[사건번호]조심2014서0945 (2014.06.30)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]청구법인이 수익사업과 비수익사업을 구분경리하지 아니하고, 비수익사업의 이자를 수익사업의 이자비용으로 계상한 것으로 나타나는 점, 처분청의 제출요구에도 차입금 및 이자발생내역을 제출하지 아니한 점, 청구법인이 주무관청에 등록되지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 수익사업 관련 차입금에 적정이자율을 산정하여 그에 따른 이자비용을 초과하는 금액과 고유목적사업준비금을 손금부인하여 과세한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 법인세법 제19조 / 법인세법 제29조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.6.23. 서울특별시 OOO 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 수익사업인 부동산임대업을 영위하다가 2008.6.19. 양도하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2007사업연도에 계상한 이자비용 OOO원 중 OOO원, 2008사업연도 계상한 이자비용 OOO원 중 OOO원, 합계 OOO원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 비수익사업의 이자비용으로 보아 손금부인하고, 2008사업연도에 계상한 고유목적사업비 OOO원 및 고유목적사업준비금 적립액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점경비”라 한다)이 법적 근거없이 임의계상된 것으로 보아 손금부인하는 등 하여 2013.7.8. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(2013.10.30. 이의신청결정에서 취·등록세 등 OOO원을 손금 인정)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.4. 이의신청을 거쳐 2014.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 OOO 경제통계시스템에서 확인한 OOO 가중평균금리(2006년의 경우 6.2%)를 적용하여 추정해 본 2006년의 이자비용이 청구법인이 계상한 이자비용과 비슷하다하여 2006년의 이자비용은 전액 인정하고(6개월), 2007년과 2008년 이자비용도 2006년 계산한 방식을 적용하여 이를 초과하는 이자비용은 손금부인하였는바, 청구법인의 이자비용이 크게 증가한 것은 첫째, OOO원에 취득한 쟁점건물에 대한 자본적 지출이 약 OOO원 발생하여 처분 당시에는 쟁점건물 자산가액이 OOO원에 이르게 된 점, 둘째, 24개월간의 수익사업 기간 동안 약 OOO원(2006년 OOO원, 2007년 OOO원, 2008년 OOO원)의 경상손실이 발생한 점(감가상각비는 계상하지 않았음), 셋째, 은행으로부터의 차입에 대한 실제 이자율이 최저 6.13%에서 최고 7.88%까지 상승한 점, 넷째, 차입여건의 악화로 인해 상대적으로 고금리인 저축은행으로 부터의 차입 비중이 늘어난 때문인데, 이러한 사정을 고려하지 아니하였다.

다만, 일반기업이 아닌 교회의 특성상 회계 및 세무에 대한 지식 및 관련 인력, 자금 등의 부족으로 인해 수익사업의 초기에는 교회 회계로부터 OOO원 이상을 전입시키기도 하는 등 금융기관으로부터의 차입금을 포함한 자금의 집행에 있어서 수익사업과 고유목적사업 간에 수시로 이동이 있었던 것이 사실이므로 이자비용의 일부는 수익사업의 필요경비에서 부인하는 것은 타당할 것이나, 그 부인 방법은 자금의 용도 구분이 명확치 않으므로 업무무관자산 및 가지급금 등의 취득 및 보유와 관련한 지급이자의 부인과 관련한 관계법령( 「법인세법」 제28조 제1항 및 같은 법 시행령 제53조)을 준용하여 총 이자비용 중에서 비수익사업(고유목적사업)에 사용된 자금의 적수가 총 차입금의 적수에서 차지하는 비중만큼 부인하는 것이 타당하므로, 처분청이 손금부인한 이자비용 OOO원 중 OOO원은 추가로 손금으로 인정하여야 한다.

(2) 쟁점경비는 쟁점부동산의 유형자산처분이익 OOO원과 관련된 것인바, 쟁점부동산은 잔금 청산을 위한 차입금의 승계 등을 위하여 매수자인 OOO 주식회사로 등기가 이전되어 있으나, 당초 계약조건의 미이행으로 인한 분쟁으로 매각금액의 조정 관련 소송이 계류 중이므로 쟁점부동산의 처분금액 및 처분손익이 미확정된 것으로 보아야 한다. 따라서 쟁점부동산의 유형자산처분이익 계상액과 관련된 쟁점경비에 대한 법인세의 부과처분도 취소 및 유예하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2007년 1월부터 예배당 신축공사가 시작되어 공사비를 차입하면서 관련 이자, 즉 비수익사업 이자가 발생하였으나, 이를 수익사업 이자와 구분하지 않고 결산 및 세무신고하였고, 금융기관별 차입금 규모, 이자발생내역, 차입금 사용처 증빙을 제출하지 않으므로 장부에 계상한 쟁점부동산 취득과 관련된 장기차입금 OOO원을 수익사업 관련 차입금을 보고 OOO 경제통계시스템에서 확인되는 OOO 가중평균금리를 적용하여 산출한 적정이자만 손금인정하고 나머지 이자는 비수익사업 관련 이자로 보아 손금부인한 것은 정당하다.

(2)청구법인은 주무관청에 등록되지 않은 단체(개별교회는 주무관청에 등록할 수 없음)이므로 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 단체로서 고유목적사업비나 고유목적사업준비금을 비용에 산입할 수 없음에도 쟁점경비를 비용에 산입하고, 동 비용을 미수금(쟁점건물 매각비용 미수금)과 상계하는 방법으로 회계처리하였으므로 쟁점고유목적사업비등을 손금불산입하고 유보처분한 것은 정당하며, 등기부상 쟁점부동산의 소유권이 2008.6.19. OOO 주식회사에 이전되었으므로 2008년을 손익귀속시기로 본 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점이자를 비수익사업의 이자로 보아 손금부인한 처분의 당부

② 쟁점경비를 손금부인한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 답변서 및 청구법인에 대한 조사종결보고서, 법인세경정결의서 등 처분청 제출자료에 의하면 아래와 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 2006.6.23. OOO원에 쟁점부동산을 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 2008.6.19. OOO원에 양도하였고, 2007년 1월경 쟁점부동산에서 약 100미터 떨어진 토지에 예배당 및 교육관 신축공사(총공사비 OOO원, 이후 OOO원으로 증액)를 시작하였으나, 이후 자금 사정 악화로 공사가 중단되어 2014년 2월 현재까지 미완성 상태이다.

(나) 처분청은 세무조사 당시 수익사업인 쟁점부동산 임대사업과 비수익사업인 예배당 신축공사 및 기타 청구법인 고유목적사업 등이 구분경리되어 있지 않은 점을 확인하고, 특히 예배당 신축 공사를 위해 금융기관에서 빌린 자금에 대한 이자가 수익사업 이자에 포함된 사실을 확인하고 청구법인에게 금융기관별 차입금 및 이자발생 내역, 차입금 사용내역을 제출하도록 3회에 걸쳐 요청하였으나, 청구법인은 이를 제출하지 아니한 것으로 나타나며, 심판청구서에도 차입금 사용내역에 대한 자료는 제출되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

(다) 처분청은 아래와 같이 수익사업 이자비용을 산출하고, 비수익사업 이자는 손금부인한 것으로 나타난다.

1) 청구법인이 쟁점부동산을 취득하기 위해 금융기관에서 차입한 OOO원에 OOO 경제통계시스템에서 확인되는 2006년 6월∼2006년 12월까지 OOO대출 가중평균금리 6.2%를 적용할 경우 이자비용 OOO원(= OOO 원 × 6.2% × 191일 ÷ 365일)이 산출되었는바, 이는 청구법인의 2006년 손익계산서상 이자비용 OOO원과 유사하므로, 청구법인이 빌린 자금의 대출금리가 OOO에서 발표한 중소기업대출 가중평균금리 수준에 해당한다고 보고, 이를 근거로 2007년 1～12월, 2008년 1～6월까지 가중평균금리를 조회한 바 각각 6.7%, 7.1%로 확인되어 차입금 OOO원에 2007년 가중평균금리 6.7%를 적용하여 계산한 OOO원과 차입금 OOO원에 2008년 6월까지의 가중평균금리 7.1%를 적용하여 계산한 OOO원을 수익사업 이자비용으로 보고 나머지는 비수익사업 이자로 보고 손금부인하였다.

2) 2007년 적용금리 6.7%는 매월의 가중평균금리[2007년 1월 6.49%, 2월 6.53%, 3월 6.53%, 4월 6.49% ...... 12월 7.27%]를 더하고 이를 12로 나누어 계산하였고, 2008년 적용금리 7.1%도 매월의 가중평균금리[2008년 1월 7.41%, 2월 7.09%, ...... 6월 7.21%]를 더하고 이를 6으로 나누어 계산하였다.

3) 처분청은 위와 같이 연도별로 다른 이자율을 적용하여 수익사업 이자비용을 추계한 것이지, 청구법인의 주장과 같이 2006년의 이자비용이 청구법인에서 계상한 이자비용과 비슷하다 하여 2006년의 이자비용은 전액 인정하고(회계기간 6개월), 2007년에는 12개월분이므로 정확히 그 2배, 2008년에는 6개월분이므로 정확히 2006년과 같은 금액만 인정하고 나머지 이자비용은 전액 손금부인한 것은 아니라는 의견이다.

4) 아울러 2007년과 2008년 이자비용 산정에 적용된 OOO 가중평균금리는 최저 2007년 1월 6.49%～최고 2008년 1월 7.41%로 청구법인이 제시한 2006년～2008년까지 최저 6.13%～최고 7.88%와 비교해서 큰 차이가 없다는 의견이다.

5) 청구법인은 일반기업이 아닌 교회의 특성상 회계 및 세무에 대한 지식 및 관련 인력, 자금 등의 부족으로 인해 수익사업의 초기에는 교회 회계로부터 OOO원 이상을 전입시키기도 하는 등 금융기관으로부터의 차입금을 포함한 자금의 집행에 있어서 수익사업과 고유목적사업 간에 수시로 이동이 있었던 것이 사실이므로 이자비용의 일부는 수익사업의 필요경비에서 부인하는 것은 타당할 것으로 판단된다고 하여 수익·비수익 비용을 제대로 구분하지 않았음을 인정하면서, 그 구분 방법으로는 자금의 용도 구분이 명확치 않으므로 업무무관 자산 및 가지급금 등의 취득 및 보유와 관련한 지급이자의 부인과 관련한 관계법령( 「법인세법」제28조 제1항 및 같은 법 시행령 제53조)의 규정을 준용하여 총 이자비용 중에서 비수익사업에 사용된 자금의 적수가 총 차입금 적수에서 차지하는 비율만큼 부인하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나, 각 금융기관별 차입금의 사용처가 어디인지 알 수 있는 원시 증빙서류의 제출 및 이에 대한 확인없이 청구법인이 제시한 전도금 적수 등 자료만으로는 수익, 비수익 사업에 사용된 차입금이 얼마인지 특정할 수 없으므로 수익사업에 사용된 것으로 확인되는 OOO원에 가중평균금리를 적용하는 방법으로 수익, 비수익사업 이자비용을 구분하는 것이 타당하다는 의견이다.

(2) 청구법인이 제출한 자료 및 주장 등은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 이자비용 계산과 관련한 차입금 적수, 전도금 적수, 고유목적사업비 적수, 차입시기별 이자율 추이를 제시하면서 아래와 같은 방법으로 이자비용을 계산하여야 한다는 주장이나, 차입금 및 전도금 적수를 입증할 수 있는 증거자료 등은 제시한 바 없다.

1) 청구법인이 제시하는 이자비용 손금부인액 계산 방법 산식

2) 청구법인은 아래와 같이 계산결과을 제시하였으며, 처분청이 부인한 이자비용 OOO원 중 과다 부인액 OOO원은 적법한 이자비용으로 인정하는 것이 타당하다고 주장한다.

(단위 : 원)

(3) 쟁점부동산은 등기부상 2008.6.19.(등기접수일) OOO 주식회사에 양도된 것으로 나타나며, 청구법인은 대금청산이 되지 아니하여 양도가 확정되지 아니하였다는 주장이나 이를 입증하는 자료는 제시된 바 없다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 수익사업과 비수익사업 비용을 정확히 구분하여 계상하지 아니하고 비수익사업의 이자를 수익사업의 이자비용으로 계상한 사실이 인정되는 점, 처분청이 3차에 걸쳐 청구법인에게 이자비용 내역을 확인하기 위해 차입금 및 이자발생내역을 제출하도록 요구하였으나 청구법인이 이를 제출하지 아니한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 주장하는 차입금적수, 전도금적수 등을 확인할 수 있는 증빙자료는 제시된 바 없는 점, 처분청은 청구법인의 수익사업 관련 차입금 OOO원을 확인하고 OOO의 경제통계시스템에서 확인되는 중소기업대출 가중평균금리를 참고하여 적정이자율를 산정하고 그에 따른 이자비용은 수익사업 이자로 손금인정하고 나머지는 손금부인한 것으로 나타나므로 이를 부당하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산이 양도되지 아니하였으므로 쟁점경비를 손금부인한 과세처분도 취소 내지 유예하여야 한다는 주장이나, 쟁점부동산은 이미 등기부상 소유권이 이전되었으므로 그 처분이익을 익금으로 계상하는 것이 타당하고, 청구법인은 2006사업연도 당시 주무관청에 등록된 비영리법인에 해당하지 아니하는 것으로 나타나며, 「법인세법」제29조 제1항, 같은 법 시행령 제36조 제1항 제1호 및 제56조 제1항 제1호의 규정은 주무관청의 검사·감독을 받는 등록단체에 한해 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있으므로, 주무관청에 등록되지 아니한 청구법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없다고 할 것(대법원 2011.4.14. 선고 2010두29017 판결, 같은 뜻임)이므로 이에 대한 청구주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정된 것)

제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익

3. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

③ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득중 수익사업에서 생기는 소득에 한한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호·제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4.제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정된 것)

제36조【지정기부금의 범위 등】① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기부금"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체 등"이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 사업연도와 그 다음 5개 사업연도 동안 지출하는 기부금에 한한다.

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 법 제29조 제1항 본문중 "대통령령이 정하는 단체"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매 : 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

4. 자산의 위탁매매 : 수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날