2016.9.12. 쟁점부동산을 취득하고 그로부터 1년 이내에 의료용으로 사용한 사실이 없는 점, 청구법인이 취득할 당시 쟁점부동산을 노인요양병원으로 사용하기 위해서는 OOO로부터 정관 변경허가 및 처분청으로부터 병원 종별 변경허가를 받아야 하고, 이 허가가 어려울 수도 있다는 사실을 알았거나 설령, 알지 못하였다 하더라도 취득 이전에 처분청에 문의를 하였거나 조금만 주의를 기울였다면 알 수 있었을 것으로 보이는 점, 처분청으로부터 병원 종별 변경허가가 적절치 않다는 회신이 있었던 점, OOO의 정관변경허가 거부처분은 의료법 등에 의한 정상적인 판단으로 위법하거나 정당하지 않는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인은 취득할 당시부터 알 수 있었던 사유로 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못하여 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제118조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 30일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 신고·납부기한 이내에 재산권과 그 밖의 권리의 취득·이전에 관한 사항을 공부(公簿)에 등기하거나 등록[등재(登載)를 포함한다. 이하 같다]하려는 경우에는 등기 또는 등록을 하기 전까지 취득세를 신고·납부하여야 한다.

(2) 지방세특례제한법

제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 「의료법」제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 「지방세법」제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세( 「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 의료법

제33조(개설 등) ④ 제2항에 따라 종합병원ㆍ병원ㆍ치과병원ㆍ한방병원 또는 요양병원을 개설하려면 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 이 경우 시ㆍ도지사는 개설하려는 의료기관이 제36조에 따른 시설기준에 맞지 아니하는 경우에는 개설허가를 할 수 없다.

⑧ 제2항 제1호의 의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설ㆍ운영할 수 없다. 다만, 2 이상의 의료인 면허를 소지한 자가 의원급 의료기관을 개설하려는 경우에는 하나의 장소에 한하여 면허 종별에 따른 의료기관을 함께 개설할 수 있다

⑨ 의료법인 및 제2항 제4호에 따른 비영리법인(이하 이 조에서 "의료법인등"이라 한다)이 의료기관을 개설하려면 그 법인의 정관에 개설하고자 하는 의료기관의 소재지를 기재하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관의 변경허가를 얻어야 한다(의료법인등을 설립할 때에는 설립 허가를 말한다. 이하 이 항에서 같다). 이 경우 그 법인의 주무관청은 정관의 변경허가를 하기 전에 그 법인이 개설하고자 하는 의료기관이 소재하는 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 협의하여야 한다.

제48조(설립 허가 등) ① 제33조 제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.

② 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 한다.

③ 의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.

④ 이 법에 따른 의료법인이 아니면 의료법인이나 이와 비슷한 명칭을 사용할 수 없다.