완전자회사를 흡수합병하는 과정에서 소량의 합병신주를 발행한 후 매각하면서 포합주식에 대한 유보잔액을 손금추인한 것에 대해 동 금액을 손금불산입한 처분의 당부

가. 청구법인은 2010.11.3. 완전자회사인 주식회사 OOO를 흡수합병(적격합병)하면서, 1:0.00001의 합병비율로 청구법인이 보유하던 OOO의 발행주식에 합병신주 3주를 발행·교부하고, 2010.12.28. OOO산업 주식회사(이하 “OOO산업”이라 한다)에 합병신주 3주를 포함한 자기주식을 매각한 후, 2010사업연도 법인세 신고시 합병 전 투자주식의 세무상 유보금액(OOO원) 중 매각한 자기주식에 해당하는 금액(OOO원)을 손금산입하였다.

나. OOO지방국세청장은 2015.4.2.부터 2015.6.30.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO를 흡수합병하면서 공정합병비율(1:0.20519)에 따라 발행·교부할 합병신주가 61,557주임에도 3주만 발행·교부한 것은 OOO의 투자주식에서 승계되는 세무상 유보잔액을 조기에 손금으로 인식하여 양도차손을 과다계상함으로써 조세를 회피할 목적이 있다고 보아 청구법인이 손금산입한 자기주식의 세무상 유보금액 OOO원을 손금불산입(기타)하는 것으로 제세결정상황을 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.8.11. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.15. 심판청구를 제기하였음

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 모회사가 완전자회사를 합병할 경우 유증자합병이 가능하다. 실무적으로 완전자회사 합병시에는 무증자합병이 가능한 것으로 해석되는 것일 뿐, 유증자합병을 인정한 다수의 판례와 사례가 존재하므로 청구법인이 조세를 회피할 목적으로 유증자합병을 하였다는 처분청의 의견은 타당하지 않다. 완전자회사 흡수합병시 포합주식에 합병신주를 배정할 수 있는지 여부를 살펴보면, 법무부 예규(법무부 상사법무과-2091, 2010.7.7.), 대법원 판례(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결) 모두 합병신주를 발행할 수 있다는 견해이다. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의5를 살펴보면, 상장법인 합병에 대한 비율 산정방법만 법률상 규정되어 있을 뿐, 비상장법인간의 합병비율 산정방법은 따로 규정되어 있지 않으므로 임의비율의 합병이 가능하다. 만일, 청구법인의 합병이 위법하다면 합병등기가 되지 않았을 것이다. 과세관청은 모회사가 완전자회사를 흡수합병함에 있어서 불공정비율 합병시 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목에 규정하는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당되지 않는 것이라고 하였다(서이 46012-10420, 2003.3.4.). 이는 완전자회사와의 합병의 경우 그 비율에 따라 주주들이 보유하고 있는 각자의 합병 전·후 주식가치의 변동이 발생하지 아니하므로 합병대가로 주식을 교부하지 않는 경우 및 불공정비율에 의하여 교부하는 경우에도 부당행위에 해당하지 않는 것이다(재산세과-21, 2010.1.13.). 또한, 청구법인은 기업공개(IPO)를 추진 중으로 상장예비심사 전 자기주식의 해소가 필수사항이라는 자문을 받고 해당절차를 원활하게 진행하기 위해 최소한의 비율로 합병을 진행한 것이다.

(2) 처분청은 모회사가 완전자회사를 유증자합병하면서 합병신주 3주(공정합병비율에 따른 합병신주 : 61,557주)를 교부하고 후에 매각하여 유보추인한 것은 미발행주식(61,554주) 부분을 발행 즉시 소각(자본거래)한 것과 같으므로 동 금액을 손금불산입하여야 한다고 하면서 실질과세의 원칙을 내세우고 있다. 여기서 실질과세의 원칙은 경제적 실질이 아닌 법적 실질을 의미한다(대법원 1991.5.14. 선고90누3027 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 「상법」상 자본감소의 절차에 따른 소각행위 없이 「상법」, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 임의합병비율에 의한 유증자합병이라는 법적행위를 실제로 이행하였고, 실질로 판단하더라도 그 행위를 위법한 거래로 평가할 법적근거가 존재하지 않는 한 법적 실질에 따라 정당한 거래이다. 본질적으로 불확정개념인 실질과세의 원칙을 내세워 납세의무자가 선택한 거래형식을 부인하고, 법 문언에 표현된 과세요건을 일탈하여 확대해석하게 되면 법적 안정성과 예측가능성이 무너지게 되어 조세법률주의의 근간을 훼손할 우려가 있다. 설령, 청구법인이 처분청의 의견대로 산정한 공정비율로 합병신주를 발행한 뒤 3주를 제외한 나머지 자기주식을 발행 즉시 소각했다고 하여도 이러한 법률관계를 보는 과세관청의 예규 등을 살펴보면, 법인주주의 보유주식 일부가 감자되는 경우 당해 주식의 소각으로 인하여 취득하는 금전 기타 재산의 가액이 동 주식의 취득에 소요된 금액에 미달하는 경우 그 차액은 잔존주식의 취득가액에 포함하는 것으로 해석하고 있다(법인세과-522. 2013.9.30. 외 다수, 같은 뜻임).

(3) 처분청은 청구법인이 피합병법인의 결손금 승계와 자기주식처분손실의 손금산입이라는 이중의 혜택을 부당하게 향유하였다는 의견이나, 청구법인은 적격합병에 해당하여 이월결손금을 승계하였고 승계한 결손금은 구분경리를 통해 OOO의 승계사업 범위내에서만 공제가 가능한 것이므로, 이는 합병법인인 청구법인이 자기주식처분손실을 인식하는 것과는 전혀 별개의 문제에 해당한다. 청구법인이 자기주식 처분 시 손금에 산입한 처분손실은 2004년 6월경 물적분할시 과세표준에 이미 산입된 유형자산처분이익 OOO원 및 재고자산처분이익 OOO원이 근간인바, 차후 시가하락으로 인하여 처분손실을 인식하는 것은 납세자의 당연한 권리이지 합병으로 인하여 이중의 혜택을 받은 것이 아니다. 연결납세제도에서도 완전자회사의 손금은 모회사사업부의 이익과 통산하게 되어 있고, 이 경우에도 투자주식처분손실은 별도로 인식가능한 것이다. 또한, 청구법인은 2010.12.24. 부동산사업부(구 OOO)를 신설법인인 OOO 주식회사로 인적분할하였으므로, OOO로부터 승계한 이월결손금은 영원히 공제받지 못하는 이월결손금이 되었다. 따라서 청구법인이 피합병법인의 결손금 승계와 자기주식처분손실의 손금산입이라는 이중의 혜택을 보았다는 것은 사실을 왜곡한 주장이다.

(4) 조세심판원 선결정례(조심 2012서3038, 2013.6.12.)에 따르면, 조세심판원은 청구법인의 경우와 동일한 사례에서, 자기주식의 실제 처분 여부가 불분명하므로 청구법인이 자기주식을 실제 처분하였는지 여부가 확인된다면 자기주식에 대한 유보금액으로 대체된 지분법평가손실에 대한 유보금액을 손금산입하여 과세표준을 결정하여야 한다는 취지의 결정을 하였고, 재조사 결과 자기주식을 처분한 사실이 확인되어 관련 지분법평가손실에 대한 유보금액을 전부 손금산입하여 과세표준을 결정하였다. 따라서, 자기주식의 세무상 취득가액을 합병 전 투자주식의 세무상 장부가액으로 산정한 것은 정당하고, 흡수합병한 후 자기주식을 제3자에게 처분할 경우 관련 세무상 유보금액을 전부 손금산입할 수 있다고 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 조세를 회피할 목적으로 당초 무증자합병 방식에서유증자합병 방식으로 변경하였는바, 피합병법인의 결손금 승계와 자기주식처분손실의 손금산입이라는 이중의 혜택을 부당하게 향유하였다.

(가) 청구법인은 조세 회피 목적으로 불균등 유증자합병이라는 고의적이고 변칙적인 거래를 실행하였다. 청구법인은 구조조정의 일환으로 적자법인인 OOO를 흡수합병하기로 하고 합병일정 등의 계획을 수립하였는바, 2010.9.16. 청구법인과 OOO가 무증자 조건으로 합병을 기획한 사실이 확인되고, 실제 2010.9.16. OOO과 OOO는 무증자 조건으로 합병계약을 체결하였다. 이후, 청구법인은 ‘완전자회사 흡수합병 시 포합주식에 자기주식을 교부하여 향후 자기주식을 처분할 때 거액의 처분손실 계상으로 법인세 절세가 가능하다’는 법무법인의 의견서를 토대로 당초 무증자합병 방식을 유증자합병 방식으로 변경하기로 하였고, 2010.10.29. 자기주식 3주만 교부하는 합병 변경계약(1 : 0.00001 비율)을 체결하였다. 한편, 청구법인의 2010.10.19.자 내부문서인 “(주)OOO 흡수합병 변경추진(안) 검토보고서”를 보면, 청구법인은 합병방식 변경으로 자기주식 처분 시 거액의 절세가 가능하다는 점을 인지하고 있었으며, 특히, ‘자기주식처분(안)’ 중 우리사주조합에게 양도하는 제1안을 살펴보면, 양도가액이 낮을수록 법인세 절세효과는 증가한다는 점을 명백히 인지함으로써 합병비율 조작을 통해 양도차손을 자의적으로 변칙계상하고자 하는 탈세계획을 사전에 치밀하게 계획하였던 것이 확인된다. 또한, 2010.12.10.자 “절세전략” 보고서를 보면, 매수자에게 OOO원의 자금이 필요하고, 과점주주로 인한 취득세 중과를 피하기 위해 대주주를 제외한 법인이나 개인을 선정할 필요성이 있다는 점을 고민하고 있음이 확인되고, 이러한 배경 하에 2010.12.27. 하청업체인 OOO 주식회사에 자기주식을 명의신탁하는 가계약서도 확인된다. 더욱이, 2010.12.15.자 기안서(자기주식 양도 및 소각의 건) 내용 중 “제2항 매각목적으로 매입한 자기주식 양도”를 보면, 양도가액 산정 시 시가의 30% 내지 차액이 OOO원 이상이 넘지 않는 범위에서 결정하여야 하므로 1주당 가치를 OOO원으로 할 수 밖에 없다는 점도 고민하였음이 확인되는데, 이는 정상적으로 합병신주 61,557주를 발행하면 과점주주 취득세 중과를 피할 수 있으면서 자금력을 갖춘 매수자를 구하는 데 한계가 있었고, 따라서, 부득이 변칙적인 방법을 통해 합병신주를 3주만 발행할 수밖에 없었는 거래 정황이 명백히 드러난다.

(나) 청구법인은 완전모자회사간 합병 시에 무증자합병이 가능한 것으로 해석될 뿐, 유증자합병이 원칙인 것으로 다수의 판례와 사례에서 확인된다고 주장하나, 자기주식에 대한 외국의 입법례를 소개한 노OOO의 연구논문(2008년 12월)을 살펴보면, 저자는 일본의 경우 2001년 상법 개정으로 자기주식 보유가 일반적으로 자유화되면서 합병법인이 자기주식에 해당하는 합병신주를 배정할 수 있다는 것이 통설로 등장하였으나, 회사법 제정 시 배정을 허용하지 않은 것으로 정리되었다고 하면서 우리나라와 법 체계가 유사한 일본의 입법례와 그 배경을 설명하고 있는바, 존속회사가 소멸회사의 주식을 취득하는 행위의 경제적 실질은 그 매수부분에 관하여 소멸회사 주주들에게 현금으로 대가를 지급하며 일부 교부금 합병을 진행하였다고 볼 수 있을 것인데, 합병이라는 목적이 달성된 순간 더 이상 소멸회사 주식(자기주식)을 보유할 이유가 없다. 예컨대, 소멸회사의 임직원들에 대해 교부할 목적으로 자기주식을 보유하고 있는 상황과 달리 이 경우에는 합병의 실행으로 자기주식의 보유목적이 상실된 것이다. 특히, 경제적 단일체로서 지배하는 자회사를 합병한다는 이유로 대량의 자기주식을 발생시킬 이유가 없다. 청구법인이 제시한 완전자회사에 대한 유증자합병의 사례에서도 합병신주를 공정비율로 발행하였는바, 청구법인을 포함한 극히 일부 법인이 손금추인을 목적으로 소량의 신주를 발행하여 법인세를 탈루하는 등 이를 악용하고 있어 심각한 문제가 있다.

(다) 청구법인의 유증자합병은 피합병법인의 결손금 승계와 자기주식처분손실의 손금산입이라는 이중의 혜택을 누리기 위한 조세회피 전략이다. 완전자회사를 흡수합병하는 경우 모회사가 소유하고 있는 투자주식은 승계하는 순자산으로 대체되는 것에 불과하여 무증자합병을 하거나 신주를 발행하더라도 자기주식으로 취득한 후 소각하는 것이 일반적이다. 이 경우 모회사가 결손이 누적된 완전자회사를 흡수합병한다면 합병 전 피합병법인의 주식평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 지분법평가손실액은 합병법인의 각사업연도 소득금액 계산 시 손금에 가산(△유보)하는 동시에 손금불산입(기타)되어 합병법인은 피합병법인의 이월결손금만 승계하게 될 것이다. 그러나, 청구법인은 유증자합병 형식을 빌어 합병신주 3주만 발행하여 자기주식으로 대체한 뒤 이를 매각함으로써 지분법평가손실에 따른 유보를 추인받음과 동시에 이월결손금도 승계하는 이중혜택을 받게 되었다.

(2) 청구법인의 유증자합병을 인정한다고 하더라도, 청구법인은 조세 회피 목적으로 합병신주 3주만을 발행하여 이를 처분하였으므로 실질과세의 원칙에 따라 공정비율로 합병하였을 경우 발행할 합병신주(61,557주) 중 3주에 상당하는 유보금액 OOO원(OOO원×3/61,557)만이 자기주식처분손실로서 손금으로 인정되어야 한다.

(가) 청구법인의 주장대로 새로 취득한 자기주식을 소각하지 않고 매각하는 경우 기존 투자주식을 승계한 자기주식을 매각한 것이라고 하여 투자주식의 세무상 장부가액을 승계받아 손익을 인식하여야 한다면, 완전모자회사간 합병이라는 경제적 현상은 동일함에도 합병시 신주 교부 여부에 따라 기존 투자주식의 세무상 장부가액의 승계 여부가 달라지게 되어 불합리한 결과가 초래된다. 청구법인이 포합주식에 합병신주를 교부한 후 동 합병신주를 자기주식 형태로 보유하다가 추후 제3자에게 매각하면 합병법인의 순자산이 증가하게 되며 결과적으로 합병법인의 자본이 충실해 질 수 있다. 일부 선행 해석(법인세과-121, 2010.2.9. 등)에서 유증자합병을 인정하면서 합병신주를 매각할 때 손익거래로 보는 것도 이러한 자본충실 효과를 염두해 둔 것이라 보여진다. 그러나, 청구법인은 합병신주를 매각한다 하더라도 합병법인의 순자산은 형식적으로만 증가할 뿐 위 선행 해석에서 의도한 자본충실 효과를 전혀 기대할 수 없고, 단지 형식적인 3주의 신주발행으로 양도차손의 크기를 임의로 조절하는 편법을 통해 탈세만을 시도하였을 뿐이다.

(나) 청구법인과 OOO의 1주당 가치를 평가하여 보면 적정합병비율이 1:0.20519이고, 이 경우 정상적이라면 청구법인이 자기주식을 61,557주 발행하였어야 하나, 청구법인은 투자주식에서 승계되는 세무상 유보잔액을 조기에 손금산입하여 양도차손을 과다계상함으로써 조세를 회피할 의도로 별도의 합병비율 평가없이 오직 양도가액을 최소화시키고자 의도적으로 합병신주를 3주만 발행하였다. 따라서, 공정합병비율에 상당하는 61,557주 중 3주를 발행한 행위는 거래의 실질 측면에서 무증자합병과 같은 거래라고 볼 수 있고, 설령, 법적 형식을 존중하여 유증자합병을 인정하더라도 3주를 제외한 나머지 61,554주는 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행(지급조건, 지급방법 포함) 및 구체적인 정황을 기준으로 판단하여 볼 때, 그 경제적 실질은 청구법인이 단지 법인세를 회피할 목적으로 동 주식수만큼 자기주식을 발행한 후 즉시 소각(자본거래)한 것으로 밖에 볼 수 없는바, 자기주식소각손실로 보아 유보금액을 추인함과 동시에 손금불산입(기타)하여야 한다.

(다) 청구법인은 예규(법인세과-522, 2013.9.30. 등)를 근거로, 완전자회사의 흡수합병 시 합병신주를 발행한 후 자기주식 3주를 제외한 나머지 주식을 즉시 소각된 것으로 가정하더라도 잔존주식의 세무상 취득가액은 당초 전체 합병신주의 취득가액과 같다고 주장하나, 청구법인이 인용한 예규들은 모두 자기주식이 아닌 투자주식의 소각과 관련된 사례들로 청구법인의 사례와 상이하다. 처분청의 과세는 실질과세의 원칙에 따라 청구법인이 투자주식을 대체하여 취득한 자기주식을 스스로 소각하는 거래를 전제하는 것으로, 자기주식소각손실은 자본거래로서 손금에 산입되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

완전자회사를 흡수합병하는 과정에서 소량의 합병신주를 발행한 후 매각하면서 포합주식에 대한 유보잔액을 손금으로 추인한 것에 대하여, 동 금액을 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변서 등에 의하면, 청구법인이 OOO의 주식을 취득한 후 합병신주로 취득한 자기주식을 처분하기까지의 경위는 아래와 같은 것으로 나타난다.

(가) 청구법인은 2004.6.16. 부동산사업부를 물적분할하여 OOO를 설립하였고, 2004～2005년간 투자주식에 대하여 지분법평가손실 OOO원을 계상한 후 이를 세무상 손금불산입(유보)하였다.

(나) 청구법인은 2010.11.3. 완전자회사인 OOO를 흡수합병(적격합병)하여 순자산 OOO원을 장부가액으로 승계하면서 기존 투자주식에 대한 합병대가로 합병신주 3주를 교부하였고, OOO의 이월결손금 OOO원을 승계하였다.

(다) 청구법인은 2010.12.24. 부동산사업부를 인적분할(적격분할)하여 OOO 주식회사를 설립하였는바, 합병으로 인하여 OOO로부터 승계한 이월결손금 OOO원은 승계받은 사업을 분할함으로써 향후 공제하지 못하게 되었다.

(라) 청구법인은 2010.12.28. 자기주식 기존 보유분 20,742주와 합병대가로 취득한 자기주식 3주 등 합계 20,745주를 1주당 OOO원에 OOO 주식회사에 매각하면서 자기주식에 대한 세무상 유보금액 OOO원을 손금산입(△유보)하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 조세를 회피할 목적으로 OOO를 합병하면서 합병신주를 61,557주 발행하였어야 함에도 3주만 발행하여 투자주식에서 승계된 세무상 유보금액을 전액을 손금산입하였으므로 실질과세의 원칙에 따라 자기주식을 발행 후 즉시 소각한 것으로 보아 과세하여야 한다는 의견인바, 처분청이 제출한 관련 증빙의 내용은 아래와 같은 것으로 나타난다.

(가) 청구법인의 2010.9.9.자 내부 기안문서에 의하면, 청구법인은 구조조정의 일환으로 적자법인인 OOO를 흡수합병하기로 하고, 합병일정 등의 계획을 수립하였다.

(나) 청구법인의 2010.9.15.자 내부 기안문서, 합병계약서(2010.9.16.) 및 이사회의사록(2010.9.30.)에 의하면, 청구법인은 2010.9.16. OOO를 무증자합병 방식으로 흡수합병하는 계약을 체결하기로 하였고, 2010.9.16. OOO와 합병계약서를 체결하였으며, 2010.9.30. 이사회를 개최하여 위 합병계약을 승인하였다.

(다) 청구법인의 2010.10.19.자 “OOO 흡수합병 변경추진(안) 검토보고서” 문서에 의하면, 청구법인은 기존에 계약한 무증자합병방식과 합병비율을 6:1(합병신주 50,000주 발행)로 하는 유증자합병방식을 비교·검토하면서, 유증자합병시 취득한 자기주식을 우리사주조합에 매각(1안), OOO 주식회사에 매각(2안), 자기주식을 소각(3안)하는 방안을 검토하였고, 기업공개(IPO)를 추진할 경우 1안, 기업공개(IPO)가 불가할 시 기존의 무증자합병 방식을 유지하는 것이 합리적이라는 결론을 도출한 것으로 나타난다.

(라) 청구법인의 2010.10.29.자 내부 기안문서, 합병계약서(2010.10.29.) 및 이사회의사록(2010.10.29.)에 의하면, 청구법인은 처분청의 예규 및 완전자회사의 흡수합병시 포합주식에 자기주식을 교부하여 향후 자기주식을 처분할 때 처분손실의 계상으로 법인세의 절세가 가능하다는 법무법인의 의견서 등을 토대로 당초 무증자합병 방식을 유증자합병 방식으로 변경하기로 하였고, 2010.10.29. OOO와 무증자합병에서 합병신주 3주(합병비율 1:0.00001)를 교부하는 것으로 변경하는 합병변경계약서를 체결하였으며, 2010.10.29. 이사회를 개최하여 위 합병변경계약을 승인하였다.

(마) 청구법인의 2010.12.10.자 “절세전략” 문서에 의하면, 청구법인은 자기주식 20,745주(합병신주 3주 포함)를 매각할 경우 자기주식처분손실로 인하여 법인세 OOO원의 절세가 가능한바, 과점주주에 대한 간주취득세로 인하여 대주주를 제외한 법인이나 개인을 매수자로 선정할 필요가 있다고 검토하였다.

(바) 청구법인의 2010.12.15.자 “자기주식 양도 및 소각의 건” 문서에 의하면, 청구법인은 자기주식 20,745주(합병신주 3주 포함)를 OOO산업 주식회사에 1주당 OOO원에 양도하기로 하였는바, 1주당 가액은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제26조 제1항 및 제31조의9 제2항 제5호에 따라 시가의 30% 또는 차액이 OOO원이 넘지 않는 범위OOO에서 산정한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 실질과세의 원칙을 적용하여 법인세를 과세하여야 한다는 처분청의 의견에 대하여, 청구법인이 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이며, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이되, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의의 원칙상 법률에 구체적인 부인규정이 마련되어야 하는 것인바, 청구법인이 무증자합병에서 유증자합병으로 변경한 주된 이유는 자사주의 다양한 활용가능성을 염두에 둔 것으로 신규사업 등에 필요한 재무적 투자유치 등에 유용하게 활용하기 위해서였고, 법무법인의 의견서 등 전문가 의견과 경영진의 내부회의를 토대로 수차례의 검토 끝에 절세행위를 선택하여 실행한 것이므로, 조세회피를 목적으로 부당행위를 한 것이 아니라 경제적 이윤을 목적으로 한 사기업의 정당한 행위라고 주장한다.

(4) 청구법인이 제출한 주식회사 OOO의 주요사항보고서(2013.4.29.)에 의하면, 주식회사 OOO는 완전자회사인 주식회사 OOO를 합병하면서 유증자합병(합병신주 300,658주)을 할 경우 자기주식처분시 법인세 절감효과가 있어 회사 및 주주 이익을 위하여 유증자합병하였고, 완전자회사를 유증자합병한 사례로 OOO 주식회사의OOO종합식품 흡수합병(2011.8.8.), 주식회사OOO의 주식회사OOO 흡수합병(2010.10.2.9.)및 주식회사 OOO의 주식회사 OOO 흡수합병(2010.10.29.)이 있다고 기재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「상법」등 관련 법령에서 완전자회사를 흡수합병하는 경우에 유증자합병을 금지하고 있다고 보이지 않는 점, 「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제5호에서 합병에 따라 취득한 주식 등의 취득가액은 종전의 장부가액에 의제배당액 등을 가산하도록 규정하고 있고, 과세관청도 완전자회사를 흡수합병하면서 합병신주인 자기주식을 교부받은 경우 취득가액은 「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제5호에 따라 종전의 장부가액에 의제배당액 등의 금액을 가산한 가액으로 하는 것이며, 동 자기주식을 처분한 경우 매각차손익은 익금 또는 손금에 산입하는 것이라고 해석하였는바(법인세과-121, 2010.2.9.), 합병 전 투자주식(포합주식)의 세무상 유보금액은 합병신주의 취득가액에 포함된다고 보이는 점, 청구법인이 합병신주로 3주만을 발행한 것이 「법인세법」 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제8호 및 제8조의2호 등 부당행위계산 부인 규정에 따른 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우로 보기 어려운 점, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이며, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것인바, 실질과세 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세 회피 행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 명백하고 구체적인 과세근거를 제시하여야 할 것인 점, 처분청은 청구법인이 OOO를 합병하면서 당초 무증자합병 방식으로 계약하였다가 유증자합병 방식으로 변경한 후 합병신주로 공정합병비율에 따른 61,557주가 아닌 3주만을 발행한 것은 포합주식 유보금액의 손금산입과 피합병법인의 이월결손금 승계의 이중혜택을 보기 위한 조세 회피 행위라는 의견이나, 비상장법인간 흡수합병을 하는 경우에 있어 공정한 합병비율에 대한 별도의 규정이 없고, 청구법인은 OOO를 합병한 직후 부동산사업부를 다시 인적분할함으로써 승계받은 이월결손금을 사실상 공제받을 수 없는바, 청구법인의 합병거래가 오로지 조세 회피 목적이었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 OOO를 합병하면서 취득한 자기주식을 매각하면서 포합주식에 대한 유보잔액을 손금으로 추인한 것에 대하여, 처분청이 동 금액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-법인세법 시행령 제72조 제1항 제5호

-법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호

-법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목