과세유형이 전환된 것으로 보고 과세한 처분의 당부(취소)

청구인은 OOOO OOO OOO OOOOOO에서 ‘OOOOOO’이라는 상호로 음식점업을 운영하면서 1999년 제1기는 간이과세자로, 1999년 제2기는 과세특례자로 하여 부가가치세 신고시 OO,OOOO원과 OO,OOOO원을 과세표준으로 각 신고납부하였는 바, 처분청은 청구인의 1999년 제1기분에 대하여 과소신고한 사실을 확인하고 그 과세표준을 OO,OOO,OOO원으로 경정함으로써 1역년의 공급대가가 일반과세자 적용 기준금액인 O,OOOO원이상이 된다하여 2000년 제2기분과 2001년 제1기분의 부가가치세를 일반과세자의 납부세액계산방법에 따라 2003.9.16. 청구인에게 2000년 제2기분 부가가치세 O,OOO,OOO원, 2001년 제1기분 부가가치세 O,OOO,OOO원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 간이과세자로서 1999년 제1기와 제2기분 부가가치세 과세표준을 OO,OOOO원 및 OO,OOOO원으로 각 자진신고 납부하였고, 1999년 제1기분 부가가치세에 대하여 처분청으로부터 경정결정 받은 사실을 몰랐고, 과세유형 전환통지를 받은 사실도 없으며, 2001.7.1.에 이르러 일반과세자로의 과세유형전환통지를 받았으므로 그 이전까지는 간이과세자인 청구인에게 일반과세자의 납부세액계산방법을 적용하여 부가가치세를 경정한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 1999년 제1기～1999년 제2기까지 신고한 부가가치세과세표준은 44,629천원이나 1999년 제1기 신용카드매출자료에 의한 경정으로 1999년의 연간 공급대가가 OO,OOOO원으로서 O,OOOO원 이상 된 사실이 확인되고, 또한 처분청은 청구인의 1999년도 공급대가가 O,OOOO원 이상이 되었을 경우 과세기간 개시 20일전까지 일반과세자로의 유형전환된다는 사실을 통지하여야 함에도 간이과세자로 전환된다는 통지만을 하였으며, 이에 청구인은 2000년 제2기 및 2001년 제1기분을 간이과세자로 신고하였으므로 위의 사실관계를 종합할 때 비록 처분청이 청구인에게 일반과세자로 과세유형전환 통지를 하지 않았으나, 1999.12.28. 법률 제6049호로 개정되어 2000.7.1.부터 적용되는 부가가치세법 부칙 제6조제4항에 의하면, 1999년도 연간공급대가가 O,OOOO원 이상인 과세특례자는 2000.7.1.부터 일반과세자에 관한 규정을 적용하여야 하므로 청구인은 과세유형 전환통지를 받았는지 여부와는 관계없이 당연히 일반과세자로 전환되는 것으로 보아야 한다. 따라서 2000년 제1기 및 2001년 제1기분을 일반과세자의 납부세액 계산방법을 준용하여 부가가치세를 경정한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

부가가치세 과세표준의 경정으로 공급대가가 간이과세 적용 기준금액 이상이 되었으나 그 과세유형전환통지를 하지 아니하였을 경우, 일반과세자로 보아 부가가치세를 과세할 수 있는지를 가리는데 있다.

제25조 (간이과세) ① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 공급대가 라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 간이과세자 라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 업종 규모 지역 등을 감안하여 대통령령이 정하는 사업자에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제28조 제1항의 규정에 의하여 경정 또는 재경정한 공급대가가 제1항에서 규정하는 금액 이상인 개인사업자는 그 경정 또는 재경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.

제26조 (과세표준과 세액) ⑦ 제28조제1항의 규정에 의하여 경정 또는 재경정한 간이과세자의 1역년의 공급대가가 제25조제1항의 규정에 의한 금액 이상인 경우의 대통령령이 정하는 과세기간의 납부세액은 제25조제6항의 규정에 불구하고 제17조의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 공급가액은 공급대가에 110분의 100을 곱한 금액으로 하고, 매입세액의 계산에 있어서는 세금계산서 등의 수취분에 대하여 제3항의 규정에 의하여 공제받은 세액을 차감한 후 이를 적용한다.

부 칙 (1999.12.28. 법률 제6049호)

제6조 (종전의 과세특례자 등에 관한 특례) ① 2000년 6월 30일 현재 간이과세자에 해당하는 개인사업자에 대하여는 2000년 7월 1일부터 일반과세자에 관한 규정을 적용한다.

② 2000년 6월 30일 현재 과세특례자에 해당하는 개인사업자에 대하여는 2000년 7월 1일부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.

③ 1999년 1월 1일부터 1999년 12월 31일까지의 재화 또는 용역의 공급대가(2000년 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 제25조제1항 본문의 규정에 의한 금액에 미달하는 종전의 간이과세자 또는 일반과세자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 2000년 7월 1일부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. 다만, 종전의 규정에 의하여 과세특례 또는 간이과세를 포기한 자와 제25조제1항의 개정규정에 의하여 간이과세에 관 규정이 적용되지 아니하는 사업을 영위하는 자를 제외한다.

④ 1999년 1월 1일부터 1999년 12월 31까지의 재화 또는 용역의 공급대가(1999년 중간에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 제25조제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 제25조제1항 본문의 규정에 의한 금액 이상인 과세특례자에 대하여는 제2항의 규정에 불구하고 2000년 7월 1일부터 일반과세자에 관한 규정을 적용한다.

(2)부가가치세법시행령 (1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정된 것)

제74조의2 (간이과세 및 일반과세의 적용시기) ① 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조제1항의 규정에 의한 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. (단서 생략)

② 제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 경정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다.

③ 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자에 관한 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

청구인은 간이과세자에서 일반과세자로 과세유형전환 통지를 하지 아니하고 일반과세자로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하여 이를 살펴본다.

(1) 청구인은 음식점업을 영위하면서 1999년 제1기 및 1999년 제2기분 부가가치세 확정신고시 각 간이과세자 및 과세특례자로 신고납부하였으나, 처분청은 1999.12.10. 1999년 제1기분에 대하여 청구인이 과세표준을 과소신고한 사실을 확인하고 그 과세표준을 OO,OOO,OOO원으로 경정함으로써 1역년의 공급대가가 일반과세자의 적용기준금액인 OO,OOOO원 이상이 된다 하여 2000년 제2기분과 2001년 제1기분 부가가치세를 과세유형전환통지를 하지 아니하고 일반과세자의 납부세액계산방법을 준용하여 청구인에게 부가가치세를 경정하였고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 관련 법령을 보면, 부가가치세법 제26조의 규정에 의하여 경정 또는 재경정한 간이과세자의 1역년의 공급대가가 O,OOOO원 이상인 경우의 납부세액은 일반과세자의 납부세액규정을 준용하여 계산한 금액으로 하되, 같은 법 시행령 제74조의2 제2항에서 과세유형전환에 대하여 관할세무서장은 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 경정하여 과세기간개시 전일까지 교부하도록 규정하고 같은 조 제3항에서 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 과세유형전환 통지에 관계없이 간이과세자에 관한 규정을 적용하는 반면, 일반과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 그 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정을 적용하도록 규정하고 있다.

(3) 청구인은 처분청으로부터 2001.7.1자로 일반과세자로의 과세유형전환통지를 받고 2001년 제2기분부터는 일반과세자로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 처분청의 관련자료에 나타난다.

(4) 살피건대, 신고납부제도를 근간으로 하고 있는 부가가치세제의 기본구조에 비추어 보아 과세유형전환통지를 행정지도적 훈시규정이라고 해석할 여지도 있으나, 부가가치세제의 운영현실에 있어서 간이과세자의 대부분이 영세사업자로서 자기의 과세표준과 세법을 숙지하여 스스로 일반과세자로 과세유형이 변경된 것을 알고 세금을 납부하는 것을 기대하기 어려울 뿐만 아니라 과세유형이 전환됨에 따라 세금계산서 제출의무 등 여러 가지 납세협력의무가 새로 생기게 되며 이를 이행하지 아니할 경우에 발생하는 높은 세율과 가산세의 행정제재 등 뜻밖의 부담을 방지하고 아울러 원활한 세정운영을 기하기 위한 제도적 장치로서 과세유형전환 통지의무를 지운 것으로 해석된다. (같은 뜻 : 국심2001중1759, 2001.11.1. 등)

(5) 한편, 처분청은 1999.12.28. 법률 제6049호로 개정된 조세특례제한법 부칙 제6조제4항 「1999.1.1.부터 1999.12.31.까지의 재화 또는 용역의 공급대가가 O,OOOO원 이상인 과세특례자에 대하여는 2000.7.1.부터 일반과세자에 관한 규정을 적용한다」는 규정을 들어 청구인의 경우 과세전환통지여부에 관계없이 일반과세자로 전환되었다고 한다.

그러나, 동 부칙조항은 부가가치세과세유형제도의 개편과 관련하여 종전의 과세특례자 등에 관한 특례규정으로서 과세특례자, 간이과세자, 일반과세자의 3개 유형 중 과세특례자가 폐지되면서 2000.6.30. 현재 간이과세자에 해당하는 개인사업자는 2000.7.1.부터 일반과세자로, 과세특례자에 해당하는 개인사업자에 대하여는 간이과세자로 전환하되, 2000.7.1.을 기준일로 하여 적용함에 따라 1999년도분 재화 또는 용역의 공급대가가 O,OOOOO원에 미달하는 종전의 간이과세자나 일반과세자는 2000.7.1.부터 간이과세자로(제3항), O,OOOO원 이상인 과세특례자는 일반과세자로(제4항) 적용한다는 일반적인 규정이지 동 규정이 간이과세자가 일반과세자로 전환에 필수요건이 과세유형전환통지의무를 배제하는 조항이라고 해석되지는 아니한다.

따라서, 처분청이 과세유형전환 통지의무를 해제하였을 경우에 납세자의 신고의무 위반만을 탓하여 부가가치세를 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 반하고 신뢰세정의 확립에 저해요인이 된다 할 것이므로, 처분청이 일반과세자로 과세유형전환 통지없이 청구인을 일반과세자로 보아 부가가치세를 경정결정한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례