조심2008전1041 (2008.11.07)

부가

기각

새로운 건축물 신축을 위해 구 건물을 철거하기 위한 조합원신탁등기비용, 근저당설정비, 이주용역비, 철거공사비는 토지관련 매입세액이고, 설계변경 등으로 예정사용면적이 변경되는 경우 변경일이 속하는 과세기간부터 변경된 비율에 근거하여 공통매입세액을 안분계산함이 타당함

부가가치세법 제17조【납부세액】 / 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】

국심2007부2194/국심2004서2812

조심2008중1270 / 조심2009서3697 / 조심2009서4079 / 조심2016부3861

1. 2007년 제2기 과세기간의 공통매입세액 안분계산 오류로 인한 과소환급에 대한 심판청구는 이를 각하한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

청구법인은 2003.6.25. OOO 일원의 주택재건축정비사업조합 설립인가를 받았으며, 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지의 부가가치세 신고시 청구법인이 공급받은 매도청구소송, 신탁등기, 근저당설정, 건물철거 용역과 관련된 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공통매입세액으로 보아 사업시행인가신청 당시의 과세 및 면세사업의 예정사용면적비율로 안분계산하여 신고하였고, 2007년 제2기에 변동된 예정사용면적비율을 적용하여 그동안의 공통매입세액을 정산하였다.

처분청은 청구법인이 불공제 대상인 토지관련 매입세액을 공통매입세액으로 부당하게 공제하였고, 공통매입세액 안분비율 변동시기(가정산시기)가 2007년 제1기임에도 2007년 제2기에 적용하였다고 보아, 2007.12.10. 청구법인에게 신고 및 납부불성실 가산세를 가산하여 부가가치세 2005년 제1기 2,044,060원, 2005년 제2기 35,273,690원, 2006년 제1기 20,229,790원, 2006년 제2기 112,686,600원, 2007년 제1기 576,895,430원을 경정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 매도청구소송비, 신탁등기수수료, 철거관련비용 등과 관련된 쟁점매입세액은 토지관련 매입세액이 아닌 재건축사업에서 건물을 신축하기 위하여 지출하는 건물관련 매입세액이므로, 공통매입세액으로 보아 안분계산한 당초 신고는 정당하다.

(2) 청구법인은 10회에 걸쳐 이루어진 조합설립변경인가 시마다 변경된 조합원 수, 희망평형, 신축예정면적에 따라 예정사용면적을 계산하여 신고하는 것은 불가능하므로, 2003년 제2기부터 2007년 제1기까지는 사업계획승인신청시(2003.6.30)의 예정사용면적으로 공통매입세액을 안분계산하였고, 세대수와 신축예정면적이 거의 확정된 2007년 제2기에 정산하였다. 처분청은 조합설립인가서상의 인원수 및 희망평형, 사업시행인가서상의 건축면적 등 대외적으로 공표된 기준이 아닌 청구법인의 내부의사결정만으로 예정사용면적을 계산한 측면이 있는 바, 재건축사업의 관리처분계획과 관련된 내부의사결정은 인가라는 행정행위에 의하여 대외적 효력이 발생되는 것으로서 관리처분계획이 변경인가된 2007.8.16.에 예정사용면적이 변동된 것으로 보아야 할 것이므로, 2007년 제1기를 변동시기로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(3) 재건축사업에서 과세기간마다 예정사용면적을 계산하기는 매우 어렵고 계산방법도 명확하게 규정되지 아니하였으며, 부가가치세법에서는 사용면적이 확정되는 시점에 매입세액을 정산하도록 규정하였으므로, 청구법인은 합리적이라고 판단한 방법으로 안분계산하여 신고하고 면적이 거의 확정되었다고 판단되는 시기에 정산하여 정상적인 부가가치세를 모두 신고·납부하였던 바, 특정기간의 예정사용면적의 차이로 인하여 과소·과다 납부되었다는 이유만으로 가산세를 부과하는 것은 부당하므로, 청구법인에게 부과된 신고·납부불성실가산세 96,600,430원은 취소되어야 한다.

(4) 처분청이 2007년 제1기에 사용면적이 확정된 것으로 보아 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지 과세기간에 대하여 가정산을 하여 처분청이 고지한 부가가치세액 중 가산세를 제외한 본세에 해당하는 650,529,161원은 2007년 제2기 정산시 기납부세액으로 하여 계산한다면 전액 환급되어야 함에도 이를 환급하지 아니하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 변호사사무소로부터 매도청구소송, 조합원신탁등기, 근저당설정 등의 명목으로 교부받은 460,412천원 상당의 세금계산서는 조합원 토지지분의 신탁등기 및 토지확보를 위한 소송비용으로서 토지관련 매입에 해당되어 매입세액 불공제 대상이고, (주)OOO로부터 교부받은 4,325,033천원의 세금계산서는 이주용역비, 철거공사비, 폐기물처리비로 세분되었을 뿐이고 일련의 아파트 철거 과정에 소요되는 건축물철거비용으로서 토지관련 매입세액에 해당되어 불공제 대상이므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 2007.4.2.부터 2007.4.30.까지의 기간 중에 조합원과 2,621세대의 분양계약을 체결하고 2007.6.19. 조합원임시총회에서 분양계약 체결 내용대로 관리처분계획을 변경하기로 결의함에 따라, 변경내용을 청주시에 신청하여 청주시가 2007.8.16. 인가하였던 바, 관리처분계획 변경인가는 조합원총회 결의사항을 신청한 것에 대하여 행정상 확인해 준 것에 불과한 것일 뿐, 청구법인의 건축공사와 관련하여 공통매입세액의 안분계산을 위한 예정사용면적을 변경하는 결정적 사건이라 할 수 없으며, 관리처분계획 변경인가 등에 의하여 예정사용면적이 변동되는 경우에는 그 시점에서 새롭게 예정사용면적을 적용하여야 할 것이므로, 2007년 제1기에 교부된 세금계산서에 대하여 2007년 4월에 분양계약을 체결하고 2007.6.19. 조합원임시총회에서 결정된 예정건축면적에 의하여 안분계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

(3) 가산세는 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납부의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 또는 과실은 고려되지 않으며OOO, 설령 청구법인이 공통매입세액에 대하여 2007년 제2기에 매입세액을 정산하였다고 하더라도, 청구법인이 각 과세기간에 예정사용면적을 올바르게 적용하였거나 토지관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고·납부하지 아니한 이상 신고·납부불성실가산세는 면제되지 아니하는 것이 타당하다.

(4) 공통매입세액 정산은 과세·면세비율이 확정되는 과세기간에 하는 것인 바, 청구법인은 2007년 제2기에 면적이 확정된 것으로 보아 정산하였다고 하나 주택 등 건물의 경우에는 건물이 준공되는 때를 그 면적이 확정되는 때로 보는 것이 일반적이므로, 2007년 제2기에 예정사용면적비율로 안분하고 준공되는 때에 총 공통매입세액을 정산하는 것이 타당하며, 만약 2007년 제2기에 공통매입세액의 정산이 잘못되어 과다하게 납부되었다면 국세기본법 제45조의 2에 의한 과세표준 및 세액의 경정청구를 하여 환급받는 것이 적법하므로 과다납부세액의 환급은 심판청구의 대상이 되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액으로서 매입세액 불공제 대상인지 여부

(2) 예정사용면적 변경시기가 2007년 제1기(분양계약 체결)인지, 2007년 제2기(관리처분계획변경인가)인지 여부

(3) 신고·납부불성실 가산세 부과의 당부

(4) 청구법인이 신고한 2007년 제2기 공통매입세액 안분계산이 잘못되었다는 이유로 경정청구 없이 이를 다툴 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2007.12.31, 법률 제8826호로 개정되기 전의 것)

제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경，공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제61조의 2 【공통매입세액의 정산】

사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다.(단서 및 각호 생략)

(3) 국세기본법

제47조의 3 【과소신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

제47조의 4 【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3의 규정을 적용한다.

제47조의 5 【납부ㆍ환급불성실가산세】

① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.(단서 생략)

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

제45조의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

제55조 【불 복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 종전 OOO 소유주를 조합원으로 하여 설립된 재건축정비사업조합으로서 종전의 건물을 철거하고 새로운 아파트와 상가를 신축하여 분양하는 과정에서 공급받은 법률자문 460,412천원 및 건물철거용역 4,325,033천원중 철거공사비 524,630천원을 제외한 건물철거 관련 비용을 공통매입세액 안분대상 비용으로 보아 과세사업(일반분양) 및 면세사업(조합원분양) 비율로 매입세액을 안분계산하여 공제하여 신고하였으나, 처분청은 전부 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하였으므로 이를 살펴본다.

(나) 청구법인이 변호사 OOO사무소로부터 2005년 제1기부터 2007년 제1기까지 교부받은 총 460,412천원의 세금계산서는 미동의자에 대한 매도청구소송, 조합원신탁등기, 근저당권설정, 잔금청산자 소유권이전, 토지조서작성에 소요된 비용으로서 아파트 건축 부지를 확보하기 위한 비용이므로 부가가치세법시행령 제60조 제6항 제1호의 토지관련 매입세액으로 판단된다.

(다) 청구법인은 2005.11.15. (주)OOO과 이주·경비용역 및 건축물철거, 건축폐기물 처리용역공사 계약을 총 4,941,600천원에 체결하였으며, 계약금 494,160천원, 이주용역비 998,123천원, 철거공사비 524,630천원, 폐기물처리비 1,679,500천원, 석면철거공사비 628,620천원으로 구분하여 합계 4,325,033천원의 세금계산서를 교부받았고, 철거공사비 524,630천원을 토지관련 매입으로 보아 불공제하고 나머지를 공통매입세액으로 신고하였던 바, 이는 조합원의 이주, 건물철거 및 건축폐기물 반출 등 기존 건축물을 철거하는 일련의 비용으로서 궁극적으로는 새로운 아파트를 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출한 비용이므로 부가가치세법시행령 제60조 제6항 제2호의 토지관련 매입세액으로 판단된다OOO

(라) 따라서, 이 건 변호사 수수료 및 철거관련 비용을 토지관련 매입세액으로 보아 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점2에 대하여 본다.

(가) 부가가치세법 제61조에 의하면, 과세사업과 면세사업을 하는 경우 매입세액의 계산은 실지귀속에 의하되, 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액은 공급가액을 기준으로 안분계산하고, 공급가액의 전부 또는 일부가 없는 경우에는 매입가액, 예정공급가액, 예정사용면적을 순차적으로 적용하여 안분하되, 건물을 신축 또는 취득하여 예정사용면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적을 우선 적용하는 것이며, 부가가치세법 제61조의 2는 공통매입세액의 정산은 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액 확정신고시에 하도록 규정하였다. 한편, 건물이 준공되기 전에 설계변경 등으로 인하여 당초의 예정사용면적이 변경되는 경우에는 변경일이 속하는 과세기간부터 변경된 비율에 근거하여 공통매입세액을 안분계산하고 있다OOO

(나) 청구법인은 공통매입세액을 면세사업과 과세사업으로 안분시 예정사용면적 비율을 적용하여 신고하였으며, 주택건설사업계획승인신청(2003.6.30) 당시의 예정사용면적 비율을 2007년 제1기까지 적용한 후에 2007년 제2기에 변동된 예정사용면적 비율로 안분계산하였으나, 처분청은 예정사용면적의 변동시기를 2007년 제1기로 보아 이 건 과세한 사실이 확인된다.

(다) 청구법인의 사업시행 과정을 보면, 청구법인은 2003.7.24. 설립되어 2004.12.29. 주택재건축사업시행인가를 받았고 2005.12.30. 주택재건축사업 관리처분계획인가를 받았으며, 관리처분계획인가 당시의 총 공급세대수는 3,599세대이고 그 중에서 조합원 분양예정 세대수는 2,850세대였다. 청구법인은 2007.2.13～3.17. 조합원아파트분양 추첨에서 2,736세대가 분양되었고, 2007.4.23～4.30. 총 2,621세대가 계약을 체결하였으며, 2007.6.19. 조합원 임시총회에서 계약체결 내용대로 관리처분계획을 변경하기로 결정하여, 2007.8.16. OOO로부터 관리처분계획 변경인가를 받은 사실이 확인된다.

(라) 2007년 4월에 조합원 분양계약이 체결되고 2007년 5월에 분양계약금이 입금되었으며, 시공사인OOO은 입금된 분양계약금 약 560억원을 총면적 중 과세 및 면세 비율로 구분하여 청구법인에게 세금계산서 및 계산서를 교부하였고, 2007년 6월에 조합원 임시총회에서 관리처분계획을 변경하기로 결정하였으므로 2007년 제1기에는 청구법인과 조합원 사이의 분양계약이 취소되거나 변경될 여지가 없게 되어 사실상 예정사용면적이 변경된 것으로 보인다. 도시 및 주거환경정비법 제48조는 관리처분계획변경인가를 받도록 하였고, 인가는 법률행위를 완전히 유효하게 만드는 행정주체의 동의행위이므로 조합원총회의 결정은 인가를 받은 2007년 제2기에 법률적 효력이 발생되었다고 할 것이나, 국세기본법 제14조의 규정에 의하면 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용하여야 하는 것이므로, 청구법인은 2007년 제1기에 예정사용면적이 변동된 것으로 보아야 할 것이다.

(마) 따라서, 처분청이 예정사용면적의 변동시기를 2007년 제1기로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점3에 대하여 본다.

(가) 이 건 경정시 신고 및 납부불성실 가산세 합계 96,600,430원이 가산된 사실이 경정결의서에 의하여 확인된다.

(나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 있을 때 등 그 의무이행 해태를 탓할 수 없을 경우에는 부과할 수 없다고 할 것이나OOO 이 건 가산세는 예정사용면적의 변경 시기를 잘못 판단하여 신고하였을 뿐만이 아니라, 매입세액 불공제 대상인 쟁점매입세액을 공제대상으로 잘못 신고하여 부과되었으므로, 이를 면제할 타당한 이유는 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점4에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2007.12.10. 이 건 고지를 받고 2008.1.25. 2007년 제2기 부가가치세 신고시 공통매입세액 정산을 하면서 이 건 고지에 의하여 납부하게 된 부가가치세 본세 650,529,161원을 기납부세액으로 하여 납부(환급)세액을 계산하지 않았으므로 결과적으로 이 건 고지세액 중 650,529,161원은 환급받을 수 있는데도 환급받지 못하였으므로 이를 환급하여야 한다는 주장이다.

(나) 2007년 제2기에 공통매입세액의 정산을 잘못하여 과다납부한 경우에는 국세기본법 제45조의 2(경정등의 청구)의 규정에 의하여 처분청에 과세표준 및 세액의 경정청구를 하여 환급받을 수 있고, 국세기본법 제55조 제1항은 불복청구는 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 경우에 할 수 있는 바, 청구법인은 과다납부한 세액에 대하여 경정청구를 하지 아니하였으므로 처분청의 위법 또는 부당한 처분도 없다고 할 것이다.

(다) 따라서, 과다납부된 세액을 환급하여야 한다는 이 건 심판청구는 불복대상인 부과처분이 존재하지 아니하므로 부적법한 청구로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구이거나 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.