종합토지세를 부과 고지한 처분이 적법한지 여부(경정)

처분청이 1996.10.8. 청구인에게 부과 고지한 1996년도분 종합토지세 89,225,560원, 도시계획세 5,038,200원, 교육세 17,845,110원, 농어촌특별세 12,544,910원, 합계124,653,780원과 1996.11.14. 부과고지한 1992년도～1995년도분 종합토지세 112,927,290원, 도시계획세 7,291,180원, 교육세 22,585,440원, 농어촌특별세 8,616,920원, 합계 151,420,830원중 1992년도～1995년도분 종합토지세 112,927,290원, 도시계획세 7,291,180원, 교육세 22,585,440원, 농어촌특별세 8,616,920원, 합계 151,420,830원은 취소하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1992년도～1996년도 종합토지세 과세기준일(매년 6.1) 현재 소유하고 있는ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지등 청구인 소유 토지(1992년도～1994년도 : 21필지 70,137㎡, 1995년도～1996년도 : 24필지 93,823.8㎡, 이하 “청구인 소유 토지”라 한다)에 대하여 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제123조의12제2호 및 지방세법 제290조제1항제1호의 규정에 의거 1992년도～1995년도분 종합토지세 등을 비과세 또는 과세면제하였으나, 지방세법시행령 제194조의14제1항 및 제2항의 규정에 의거 청구인 소유 토지중 건축물의 바닥면적(1992년도～1994년도 : 3,933.22㎡, 1995년도～1996년도 : 5,195.97㎡)에 용도지역별 적용배율(녹지지역 : 7배, 주거지역 : 4배)을 곱하여 산정한 면적을 초과한 토지(1992년도～1994년도 : 42,604.46㎡, 1995년도～1996년도 : 61,240.26㎡, 이하 “이건토지”라 한다)는 청구인의 목적사업에 직접 사용되지 아니하는 토지로서 비과세 또는과세면제 대상 토지에 해당되지 아니한다고 판단하여 청구인 소유의 전국 종합합산 과세대상 토지의 과세표준액(1992년도 : 2,140,527,439원, 1993년도 : 1,128,487,336원, 1994년도 : 1,168,187,089원, 1995년도 : 4,374,043,973원, 1996년도 : 4,605,149,618원)에 지방세법 제234조의16제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액을 전국 종합합산 과세대상 토지중 이건 토지의 과세표준액(1992년도 : 1,074,636,336원, 1993년도 : 1,128,487,336원, 1994년도 : 1,121,466,526원, 1995년도 : 3,394,474,086원, 1996년도 : 4,132,339,680원)으로 안분하여 산출한 1996년도분 종합토지세 89,225,560원, 도시계획세 5,038,200원, 교육세 17,845,110원, 농어촌특별세 12,544,910원, 합계 124,653,780원을 1996.10.8. 부과 고지하였고, 1992년도～1995년도분 종합토지세 112,927,290원, 도시계획세 7,291,180원, 교육세 22,585,440원, 농어촌특별세 8,616,920원, 합계 151,420,830원을 1996.11.14. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 대한적십자사 조직법에 의하여 설립된 의료사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 청구인 소유 토지상에 1939.8.10. 결핵환자만을 치료할 목적으로 ㅇㅇ요양 병원을 설립하여 결핵환자를 치료하던 중 1949.4.30. 대한적십자사 조직법이 제정·공포되어 위 ㅇㅇ요양 병원(1987.6.10. ㅇㅇ요양 병원으로 명칭 변경됨)이 대한적십자사에 편입·운영되어 왔으며, 1953.8.21.부터는 전쟁고아 결핵아동만을 입원 치료하는 등 전쟁 후 결핵퇴치 사업에 앞장서 왔고, 결핵환자의 치료 뿐만 아니라 교육, 오락, 농업 및 목축 등을 실시하여 결핵환자를 정상 사회인으로 만들기 위해 노력을 다한 결과 결핵환자가 급격히 감소하여 1995.8. 2. 진료과목을 결핵과에서 내과, 외과, 소아과로 변경하였는 바, 결핵환자의 요양은 맑은 공기, 쾌적한 환경 등이 필수적이므로 청구인 소유토지중 병원 등 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과한 토지가 있다하더라도 정당한 사유가 있다 할 것인데도 이건 토지에 대하여 1992년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 비영리 공공법인 소유의 종합토지세 비과세(면제)대상 토지중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과한 토지에 대하여 종합토지세를 부과 고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제234조의12에서 “다음 각호에 규정하는 토지(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, ...당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제194조의6제2항에서 “법 제234조의12제2호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리 사업자를 말한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제79조제1항에서 “...‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제8호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)에서 “대한적십자사조직법에 의하여 설립된 대한적십자사”라고 규정하며, 지방세법 제234조의15제2항에서 “종합합산 과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제194조의14제1항에서 “법 제234조의15제2항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’라 함은 건축물(...)중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(...)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하며, 같은조 제2항에서 “제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다”라고 규정한 다음, “주거지역 : 4배, 녹지지역 : 7배”라고 규정하며, 지방세법 제290조제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다...)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다...”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “대한적십자사조직법에 의하여 설립된 대한적십자사”라고 규정하고, 한편, 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제5호에서 “지상정착물의 부속토지(...)로서 그 지상정착물의 바닥면적(...)에 다음의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지...”라고 규정한 다음, “주거지역 : 4배, 자연(생산)녹지지역 : 7배”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 1992년도～1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 소유하고 있는 청구인 소유 토지에 대하여 종합토지세 등을 비과세 또는 과세면제하였으나, 청구인 소유 토지중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과한 토지(이건 토지)는 청구인의 목적사업에 직접 사용되지 아니하는 토지인데도 비과세 또는 과세면제 되었다고 판단하여 이건 토지에 대하여 1992년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데청구인은 대한적십자사조직법에 의하여 설립된 의료사업 등을 목적사업으로 하는 비영리 공공법인으로서 결핵환자의 치료 뿐만 아니라 교육, 오락, 농업 및 목축 등을 실시하였으며, 결핵환자의 요양은 맑은 공기, 쾌적한 환경 등이 필수적이므로 이건 토지 소유에 대한 정당한 사유가 있다 할 것인데도 이건 종합토지세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법 제234조의12제2호에서 제사 등 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리 사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상은 제외)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니하지만, 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니한다고 규정하고 있고, 지방세법 제290조제1항제1호에서 대한적십자사조직법에 의하여 설립된 대한적십자사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상은 제외)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 종합토지세 등을 면제한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 대한적십자사조직법에 의하여 설립된 의료사업 등을 목적사업으로 하는 대한적십자사로서 1994.12.31. 대통령령 제14481호로 지방세법시행령 제79조제1항제8호의 규정이 개정되기 전까지는 지방세법상 비영리사업자로 규정되어 있었으므로 1994년도까지는 지방세법 제234조의12제2호의 규정에 의거 종합토지세 비과세 대상 법인이었으나, 위 시행령이 개정된 이후인 1995년도부터는 비영리 사업자의 범위에서 제외됨과 동시에 지방세법 제290조제1항제1호의 규정에 의거 종합토지세 과세면제 대상 법인으로 규정되어 있으며, “ 지방세법 제234조의12의 규정에서 직접 사용의 범위에 관하여는 아무런 규정을 둔 바 없으므로 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 될 것이고, 종합토지세의 과세표준에 관한 지방세법 제234조의15의 위임에 근거한 지방세법시행령 제194조의14제2항 소정의 건축물에 대한 배율 규정은 이에 적용될 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1995.4.14, 94누8211, 94누8228)”고 할 것이므로 처분청이 지방세법시행령 제194조의14제1항 및 제2항의 규정에 의거 청구인 소유 토지중 건축물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과한 토지(이건 토지)는 청구인의 목적사업에 직접 사용되지 아니하는 토지로 보아 이건 종합토지세 등을 부과 고지한다는 논지는 잘못되었다 하겠으나, 지방세법 제234조의12 및 제290조제1항의 규정에서 지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상은 종합토지세 비과세 또는 과세면제 대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로 청구인이 종합토지세가 비과세 또는 과세면제 되는 비영리 사업자 또는 공공법인이라 하더라도 지방세법 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상중의 하나인 법인의 비업무용토지를 소유하고 있는 경우에는 종합토지세가 비과세 또는 과세면제되지 아니한다고 할 것인 바, 법인의 비업무용토지 해당여부에 대하여 살펴보면, 지방세법시행령 제84조의4제3항 본문 및 그 제5호의 규정에서 지상정착물의 부속토지로서 그 지상정착물의 바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지를 법인이 정당한 사유없이 취득하여 보유하고 있는 경우에는 법인의 비업무용토지로 본다고 규정하고 있으므로 용도지역별 적용 배율 초과 토지를 취득하여 보유하고 있다 하더라도 거기에 정당한 사유가 있다면 법인의 비업무용토지에서 제외되어 종합토지세가 비과세 또는 과세면제된다 할 것으로서, 청구인의 경우 청구인 소유 토지상에 ㅇㅇ요양병원을 설립하여 결핵환자를 치료하여 왔고, 결핵환자의 경우 일반 병원환자와는 달리 맑은 공기, 쾌적한 환경 등 치료 및 요양을 위한 특수한 병원 여건이 필요하다 할 것이므로 용도지역별 적용배율 초과 토지(이건 토지)를 취득하여 보유한데 대한 정당한 사유가 있다고 보아 이건 토지에 대한 1992년도～1995년도분 종합토지세 등은 비과세 또는 과세면제되어야 할 것인데도 처분청이 1992년도～1995년도분 종합토지세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 있다 하겠으나, 청구인이 1995.8.2.부터는 결핵환자의 감소로 더 이상 결핵환자를 치료하지 아니하고 진료과목을 내과, 외과, 소아과로 변경하였으므로 정당한 사유가 없다 할 것으로서 1996년도분 종합토지세 등을 부과고지한 처분은 적법하다고 하겠다.