매입대금을 손금산입하여야 한다는 주장의 당부(경정)

OOO세무서장이 2007. 1.12. 청구법인에게 한2002년 제1기 부가가치세 13,391,530원, 2002년 제2기 부가가치세 772,270원 및 2002사업연도 법인세 16,383,450원의 부과처분은 매입세액9,909,080원 및 공급가액 99 ,090,000원을 각각 증액경정된 세액의 범위내에서 매입세액 공제 및 손금산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 각 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOOOO (O)OOOOO(이하 “청구법인”이라한다)라는 상호로 도·소매 유류를 판매하는 업체로 부가가치세 및 법인세 신고시 2001사업연도 28,877,000원, 2002사업연도 20,005,000원, 2003사업연도 4,529,000원, 2004사업연도 49,038,400원, 합계 102,443,000원을 매출누락한 사실과 2002사업연도에 52,000,300원을 매입원가로 이중 계상한 사실이 있다.

처분청은 2006.11.15부터 2006.11.28 사이에 청구법인의 법인세 통합조사를 실시하면서 위 매출누락 사실 등을 적출하여2007. 1.12 청구법인에게 2007.1.12 청구법인에게2002년 제1기 부가가치치세 13,391,530원, 2002년 제2기 772,270원과 2002사업연도 16,383,450원, 을 각 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007. 3.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOOO OOO OOO OOO OOOOO OO OOOOO OOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2002. 1.31. 매입세금계산서〔공급가액 99,090,911원, 부가가치세 9,909,089원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)〕를 교부받았으나, 청구법인의 부주의로 당해 과세기간의 부가가치세 신고시 제출하지 못하였으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하고, 2002사업연도 법인소득금액 계산상 쟁점세금계산서상의 매입금액을 손금에 산입하여 이 건 처분을 감액경정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 매입장 및 상품수불부가 없으며, 매입에 상응하는 매출이 없으므로 부가가치세 매입세액공제 및 법인세 손금산입은 곤란하고, 쟁점매입액을 인정할 경우 매매이익율로 환산하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세금계산서(99백만원)상의 매입세액을 공제하고 그 매입대금을 손금산입하여야 한다는 청구법인 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조【경 정】① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

(2) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2.(생 략)

(3) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. (생략)

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조의 2 제3항의 규정에 의하여 교부받은 신용카드매출전표 등을 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 청구외법인으로부터 2002. 1.31. 쟁점세금계산서를 교부받았으나, 청구법인의 부주의로 당해 과세기간의 부가가치세 신고시 제출하지 못하였으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하고, 2002사업연도 법인소득금액 계산상 쟁점세금계산서상의 매입금액을 손금에 산입하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인이 쟁점세금계산서를 청구외법인으로부터 매입한 사실과 부가가치세 신고시 제출하지 않아 매입세액을 공제받지 않은 사실 및 동 매입금액을 손금산입하지 않은 사실에 대하여는 청구법인 과 처분청간의 다툼이 없다.

(나) 청구외법인은 청구법인과 거래하고 교부한 쟁점세금계산서를 2002년 제1기 예정 부가가치세 신고시 공급가액 99,090,000원의 매출세금계산서제출합계표를 정당하게 제출한 것으로 확인되고 있다.

(다) 청구법인은2002. 1. 4～2002. 7. 8.사이에 청구외법인으로부터 유류공급대가 215,496,000원을 공급(쟁점세금계산서 포함)받고청구법인의 OOOOO OO(OOOOOOOOOOOOO)에서2002. 1. 4.～2002. 7. 8.사이에158,350,000원을 청구외법인의 OOOO(OOOOOOOOOOOOOOOO)로34차례에걸쳐 이체한 사실과 2002. 1.17.～2002. 1.28. 사이에 청구외법인의 OO OOOOO OO(OOOOOOOOOOOOOOOO)에 현금과 자기앞수표 등 46,740,000원을 6회에 걸쳐 무통장 입금하는 등 총 40회에 걸쳐 205,090,000원을 이체한 사실이 청구법인 및 청구외법인의 예금통장 사본에 의하여 확인된다.

(라) 위 사실관계 등을 종합해 보면, 이 건 관련법령인 부가가치세법 제17조 제2항 및 동법 시행령 제60조 제1항 제2호에서 사업자가 교부받은 세금계산서를 예정신고 또는 확정신고와 함께 정부에 제출하지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것을 원칙으로 하되, 예외적으로 사업자가 확정신고 기한내에 교부받은 세금계산서를 제출하지 아니하였다 하더라도 추후 동법 제21조의 규정에 의하여 경정할 때 경정기관의 확인을 받아 정부에 제출하는 경우에는 그 매입세액을 공제토록 하고 있는 바,

청구법인이 청구외법인으로부터 실제로 유류를 구입하고 그 대금을 청구외법인의 예금계좌로 지급한 후 쟁점세금계산서를 수취한 사실 이 확인되는 점, 거래상대방인 청구외법인이 2002년 제1기중 청구법인에게 쟁점세금계산서에 상당하는 금액의 유류를 판매하고 이에 대한 부가가치세를 신고·납부한 사실이 확인되는 점, 청구법인이 2002년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액을 신고누락하고 그 매입금액을 법인소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건의 경우 쟁점세금계산서는 적법한 세금계산서로 동 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 동 매입금액을 법인소득금액 계산상 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

다만, 매입세액 공제 및 손금산입하는 금액은 국세기본법 제22조의2(경정등의 효력) 제1항 규정에 의하여 각각 증액경정된 세액의 범위내로 한정하는 것이 타당하다고 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례