[사건번호]조심2012서4989 (2012.12.20)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조 제3항

[참조결정]조심2010중2363 / 조심2012서3605

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 2002.5.15. 취득(사용승인)한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.12.26. 양도한 후「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세가 전액감면되는 것으로 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득이고, 이를 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하여 2012.5.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.18. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

조특법 제99조의3은 신규주택 수요창출을 통하여 부동산 경기의 회복을 지원하고 주택건설을 촉진할 목적으로 신축주택취득 기간내에 취득한 뒤 5년 이내 양도한 주택에서 발생한 양도소득에 대한 과세특례를 규정한 것으로서, 이러한 입법취지 상 과세특례 대상 소득금액을 계산하는 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 취득당시의 기준시가를 모두 쟁점주택 취득당시의 기준시가를 의미하는 것으로 해석되었고 이는 과세관청이나 납세자 모두 수년간 관행적으로 이를 받아들여졌다. 그럼에도 불구하고 과세관청은 분모의 취득당시의 기준시가를 이와 달리 보는 새로운 해석(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)을 소급적용하여 이 건 과세처분을 한 것이므로 이는 소급과세금지원칙을 규정한 「국세기본법」제18조를 위배한 것이며, 설령 과세처분이 타당하다고 하더라도 기존의 예규 및 정형화된 서식에 따라 감면신청을 한 청구인에게는 세법을 위반하여 신고하고자 하는 고의성도 없었으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

조특법 제99조의3은당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를감면하도록 명확히 규정되어 있으므로종전주택 양도소득 금액은 당연히 감면소득금액에서 배제되는 것이고, 과세관청의 기존의 예규[재산세과-227(2009.1.20) 등]도재건축주택에 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석하고 있었다. 아울러, 납부불성실가산세를 감면하여야 한다는 주장 또한일반분양자 및 국세청 해석에 따라 종전주택양도소득금액을 감면배제하여 신고·납부한 납세자와의 형평을 부당히 침해하는 것이므로이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보고 이를 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택 취득계약서, 쟁점주택 공급계약서·임시사용승인서·양도계약서, 청구인의 양도소득세 신고서, 처분청의 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 1997.2.28. 종전주택을 OOO,OOO,OOO원에 취득한 후 추가부담금 OOO원을 납부하고 이를 재건축하였으며, 쟁점주택이 2002.5.15. 사용승인되자 2006.12.26. 이를 OOO원에양도하였고,

그에 따라 발생한양도소득 전액(장기보유특별공제를 과소공제한 결과 OOO원으로 계산됨)에 대하여 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

(나)이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액(OOO원)을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하였다.

OOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOOOO

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였는바, 이는 다음과 같은 이유로 타당하고 「국세기본법」제18조가 규정한 소급과세금지원칙 등을 위배한 처분이라는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다고 할 것이다.

(가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는「주택법」에 따른 주택조합 또는「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득만이 그 대상이라고 할 것이다.

(나) 한편, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(나)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다.

<감면대상 소득금액 계산식>

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(다) 한편, 「국세기본법」제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(청구인은 서면4팀-2109, 2005.11.11. 등을 제시하였다)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 세법의 해석이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 볼 수 없으므로 이를 이유로 하여 이 건 과세처분 전체 혹은 가산세 부과처분을 취소하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다(조심 2012서3605, 2012.10.11. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.