학교법인이 부동산을 취득하여 비과세 유예기간 내 교육사업용으로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부(경정)

처분청이 2004.1.9. 청구인에게 부과 고지한 취득세 51,872,900원, 농어촌특별세 4,755,000원, 등록세 17,921,220원, 지방교육세 3,285,540원, 합계 77,834,660원을 취득세 20,830,520원, 농어촌특별세 1,909,440원, 등록세 7,844,220원, 지방교육세 1,438,100원, 합계 32,022,280원으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1997.9.3. (재)ㅇㅇㅇ와 사회복지법인 ㅇㅇㅇ로부터 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지상의 건축물 577.68㎡(이하 “제1부동산”이라 한다)와 ㅇㅇ번지외 3필지 대지 44,335㎡ 및 그 지상건축물 2,497.5㎡(이하 “제2부동산”이라 한다)를 증여받아 취득한데 대하여 교육사업용 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였고, 1999.8.12. 증여받은 토지의 일부인 ㅇㅇ번지상에 건축물 1,467.1㎡(이하 “제3부동산”이라 한다)를 신축하여 그 중 379.5㎡를 임대한 후 그 임대부분에 대한 취득가액을 과세표준으로 취득세 등을 1998.9.4. 신고납부하자 이를 징수하고, 나머지 부분은 교육사업용 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 이 사건 제1·2·3부동산 전체를 교육사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 청구인의 재산목록 대장상 평가액을 과세표준(2,161,371,000원)으로 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 51,872,900원, 농어촌특별세 4,755,000원, 등록세 17,921,220원, 지방교육세 3,285,540원, 합계 77,834,660원을 2004.1.9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 대학설립을 조건으로 (재)ㅇㅇㅇ 등으로부터 제1·2부동산을 증여받아 1997.7.31. 교육인적자원부에 대학설립허가신청을 하였으나, 1997.12.5. 대학설립허가요건 미충족을 이유로 허가신청서가 반려되어 부득이 비과세 유예기간을 경과한 것으로서, 이는 청구외 ㅇㅇㅇ렌탈(주)가 증여자인 청구외 (재)ㅇㅇㅇ를 채무자로 하여 교지 일부에 대하여 가압류를 한 때문으로 교육인적자원부는 학교법인설립허가 조건에 따라 가압류도 말소하여야 한다고 함에 따라 청구인은 청구외 ㅇㅇㅇ렌탈(주)에 수 차 가압류 해제를 요청하였으나 (재)ㅇㅇㅇ와 ㅇㅇㅇ렌탈(주)간의 소송진행으로 해결이 불가능하였다가 2003.8.30. 가압류등기가 말소되어 2004.9.1. 또는 2005.3.1.을 개교예정일로 하여 대학설립을 추진하고 있고, 또한 청구인이 학교법인설립허가요건을 충족하지 못하여 대학설립허가를 받지 못하고 학교법인이 해산된다면 대학설립을 조건으로 한 이 사건 증여계약은 원인무효이고, 이로 인한 취득 및 등록행위 자체도 무효가 되므로 이 사건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 부동산을 취득하여 비과세 유예기간 내에 교육사업용으로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(1999.12.28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기·등록일)부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 구 같은법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16673호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다고 규정하고, 그 제2호에서 교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체라고 규정하고 있으며, 같은 법 제111조제1항 및 제2항에서 취득세의 과세표준은 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제130조제1항에서 부동산(…)에 관한 등록세의 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의하되, 다만 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 제1·2부동산을 1997.9.3. 증여받았고, 제3부동산은 1999.8.12. 신축 취득한 다음 일부 임대한 부분에 대하여 취득세 등을 1999.9.4. 신고납부한 사실과 1997.3월경 학교법인 설립허가신청을 하여 1997.7.16. 조건부로 허가를 받은 다음 1997.9.30. 교육인적자원부에 허가조건 이행보고를 하면서 교지 등에 근저당 설정이 없는 것으로 보고하였으며, 1997.7.31. 학교명칭은 ㅇㅇ대학원대학으로, 개교예정일은 1998.3.1.로 하여 대학설립허가 신청을 하였으나 1997.12.5. 교지에 대한 가압류를 이유로 관련 서류를 반려받은 사실과 2003.4.15. 미개교 학교법인 실태조사서를 제출하면서 개교예정일을 2004.3.1.이라 하였고, 그 후 2003.9.30. 교육인적자원부로부터 학교법인설립허가조건 이행촉구 및 허가취소 등 계고통지를 받은 다음 2003.10.20. 제출한 법인설립허가조건 이행상황과 대학설립추진상황 및 향후 추진계획에서는 2004.6.30.까지 학교법인 설립허가 조건을 충족하고, 2004.7.30.까지 대학설립허가신청 서류준비를 완료할 것이며, 2004.8.1.에 2004.9.1. 또는 2005.3.1. 개교예정으로 대학설립허가신청서를 제출할 계획이라고 한 사실과 청구외 ㅇㅇㅇ렌탈(주)는 이 사건 부동산 일부에 가압류등기를 하였다가 2003.8.30. 이를 말소한 사실 및 2001.4.10. 청구외 ㅇㅇ기도원신용협동조합이 임차보증금과 관련하여 이 사건 부동산 일부에 가압류를 집행하였다가 2002.8.16. 임차보증금반환청구소송을 제기하여 현재까지 소송이 진행중에 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 교지 일부에 대한 가압류로 인해 대학설립이 지연되어 부득이 비과세 유예기간을 경과하였고, 현재 대학설립을 추진하고 있으므로 유예기간을 경과하였다고 하여 비과세한 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 법인이 토지 취득시에 이미 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것이라는 대법원 판례(2000두10038, 2002.4.26)에 비추어 볼 때, 청구인은 1997.7.16. 학교법인 설립허가를 받을 당시 교지 등에 근저당권이 설정되어 있는 경우 말소하는 조건으로 허가를 받은 사실과 1997.12.5. 교지에 대한 가압류를 이유로 대학설립허가신청이 반려된 사실 및 학교법인 설립허가를 받은 후 6년이 경과한 2003.9.30. 교육인적자원부장관으로부터 “학교법인 설립허가 요건을 이행하지 못하고 있으므로 설립허가 취소 및 학교법인의 해산사유에 해당된다”는 계고통지를 받은 점 등에서 보는 바와 같이 학교법인 설립허가 장애요인을 해소시키지 아니하면 부동산을 목적사업에 사용할 수 없다는 사실을 충분히 알 수 있었다 하겠으므로 유예기간 내에 가압류등기를 말소하고 이 사건 부동산을 목적사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였어야 함에도 1998.5.23. 가압류권자인 ㅇㅇㅇ렌탈(주)에 대하여 가압류 해제요청을 하였을 뿐, 계속하여 개교예정일을 연기하고 있는 사실 등으로 볼 때 청구인이 고유목적에 직접 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유가 있었다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 유예기간을 넘긴 귀책사유가 청구인에게 있다 하겠으므로 처분청의 이 사건 부과처분은 잘못이 없다 할 것이다. 다만, 제1·2부동산은 증여에 의한 취득이므로 취득세 등의 과세표준은 시가표준액을 적용하였어야 함에도 청구인이 제출한 재산목록 대장상 평가액을 적용하였고, 제3부동산은 청구인이 1999.9.4. 일부 임대부분에 대하여 취득세 등을 신고납부하였음에도 이를 공제하지 아니하였으므로 이 부분에 대한 취득세 등의 부과처분은 잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 하겠으나 처분청은 과세표준 적용과 세액산정에 있어서 일부 잘못이 있다 하겠으므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 3. 29.

행 정 자 치 부 장 관

참조조문

유사 판례