조심2011전0977 (2011.12.30)

법인

기각

청구법인은 쟁점자산이 수익사업에 사용되는 자산이 아니라 고유목적사업에 직접 사용하는 자산으로 법인세 과세대상이 아니라고 주장하나, 쟁점자산은 청구법인이 병원건물로 사용하기 위하여 취득하였고 취득 이후에 인테리어공사를 하였으며 실제 남경의료재단에 출연하여 병원건물로 사용하고 있으므로 청구법인이 쟁점자산 취득 이후 아무런 용도로 사용하지 아니하다 처분하였다 하더라도 병원용 토지 및 건물로서 수익용 자산에 해당하므로 청구주장은 받아들이기 어려움

법인세법 제3조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.7.25. 설립되어 OOO서 노인요양전문병원을 운영하고 있는 비영리법인으로서, 2007.9.18. 충청남도 OOO소재 토지 5,726㎡ 및 그 위 건물 3,478㎡(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 취득하여 분원을 설립하고자 하였으나 분원설립이 어렵게 되자 2008.12.17. 독립 의료법인인 OOO의료재단을 설립하고 2008.12.24. 쟁점자산 등 자산과 부채를 출연(증여)하였다.

나. 대전지방국세청장은 2010년 8월경 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점자산을 OOO의료재단에 출연하면서 감정평가기관의 감정평가액 OOO백만원과 장부가액 OOO차액 OOO고정자산처분이익으로 보아 익금산입하고, 청구법인의 2008사업연도 고유목적사업준비금 한도초과로 손금불산입하였던 고유목적사업비 OOO중 2008사업연도 과세소득 증가(고정자산처분이익 OOO)에 따른 고유목적사업준비금 설정한도 증가액(OOO50% 상당액)인 OOO손금추인하여 2010.12.9. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「법인세법 시행령」제2조는 수익사업의 범위에 관하여 각 사업 중 수익이 발생하는 것에 한정하고 있으므로 비영리법인이 수익사업에 사용하기 전까지의 자산은 비영리법인의 고유목적사업인 비수익사업으로 구분경리되어야 한다. 즉, 청구법인은 대전광역시와의 협의를 통하여 충청남도 천안시에 분원 설치허가를 받은 상태에서 쟁점자산을 분원설치 목적으로 취득하였고, 쟁점자산을 OOO의료재단에게 증여하는 시점까지 쟁점자산을 보유하였을 뿐 수익사업에 사용한 사실이 없어 쟁점자산은 비수익사업용 자산에 해당하고, 비영리내국법인이 비수익사업용 자산을 다른 비영리내국법인에게 출연하는 때에는 그 자산의 시가와 장부가액의 차액을 과세하지 않는 것이므로 OOO고정자산처분이익으로 보아 과세함은 부당하다.

(2) 쟁점자산을 수익사업용 자산으로 볼 경우, 처분청은 쟁점자산의 시가를 2008.10.24. OOO감정평가법인이 감정평가한 OOO으로 보아 장부가액 OOO백만원과의 차액 OOO백만원을 고정자산처분이익으로 보았으나, ① 쟁점자산에 대하여 당초 OOO감정평가법인이 감정평가한 날로부터 10개월 후인 2009.8.24.에 OOO감정평가사(신OOO)가 재차 감정평가를 실시하여 OOO백만원으로 평가한 점에 비추어 특별한 가격변동의 요인이 없음에도 가격차이가 크게 발생한 것은 당초의 감정평가액이 신뢰성이 결여되어 있다고 볼 수 있으며, 자산별 감정평가액 중 ② 인테리어 평가액 OOO백만원은 쟁점자산 취득 이후 리모델링 관련 비용으로 OOO백만원을 지출하였고, 이를 장부에 계상한 바 있음에도 공사업체인 OOO엔지니어링과의 공사계약서를 근거로 부풀려 평가되었고, ③ 의료장비 평가액 OOO백만원은 OOO의료재단으로 출연하기 이전 청구법인의 장부에 보통재산으로 OOO백만원이 존재하였던 가액이며, ④ 수목 등 OOO백만원은 별도로 장부에 계상한 사실이 없고, 이미 토지의 장부가액에 포함된 점 등에 비추어 OOO감정평가법인의 감정평가액은 비영리법인을 설립하는 과정에서 대출 등의 목적으로 임의평가증한 가액으로서 실질과 차이가 있고, 쟁점자산은 형식적 이전에 불과하여 자산의 양도에 따라 현금의 유입 등 순자산의 변동이 있는 것도 아니므로 취득원가를 알 수 있는 장부가액을 근거로 쟁점자산의 가액을 평가함이 타당하다.

(3) 쟁점자산에 대한 청구법인의 장부가액 OOO백만원과 OOO의료재단의 장부가액 OOO백만원과의 차이는 자산의 취득 및 평가에 있어서 임의평가증감을 인정하지 않는 현행 세법의 규정을 인지하지 못한 회계담당자의 실수에 기인한 것이므로 청구법인의 장부가액 OOO백만원을 신뢰성 있는 가액으로 보아 쟁점자산의 가액을 평가함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점자산 소재지인 충청남도로부터 분원설립에 대한 허가를 받은 사실이 없고, 수익사업용 자산인지 여부는 출연당시만으로 판단하는 것이 아니라 출연 전후의 사실관계를 종합적으로 검토하여 파악하여야 하는 바, 쟁점자산은 취득 후 병원용 건물로 사용하기 위하여 출연 전 청구법인이 인테리어 등 개·보수를 실시하였고, 출연 이후에는 쟁점자산이 병원용 건물로 사용되고 있는 등 출연 이후에도 수익사업을 계속 영위하였으므로 수익사업용 자산에 해당한다.

(2) 감정평가기관이 감정평가한 쟁점자산의 가액이 과다하게 평가되었다는 객관적인 증빙의 제시 없이 청구법인에게 불리한 상황이 됨에 따라 동 평가액을 부인하는 것은 수용하기 어렵고, 청구법인이 추가로 제출한 감정평가서(OOO감정평가사무소)는 평가시기가 출연시점 2008.12.24.로부터 10월이 경과한 2009.8.24.이고, 개인 감정평가사의 감정평가서로서 신뢰성이 떨어진다. 또한, 청구법인 이외의 법인에 출연하는 자체가 양도에 해당하여 쟁점자산은 등기부등본 및 청구법인의 장부상 OOO의료법인에게 실질적으로 소유권이 이전되었으므로 형식적 양도라는 주장은 이유 없다.

(3) 청구법인은 쟁점자산을 토지 OOO백만원, 건물 OOO백만원 합계 OOO백만원을 장부에 계상하였으나, OOO의료재단은 토지 OOO백만원, 건물 OOO백만원, 구축물 OOO백만원 합계 OOO백만원을 장부에 계상하고 인테리어, 수목의 금액 OOO백만원을 누락하였는 바, 당초 감정평가액을 시가로 보아 청구법인의 장부가액과의 차액을 고정자산처분이익으로 하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 다른 의료재단에 출연한 쟁점자산(병원부지 및 건물)이 비수익사업용 자산에 해당하는지 여부

(2) 쟁점자산의 양도가액을 감정평가법인의 감정평가액을 근거로 고정자산처분이익을 계산한 것에 대하여,

① 토지 및 건물과 인테리어·의료장비·수목 등의 감정평가액이 임의평가증되어 신빙성이 부족한 것으로 보아 장부가액을 근거로 계산할 수 있는지 여부

② 쟁점자산의 출연받은 법인의 장부가액 OOO억원이 청구법인의 장부가액 OOO억원을 착오기재한 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및사업서비스업등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

3. 「소득세법」제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

제24조【기부금의 손금불산입】① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 사업연도의 소득금액(제2항의 규정에 의한 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금(이하 "법정기부금" 이라 한다)에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “법정기부금의 손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 기관(병원을 제외한다)에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금

제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(괄호 생략)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제37조【기부금의 가액 등】① 법인이 법 제24조의 규정에 의한 기부금을 금전외의 자산으로 제공한 경우 당해 자산의 가액은 이를 제공한 때의 시가(시가가 장부가액보다 낮은 경우에는 장부가액)에 의한다. 다만, 법 제24조 제2항 각 호의 규정 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항 각 호의 규정에 따른 기부금에 대하여는 장부가액으로 한다.

제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업" 이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 대전광역시 OOO노인요양전문병원을 운영하고 있는 비영리법인으로서, 2007.9.18. 쟁점자산을 취득하여 분원을 설립하고자 하였으나 주무관청으로부터 분원설립허가를 받지 못하게 되자 2008.12.17. 독립 의료법인인 OOO의료재단을 설립하고 2008.12.24. 기본재산으로 쟁점자산 OOO백만원(토지 5,726㎡ OOO백만원, 건물 3,478.18㎡ OOO백만원, 구축물 104.7㎡ OOO백만원), 보통 재산 OOO억원 및 부채 OOO백만원을 출연하였는데, 쟁점자산의 출연 당시 청구법인의 장부에 계상된 쟁점자산의 가액은 토지 OOO백만원, 건물 OOO백만원, 합계 OOO백만원으로 나타난다.

(2) 주식회사 OOO감정평가법인(이하 “OOO감정평가법인”이라 한다)이 청구법인의 의뢰를 받아 2008.10.24. 작성한 감정평가서에 의하면, 가격시점은 2008.10.16., 평가목적은 자산실사, 제출처는 OOO평가내용은 토지 5,726㎡ OOO백만원, 건물 3,298.28㎡ OOO백만원, 구축물 104.7㎡ OOO백만원, 인테리어 1식 OOO억원, 의료장비 1식 OOO백만원, 수목 860주 등 OOO백만원 합계 OOO백만원으로 기재되어 있고, 감정평가사 신OOO이 서명날인한 것으로 나타난다.

(3) 중부지방국세청 소속 조사공무원이 제출한 청구법인에 대한 세무조사 종결보고서에 의하면, 청구법인이 OOO의료재단에 쟁점자산 출연 시 OOO감정평가법인에 의뢰한 쟁점자산의 감정평가액 OOO백만원과 청구법인의 장부상 쟁점자산의 장부가액 OOO백만원의 차액 OOO백만원을 고정자산처분이익으로 보아 익금산입하고, 당초 청구법인의 2008사업연도 고유목적사업준비금 한도초과로 손금불산입하였던 고유목적사업비 OOO백만원 중 고정자산처분이익 증가에 따라 함께 증가된 고유목적사업준비금 한도액 OOO백만원(OOO백만원의 50% 상당액)을 손금추인하는 한편, 청구법인이 OOO의료재단에 출연한 쟁점자산의 시가와 장부가액의 차액 OOO백만원을 지정기부금으로 보아 손금산입하고, 동 지정기부금 미계상액 OOO백만원이 고유목적사업준비금 한도초과액에 해당하는 것으로 보아 손금불산입한 것으로 나타난다.

(4) 쟁점①에 관하여 살펴본다.

(가) 「법인세법」 제3조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제2조 제1항의 규정에 의하면 비영리내국법인의 수익사업에는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것이 포함되고, 같은 법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하면 비영리내국법인의 고정자산처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 법인세 과세대상이 되고, 다만 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 “직접 사용”하는 경우에는 동 고정자산의 처분으로 생기는 수입은 제외하고 있다.

(나) 살피건대, 청구법인은 쟁점자산이 수익사업에 사용되는 자산이 아니라 고유목적사업에 직접 사용하는 자산으로서 법인세 과세대상이 아니라고 주장하나, 쟁점자산은 청구법인이 병원건물로 사용하기 위하여 취득하였고, 취득 이후에 인테리어공사를 하였으며, 실제 OOO의료재단에 출연하여 병원건물로 사용하고 있으므로 청구법인이 쟁점자산 취득 이후 아무런 용도로 사용하지 아니하다 처분하였다 하더라도 병원용 토지 및 건물로서 수익용자산에 해당하므로 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점②에 관하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 OOO감정평가사무소에서 2009.8.24. 작성한 쟁점자산에 관한 감정평가서를 제출한바, 동 감정평가서에 의하면 평가의뢰인은 청구법인, 평가목적은 담보, 제출처는 OOO지점, 가격시점은 2009.8.21., 평가내용은 건물 3,298.28㎡ OOO백만원, 토지 5,726㎡ OOO백만원, 옥탑 등 104.7㎡ OOO백만원, 합계 OOO백만원으로 기재되어 있고, 감정평가사 신OOO이 서명날인한 것으로 나타난다.

(나) OOO감정평가법인과 OOO감정평가사무소에서 각 작성된 감정평가서를 비교해 보면, OOO감정평가법인은 인테리어비용을 건물가액과 분리하여 평가한 반면, OOO감정평가사무소는 인테리어비용을 건물가액에 포함하여 평가하였고, 토지가액 결정 시 비교표준지 선정, 지가변동률, 지역요인 등은 동일하나, 기타요인 보정율을 달리 적용하여 OOO감정평가법인은 OOO/㎡, OOO감정평가사무소는 OOO/㎡을 지가로 적용한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 OOO감정평가법인 및 OOO감정평가사무소의 감정평가인이 동일하고 특별한 가격 변동 요인이 없음에도 불구하고 가격 차이가 발생한 점 등에 비추어 OOO감정평가법인의 감정평가액을 쟁점자산의 시가로 볼 수 없다고 주장하나, OOO감정평가법인의 감정평가액은 청구법인이 쟁점자산을 2007.8.18. 취득한 후 2008.12.24. OOO의료재단에 출연하기 직전(2008.10.24.)에 관할관청에 제출하기 위하여 자산실사 목적으로 평가한 것인 반면, OOO감정평가사무소의 감정평가액은 청구법인이 쟁점자산을 OOO의료재단에게 출연한 2008.12.24. 이후에 담보목적으로 작성(2009.8.24.)한 것인 점, 쟁점자산에 대하여 2회에 걸친 감정평가를 감정평가사 신OOO이 모두 하였으나, 당초의 감정평가는 OOO감정평가법인의 소속으로, OOO감정평가사무소의 감정평가는 개인평가사로서 평가한 것으로서 차이가 있는 점, OOO감정평가법인의 인테리어, 의료장비, 수목등 평가는 그 자산의 세부명세별로 구분하여 가격을 평가한 것으로서 인테리어 감정평가액 OOO백만원은 공사시공업체 OOO엔지니어링과의 공사계약서상 가액이고, 의료장비의 감정평가액 OOO백만원은 장부가액 OOO백만원보다 오히려 적으며, 그 차이는 청구법인의 전체 의료장비가액 OOO백만원 중 OOO의료재단에 출연된 장비의 가액이고, 수목 등 평가액 OOO백만원은 토지가액과는 별개로 평가한 가액으로서 중복 평가한 가액이 아님 등에 비추어 볼 때, 쟁점자산에 관한 OOO감정평가법인의 감정평가액을 시가로 인정할 수 없다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 할 것이다.

(라) 한편, 청구법인은 회계담당자의 실수로 쟁점자산에 관한 청구법인의 장부가액(OOO백만원)과 OOO의료법인의 장부가액(OOO백만원)간에 차이가 난다고 주장하나, 위 (다)에서 쟁점자산에 관한 OOO감정평가법인의 감정평가액을 시가로 인정한 이상 이 또한 받아들이기 어려운 주장이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.