제2001-128호 (2001.03.25)

취득

취소

청구인은 토지를 취득한 후 공장용 건축물을 착공하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 보아야 하고 외부적인 사유로 소요된 기간을 제외하면 토지취득후 6월이내에 착공한 것으로 보아야 하기 때문에 이는 토지취득일로부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아야함

구 지방세법 제275조【공장의 지방이전에 따른 감면】

청구인이 1999.1.31.과 1999.2.6. 신고납부한 토지분 등록세 12,424,690원, 지방교육세 2,484,930원, 취득세 8,283,120원, 농어촌특별세 828,310원, 합계 24,021,050원에 대한 심사청구는 각하하고, 2000.6.30.과 2000.7.8. 신고납부한 건축물분 등록세 7,200,000원, 지방교육세 1,440,000원, 취득세 18,000,000원, 농어촌특별세 1,800,000원, 합계 28,440,000원과 2001.7.9. 부과고지한 건축물 추가 공사비에 대한 취득세 8,840,120원, 농어촌특별세 810,330원, 등록세3,374,060원, 지방교육세 618,570원, 합계 13,643,080원(가산세 포함)을 취소한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1999.1.7.○○도○○군○○면○○리○○번지의 토지 10,028㎡를 취득한 후 동 토지에 대한 등록세 12,424,690원, 지방교육세 2,484,930원, 합계 14,909,620원은 1999.1.31. 신고납부하고 취득세 8,283,120원, 농어촌특별세 828,310원, 합계 9,111,430원은 1999.2.6. 신고납부한 후 2000.6.8. 동 토지상에 공장용 건축물 4,375.20㎡(이하 토지를 포함하여 “이 사건 공장용 부동산”이라 한다)를 신축취득한 다음 동 건축물에 대한 등록세 7,200,000원, 지방교육세 1,440,000원, 합계 8,640,000원은 2000.6.30. 신고납부하고, 취득세 18,000,000원, 농어촌특별세 1,800,000원, 합계 19,800,000원을 2000.7.8. 각각 신고납부하므로서 이를 수납하여 징수결정하였으며 2001.6.11. 처분청의 세무조사결과 이 사건 공장용 부동산 중 취득세 및 등록세 등의 과세표준에 누락된 건축물의 추가공사비(368,338,710원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,840,120원, 농어촌특별세 810,330원, 등록세 3,374,060원, 지방교육세 618,570원, 합계 13,643,080원(가산세 포함)을 2001.7.9. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 문구류제조·판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1992. 3.16.부터 임차한○○도○○시○○구○○동○○번지의 토지 1,025㎡와 동 지상 공장용 건축물 1,897.5㎡ 및 1997.1.16.부터 임차한○○도○○시○○구○○동○○번지의 토지 1,649㎡와 동 지상 공장용 건축물 905.6㎡에서 문구류제조공장을 운영하다가 대도시외의 지역으로 공장을 이전하고자 1999.1.7. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 토지 10,028㎡를 취득한후 1999.3.23. 처분청에 건축허가 신청을 하였으나 1999.4.7. 진입로가 없다는 사유로 보완을 요구(주택 58551-1451)함에 따라 1999.4.21. 건축허가 신청을 취하하고 토지소유자들로부터 공장진입로 사용승락을 받고 1999.4.26. 다시 건축허가를 신청하였으나 1999.5.7. 사용승락받은 공장진입로 일부에 파주농지개량조합 소유의 농업용 수로인 콘크리트 흄관이 지하에 매설되어 있어 구거부지 점용허가를 먼저 받아야 한다고 통보함에 따라 1999.5.9. 파주농지개량조합에 사용승인신청을 한 후 수차례의 협의를 거쳐 1999.8.25. 구거부지 점용허가를 받고 1999.9.21. 건축허가를 받아 착공하여 2000.6.8. 임시사용 승인을 받았으나○○시 및○○시소재 공장은 2000.5.30.부터 일부 기계설비 등을 이전하여 2000.6.16. 공장이전이 완료되어 문구류제조업을 영위하고 있으므로, 이는 지방세법시행규칙 제115조제2항제4호에서 규정하고 있는 토지취득일로부터 6월이내에 공장용건축물을 착공하지 못한 정당한 사유에 해당되며 또한, 이 사건 공장용 부동산중 토지에 대한 등록세 및 취득세 등을 1999.1.31. 과 1999.2.6. 신고납부하고 건축물에 대한 등록세 및 취득세 등은 2000.6.30.과 2000.7.8. 신고납부하였지만 당초 신고납부 처분은 처분청의 세무조사로 인한 증액 경정처분에 흡수되어 당초 처분은 소멸되고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다는 대법원판례(대법원 누 2245, 1999.9.3)에 따라 기 신고납부한 등록세 및 취득세 등은 환부되어야 하고 2001.7.9. 부과고지한 취득세 등은 부과취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구 다툼은 대도시내에서 대도시외로 공장을 이전하기 위하여 토지를 취득하였으나 진입로 사용승락등을 받기 위한 기간이 소요되어 토지취득일로부터 6월 이내에 공장을 착공하지 못한 것이 정당한 사유에 해당되는 지의 여부에 있다고 하겠으므로,

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제275조 제1항 및 제2항에 대도시내에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하며, 이에 대한 공장의 범위 및 적용기준은 행정자치부령으로 정한다고 규정하고, 지방세법시행규칙 제115조 제2항에서 법 제275조 제1항의 규정에 의하여 감면대상이 되는 공장용 부동산은 다음 각호의 요건을 갖춘 것이어야 한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에서 이전한 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산일 것이라고 규정하고, 그 제3호에서는 대도시외에서 그 사업을 개시한 날부터 6월(시운전기간 제외)내에 대도시내에 있는 당해 공장시설을 완전히 철거하거나 폐쇄할 것이라고 규정하고, 그 제4호에서 토지를 취득한 때에는 그 취득일로부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공하여야 한다라고 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 문구류제조·판매업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서 1992.3.16.부터 임차한○○도○○시 소재 공장용 건축물 1,897.5㎡와 1997.1.16.부터 임차한○○도○○시 소재 공장용 건축물 905.6㎡에서 문구류제조공장을 운영하다가 대도시외의 지역으로 공장을 이전하고자 이 사건 공장용 부동산을 취득·등기하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등을 1999.1.31.과 1999.2.6. 및 2000.6.30.과 2000.7.8. 각각 신고납부하였으나 처분청에서는 이 사건 공장용 부동산중 건축물의 추가공사비가 취득세 및 등록세의 과세표준에 누락된 것을 확인하고 이에 대한 취득세 및 등록세 등을 2001.7.9. 부과고지한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 대도시내 공장을 대도시외로 이전하기 위하여 대도시외 지역에 소재하고 있는 이 사건 공장용 부동산중 토지를 1999.1.7. 취득하고, 동 지상에 공장용 건축물을 신축하기 위하여 1999.3.23. 건축허가를 신청하였으나 1999.4.7. 진입로가 없다는 사유로 보완을 요구함에 따라 1999.4.21. 건축허가신청을 취하하고 토지소유자들로부터 공장진입로 사용승락을 받고 1999.4.26. 다시 건축허가신청을 하였으나 공장진입로 일부중 농업용 수로가 지하에 매설되어 있어○○농지개량조합과 수차례 협의를 거쳐 1999.8.25. 구거부지 점용허가를 받고 1999.9.21. 건축허가를 받아 착공하여 2000.6.8. 임시사용 승인을 받았으므로 이는 토지취득일로부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 처분청에서는 집입로 사용승락을 받기 위한 기간이 소요되어 토지취득일로부터 6월이내에 착공하지 못한 것은 정당한 사유에 해당되지 아니하는 것으로 판단하고 있지만,

지방세법 제275조 및 지방세법시행규칙 제115조제2항에서 대도시(과밀억제권역)내에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로 이전하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하지만 그 면제 요건은 첫째, 이전할 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산이어야 하고, 둘째, 정당한 사유가 있는 경우를 제외하고는 토지취득일로부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공하여야 하며, 셋째, 대도시외에서 그 사업을 개시한 날로부터 6월이내에 대도시내에 있는 당해 공장시설을 철거하거나 폐쇄하여야 하는 바, 동 규정은 첫째 내지 셋째요건을 모두 갖춘 경우에 한하여 부동산 취득 및 등기에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하는 것이고, 위 각 요건중 하나라도 갖추지 못한 경우에는 그 부동산 취득 및 등기에 대하여 취득세 및 등록세를 부과할 수 있다고 해석하여야 할 것이므로(대법원 판결 98두18268, 1999.3.26) 첫째요건인 이전할 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 부동산에 해당되는지의 여부를 살펴보면, 청구인이 2000.7.4. 이 사건 공장용 부동산 소재지 관할 세무서인 의정부세무서장에게 사업장 이전신고시 사업장 변경일을 2000.6.26.로 등재되어 있는 것으로 미루어보면 이 사건 공장용 부동산 취득(토지 : 1999.1.7, 건축물 : 2000.6.8)은 이전할 공장의 사업을 개시하기 이전에 취득한 것으로 보아야 하고, 둘째요건인 토지취득일로부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공할 수 없는 정당한 사유가 있었는지의 여부를 보면, 동규정에서의 정당한 사유라 함은 토지를 취득한 후 착공하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 착공하지 못한 경우를 뜻하는 것으로서(같은 취지의 대법원 판례 96누16810, 1997.6.27), 청구인의 경우와 같이 1999.1.7. 토지를 취득한 후 1999.3.23. 처분청에 건축허가 신청을 하였으나 1999.4.7. 진입로가 없다는 사유로 보완을 요구(주택 58551-1451)함에 따라 1999.4.21. 건축허가 신청을 취하하고 토지소유자들로부터 공장진입로 사용승락을 받고 1999.4.26. 다시 건축허가를 신청하였으나 1999.5.7. 사용승락을 받은 공장진입로 일부에 파주농지개량조합소유의 농업용 수로인 콘크리트 흄관이 지하에 매설되어 있어 구거부지 점용허가를 먼저 받아야 한다고 통보함에 따라 1999.5.9.○○농지개량조합에 사용승인신청을 한 후 수차례의 협의를 거쳐 1999.8.25. 구거부지 점용허가를 받고 1999.9.21. 건축허가를 받아 착공하여 2000.6.8. 임시사용 승인을 받은 것으로 보면 청구인은 토지를 취득한 후 공장용 건축물을 착공하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 보아야 하고, 더구나 파주농지개량조합으로부터 구거부지 점용허가를 받고자 1999.5.9. 신청하여 3개월 16일이 경과한 1999.8.25. 허가를 받은 것으로 보면 동기간은 외부적인 사유로 보아야 하고 외부적인 사유로 소요된 기간을 제외하면 토지취득후 6월이내에 착공한 것으로 보아야 하기 때문에 이는 토지취득일로부터 6월이내에 공장용 건축물을 착공할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하며, 다음은 셋째요건인 대도시외에서 그 사업을 개시한 날로부터 6월이내에 대도시내에 있는 당해 공장시설을 철거하거나 폐쇄되었는지 여부를 살펴보면, 청구인은 2000.6.8. 이 사건 공장용 부동산중 건축물을 신축한 후 1997.1.16.부터 임차하여 사용하고 있는○○도○○시 소재 공장을 이전한 후 2000.6.26. 사업장이 변경되었다는 사실을○○세무서장에게 신고한 것으로 보면 사업을 개시한 날은 사업장 변경일로 보아야 하고 사업장변경일인 2000.6.26. 이전에○○도○○시 소재 공장은 폐쇄된 것으로 보아야 하며 또한, 1992.3.16.부터 임차하여 사용하고 있던○○도○○시 소재 공장은 2000.5.30.부터 2000.7.25.까지 기계운반 등을 순차적으로 이전한 사실이 세금계산서 및 법인장부와 전표 등에서 입증되고 있고 2000.7.25. 임차한 경기도 부천시 소재공장의 임대차 계약이 해제된 것이 동 공장용 부동산 소유자의 사실확인서 등에서 입증되고 있는 것으로 미루어보면○○도○○시 소재공장 역시 사업장변경일로부터 6월내에 폐쇄되었다고 보아야 하며, 그리고 이 사건 공장용 부동산중 토지에 대한 등록세 및 취득세 등을 1999.1.31.과 1999.2.6. 신고납부하고 건축물에 대한 등록세 및 취득세 등을 2000.6.30.과 2000.7.8. 신고납부하였지만 당초 신고납부한 처분은 처분청의 세무조사로 인한 증액 경정처분에 흡수되어 당초 처분은 소멸되고 오직 경정처분만이 쟁송의 대상이 된다는 대법원 판례(대법원 누 2245, 1999.9.3)에 따라 기 신고납부한 등록세 및 취득세 등은 환부되어야 한다고 주장하고 있지만, 동 대법원판례는 토지에 대한 취득세는 건축물의 취득에 대한 취득세와는 과세대상 및 과세단위를 달리하는 것으로 건축물의 취득에 관한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하여 추징하였다고 하더라도 토지에 관한 취득세 과세표준 및 세액을 증액하지 아니한 이상 건축물에 대한 부과처분이 토지의 취득에 대한 취득세 부과처분까지 포함하여 증액하는 경정처분이 아니라는 판례이므로 청구인의 경우와 같이 이 사건 공장용 부동산중 건축물에 대한 취득세 등의 당초 신고납부한 처분은 처분청의 세무조사로 인하여 증액 경정처분에 흡수되어 당초 처분은 소멸된 것으로 보아야 하므로 이 사건 공장용 부동산중 토지에 대한 취득세 등의 환부청구는 증액결정처분과는 독립된 처분으로서 신고납부일로부터 90일이 경과하여 불복청구한 것이므로 이에 대한 청구는 청구기간 도과로 인하여 각하로 결정하고, 이 사건 공장용 부동산중 건축물은 대도시내에서 대도시외의 지역으로 공장을 이전하여 사업을 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 이에 대한 취득세 및 등록세 등은 구 지방세법(2000.12.29, 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제275조제1항 및 제2항의 규정 에 의하여 과세면제되어야 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 3. 25.

행 정 자 치 부 장 관