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[사건번호]
조심2011구0582 (2011.08.24)
[세목]
증여
[결정유형]
경정
[결정요지]
쟁점토지는 청구법인의 단기차입금으로 취득하여 출연받은 재산으로 보기 어렵고, 증여세를 면제받은 사실이 없으며, 비영리법인이 출연받은 재산이 아닌 직접 유상으로 취득한 재산의 경우는 취득당시 증여세 과세사유가 성립될 여지가 없으므로, 이 건 증여세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[관련법령]
상속세 및 증여세법 제2조【증여세과세대상】 / 상속세 및 증여세법 제16조【공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】 / 상속세 및 증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】
[참조결정]
조심2010구3122 /
[주 문]
1. OO세무서장이 2010.10.14. 청구법인에게 한 2005.5.20. 증여분 증여세 2,990,981,450원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 1983.6.11. 설립한 학교법인으로, 1995.7.28.부터 1995.11.13. 기간동안 취득한 OOOO OOO OO OOO OOOOO번지 외 10필지의 토지(아래 <표1> 목록 1～8의 토지를 이하 “쟁점토지”라 하고, 목록 9～11의 토지는 “쟁점외토지”라 한다)를 2005.5.20. 청구법인의 특수관계자인 청구외 황OO(이하 “황OO” 이라 한다)에게 4,500,000,000원에 양도하고, 2005.3.1.～2006.2.28.사업연도 법인세 신고시 쟁점토지 및 쟁점외토지에 대한 양도차익 1,342,710,000원(양도가액 4,500,000,000원, 취득가액 3,157,289,990원)을 유형자산처분이익으로 계상하였다.
<아 래> 청구법인의 쟁점토지 및 쟁점외토지 취득 및 양도내역
나. 황OO은 2005.5.25. 쟁점토지를 매수인 서OO이 지정하는 청구외 OOOOOOO주식회사(이하 “OOOOOOO”라 한다)에게 10,350,000,000원에 매각하는 매매계약을 체결하였다.(매매계약서에는 계약금과 중도금이 없이 2006.6.30. 잔금으로 일시불로 지급하는 것으로 되어 있고, 부동산등기부등본에는 2005.5.25. 가등기 설정 후 2006.6.29. 소유권이전등기)
다.OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2009.10.29.부터 2010.1.22.까지 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과,청구법인이 2005.2.28. 황OO 및 서OO과 쟁점토지에 대하여 3자간 매매약정을 체결하여, 황OO이 서OO으로부터 쟁점토지의 매매대금 10,350,000,000원을 수령하였음에도, 특수관계자인 황OO에게 쟁점토지와 쟁점외토지를 4,500,000,000원에 양도하여 조세를 부당하게 감소시켰다고 보아, 처분청에 쟁점토지 및 쟁점외토지의 시가11,401,962,900원(황OO이 OOOOOOO에 양도한 쟁점토지의 가액 10,350,000,000원과 쟁점외토지의 감정평가금액인 1,051,962,900원의 합계)과 대가4,500,000,000원의 차액 6,901,962,900원은 부당행위계산부인 대상에 해당된다는 과세자료를 통보하였다.
라. 처분청은 위 과세자료 통보에 따라, 청구법인에게 2010.2.12. 시가와 대가의 차액 6,901,962,900원을 익금산입하여 2005.3.1.～2006.2.28.사업연도 법인세 2,935,837,610원을 경정·고지하였고, 동 익금산입 상당액은 황OO에게 기타소득으로 소득처분한 후 2010.2.16. 소득금액변동통지를 하였으며, 2010.10.14. 쟁점토지 및 쟁점외토지는 공익법인이 출연받은 재산의 사후관리규정 적용대상으로, 시가와 대가의 차액 6,901,962,900원은 공익목적 이외의 목적으로 사용한 것으로 보아 증여세 2,990,981,450원을 결정·고지하였다.
마. 한편, 청구법인은 2010.9.1. 청구법인에게 한 법인세 고지금액 2,935,837,610원을 황OO에게 구상권을 청구하여 2010.9.15. 전액 회수받았으므로, 2010.11.12. 이를 황OO에게 기타소득으로 소득처분한 금액(6,901,962,900원)에서 제외하여야 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2010.12.21. 법정신고기한으로부터 3년이 경과하였고, 후발적 사유에 의한 경정청구의 대상도 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부처분하였다.
바.청구법인은 이에 불복하여 2010.11.12. 이의신청을 거쳐, 2011.1.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 「상속세 및 증여세법」제2조 제2항의 규정에 의하면 “증여재산에 대하여 소득세법에 의한 소득세 및 법인세법에 의한 법인세가 수증자에게 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다.” 라고 명백히 규정되어 있음에도, 처분청이 부당행위계산 부인규정에 따라 법인세와 소득세가 과세된 양도가액과 시가의 차액 6,901,962,900원에 대하여 증여세를 다시 과세 한 것은 동일한 재산에 대하여 이중과세를 하는 것이므로 부당하다.
처분청은「상속세 및 증여세법」제 48조 제2항 1호 규정은 공익법인이 출연받은 재산을 고유목적에 사용하지 않은 경우에 대한 세무상 제재와 관련하여 증여세를 부과하는 것이므로 이중과세 조정이 불필요하다고 하나, 쟁점토지의 양도건처럼「상속세 및 증여세법」제 48조 제2항 제1호 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등의 규정과 「법인세법」 제 52조 부당행위계산부인의 규정이 동시에 적용되어 동일한 재산에 대하여 법인세가 선행 과세된 후 증여세가 과세되는 경우 비영리법인이 영리법인에 비해 더 높은 납세의무를 부담하는 불리한 결과가 발생되고, 동일한 재산에 대한 이중과세 조정과 관련하여 세법에서는 이를 조정하는 별도의 규정이 없는 점 등 헌법의 조세평등주의에 위배되므로 이건 과세한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인과 특수관계자인 황OO에게 쟁점토지를 저가로 양도하면서 양도대가와 시가의 차액을 황OO의 귀속으로 하여 기타소득으로 소득처분을 하고 이에 대하여 법인세를 납부하였으나, 청구법인은 황OO이 청구법인에 피해를 준 것으로 판단하여 법인세 상당액에 대한 구상권을 행사하여 2009.9.15. 2,935,837,610원을 회수하였으므로, 이는 후발적 경정청구의 사유에 해당하고, 실질과세 원칙에 의하여 부당행위계산부인액 중 법인세 부담분은 기타소득 처분에서 제외하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 처분청은 법인세와 증여세는 별개의 세목이므로 각 세법에 특별한 규정을 두지 않은 이상 세목별 법령을 그대로 적용하여 과세하면 되는 것이고, 쟁점토지의 양도건과 같이 법인세가 선행과세된 후에 증여세가 과세되는 경우 양도차익 계산시 취득가액을 조정할 수 있는 경우에 해당하지도 않으며, 나아가「상속세 및 증여세법」제 48조 제2항 제1호 규정은 공익법인이 출연 받은 재산에 대하여 출연시점에 증여세를 면제하는 대신 그 출연재산 및 그 재산으로부터 얻어지는 수익을 공익사업에 사용토록 하고 사후관리 요건을 위반할 경우 세법상 제재 성격으로 증여세를 과세토록 하는 규정이므로 쟁점토지의 양도건에 법인세와 증여세를 함께 과세한 것은 이중과세가 아니므로 당초 처분은 타당하다.
(2) 청구법인이 2010.11.12. 처분청에 제기한 경정청구는 법정신고기한으로부터 3년이 경과하였고, 청구법인은 소득의 귀속이 황OO에게서 청구법인으로 변경되어 후발적 경정청구의 사유에 해당한다고 주장하고 있으나, 「국세기본법」제45조의2 제2항 제2호의 “소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때”라 함은 과세관청의 결정이나 경정에 의하여 제3자에게 귀속을 변경함으로 인하여 당초 소득처분받은 자가 경정청구기간 경과로 필요한 처분을 받지 못하는 것을 구제하기 위한 규정으로 청구법인이 소득처분된 금액을 회수한 행위와 전혀 관련 없는 것으로 후발적 사유로 인한 경정청구 대상에 해당되지 아니한다.
설령, 경정청구 대상이라고 할지라도 「법인세법 시행령」제106조 제4항 단서규정에 의하면 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 사외유출된 금액을 회수하고 소득처분을 사내유보로 할 수 없다고 하고 있으므로 조사청의 조사가 종결된 이후인 2010.9.15. 반환받은 금액에 대하여 당초 기타소득으로 처분한 것은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 쟁점토지 및 쟁점외토지를 특수관계자에게 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 법인세를 과세하고, 동 쟁점토지 및 쟁점외토지는 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 사후관리대상으로 보아 증여세를 과세하는 것이 이중과세에 해당하는지 여부
(2) 청구법인에게 기타소득으로 소득금액변동통지 한 금액에서 청구법인이 특수관계인에게 구상권을 청구하여 반환받은 금액을 차감할 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 상속세 및 증여세법 제2조【증여세과세대상】①타인의 증여로 인하여 증여일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 증여재산이 있는 경우에는 그 증여재산에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 증여세를 부과한다.
1. 재산을 증여받은 자(이하 "수증자"라 한다)가 거주자(본점 또는 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다.)인 경우에는 거주자가 증여받은 모든 증여재산
③ 이 법에서 "증여"라 함은 그 행위, 또는 거래의 명칭, 형식, 목적 등에 불구하고 경제적가치를 계산할 수 있는유형, 무형의 재산을 타인에게 직접 또는 간접적인 방법에 의하여 무상으로 이전하는 것 또는 기여에 의하여타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다.
제16조【공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입】① 상속재산 중 피상속인 또는 상속인이 종교·자선·학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업을 영위하는 자(이하 "공익법인 등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액에 대하여는 제67조의 규정에 의한 신고기한(상속받은 재산을 출연하여 공익법인 등을 설립하는 경우로서 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월을 말한다) 이내에 출연한 경우에 한하여 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.
제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】①공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.
②세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공 익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.
1. 출연받은 재산을 직접공익목적사업 등(직접공익목적사업에 충당 하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함 한다. 이하 이 호에서 같다) 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3 년 이내에 직접공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한사유가 있는 경우로서 제 5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.
2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우.
3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접공익목적사업 외에 사용한 경우.
4.출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우
5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우
(2) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】② 법 제48조제2항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(기획재정부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.
③ 법 제48조제2항제1호 단서에서 "직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다.
④법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 해당 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.
⑦법 제48조제2항제5호에서 "매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우"란 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다.
제40조【공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산 등】① 법 제48조제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다.
1. 법 제48조제2항제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 1의 가액
가.직접 공익목적사업등외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액
나.3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액
3. 법 제48조제2항제4호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 구분에 따라 계산한 재산가액
가. 공익목적사업외에 사용한 분 :
공익목적외에 사용한금액
제38조제4항의 규정에 의한 매각대금
나. 제38조제4항의 규정에 의한 사용기준금액에 미달하게 사용한 분 : 당해 미달사용금액
(3) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】 ①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의부담을 부당히 감소시킨 것으로인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로판단되는가격(이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을포함하며,이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와거래한내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라처분한다.
(4) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】①법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라함은다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
3.자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우
제106조【소득처분】①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에의하여처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에따라다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득,기타 사외유출로할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에있는 자가 소유하는 주식등을 합하여당해 법인의 발행주식총수 또는출자총액의100분의 30이상을 소유하고있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을사실상 지배하고 있는 경우에는그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의규정에의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서주주등인 임원중에당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해법인이 신고한 때에는그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
가.귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는그 귀속자에대한 배당
나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
다.귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출.다만,그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에의한 외국법인의국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는「소득세법」 제135조의규정에 의한 비거주자의 국내사업장의사업소득을 구성하는 경우에한한다.
라.귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한기타소득
④내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락,가공경비등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로익금에 산입하여신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의통지를 받거나세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등경정이 있을 것을미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는그러하지 아니하다.
(5) 국세기본법 제45조의 2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
제61조 【청구기간】①심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는그 받은날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
제66조 【이의신청】⑥이의신청에 관하여는 제61조제1항ㆍ제3항 및 제4항, 제62조제2항, 제63조,제64조제1항 단서 및 제2항과 제65조, 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제65조제2항 중 "90일"은 "30일"로 본다.
(6) 국세기본법 시행령 제25조의 2 【후발적 사유】법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
다. 사실관계 및 판단
청구법인은동일재산에 대하여 법인세가 선행 과세되었다면, 다시 증여세를 과세하는 것은 이중과세에 해당하고, 청구법인이 구상권을 행사하여 회수한 금액 2,935,837,610원은 기타소득으로 소득처분한 금액에서 차감하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.
(1) 쟁점토지 및 쟁점외토지의 등기부등본, 청구법인의 연도별 대차대조표, 합계잔액시산표 및 보유토지명세서, OOOOOOO의 학교법인재산대장,황OO 및 서OO과의 약정서(2005.2.28.), 청구법인과 황OO간의 매매계약서(2005.5.20.), 황OO과 OOOOOOO간의 매매계약서(2005.5.25.) 등에 의하면 아래와 같이 나타난다.
(가) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 쟁점토지 및 쟁점외토지를 29억 6,908만원에 매매로 취득하였고, 취득과 관련하여 청구법인의 부채는 31억 4,208만원이 증가한 것으로 나타난다.
<표2> 쟁점토지와 쟁점외토지 취득내역
(OO O OO)
(나) 청구법인은 아래 <표3>와 같이 쟁점토지 및 쟁점외토지 이외의 다른 토지와 건물을 출연받고, 아래 <표4>과 같이 매각하였다.
<표3> 출연받은 재산 내역
(OO O OO)
<표4> 출연받은 재산 매각내역
(OO O OO)
(다) 청구법인은 1999년 5월 위 <표4>의 출연받은 재산의 매각대금 39억 3,571만원에 대한 사용명세서를 아래 <표5>와 같이 관할세무서장에게 제출하였다.
<표5> 출연받은 재산 매각대금 사용명세서 내역
(OO O OO)
(라) 쟁점토지 및 쟁점외토지는 교육용기본재산에서 2001.9.8. 수익용기본재산으로 변경된 것으로 나타난다.
(마)청구법인, 황OO 및 서OO이 작성한 약정서(2005.2.28.) 제3조에 ‘황OO은 청구법인으로부터 쟁점토지의 등기소유권을 이전받은 후 즉시 서OO 또는 서OO이 지정하는 법인에게 그 소유권이전등을 경료하기로 한다’는 내용이, 제4조에는 ‘서OO은 약정체결당일 위 약정대금으로 일금 103억 5,000만원을 황OO에게 지급한다’는 내용이 기재되어 있다.
(바) 청구법인과 황OO 간 체결한 쟁점토지 및 쟁점외토지 매매계약 내용은 아래 <표6>와 같고, 2005.5.20. 소유권이전등기가 경료되었다.
<표6> 청구법인의 쟁점토지 및 쟁점외토지 매각내역
(사) 황OO과 서OO이 지정한 OOOOOOO 간 쟁점토지의 매매계약은 아래 <표7>과 같이 체결하고, 2005.5.25. 쟁점토지에 가등기가 설정된 후, 2006.6.29. 소유권이전등기가 경료되었다.
<표7> 황OO의 쟁점토지 매각내역
(2) 조사청은청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과,황OO이 서OO으로부터 쟁점토지의 매매대금 10,350,000,000원을 수령하였음에도, 청구법인은 특수관계자인 황OO에게 쟁점토지와 쟁점외토지를 4,500,000,000원에 양도하여 조세를 부당하게 감소시켰다고 보아, 쟁점토지 및 쟁점외토지의 시가11,401,962,900원(황OO이 OOOOOOO에 양도한 쟁점토지의 가액 10,350,000,000원과 쟁점외토지의 감정평가금액인 1,051,962,900원의 합계임)과 대가4,500,000,000원의 차액 6,901,962,900원을 부당행위계산부인 대상이라고 보아 이를 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 위 과세자료 통보에 따라 청구법인에게 2010.2.12. 시가와 대가의 차액 6,901,962,900원을 익금산입하여 2005.3.1.～2006.2.28.사업연도 법인세 2,935,837,610원을 경정·고지하였으며, 동 익금산입 상당액을 황OO에게 기타소득으로 소득처분한 후 2010.2.16. 소득금액변동통지를 하였으며, 2010.10.14. 쟁점토지 및 쟁점외토지는 공익법인이 출연받은 재산의 사후관리규정 적용대상으로 시가와의 차액 6,901,962,900원은 공익목적 이외의 목적으로 사용한 것으로 보아 증여세 2,990,981,450원을 결정·고지하였다.
(3) 청구법인은 2010.9.1. 청구법인에게 한 법인세 고지금액 2,935,837,610원을 황OO에게 구상권을 청구하여 2010.9.15. 회수받고, 2010.11.12. 처분청에 회수받은 금액은 황OO에게 기타소득으로 소득처분한 금액(6,901,962,900원)에서 제외하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2010.12.21. 청구법인의 경정청구는 법정신고기한으로부터 3년이 경과한 이후에 경정청구를 하였고, 후발적 사유에 의한 경정청구의 대상도 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부처분한 사실이 심리자료에 나타난다.
(4)위 사실관계 등을 종합하여, 먼저 이 건 증여세 부과처분이 적법한지 여부에 대하여 살펴본다.
(가) 「상속세 및 증여세법」 제48조에 따르면, 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 않으나, 위 같은 법 제48조 제2항 각호의 사유(공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하는 등)가 발생하면, 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하고 있다.
(나) 출연이란 일반적으로 당사자 일방이 그 의사에 따라서 재산상의 손실을 봄으로써 타방을 이득시키는 것으로 기부 및 증여를 포함하는 것으로 보아야 할 것이며, 공익법인 사후관리규정의 입법취지가 공익법인이 출연받은 재산을 공익목적사업에 사용할 것을 조건으로 증여세를 면제하는 것이므로 사후관리대상은 증여세를 면제받은 재산에 한정해야 할 것인바,쟁점토지 및 쟁점외토지는청구법인의 단기차입금으로 취득하여출연받은 재산으로 보기 어렵고, 증여세를 면제받은 사실이 없으며,비영리법인이 출연받은 재산이 아닌 직접 유상으로 취득한 재산의 경우는 취득당시 증여세 과세사유가 성립될 여지가 없으므로, 이 건 증여세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2010구3122, 2010.5.17. 같은 뜻임).
한편, 쟁점토지 및 쟁점외토지는 증여세 사후관리대상인 출연받은 재산에 해당하지 않는다고 하여 이 건 증여세 부과처분이 취소사유에 해당하는 것으로 판단하였으므로, 이중과세에 해당하는지 여부에 대하여는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 「국세기본법」제45조의2 제1항에 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 신고된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 등의 경우에 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 경정청구할 수 있다고 규정하고 있고, 동조 제2항 각호(소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때 등) 및 같은 법 시행령 제25조의2 각호(과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우 등)에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있다.
(나) 청구법인은 법인세고지액2,935,837,610원을구상권 행사로 황OO로부터회수하였으므로 후발적 경정청구 사유가 발생하였다고 주장하나, 처분청이 이 건 소득금액변동통지를 한 이후에 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 없었고, 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖에 처분이 취소되지도 않았으므로 후발적 경정청구의 사유가 발생하였다고 볼 수 없고, 그 외의 후발적 경정청구의 사유에도 해당하지 않는다.
(다) 설령, 후발적 경정청구의 대상으로 보아 이 건 소득처분 금액에서 청구법인이 황OO로부터 회수한 금액을 제외할 수 있는지 살펴보면, 「법인세법 시행령」 제106조 제4항 단서조항에 의하면세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 사내유보로 보지 않는다고 하고 있으므로, 청구법인은 조사청이 세무조사를 종결하고, 처분청이 이 건 법인세 부과처분 이후에 비로소 사외유출된 금액을 회수하였으므로, 위 법령 규정에 따라 동 회수한 금액은 사내유보로 볼 수 없다고 판단되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.