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기각
물류사업용 부동산을 취득한 후 유예기간내(2년)내에 매각한 경우 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부
조세심판원 조세심판 | 조심2013지0009 | 지방 | 2013-02-22
[사건번호]

[사건번호]조심2013지0009 (2013.02.22)

[세목]

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지]쟁점부동산을 취득한 후 2년 이상 물류사업에 직접 사용하지 아니하고 이를 매각한 사실이 확인되는 이상 기 감면한 취득세(가산세 포함)를 추징한 처분은 달리 잘못이 없음

[관련법령]

[관련법령] 지방세법 제280조

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 2009.10.28. 도척물류단지 내에 소재한 경기도 OOO를 취득하고, 쟁점1토지상에 지하 1층, 지상 3층의 창고시설 9,531.52㎡(이하 “쟁점 건축물”이라 하고, 쟁점1토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 2010.6.10. 사용승인을 받은 데 대하여 구「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제280조 제5항 제2호 규정에 의거 물류사업용에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 보아 취득세와 등록세 등을 면제하였다.

나. 그 후 처분청은 2012년 2월에 실시한 청구법인에 대한 세무조사에서 청구법인이 2012.1.2. 쟁점 부동산을 주식회사 OOO에 매각한 사실을 확인하고, 물류사업 용도에 2년 이상 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 쟁점부동산 및 쟁점2토지(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 당초 면제하였던 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계OOO,OOO,OOOO(OOO OO)을 2012.3.20. 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.3. 이의신청을 거쳐 2012.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점1토지를 2009.10.28. 취득하고, 2009.11.10.부터 그 지상에 창고신축을 위한 준비작업(2009.12.14. 도급계약 및 2009.12.15. 건축허가)을 시작하여 2010.6.10. 쟁점건축물을 신축한 후 물류사업용으로 직접 사용하다가 2012.1.2. 주식회사 OOO에 양도하였는바, 쟁점1토지는 취득 후 1년 이내에 직접 사용을 개시한 다음 그 사용일로부터 2년 이상 직접 사용한 경우에 해당하여 추징대상에 해당하지 아니하고, 쟁점2토지는 매각한 바 없으므로 추징대상에서 제외되어야 함에도 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 라면 및 발효유 등의 식품을 생산·유통하는 법인으로서 오랜 기간 라면업계의 후발주자로 경영상 곤란을 겪다가 기대치 않았던 OOO의 매출증대로 라면사업의 분리를 통해 당해 사업부분을 기사회생시키고자 2012.1.2. 쟁점 부동산을 주식회사 OOO에 양도하게 되었는바, 라면사업부분의 효율적 운영을 위해 전국적인 사업부분OOO을 동시에 양도하는 과정에서 쟁점부동산을 함께 양도한 것은 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 데에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.

(3) 설사, 이 사건 부동산이 추징대상에 해당한다 하더라도, 이 사건 부동산의 경우 감면세액의 추징요건 판단이 상당히 어려워 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리임이 명백한 사건이므로 신고불성실 가산세를 제외하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 구 「지방세법」제280조 제5항 제2호에서 물류사업에 “직접 사용”이라 함은 취득한 부동산을 화물의 운송, 보관, 하역 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 물류사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하며, 한편, 지방세 법령에서 감면 규정에 유예기간을 부여하고 있는 취지는 부동산의 취득자가 당해 부동산을 감면받은 용도에 직접 사용하기 위해서는 준비기간(인·허가 및 건물신축, 물류설비의 설치 등)의 소요가 불가피함을 반영하여 각 용도에 따라 일정 기간을 유예기간으로 설정하고 그 기간을 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 인정하고 있는 것일 뿐, 인·허가 등의 행정절차를 거쳐 건축물의 신축이 진행되고 있는 토지를 물류사업 자체에 직접 사용되고 있다고 볼 수는 없는 것이며, 건축물이 준공된 후 당해 건물과 그 부지를 물류사업용으로 사용하는 시점부터 비로소 당해 토지가 물류사업에 직접 제공되고 있다고 인정되므로 그 사용일부터 2년이상 그와 같은 사용을 유지하여야만 감면요건을 충족하게 되는 것이나,쟁점1토지의 경우 그 지상에 쟁점건축물이 신축(2010.6.10.)된 후 1년 7개월여만인 2012.1.2. 쟁점1토지를 포함한 쟁점부동산을 양도하였고, 도척물류단지 내에 공용으로 설치된 오폐수처리시설이 있는 쟁점2토지의 경우, 쟁점부동산의 양도시점부터 청구법인의 물류사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로 이 사건 부동산의 사용일부터 2년 이상 물류사업용에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것이라 하겠다.

(2) 구 「지방세법」제280조 제5항 본문 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법인내부의 사정이 아닌 법인외부의 불가항력적인 사정, 즉 천재ㆍ지변 등이나 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 당해 법인으로서는 어쩔 수 없는 불가피한 사유를 말하며, 법인내부의 사정으로는 목적사업에 사용하는 데 소요되는 준비기간의 장단 등 객관적으로 누구나 납득이 가는 사유만을 의미하는 것이고 단순히 법인의 일상적인 내부사정인 자금부족이나 수익상의 문제 등은 이에 해당하지 않는다 할 것인바(대법원 1998.11.27. 선고, 97누5121 판결 참조),

청구법인의 경우, 경영합리화를 추구하는 과정에서 스스로의 사업판단에 따라 쟁점 부동산을 주식회사 OOO에 양도하기로 결정한 것으로서 이는 천재ㆍ지변 등이나 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 당해 법인으로서는 어쩔 수 없는 불가피한 사유에 해당하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(3) 「지방세법」에 의한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 규정된 신고납부 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로, 납세자의 고의 또는 과실은 고려하지 아니하는 것이고 또한 법령의 부지 또는 오인 역시 가산세가 면제될 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002.2.8. 선고, 200두1652 판결 참조)할 것인바,

취득세와 등록세는 납세의무자가 스스로 조세채무의 성립요건의 충족을 조사ㆍ확인하고 자신의 책임하에 과세표준액과 이에 대하여 관계법령의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고·납부하여야 하는 이른바 신고납부방식에 의한 조세일 뿐만 아니라, 이 사건 부동산을 취득할 당시 처분청이 당해 부동산을 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하거나 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 면제된 취득세와 등록세를 추징한다는 문구가 기재된 지방세 감면통지문을 발송하였음에도 기 감면받은 취득세 등을 신고납부하지 아니한 이상, 신고납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 물류시설의 건축허가 시점부터 부속토지를 물류사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

② 경영의 효율화를 위하여 물류사업용 부동산을 계열사에 양도한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 인정할 수 있는지 여부

③ 가산세를 포함하여 부과한 처분의 정당여부

나. 관련법령

제120조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세ㆍ과세면제 또는 경감 받은 후 당해 과세 물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 될 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유 발생일로부터 30일 이내 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제121조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제120조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조부터 제112조까지의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조 의 규정에 의하여 신고하지 아니하거나 신고한 세액이 산출한 세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 산출한 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 “가산율”이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제150조의2(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

제151조(부족세액의 추징 및 가산세) 등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제280조(중소기업 등의 지원을 위한 감면) ⑤ 대통령령이 정하는 물류단지 안에서 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면한다. 다만, 그 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

2. 물류사업을 영위하고자 하는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날로부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제226조의2(유통단지 및 유통사업의 범위) ① 법 제280조 제5항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령이 정하는 물류단지"란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제22조에 따른 물류단지를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009.10.28. OOO 내 쟁점1토지 및 쟁점2토지를 취득한 후 2009.12.15. 쟁점1토지상에 창고시설인 쟁점건축물에 대한 건축허가를 받아 2010.6.10. 사용승인을 받았다.

(2) 청구법인은 2011.12.15. 주식회사 OOO와 라면 및 음료사업과 그 사업에 필요한 쟁점부동산 등을 양도하는 영업양수도(부동산 이전) 계약을 체결하였으며, 위 계약을 원인으로 2012.1.2. 주식회사 OOO에게 소유권이전등기가 경료되었다.

(3) 청구법인이 주식회사 OOO와 체결한 ‘영업양수도계약서’(부동산 이전)의 주요 내용을 보면, 청구법인이 영업의 일부로 영위하는 라면, 음료 등의 식품제조와 국내유통판매 및 해외수출 영업에 필요한 자산(부동산, 동산 등 자산, 부채, 영업권 일체)을 주식회사 OOO에 이전하고, 주식회사 팔도는 이를 양수하며, 전체 양수도 대금은 OOO으로 한다고 되어 있다.

(4) 처분청이 이 사건 토지 중 주식회사 OOO에 매각하지 아니한 쟁점2토지의 사용현황에 대하여 제출한 자료를 보면, 쟁점부동산을 포함한 도척물류단지 내에 필요한 오폐수처리시설이 쟁점2토지를 포함한 전체 필지 등에 공용으로 설치되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 위 사실관계와 관계법령을 종합하여 쟁점별로 살펴본다.

(가) 쟁점①, 물류시설의 건축허가 시점부터 쟁점1·2토지를 직접 사용한 것으로 보아 2년 이상 물류사업에 직접 사용한 것으로 인정할 수 있는지 여부를 보면, 청구법인이 쟁점1·2토지를 취득하여 건축허가 등 인·허가를 받은 행위는 물류사업에 직접 사용하기 위한 준비기간(1년)에 해당하는 것이며, 물류사업용 건축물인 쟁점건축물이 준공된 시점에서 비로소 물류사업에 제공되어 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠으므로, 건축허가 받은 시점부터 물류사업에 직접 사용한 것으로 볼 수는 없다 하겠고, 한편, 도척물류사업단지 내 공유시설인 오폐수처리시설이 설치된 쟁점2토지의 경우, 쟁점1토지와 같이 양도되지는 아니하였으나, 청구법인의 물류사업에 직접 사용되던 쟁점부동산이 주식회사 OOO에 매각된 이상, 그 이후부터는 청구법인의 물류사업과 관련이 없는 상태가 되어 쟁점건축물의 준공시점부터 2년 이상 물류사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 없다고 하겠다.

(나) 쟁점②, 청구법인이 경영의 효율화를 위하여 쟁점부동산을 계열사에 양도한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 인정할 수 있는지 여부를 보면, 구 「지방세법」제280조 제5항 본문 규정에서의 “정당한 사유”라 함은 법인내부의 사정이 아닌 법인외부의 불가항력적인 사정, 즉 천재ㆍ지변 등이나 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 당해 법인으로서는 어쩔 수 없는 불가피한 사유를 말하며, 법인내부의 사정으로는 목적사업에 사용하는 데 소요되는 준비기간의 장단 등 객관적으로 누구나 납득이 가는 사유만을 의미하는 것이고, 단순히 법인의 일상적인 내부사정인 자금부족이나 수익상의 문제 등은 이에 해당하지 않는다 할 것인바(대법원 1998.11.27. 선고, 97누5121 판결 참조), 청구법인이 단순히 경영효율화 등을 위하여 쟁점부동산을 매각한 것은 청구법인의 수익상의 문제 등 내부적인 경영사정으로 볼 수 있으므로, 쟁점부동산을 양도한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 인정하기는 어렵다고 하겠다.

(다) 쟁점③, 가산세를 포함하여 부과한 처분의 정당여부를 보면,세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의나 과실은 고려되지 않고, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 1995.11.7. 선고 95누92 판결 등 참조), 취득세와 등록세는 신고·납부방식의 지방세로서 신고·납부 미이행에 대한 1차적인 책임은 납세자에게 있는 것이라 하겠고, 청구법인이 이 사건 부동산의 취득세 등을 면제받은 후 양도하여 당초 면제받은 세액을 신고납부하기 어려운 사실을 달리 인정하기 어렵다고 하겠으므로 처분청이 가산세를 포함하여 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

(라) 따라서, 위 (가)~(다)에서 설시한 바와 같이 청구법인의 주장을 모두 받아들이기 어렵다고 하겠으므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항「국세기본법」 제81조제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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