사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부(경정)

OO세무서장이 2007.1.8. 청구인에게 한 2006년 제2기분 부가가치세 11,264,510원의 부과처분은 2006.8.31. 청구인이 주식회사 OOOO으로부터 교부받은 공급가액 530,000,000원의 세금계산서의 공급시기를 2006.9.30.로 하고, 위 세금계산서 공급가액중 9,786,930원{32,500,000원×(530,000,000원÷1,600,000,000원)÷1.1}을 사실과 다른 금액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구인은 골판지 포장지를 제조하여 판매하는 사업자로 2006.5.2. OOOO OOO OOO OOO OOOOOOO, 같은 리 OOOOOOO, 같은 리 OOOOOOO, 같은 리 OOOOOOO번지의 공장(대지 5,218㎡, 건물 1,812㎡, 이하 “쟁점공장”이라 한다)을 주식회사 OOOO으로부터 16억원(계약금 2억원은 계약일에, 중도금 13억원은 2006.6.15, 잔금 1억원은 2006.8.31.)에 취득하기로 부동산매매계약을 체결한 후 2006.6.15. 쟁점공장에 대한 소유권이전등기를 하였으며, 2006.8.31. 쟁점공장중 건물부분에 해당하는 공급가액 530,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액으로 하여 신고하였다.

처분청은 쟁점공장의 공급시기를 소유권이전등기일인 2006.6.15.로 보고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 신고납부불성실가산세 등을 가산하여 2007.1.8. 청구인에게 2006년 제2기분 부가가치세 11,264,510원을 경정하여 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.3.9. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점공장을 취득하면서 잔금지급일 전에 소유권이전등기를 한 것은 매도인 주식회사 OOOO의 채무가 복잡하여 이를 사전에 정리하기 위한 것으로, 부동산매매계약서에 잔금 지급일이 2006.8.31.로 되어 있고, 잔금중 일부를 2006.8.22.부터 2006.10.12.까지 나누어 지급하였을 뿐만 아니라 쟁점공장에 임차인으로 있던 안OO이 2006년 10월 중순경에 공장을 이전하였고, 2006.10.9. 전화 이전, 2006.10.9. 경비 시스템을 설치 등 쟁점공장을 잔금약정일 이후에 실제로 사용하였음에도 불구하고 소유권이전등기일을 공급시기로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 신고납부불성실가산세 등을 가산하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

부가가치세 신고시 쟁점공장의 공급시기를 판단할 수 있는 증빙서류를 제출하지 않았고, 쟁점공장에 대한 소유권이 잔금지급 약정일(2006.8.31.) 전인 2006.6.15. 이전등기되었으므로 공급시기를 소유권이전등기일로 보아야 하며, 이에 따라 2006.8.31. 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 신고납부불성실가산세 등을 가산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매매로 취득한 공장의 잔금지급일 전에 소유권이전등기를 하고 잔금지급일을 공급시기로 하여 세금계산서를 교부받은 경우 공장의 공급시기를 소유권이전등기일로 보고 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

③ ∼ ⑤ (생 략)

제17조【납부세액】

① (생 략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생 략)

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. ∼ 5. (생 략)

③ ∼ ⑥ (생 략)

제22조 【가산세】

① ∼ ③ (생 략)

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

⑤ ∼ ⑧ (생 략)

2) 부가가치세법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19215호로 개정되기 전의 것)

제21조【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 현금판매ㆍ외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때

2. 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 반환조건부판매ㆍ동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때

4. ∼ 12. (생 략)

② ∼ ⑤ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

1) 청구인이 주식회사 OOOO으로부터 쟁점공장을 취득하면서 잔금 지급약정일(2006.8.31.) 전인 2006.6.15. 소유권이전등기를 한 사실과 잔금 지급약정일 이후 2006.9.6. 10,000,000원을 비롯하여 2006.10.12. 3,500,000원까지 4차례에 걸쳐 최종잔금 32,500,000원을 지급한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2) 청구인은 쟁점공장을 취득하면서 부동산매매계약서과 같이 잔금은 2006.8.31.까지 지급하기로 하였으나 임차인의 사업장 이전 지연 등으로 실제로는 2006년 10월경에 쟁점공장을 인도받았음에도 불구하고 소유권이전등기일을 공급시기로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다고 주장하면서, 부동산매매계약서, 합의각서, 예금통장사본, 전화 및 시스템 경비, 전기설비 안전관리 대행계약서 사본 등을 증빙서류로 제출하고 있다.

2006.5.2. 작성된 쟁점공장에 대한 부동산매매계약서를 살펴보면, 쟁점공장을 16억원(토지 1,070,000,000원, 건물 530,000,000원)에 매매하기로 하고, 계약금 2억원은 계약일에, 중도금 13억원은 2006.6.15.까지, 잔금 1억원은 2006.8.31.까지 각각 지급하기로 하고, 특약사항에 잔금지급일(2006.8.31.)까지의 전기료 등 부담 및 세입자에 대한 명도를 매도자가 책임진다고 기재되어 있으며, 2006.9.8. 청구인과 양도자, 임차인 안OO과의 3인이 작성한 공장명도에 대한 최종합의각서에는 매도자 주식회사 OOOO 및 임차인 안OO은 2006.9.23.까지 청구인이 공장이전 및 기계설치 작업을 할 수 있도록 공장전체를 비우고, 2006.9.30.까지 청구인에게 공장건물 및 부지 전체를 명도하는 것으로 기재되어 있다.

또한, 쟁점공장의 매매대금중 최종잔금을 지급하였다는 청구인의 OO예금통장 사본(OOOO OOOOOOOOOOOOOO)에는 2006.8.22. 5,000,000원, 2006.9.6. 10,000,000원, 2006.9.21. 5,000,000원, 2006.10.11. 14,000,000원, 2006.10.12. 3,500,000원을 각각 인출한 것으로 되어 있으며, 전화 및 시스템 경비, 전기설비 안전관리 대행계약서 사본에는 2006.10.9. 종전사업장(경남 OO 한림면 안곡리 300)의 전화를 쟁점공장으로 이전하였고, 같은 날에 쟁점사업장의 시스템경비를 주식회사 OOO과 계약하였으며(2006.10.10.부터 경비개시), 2006.11.1.부터 주식회사 OOOOOO 명의로 주식회사 OOOOOOOOO과 자가용 전기설비 안전관리대행 계약을 체결한 것으로 되어 있다.

3) 한편, 재화의 공급시기에 관한 관련법령을 살펴보면, 부가가치세법 제9조에서 재화의 공급시기는 재화가 인도되는 때 또는 이용가능하게 되는 때로 하되, 공급시기가 도래하기 전에 재화에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있다.

4) 이상과 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점공장을 취득하면서 공장을 실제로 이용가능하게 된 날(2006.9.30.) 및 최종잔금의 지급일(2006.10.12.) 전인 2006.6.15. 소유권이전등기를 하였으나 부가가치세법상 재화의 공급시기는 소유권이전등기와 관계없이 재화가 인도되는 때 또는 이용가능하게 되는 때로 규정하고 있어 청구인이 쟁점공장을 실제로 이용가능하게 된 날인 2006.9.30.을 공급시기로 보는 것이 타당한 것으로 판단되며, 쟁점공장의 공급시기를 2006.9.30.로 보는 경우 공급시기를 2006.8.31.로 하여 교부받은 쟁점세금계산서 공급가액중 2006.8.31. 현재 대가를 지급하지 아니한 9,786,930원[2006.9.6.∼2006.10.12. 지급액 32,500,000원 × {530,000,000원(건물가액) ÷ 1,600,000,000원(건물 및 토지가액)} ÷ 1.1]은 공급시기를 달리하는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점세금계산서의 공급시기를 2006.6.15.로 보고 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 5월 17일

주심국세심판관 박 동 식

배심국세심판관 주 영 섭

허 병 우

장 인 태

참조조문

유사 판례