제2001-169호 (2001.04.29)

취득

기각

부동산취득일로부터 4년이내에 기업부설연구소를 설치하지 아니하고 사무실 등의 다른 용도로 사용한 경우에는 기업부설연구소 등으로 사용하기 위하여 취득한 것이 아니라 사무실 등으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보아야 하기 때문에 이 또한 청구인의 주장을 받아 들일 수 없다고 하겠으므로 처분청에서 기과세면제한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단됨

지방세법 제282조【기업부설연구소용 부동산에 대한 면제 】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 1997.3.6. 설립된 청구인이 2000.8.30.○○시○○구○○동○○번지소재○○빌딩(○○호내지○○호,○○호,○○호)내의 건축물 291.39㎡와 동 건축물의 부속토지 46.67㎡(이하 “이 시건 부동산”이라 한다)를 기업부설연구소용으로 취득한 후 같은 날 구지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제282조의 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 감면신청함으로서 감면처리하였으나 2001.4.19.○○시의 세무지도점검시 이 사건 부동산의 건축물 291.39㎡중 33㎡만 기업부설연구소로 사용하고 잔여면적 258.39㎡는 사무실로 사용하고 있으므로, 사무실로 사용하고 있는 건축물과 동 부속토지에 대한 취득가액(817,970,100원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제138조제1항제3호의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,631,280원, 농어촌특별세 1,799,530원, 등록세 88,340,770원, 지방교육세 16,195,800원, 합계 125,967,370원(가산세 포함)을 2001.8.18. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1997.3.6. 소프트웨어 도·소매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2000.8.30. 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 건축물 137.47㎡를 기업부설연구소로 계속 사용하면서 2001.11.6. 동 면적을 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인정(제19991531호)을 받아 타 용도로는 사용한 사실이 없고 또한 구지방세법제282조 및 같은법시행령 제228조에서 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득일로부터 4년이내에 과학기술부장관의 인정을 받은 것은 취득세 및 등록세 등을 면제하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 부동산의 취득일로부터 4년이 경과한 이후에 과세면제여부를 결정하여야 함에도 이 사건 부동산 취득일로부터 1년도 경과하지 아니한 2001.8.18. 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득일로부터 4년이내에 사무실용으로 사용하고 있는 경우에 기과세면제한 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한 부과처분인지의 여부에 관한 것이라 하겠으므로,

먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 구지방세법(200.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제282조에서 “대통령령이 정한 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 2년이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제228조에서 “법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년이내에 기술개발촉진법시행령 제14조의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다”라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.8.30. 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 같은 날 구 지방세법 제282조의 규정에 의하여 취득세 및 등록세 등을 과세면제받았으나 2001. 4.19. ○○시의 세무지도점검시 이 사건 부동산의 건축물 291.39㎡중 33㎡만 기업부설연구소로 사용하고 잔여면적 258.39㎡는 사무실로 사용하고 있으므로, 처분청에서 사무실로 사용하고 있는 건축물과 동 부속토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이 사건 부동산의 건축물 291.39㎡중 137.47㎡를 기업부설연구소로 계속 사용하면서 2001.11.6. 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 인정(제19991531호)을 받아 타 용도로는 사용한 사실이 없다고 주장하고 있으나,

청구인은 2000.8.30. 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 2000.9.16. 과학기술부장관의 권한위탁을 받은 한국산업기술진흥협회로부터 이 사건 부동산의 건축물 291.39㎡중 33㎡(201호)를 청구인의 기업부설연구소로 인정(제19991531호)받았을 뿐만 아니라, 2001.4.19. ○○시 세무담당공무원(세무운영과 지방세무주사 ○○○)의 지도점검 결과보고서에서는 청구인이 취득한 건축물중 33㎡만 기업부설연구소로 사용하고 있다는 사실 등이 등재되어 있는 점으로 미루어 보면, 청구인은 취득한 건축물중 33㎡만 기업부설연구소로 사용한 것으로 보아야 하고, 비록 이 사건 취득세 등의 부과처분(2001.8.18)을 받은 후인 2001.11.6. 기업부설연구소 면적을 33㎡에서 135.47㎡로 변경신고하여 수리되었다고 하더라도 이미 설립된 조세채권의 행사에는 영향을 줄 수 없는 것으로 판단되며,

또한 청구인이 구 지방세법 제282조 및 같은법시행령 제228조에서 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득일로부터 4년이내에 과학기술부장관의 인정을 받은 것은 취득세 및 등록세 등을 면제하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 부동산의 취득일로부터 4년이 경과한 후에 과세면제여부를 결정하여야 함에도 이 사건 부동산 취득일로부터 1년이 경과하지 아니한 시점에 과세면제여부를 판단하여 이 사건 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있지만,

동 규정은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득하였으면 취득일로부터 4년이내에 타 용도로 사용하지 아니하고 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 과정을 거쳐 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 경우에 한하여 취득세 등을 면제한다는 규정이므로, 부동산취득일로부터 4년이내에 기업부설연구소를 설치하지 아니하고 사무실 등의 다른 용도로 사용한 경우에는 기업부설연구소 등으로 사용하기 위하여 취득한 것이 아니라 사무실 등으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보아야 하기 때문에 이 또한 청구인의 주장을 받아 들일 수 없다고 하겠으므로 처분청에서 기과세면제한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 4. 29.

행 정 자 치 부 장 관