[청구번호]조심 2011서1833 (2013. 1. 30.)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준 등을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 세액에서 공제될수있는 외국납부세액이 있다는등의 주장을 다시 할 수 있는 것이므로 경정청구기간 전 사업연도의 법인세액에서 공제되지 아니한 외국납부세액은 경정청구 대상 사업연도의 공제한도 범위 안에서 세액공제를 적용하여야함

[관련법령] 법인세법 제57조

[참조결정]국심2006서2983 / 국심2007중0016

[따른결정]조심2011서1140 / 조심2011서3018 / 조심2012서1460/조심2016부2381

청구법인이 2003사업연도부터 2009사업연도까지 국외원천소득에 대해 납부한 외국법인세액을 손금산입방식에서 세액공제방식으로 변경하여 2008사업연도 및 2009사업연도의 법인세액에서 공제하여 달라는 경정청구에 대하여, 종로세무서장이 2011.2.8. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 2003사업연도부터 2006사업연도까지 납부한 외국법인세액을 「법인세법」 제57조 제1항 제1호 및 같은 법 제2항의 적용대상으로 하여 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 것으로 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003～2009사업연도 법인세 신고시 외국납부세액에 대하여 「법인세법」 제57조 제1항 제2호의 손금산입방식을 선택하여 적용하였다가, 같은 조 제1항 제1호의 세액공제방식으로 변경(당초 손금산입한 외국납부세액을 익금산입하는 수정신고서 제출)하고, 외국납부세액 이월분은 「법인세법」 제57조 제2항의 규정에 의거 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내 이월공제대상으로 보아, 2010.10.22. 2003～2006사업연도에 발생한 외국납부세액을 2008～2009사업연도에 이월하여 공제해 줄 것을 경정청구 하였다.

나. 처분청은 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구할 수 있다고 보아, 2003사업연도부터 2006사업연도의 외국납부세액은 경정청구기한이 경과한 것으로 보아 이월공제를 배제하고, 2007사업연도 외국납부세액만 이월공제하여, 2008사업연도 및 2009사업연도 외국납부세액을 세액공제하는 것으로, 법인세 2008사업연도 OOO원 및 2009사업연도 OOO원을 각각 환급결정하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「국세기본법」 제45조의2에 의거 경정청구 대상 사업연도의 과세표준 및 세액이 변동하는 경우 경정청구가 가능한 바, 외국납부세액이 발생한 사업연도가 아니라 외국납부세액이 공제되는 사업연도를 기준으로 경정청구할 수 있는 것으로, 타 세액공제의 경우에도 과거 신청하지 아니하였거나 특정 방법을 선택하지 아니하였다고 하더라도 이월공제기간에 신청 또는 변경하여 경정이 가능한 것이다. 경정청구기간 경과 판단시 세액이 변동하는 원인이 발생한 사업연도가 아니라 세액에 효력을 미치는 사업연도를 기준으로 판단하는 것이고, 기존의 임시투자세액 공제를 비롯한 여타의 투자세액공제의 유권해석에서도 이월공제 기한내에 신청서를 제출하여 공제하는 것을 허용하고 있다.

외국납부세액에 대하여 세액공제 할 것인지 손금산입 할 것인지는 납세자가 선택할 수 있는 사항으로 과거 선택하였다는 것을 이유로 경정청구를 거부할 수 없는 바, 청구법인이 수정신고한 2003～2006사업연도 외국납부세액 이월분을 2008사업연도 및 2009사업연도의 공제대상에 포함하여야 한다.

나. 처분청 의견

「국세기본법」 제45조의2 제1항의 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 청구할 수 있다.”는 규정 및 국세청 예규(국제세원관리담당관실-433호, 2010.10.5.)에 의거 경정청구기한이 도과한 외국납부세액 이월공제는 불가능하므로, 청구법인이 2003～2006사업연도 외국납부세액을 이월하여 경정청구한 2007～2009사업연도에 대해 청구기한이 도과한 2006사업연도 이전 외국납부세액 이월공제분을 제외하고 환급한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 납부(발생)한 외국납부세액에 대해 손금산입방식에서 세액공제방식으로 변경하는 경정청구와 관련하여, 2003～2006사업연도의 외국납부세액은 경정청구기간이 경과한 것으로 보아 이월공제 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

(2) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(3) 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제57조【외국납부세액공제 등】① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 “외국법인세액”이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제21조 제1호의 규정에 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

1. 제55조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」 기타 법률에 의하여 면제 또는 세액감면을 적용받는 경우에는 대통령령이 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 “공제한도”라 한다)로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하는 방법

② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위안에서 이를 공제받을 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 외국납부세액을 각 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법을 적용하지 아니하고, 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하는 방법을 적용하여 신고하여 왔으나, 2010.10.22. 법인세 수정신고를 통해 2003～2007사업연도의 외국납부세액 공제방식을 손금산입방식에서 세액공제방식으로 변경하는 수정신고 및 경정청구를 하였는 바, 청구법인의 외국납부세액 발생 및 이월액은 아래의 <표1>과 같이 확인된다.

OOO

(가) 청구법인은 2003～2007사업연도에 발생한 외국납부세액을 2008～2009사업연도로 이월하여 공제 할 것을 아래의 <표2>와 같이 경정청구 하였다.

OOO

(나) 청구법인은 외국납부세액에 대하여 세액공제방식으로 변경하면서, 기존 재무제표에 비용 처리되어 있던 외국납부세액의 손금산입금액을 익금산입하고, 납부세액을 증가시키는 수정신고서를 아래의 <표3>과 같이 제출하였다.

OOO

(다) 청구법인의 수정신고(익금산입)로 인하여 2008사업연도 및 2009사업연도의 소득금액은 증가하고, 2008년에 공제되는 이월결손금이 감소하여 산출세액이 아래의 <표4> 와 같이 증가하였다.

OOO

(2) 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 경정청구 검토보고서 및 법인세 경정결의서를 보면, 처분청은 청구법인이 2008사업연도 및 2009사업연도의 산출세액에서 공제되는 외국납부세액 공제금액에서 2003～2006사업연도 이월분은 공제대상에서 제외된다 하여, OOO원의 경정청구에 대하여, 2007사업연도부터 2009사업연도까지의 외국납부세액만 세액공제 대상으로 보아, OOO원의 세액을 환급결정하고, OOO원에 대하여는 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

OOO

(3) 청구법인은 2003～2006사업연도의 외국납부세액도 경정청구 대상 사업연도에 이월하여 공제하여야 한다는 주장으로 주요 논거는 아래와 같다.

(가) 경정청구는 외국납부세액이 발생한 사업연도(2003～2006사업연도)가 아니라 외국납부세액이 공제되는 사업연도(2008～2009사업연도)를 기준으로 청구할 수 있는 것이므로, 2003사업연도에 발생한 외국납부세액은 5년간 이월공제가 가능하고, 2008사업연도의 과세표준 및 세액에 영향을 미치는 것이며, 2004사업연도～2007사업연도에 발생한 외국납부세액은 5년간 이월공제가 가능하고, 2009사업연도의 과세표준 및 세액에 영향을 미치는 것이다.

(나) 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 정한 경정청구기한은 과세표준 및 세액에 영향을 미치는 사업연도의 법인세 신고기한 익일부터 기산하여 3년을 적용하는 것(OOO, 2007.1.10.)인 바, 청구법인의 경정청구대상 사업연도(2008사업연도 및 2009사업연도)는 각 사업연도의 신고기한(2009.3.31. 및 2010.3.31.)부터 3년 이내인 2010.10.22. 청구되었으므로 적법한 청구에 해당된다.

(다) 타 세액공제의 경우에도 과거 신청하지 아니하였거나, 특정 방법을 선택하지 않았다 하더라도 이월공제기간에 신청 또는 변경하여 공제받을 수 있는 것으로, 임시투자세액공제는 이월공제기간 내에 공제신청서를 제출한 때에는 관할 세무서장이 이를 경정하여야 하는 것이고, 연구 및 인력개발비 세액공제는 납세자가 선택한 방법이 있더라도 과세관청이 납세자에게 유리하다면 유리한 방법에 따라 산출된 공제세액을 적용(대법 2000두3115, 2002.1.22. 외 다수 같은 뜻)하여야 한다.

(라) 외국납부세액공제는 조세혜택이 아닌 이중과세방지가 목적으로서, 손금산입과 세액공제라는 방법 중 하나를 신청하는 것은 공제방식의 선택에 불과하고, 과거 세액공제를 신청하지 않았다 하더라도 이월공제기한내에 세액공제를 신청한 경우 공제를 허용하는 것이 법취지에 부합하다.

(마) 청구법인은 2003∼2007사업연도에 대하여는 당해 사업연도의 결손금을 감소시키는 수정신고를 하였는 바, 2003∼2006사업연도의 경우 이를 경정청구로 받아들여 경정청구기간이 도과하였다고 보는 것은 부당하고, 청구법인은 2010.10.22. 과거 손금산입하였던 사업연도(2003～2007)의 외국납부세액을 익금에 산입하여, 과세표준신고서에 기재된 결손금을 감소시키는 수정신고서를 2010.10.22. 제출한 것으로, 2003∼2007사업연도는 청구법인이 경정을 청구한 것이 아님에도 불구하고, 처분청이 이를 경정청구로 보아 2003∼2006사업연도의 경우 경정청구기간이 도과하였다는 의견은 부당하다.

(4) 처분청은 산출세액에서 공제되는 세액공제 금액을 증가시키는 경정청구는 실제로 산출세액에서 공제되는 사업연도를 기준으로 하여 경정청구기한을 산정하여야 한다는 의견이다.

(가) 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 국세청 예규(국제세원관리담당관실-433호, 2010.10.5.)에는 경정청구기한이 도과한 외국납부세액의 이월공제는 불가능하다고 보고 있다.

(나) 따라서, 청구법인이 2003～2006사업연도 외국납부세액을 이월하여 경정청구한 2007～2009사업연도에 대해 청구기한이 도과한 2006사업연도 이전 외국납부세액 이월공제분을 제외하고 환급한 처분은 정당하다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 2003사업연도부터 2006사업연도에 청구법인이 납부한 외국납부세액은 경정청구기간이 도과되어 경정청구대상이 아니라는 의견이나, 「국세기본법」(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 제2호에 의하면, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과하는 경우 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있도록 규정하고 있고, 국세부과의 제척기간이 만료된 후라도 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지는 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고가 가능한 것(기획재정부 조세정책과-386, 2011.3.30., 같은 뜻임)인 바, 청구법인이 2003～2007사업연도에 납부(발생)한 외국납부세액을 손금산입 방식에서 세액공제 방식으로 변경하는 수정신고서를 제출한 것은 관련 법령에 따른 적법한 수정신고로 판단된다.

또한, 외국납부세액 공제방식을 적용할 경우 당초 신고한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고할 과세표준 및 세액을 초과하는 2008사업연도 및 2009사업연도에 대하여는 경정청구대상 사업연도의 법정신고기한(2009.3.31., 2010.3.31.) 익일부터 3년 이내인 2010.10.22.에 청구법인이 경정청구를 제기하여, 「국세기본법」 제45조의2에 따른 적법한 경정청구에 해당되는 것이고, 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위내에서 이를 공제할 수 있도록 「법인세법」 제57조 제2항에서 규정하고 있는 바, 청구법인은 2003사업연도부터 2006사업연도까지 당초 손금에 산입하였던 외국납부세액을 익금산입하는 수정신고를 통하여 당초 손금산입방식에서 세액공제방식으로 변경되었으므로 2003사업연도부터 2006사업연도의 법인세액에서 공제되지 아니한 외국납부세액은 2008사업연도 및 2009사업연도의 공제한도 범위 안에서 세액공제를 적용 하여야 할 것임에도, 처분청이 2003사업연도부터 2006사업연도까지 청구법인이 납부(발생)한 외국납부세액에 대해 2008사업연도 및 2009사업연도에 이월하여 세액공제를 하여달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.