세금계산서상의 매입세액이 등록전매입세액에 해당하는지 여부(취소)

평택세무서장이 2007.4.11 청구인에게 한 2006년 제2기분 부가가치세 4,846,400원의 부과처분은 청구인이 (주)씨앤에스로부터 2006.12.31 수취한 매입세금계산서 공급가액 242,320,000원의 매입세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보아 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구인은 2007.1.19 자동차부분 정비업으로 사업자등록한 후 경기도 평택시 장당동 635-5번지 씨앤에스 프라자 109호, 110호(이하 쟁점상가 라 한다)를 (주)씨앤에스로부터 400,000천원에 분양받고 쟁점상가의 건물분 분양가액 266,552,000원(부가가치세 포함)에 대한 공급가액 242,320,000원, 매입세액 24,232,000원의 세금계산서 1매(이하 쟁점세금계산서 라 한다)를 교부받아 2007.1.22 처분청에 2006년 2기분 부가가치세 매입세액 24,232,000원을 조기환급신청하였다.

처분청은 청구인의 조기환급신청에 대한 현지확인을 통하여 쟁점세금계산서의 발행일은 2006.12.31이고 사업자등록신청일은 2007.1.19이나 청구인이 쟁점상가를 2006.10.20경부터 사용승낙을 받아 이용이 가능하였던 것으로 보고 2006.10.20을 쟁점건물의 공급시기로 보아 사업자등록신청일로부터 20일전의 등록전매입세액에 해당한다는 사유로 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액 환급을 거부하고 2007.4.11 청구인에게 2006년 2기분 부가가치세 4,846,400원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.5.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 쟁점상가의 사용수익이 가능한 날을 2006.10.20로 보고 동일자를 공급시기로 판단하여 쟁점상가의 부가가치세 매입세액을 등록전매입세액으로 보아 환급거부하고 과세하였으나 쟁점상가의 사용수익이 가능한 날은 2006.12.31이므로 환급을 거부한 처분은 부당하고, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 환급현지확인과정에서 2006.10.20경 쟁점상가에 사업설비 설치를 시작하고 2006.11.20경 자동차정비 허가신청을 접수하고, 2006.12.30 시설을 완비하였으며 2007.1.19 자동차정비 허가를 받아 2007.1.19 사업자등록신청을 하였다는 내용의 확인서를 제출하고 있어 청구인이 쟁점상가를 2006.10.20 사실상 명도받아 사용수익한 것으로 판단되므로 동일자를 공급시기로 보아 청구인이 환급신청한 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 환급거부하고 신고불성실 가산세를 부과한 처분은 정당하다. 다만, 매입세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분은 청구인의 주장이 이유있다고 판단되므로 직권시정할 예정이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서상의 매입세액이 등록전매입세액에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제5조 【등 록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

제9조 【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2003. 12. 30. 개정)

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (1999. 12. 28. 개정)

(2) 부가가치세법시행령

제60조 【매입세액의 범위】⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. (2000. 12. 29. 항번개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의한 사실관계를 살펴본다.

(가) 청구인과 (주)씨앤에스는 2006.10.20 쟁점상가의 매매계약서를 작성하였으며 동 계약서의 내용에 의하면 입점지정일이 당초 입점지정일보다 앞당겨 질 경우에는 미도래 중도금과 잔금을 납부하여야만 입점할 수 있는 것으로 기재되어 있고 위 계약일 당시 쟁점상가의 중도금과 잔금은 완납되지 않았다.

(나) 청구인은 2006.11.20 평택시장에게 자동차관리사업(부분정비업) 등록을 신청하였으나 일부 정비기계가 적합하게 설치되지 않았다는 사유 등으로 시설보완 지적을 받았고, 2006.12.30 쟁점상가에 자동차관리사업(부분정비업) 시설을 갖춘 후 2006.12.31 쟁점세금계산서(청구용)를 교부받았으며, 2007.1.5 평택시장에게 자동차관리사업 등록을 재신청하여 2007.1.19 등록증을 교부받았다.

(다) 위와 같이 청구인은 평택시장으로부터 자동차관리사업 등록증을 교부받은 2007.1.19 처분청에 사업자등록을 신청하였으며, 쟁점상가는 2007.2.20 (주)씨앤에스로부터 청구인에게 소유권이 이전되었다.

(라) 처분청에 문의한 바에 의하면, 청구인이 처분청에 사업자등록신청한 자동차부분정비업의 경우 사업자등록신청시 관할관청이 교부한 자동차정비업등록증을 첨부하도록 하고 있으며, 이 건 처분의 근거가 된 청구인이 작성한 확인서의 내용외에는 쟁점상가의 분양 계약일인 2006.10.20부터 청구인이 쟁점상가를 사용·수익하였다고 볼 수 있는 증빙은 없다.

(2) 이 건 처분과 관련한 사실관계를 살펴본다.

(가) 처분청은 부가가치세 환급현지확인조사에서 청구인으로부터 다음과 같은 내용의 확인서를 제출받았는 바, 청구인이 제출한 확인서 내용은 2006.10경 쟁점상가를 (주)씨앤에스와 계약하고, 2006.10.20경 유치후 시설준비시작, 2006.11.20 자동차정비 허가신청서 접수, 2006.12.30 실입점 및 시설완비하고 (주)씨앤에스로부터 대금청구 및 세금계산서 발급받아 실입점(2006.12.30) 후 대금을 지불하려 하였으나 자금사정 및 자동차정비 허가가 길어지고 주차장의 분할에 따른 협의가 길어져 2007.1.19 자동차정비 허가증이 나와서 당일 사업자등록신청 소유권이전 및 잔금지급을 2007.2.9～2007.2.13경 할 계획입니다. 2007.2.29 확인자 청구인 으로 기재되어 있다.

(나) 처분청은 청구인이 작성한 위 확인서의 내용상 2006.10.20경 유치후 시설준비 시작이라는 내용에 기초하여 청구인이 쟁점상가를 (주)씨앤에스로부터 2006.10.20 사실상 명도받아 사용수익한 것으로 보고 2006.10.20을 쟁점상가의 공급시기로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 등록전매입세액으로 판단하여 해당 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 이 건 과세한 것으로 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 이에 대하여 청구인은 2006.10.20은 쟁점상가를 사용수익한 날이 아니고 자동차정비업 등록을 위한 시설요건 충족을 위하여 쟁점상가의 소유자인 (주)씨앤에스의 양해를 얻어 일부 설비를 설치하기 시작한 날짜이며, 2006.12.30에 자동차관리업 등록을 위한 설비를 갖추고 입점하여 2006.12.31에 (주)씨엔에스로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것이므로 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액은 등록전매입세액에 해당하지 않는다는 주장이다.

(4) 이상의 사실관계에 기초하여 쟁점상가의 공급시기를 살펴본다.

(가) 부가가치세법 제9조 제1항 제2호에서는 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때 로 규정하고 있으며, 재화가 이용가능하게 되는 때 라 함은 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하는 것이나, 매매잔금 미지급금 등의 사유로 당사자간 특약에 의하여 당해 부동산에 대해 잔금지급이전까지 사용·수익 등 이용을 제한하고 있는 경우에는 실제로 사용·수익이 가능한 날을 공급시기로 보는 것이 타당하다(같은 뜻 : 국심2005광3641, 2006.6.30외 다수).

(나) 이 건의 경우를 살펴보면, 처분청은 부가가치세 환급현지확인 당시 청구인이 작성한 확인서의 내용에서 2006.10.20경 유치후 시설준비 시작 이라는 내용만으로 청구인이 (주)씨앤에스로부터 2006.10.20 쟁점상가를 사실상 명도받아 사용수익한 것으로 보았으나, 2006.10.20은 청구인과 (주)씨앤에스간에 쟁점상가의 분양계약이 체결된 날로서 계약서상에는 입점일이 지정되어 있지는 아니하나 미도래중도금과 잔금을 납부하여야만 입점할 수 있는 것으로 기재되어 있고 위 계약일 당시 쟁점상가의 중도금과 잔금은 완납되지 않은 것으로 나타나고 있어 청구인이 쟁점상가에 입점하여 사업을 영위하거나 쟁점상가를 사용수익할 조건이 성취되었다고 보기는 어렵고, 청구인의 제시증빙과 자동차관리업 등록신청 및 사업자등록신청 등의 제반정황에 비추어 볼 때 2006.10.20은 청구인이 사업자등록을 신청하기 위한 전 단계인자동차관리업 등록을 위한 시설요건 충족을 위하여 쟁점상가의 소유자인 (주)씨앤에스의 양해를 얻어 일부 설비를 설치하기 시작한 날짜라는 청구인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

(다) 이와 같이 청구인이 대금지급을 완료하거나 소유권이전등기를 한 후 쟁점상가를 점유하여 사업을 영위하거나 쟁점상가를 임대하는 등의 사용·수익함이 없이 장차 운영하게 될 사업의 등록조건을 충족하기 위하여 공급자의 양해하에 설비의 일부를 설치한 시점을 처분청이 쟁점상가의 사용·수익일로 보는 것은 이 건 관련규정인 재화가 이용가능하게 된 때 의 뜻을 확대해석한 것으로 보여지고, 청구인이 쟁점상가를 이용가능하게 된 때는 쟁점상가를 청구인의 소유로 등기하거나 청구인이 쟁점상가에 실지입점하여 사업을 영위하게 된 때로 보는 것이 합당하다고 볼 것이다.

(라) 그렇다면 이 건과 같이 처분청이 공급시기와 관련한 구체적인 증빙이 없이 청구인의 작성한 확인서의 일부내용을 잘못 판단하여 2006.10.20을 쟁점상가의 공급시기로 본 것은 잘못이고, 청구인의 확인서의 내용상 실입점일인 2006.12.30을 쟁점상가를 청구인이 실지 사용·수익한 날로 보는 것이 보다 합당하다 하겠다.

(마) 따라서, 2006.12.31에 발행된 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서로서 해당 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 규정하는 등록전매입세액에 해당되지 않으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 등록전매입세액으로 보아 환급을 거부하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 10월 24일

주심국세심판관 이 광 호

배석국세심판관 박 동 식

배석국세심판관 김 완 석

배석국세심판관 이 상 기

참조조문

유사 판례