국심2007중1410 (2008.12.30)

법인

기각

공사비로 실지 투입된 것을 입증할 수 있는 객관적인 증빙이 없어 인건비를 공사비로 인정하여야 한다는 청구인의 주장을 인정하기 어려우며, 장부 등이 허위 또는 중요한 부분이 미비하다는 사실에 대하여 객관적인 증빙을 제시하지 아니하며 금액 또는 매출원가의 허위기장률이 높다는 이유만으로 추계조사결정의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없음.

국세기본법 제55조【불복】 / 법인세법시행령 제104조【추계결정 및 경정】

국심2001중0327 /

OO세무서장이 2007.1.26. 청구인에게 한 법인세 2003사업연도 714,285,790원, 2004사업연도 △43,112,890원, 2005사업연도 506,626,630원의 부과처분과 부가가치세2003년 제1기분 372,040원, 2003년 제2기분 129,973,480원, 2004년 제1기분 41,131,030원, 2004년 제2기분 42,487,700원, 2005년 제1기분 42,054,600원, 2005년 제2기분 27,329,400원의 부과처분 및 이에 따른 2003년도 1,894,451,220원, 2004년도 1,903,446,210원, 2005년도 1,457,726,140원의소득금액변동통지처분은,

1. 2004사업연도 법인세 43,112,890원의 환급처분에 대한 추계조사결정주장은 이를 각하하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1992.4.1. 경기도 OO시 분당구 정자동 156-3 대명제스트빌딩 806호에서 ‘OOOOOOOOOO’라는 상호로 설립된 법인으로 상가신축판매업 및 건설업(비주거용건물신축)을 영위하면서 2003.1.1.부터 2005.12.31.기간 중 상가건물신축공사(경기도 OO시 분당구 정자동 대명제스트Ⅰ상가건물신축공사 이하 “OOOOOO”라 한다. 경기도 OO시 분당구 수내동 OOOOOO빌딩 개보수공사 이하 “OOOOOO”라 한다. 경기도 OO시 분당구 서현동 한양서현신축공사 이하 “OOOOOO”라 한다)를 하고 수입금액을 2003사업연도 14,056,867천원, 2004사업연도 17,373,533천원, 2005사업연도 13,938,544천원으로, 공사원가를 2003사업연도 16,276,101천원, 2004사업연도 13,562,560천원, 2005사업연도 9,428,885천원으로 하여 각 사업연도 법인세 및 관련 부가가치세를 신고하였으나, 청구인이 소유하고 있는 부동산에 대한 분쟁으로 인하여 2005년도에 OO지방검찰청 OO지청으로부터 청구인이 조사받는 과정에서 청구인의 대표이사인 최OO이 4,804,246천원의 수입금액을 신고누락한 사실과 12,044,955천원(재료비 등 6,001,945천원, 인건비 6,043,010천원)의 매입원가를 허위계상한 사실을 인정함에 따라 2005.11.4. 이를 처분청에 수정신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사결과, 2003.1.1.부터 2005.12.31.까지의 사업기간동안 청구인이 당초신고내용과는 달리 4,838,282천원의 매출신고누락사실과 OOOO주식회사 등으로부터 실물거래없이 사실과 다른 매입세금계산서 등을 수취하는 등 하여 매입원가 14,266,905천원(재료비 230,950천원, 인건비 6,043,010천원, 경비 7,992,945천원) 및 부가가치세 불부합분 25,359천원을 장부에 계상한 것으로 조사하여, 각 과세기간별로 동 매출신고누락액(공급가액 상당액)을 매출액에 가산하는 한편 가공원가 중 매입세액 상당액을 매출세액에서 불공제하는 것으로 하여 2007.1.26. 청구인에게 부가가치세2003년 제1기 372,040원, 2003년 제2기 129,973,480원, 2004년 제1기 41,131,030원, 2004년 제2기 42,487,700원, 2005년 제1기 42,054,600원, 2005년 제2기 27,329,400원을 경정고지하는 한편, 청구인의 각 사업연도 법인소득금액계산시 동 매출신고누락액을 수입금액에 가산하고 가공원가의 합계액을 손금부인한 후 매출신고누락액과 가공원가의 합계액 등 19,613,389천원 중 청구인이 회수한 금액(16,849,201천원)에 대하여는 수입시기부터 대금회수완료시점까지 가지급금으로 보아 가지급금 인정이자를 계산하여 익금산입 및 지급이자 손금불산입액을 세무조정하는 등 하여 2007.1.26. 청구인에게 법인세 2003사업연도 714,285,790원, 2004사업연도 △43,112,890원, 2005사업연도 506,626,630원을 경정고지하는 한편 매출누락액과 가공경비의 합계액 등 19,613,389천원 중 미회수된 금액(2,764,188천원) 등을 청구인의 대표이사인 최OO에 대하여 상여로 소득처분하는 등 하여2003년도 1,894,451,220원, 2004년도 1,903,446,210원, 2005년도 1,457,726,140원의소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2007.4.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구

(가) 처분청의 처분결과를 보면 OOOOOO의 신축도급공사비중 필수적으로 투입되는 노무비의 99.8%인 60여억원을 부인함으로써 실제적으로 공사를 도저히 할 수 없을 정도의 공사비(1천만원)만을 인정한 결과가 되었고, 또한 OOOO주식회사와 토목공사, 철근공사, 철근콘크리트공사를, OOOO주식회사와 가설공사, 미장방수공사, 금속공사, 석공사 등을 하청을 주어 상가건물을 신축하여 분양사업을 한 것임에도 불구하고 관련비용을 전액 부인함에 따라 토목 및 철근관련 공사 없이 건물을 신축하여 분양한 결과로 나타나고 있는 점으로 볼 때 처분청의 조사결과는 합리성이 없으며, 청구인이 수정신고를 하게 된 것은 OO지방검찰청 OO지청의 수사과정에서 청구인의 대표이사인 최OO이 갑자기 수감됨에 따라 이를 조기해결하기 위하여 부득이하게 검찰측에서 문제제기한 모든 금액에 대해 무조건 매출신고누락 및 가공원가임을 인정한 후 처분청에 관련 국세를 수정신고한 것으로, 동 수정신고한 가공경비 중 13,284,955천원(외주업체에게 발주하여 시공한 토목공사비 7,241,945천원과 잡급직 인건비 6,043,010천원의 합계액, 이하 “쟁점공사원가”라 한다)은 2003사업연도부터 2005사업연도까지 실제 청구인이 상가건물신축공사과정에서 지급한 투입비용이므로 청구인의 각 사업연도 소득금액계산시 손금으로 산입하여야 한다.

(나) 위 (가)의 쟁점공사원가 중 외주업체에게 발주한 토목공사비 7,241,945천원에 대한 매입세액 상당액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여야 한다.

(다) 위 (가)에서와 같이 쟁점공사원가에 대한 원가성을 인정하는 경우, 이에 따른 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입액을 감액 재조정하여 세무조정하여야 하고, 이로 인한 매출신고누락액과 쟁점공사원가를 합한 금액에 대하여 청구인의 대표이사에 대하여 상여로 소득처분한 소득금액변동통지금액도 감액조정하여야 한다.

(2) 예비적 청구

설령, 위의 쟁점공사원가를 실제공사원가로 인정하지 않는 경우, 청구인의 총공사금액 중 36%인 14,266,905천원을 원가부인함에 따라 사업연도별 결정소득율(결정소득금액/결정수입금액)이 각각 2003사업연도 50%, 2004사업연도 67.2%, 2005사업연도 23.3%로 동 결정소득율은 국세청 고시소득율(8.4%)보다 3배~8배 많이 결정된 것으로 나타나고 있고, 허위기장율(총가공매입액/당초매입신고액)을 보면 2003사업연도 77.7%, 2004사업연도 65.7%, 2005사업연도 3.0%로 나타나고 있어 청구인의 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 것으로 보아 소득금액을 추계조사결정하여야 하며, 이와 관련하여 청구인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지금액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구

(가) 청구인은 쟁점공사원가를 2003사업연도부터 2005사업연도까지 실제 청구인이 상가건물신축공사과정에서 지급한 투입비용이므로 청구인의 각 사업연도 소득금액계산시 손금으로 산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점공사원가(토목공사비 7,241,945천원과 잡급인건비 6,043,010천원)의 내역에 대하여 처분청의 조사한 결과에 의하면 쟁점공사원가 중 7,271,000천원(토목공사비 1,471,000천원과 잡급 인건비 5,800,000천원)은 청구인의 전 대표이사인 최OO 외1인이 개인적으로 운영하고 있는 대명도시개발(129-22-76477, 경기도 OO시 수내동 24 소재)이 시행한 공사와 관련된 원가를 청구인의 장부에 계상한 사실로 확인된 바 있고, 또한 4,815,010천원(토목공사비 4,572,000천원과 잡급직 인건비 243,010천원)은 사업과 직접적으로 관련 없는 컴퓨터 등을 매입한 것으로 기재하여 계상하는 등 가공경비로 확인(2006.10.30. 세무조사과정에서 청구인의 실질적인 대표이사인 최OO이 확인함)된 점으로 볼 때 쟁점공사원가를 청구인이 주장하는 상가건물신축공사에 실제 투입된 비용으로 인정할 수 없어 청구인의 소득금액계산시 손금으로 산입할 수 없다.

(나) 또한 (가)의 답변내용과 같이 외주업체에게 발주한 토목공사비 7,241,945천원이 원가성이 인정되지 않음에 따라 이에 대한 매입세액 상당액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여야 하여야 한다는 청구주장은 인정될 수 없다.

(다) 또한 위(가)에서의 답변내용과 같이 쟁점공사원가에 대한 원가성이 인정되지 않음에 따라 쟁점공사원가와 관련된 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입액을 감액 재조정하여 세무조정하여야 하고, 이로 인한 매출신고누락액과 쟁점가공원가를 합한 금액을 청구인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지한 금액도 감액조정하여야 한다는 청구주장은 인정될 수 없다.

(2) 예비적 청구

이 건의 경우 조사결과 결정소득율이 불리하다면 청구인이 부외경비 등을 입증하여 이를 인정받아야 할 것임에도 청구인은 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 원가의 일부가 부인되었다 하더라도 그 부분을 제외한 나머지 부분을 근거로 소득금액을 계산할 수 있다면 추계로 소득금액을 계산하여야 하는 것은 아니므로 쟁점공사원가를 부인함에 따라 청구인의 결정소득율이 동종업종의 결정소득율을 상회한다는 이유만으로 청구인의 소득금액을 계산함에 있어서 장부의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 것으로 보아 추계조사방법에 의하여 결정하고, 이와 관련하여 청구인의 대표이사에게 상여로 처분한 소득금액변동통지금액을 경정하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 주위적 청구

(가) 쟁점공사원가를 청구인의 각 사업연도 소득금액계산시 손금에 산입하여야 하고,

(나) 쟁점공사원가 중 외주토목공사비 7,241,945천원에 상당하는 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하며,

(다) 위와 관련하여 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지금액 등을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

(2) 예비적 청구

위 (1)을 인정하지 아니하는 경우, 청구인의 소득금액을 추계로 결정하여야 하고, 이와 관련하여 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지금액을 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제55조 【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

(4) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】① 법제66조제3항단서에서 대통령령이 정하는 사유 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

(5) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2004사업연도 법인세 감액경정처분에 대한 불복청구가 본안심리대상인지를 살펴본다.

(가) 처분청이 심리자료로 제사한 이 건 법인세결정결의서에 의하면, 2004사업연도의 경우 2005.3월 수입금액을 17,373,533천원으로 하고 과세표준을 9,654,879천원으로 하면서 납부세액을 288,892천원으로 신고하였으나, 처분청의 청구인에 대한 조사결과 공사진행률의 차이로 인한 원가가 추가로 손금에 가산되면서 수입금액이 14,184,675천원, 과세표준이 9,538,712천원으로 감소하게 되어 법인세 환급액 43,112,890원이 발생한 사실이 확인된다.

(나) 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개의 독립된 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 쟁송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부부이며, 감액경정결정이 쟁송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이고(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOO OO, OOOOOOOOOO OO OOOOOO 판결 등 참조), 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인 바, 신고납부방식의 조세에 있어서 납세자의 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를 구할 수는 없다 할 것이므로(OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO, OO OOOOOOOOO, 2002.7.12. 합동회의 참조), 2004사업연도에 대한 법인세 심판청구는 본안심리를 할 수 없다고 판단된다.

(2) 주위적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 경기도 OO시 분당구 정자동 156-3 대명제스트빌딩 806호에서 1992.3.5.부터 2007.12.26. 폐업시까지 상가신축판매업 및 건설업(비주거용건물신축)을 영위한 법인으로, 청구인의 대표이사의 변경을 보면 1992.3.5.부터 2005.11.1.까지 최OO으로 등재되어 있다가, 2005.11.2.부터 2006.5.14.까지 김OO와 최OO으로 변경된 후 2006.6.15.부터 신OO이 대표이사로 등재되었던 사실과 2007.12.26. 자진신고에 의하여 폐업된 사실이 청구인이 제시한 법인등기부등본 및 폐업사실증명원에 나타나고 있다.

(나) 처분청은 청구인에 대한 세무조사결과, 2003.1.1.부터 2005.12.31.까지의 사업연도중에 매출신고누락액 4,838,282천원(공급가액)과 OOOO주식회사 등으로부터 실물거래없이 사실과 다른 매입세금계산서 등을 수취하는 등 하여 경비 15,089,295천원(공급대가 기준으로 재료비 254,045천원, 노무비 6,043,010천원, 경비 8,792,240천원)과 판매관리비 27,895천원을 가공으로 장부에 계상한 사실 등을 조사하여 이 건 과세한 사실에 대하여 2003년에 시행한 OOOOOO의 신축공사비, 2004년에 시공한 OOOOOO의 개보수공사비, 2005년에 시공한 OOOOOO의 신축공사비 중 OOOO주식회사로부터의 토목공사비, 철근공사비, 철근콘크리트공사비와 OOOO주식회사로부터의 가설공사비, 미장방수공사비, 금속공사비, 석공사비 및 인건비인 13,284,955천원(토목공사비 7,241,945천원, 잡급직 인건비 6,043,010천원, 별지첨부1)은 실지건축공사에 투입된 공사비이므로 원가인정하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

1) 2003년도 시공한 OOOOOO신축공사에 대한 토목공사비용 2,500,000천원은 실제 OOOO주식회사와 상가건물신축공사계약을 하고 투입된 비용이라고 주장하며 OOOO주식회사에 대한 거래처 원장 등을 제시하고 있어 이에 의하면 2003.7.31. 305,800천원, 2003.8.29. 242,000천원, 2003.10.1. 253,000천원, 2003.10.31. 299,200천원, 2003.11.15. 770,000천원, 2003.12.31. 495,000천원의 공사채무를 대표이사 최OO으로부터 가지급금을 반제받아 OO은행 청구인의 기업자유예금계좌에서 OOOO주식회사의 예금계좌로 지급한 것으로 기재되어 있으나, 처분청의 조사복명서에 의하면 청구인이 OOOO주식회사 명의의 예금계좌로 입금한 금액이 실제 OOOO주식회사로 귀속된 것인지 불분명하며 또한 실제 OOOO주식회사가 청구인이 발주한 건물을 신축하였다고 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 것으로 조사한 바 있고, 심판청구시 청구인은 청구인이 OOOO주식회사 명의 예금계좌로 입금한 금액이 OOOO주식회사에게 귀속되었다고 볼 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때 청구인이 제시한 증빙만으로는 청구인이 주장하는 토목공사비용 2,500,000천원을 2003년도 OOOOOO신축공사시 OOOO주식회사가 실제 토목공사를 하고 청구인이 지급한 공사비로 인정하기는 어렵다.

2) 2003년도 시공한 OOOOOO신축공사에 대한 음향공사비용 1,501,945천원은 주식회사 OOOO로부터 음향설비를 납품받아 동 건물에 설치하고 지급한 비용이므로 청구인의 실제 당해사업연도의 건축공사원가로 인정되어야 한다고 주장하면서 주식회사 OOOO에게 총 1,652,139천원(부가가치세 포함, 2003.10.7. 526,372천원, 2003.10.29. 465,008천원, 2003.11.5. 315,230천원, 2003.11.24. 345,529천원)을 2004년도에 OO은행 청구인의 예금계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 주식회사 OOOO의 예금계좌로 송금한 금융증빙을 제시하고 있으나, 동 계좌에서의 인출자가 “OOO 인출”로만 표시되어 있어 청구인이 제시한 금융자료의 입·출금자료만으로는 청구인이 송금하였다는 금액이 실제 주식회사 OOOO로 귀속된 것인지 불분명한 것으로 나타나고 있으며, 청구인이 수정신고한 토목공사비(가공경비) 6,001,945천원과 가공잡급인건비 6,043,010천원에 대한 처분청의 조사복명서 및 심판청구에 대한 답변서에 의하면 당초 청구인이 상가건물을 신축분양하기 위하여 경기도 OO시 분당구 정자동 156-3 소재 토지의 매입을 위해 3,597,679천원을 지급하였으나 상가신축분양후 분양소득금액을 줄이기 위해 총 가공경비로 12,044,956천원을 계상한 사실을 인정한 바 있고, 위와 같이 수정신고한 가공경비 중 7,271,000천원(토목공사비 1,471,000천원과 잡급인건비 5,800,000천원)은 청구인의 대표이사인 최OO의 개인사업장과 관련된 공사원가라는 사실을 확인한 것으로 나타나고 있으며, 또한 4,815,010천원(가공경비 4,572,000천원과 가공잡급 243,010천원)은 경기도 OO시 분당구 정자동 156-3 소재 상가신축판매분과 관련하여 사업과 직접적으로 관련이 없는 컴퓨터 등을 매입한 것으로 기재한 실물거래없는 가공매입분으로 확인된 사실 등이 있는 점 등으로 볼 때 청구인이 제시한 송금관련 증빙만으로는 청구인이 주장하는 1,501,945천원을 청구인이 주식회사 OOOO로부터 음향공사장비를 실제 구입하고 지급한 공사비로 인정하기는 어렵다.

3) 청구인은 2004년도 도급공사한 OOOOOO개보수공사에 대한 토목공사비용 2,720,000천원 중 OOOO주식회사에 대한 토목공사비 2,000,000천원은 실제 OOOOOO신축공사와 관련하여 지출한 것이므로 공사원가로 인정되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면, 청구인과 OOOO주식회사(OOOOO OOO OOOOOOOOO OOOOO OO OOOO 소재)와의 OOOOOO개보수공사계약서(2004.1월 체결)에 의하면 공사계약금액이 2,200,000천원(부가가치세 포함)으로 공사기간은 2004.1월부터 2004.5월까지로 나타나고 있으나,이에 대한 처분청의 조사복명서에 의하면 OOOO주식회사가 청구인이 발주한 건물을 실제 시공한 것으로 볼만한 객관적인 증빙을 제시하지 못한 것으로 조사되어 있고, 조사일 현재 청구인은 OOOO주식회사의 관련장부기록 등 관련증빙을 제시하지 못하고 있어 청구인이 제시한 증빙만으로는 OOOO주식회사가 실제 OOOOOO개보수공사를 하고 청구인이 토목공사비조로 2,000,000천원(공급가액)을 OOOO주식회사에 지급한 사실이 확인된다고 볼 수 없다.

4) 청구인은 2004년도 도급공사한 OOOOOO개보수공사에 대한 토목공사비용 2,720,000천원중 OOOO주식회사에 대한 792,000천원은 실제 OOOO주식회사와 720,000천원에 공사계약을 체결하고 투입된 비용이므로 공사원가로 인정되어야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴보면, 2004.3.22. 청구인과 OOOO주식회사(OO OOO OOO OOOOO 소재)간에 체결된 OOOOOO개보수공사계약서에 의하면 공사계약금액을 792,000천원(부가가치세 포함), 공사기간을 2004.3.25.부터 2004.10.15. 까지로 공사계약이 체결된 것으로 기재되어 있고, OOOO주식회사에게 공사대금으로 지급하였다는 720,000천원의 지급내역 및 거래처 원장에 의하면 2004.4.30. 167,200천원, 2004.5.31. 132,000천원, 2004.6.30. 187,000천원, 2004.7.31. 198,000천원, 2004.8.11. 198,000천원, 2004.10.15. 107,800천원의 공사대금이 발생되어 공사대금을 지급한 것으로 기재되어 있으나, 처분청의 조사과정에서 청구인의 대표이사인 최OO이 작성한 확인서(2006.10.30.)를 보면 2004년 제1기부터 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOOO주식회사로부터 수취한 1,364,000천원(공급가액 1,240,000천원, 세액 124,000천원)의 매입세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 부가가치세 및 법인세 신고시 매입세액공제 및 원가산입한 사실이 있음을 확인한 것으로 기재되어 있는 반면, 청구인은 달리 OOOO주식회사에게 공사대금으로 720,000천원을 지급하였다고 볼만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때 청구인이 제시한 증빙만으로는 실제 OOOO주식회사가 OOOOOO개보수공사를 하고 청구인이 OOOO주식회사에게 공사대금으로 720,000천원을 지급하였다는 주장을 인정하기는 어렵다.

5) 청구인은 2004년도 도급공사한 OOOOOO개보수공사에 대한 경비 중 인건비 6,043,010천원 지급액에 대하여 실제공사원가로 인정하도록 주장만 하고 있을 뿐이지 공사비로 실지 투입된 것을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있어, 인건비 6,043,010천원을 OOOOOO개보수공사의 공사비로 인정하여야 한다는 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다.

6) 청구인은 2005년도 도급공사한 OOOOOO신축공사에 대한 토목공사비용 520,000천원은 실제 OOOO주식회사와 520,000천원에 공사계약을 체결하고 투입된 비용이므로 공사원가로 인정되어야 한다고 주장하고 있어 이를 보면, 2005.5.16. 청구인과 OOOO주식회사(OO OOO OOO OOOOO 소재)간에 체결된 OO OO 개·보수공사계약서에 의하면 계약금액은 572,000천원(공급가액 520,000천원, 부가가치세 52,000천원)으로 하고, 공사기간을 2005.5.18.~2005.8.31.까지로 공사계약이 체결된 것으로 기재되어 있는 것으로 나타나고 있으나, 처분청의 조사과정에서 청구인의 대표이사인 최OO이 작성한 확인서(2006.10.30.)에 의하면 2004년 제1기부터 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOOO주식회사로부터 수취한 1,364,000천원(공급가액 1,240,000천원, 세액 124,000천원)의 매입세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 부가가치세 및 법인세 신고시 매입세액공제 및 원가산입한 사실이 있음을 확인한 것으로 기재되어 있으며 또한 실제 OOOO주식회사가 청구인이 발주한 건물을 신축한 것으로 볼만한 OOOO주식회사의 관련장부 및 기록 등 관련증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등으로 볼 때 청구인이 제시한 증빙만으로는 OOOO주식회사가 실제 OOOOOO신축공사를 시공하고 청구인이 OOOO주식회사에게 572,000천원을 지급한 사실이 확인된다고 볼 수 없다.

7) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구인은 2003년에 시행한 OOOOOO의 신축공사, 2004년에 시공한 OOOOOO의 개·보수공사, 2005년에 시공한 OOOOOO의 신축공사를 하면서 OOOO주식회사에게 토목공사비, 철근공사비, 철근콘크리트공사비와 OOOO주식회사에게 가설공사비, 미장방수공사비, 금속공사비, 석공사비와 인건비 등 13,284,955천원(토목공사비 7,241,945천원, 잡급직 인건비 6,043,010천원)를 실지투입한 것이므로 쟁점공사원가를 원가로 인정하여 청구인의 소득금액계산시 손금으로 산입하여야 한다고 주장하고 있으나 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 위 (나)에서 살펴본 바와 같이 쟁점공사원가의 원가성이 인정되지 않음에 따라 쟁점공사원가 중 외주토목공사비 7,241,945천원에 상당하는 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구인의 주장과 위 (나)의 쟁점공사원가의 공사비 인정과 관련하여 가지급금 인정이자 및 지급이자 손금불산입액을 감액 재조정하는 등 세무조정하여 2003사업연도와 2005사업연도의 법인세를 경정하여야 하며, 이와 관련한 2003사업연도, 2004사업연도, 2005사업연도의 매출누락금액 등에 대하여 청구인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지금액을 경정하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인의 2003사업연도부터 2005사업연도까지의 법인세 신고내역과 처분청의청구인에 대한 세무조사 후경정결정내역을 보면, 청구인의 총공사금액중 36%인 14,266,905천원을 원가부인함에 따라 2003사업연도 수입금액 허위기장률은 34.52%이고 공사원가 허위기장률이 30.62%이며, 2004사업연도 수입금액 허위기장률은 18.35%이고 공사원가 허위기장률이 64.61%이며, 2005사업연도 수입금액 허위기장률은 4.2%이고 공사원가 허위기장율이 5.5%로 나타난다.

<수입금액 및 공사원가 신고·경정내역>

(단위 : 천원)

(나) 「법인세법」 제66조 제3항에 의하면 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하며, 다만 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위로 인하여 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 추계결정할 수 있도록 규정하고 있다.

(다) 청구인의 대표이사인 최OO이 청구인의 매출신고누락 사실과 쟁점가공원가를 계상한 사실을 인정한 바 있고, 이를 근거로 청구인이 수정신고한 사실이 있으며, 검찰조사 및 재판결과 법원 판결 등에 의해 공사원가 주장액 전액이 가공원가로 확인되었고, 장부 등이 허위 또는 중요한 부분이 미비하다고 볼만한 다른 부외원가 지급액 등에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(라) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건데, 세법상 과세표준과 세액은 납세자가 스스로 작성하고 외부조정을 거쳐 신고한 장부에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계과세는 납세자의 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 사용하는 예외적인 방법으로, 청구인의 경우 2003사업연도의 경우 수입금액 허위기장률이 34.52%, 공사원가 허위기장률이 30.62%, 2004사업연도의 경우 수입금액 허위기장률이 18.35%, 공사원가 허위기장률이 64.61%로 나타나고 있으나, 청구인에 대한 사법기관의 조사과정에서 청구인의 대표이사인 최OO이 매출신고누락 사실과 쟁점가공원가를 계상한 사실을 인정하고 수정신고한 사실이 있는 점, 검찰조사 및 재판결과 조세포탈혐의가 인정된 점, 청구인은 이 건 심판청구시 장부 등이 허위 또는 중요한 부분이 미비하다는 사실에 대하여 객관적인 증빙을 제시하지 못한 점 등으로 볼 때 수입금액 또는 매출원가의 허위기장률이 높다는 이유만으로 추계조사결정의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 청구인의 2003사업연도와 2004사업연도 및 2005사업연도 소득금액을 추계로 결정하여 줄 것을 경정청구한데 대하여 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 12월 30일

주심조세심판관 이 영 우

배석조세심판관 이 광 호

이 전 오

박 요 찬

[별지첨부1]

쟁점공사원가 내역서

(단위 : 천원)