1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 가.

피고가 2008. 3. 15. 원고에 대하여 한 2002 사업연도...

1. 처분의 경위

가. B 주식회사(이하 ‘B’이라고만 한다)는 2002. 6. 25. 이사회에서 그 사업 중 정밀화학 사업부문을 별도로 분할, 설립되는 법인으로 하여금 영위하도록 하는 내용으로 결의하였고, 이에 따라 2002. 9. 15. 정밀화학제품 등의 제조 및 판매를 사업목적으로 하는 원고가 설립되어 B으로부터 정밀화학 사업부문의 자산 및 부채를 분할기준일 전일인 2002. 9. 14. 당시의 장부가액 그대로 각 승계받았다

(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다). 나.

원고는 2003. 3. 31. 피고에게 감가상각방법 및 내용연수를 각 신고(이하 ‘이 사건 내용연수 신고’라 한다)하였는데, 이 사건 내용연수 신고서에 기재된 내용연수범위, 신고내용연수 및 신고상각방법은 B이 이전에 피고에게 신고한 그것과 모두 동일하였다.

다. 원고는 2003. 3.경부터 2007. 3.경까지 피고에게 2002 사업연도 내지 2006 사업연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고함에 있어, 감가상각자산의 취득가액은 B의 당초 취득가액을 기준으로, 내용연수는 B에서 상각되고 남은 잔여내용연수를 기준으로 각 감가상각범위액을 산정하여 감가상각비를 각 해당 사업연도의 손금으로 계상하였다. 라.

그러나 피고는 원고의 2002 사업연도 내지 2006 사업연도의 각 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 계산함에 있어, 감가상각자산의 취득가액은 B의 당초 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한 가액을 기준으로, 내용연수는 B이 기왕에 상각한 기간을 공제하지 않고 이 사건 내용연수 신고서에 기재된 내용연수 전체기간을 기준으로 각 감가상각범위액을 산정한 다음, 원고가 손금으로 각 계상한 감가상각비 중 2002 사업연도 감가상각비 1,190,404,531원, 2003 사업연도 감가상각비 4,876...