[청구번호]조심 2015부0808 (2016. 5. 18.)

[세목]법인[결정유형]재조사

[결정요지]지입차량 사업권을 특수관계법인에게 무상양도한 거래는 부당행위계산부인규정의 적용대상으로 보이나, 처분청이 산정한 사업권 양도대가가 적정한 금액인지 및 상여처분액에서 제외되는 퇴직금과 손금산입할 부외경비에 대해서는 재조사를 함이 타당하고, 부당행위계산부인에 따른 과소신고분에 대해 부정과소신고가산세를 부과한 처분과 중소기업특별세액감면 및 수입배당금 익금불산입의 적용을 배제한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[관련법령] 국세기본법 제47조의3 / 법인세법 제52조 / 법인세법 시행령제88조 / 조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 시행령제122조

OOO세무서장이 2014.9.26. 청구법인에게 한 부가가치세OOO원및법인세 OOO원의 각 부과처분은

1. 지입차량 47대의 사업권 양도대가가 적정한지 여부, 부외경비 OOO원의 손금산입 여부 및 2013.3.28. 김OOO에게 지급한 퇴직금 OOO원의 대표자 인정상여금액 제외 여부를 재조사하고, OOO(주)에 무상으로 양도한 지입차량 14대의 사업권 평가액(OOO원)에 대하여 일반과소신고가산세를 적용하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. ㈜OOO로부터2012년 및 2013년 지급받은 수입배당금(OOO원)에 대하여 「법인세법」 제18조의3을 적용하여 당해 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 「조세특례제한법」 제7조 및 제128조 제3항을 적용하는 것으로 하여 2010～2013사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한다.

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 처분청은 2014년 7월 청구법인(1946.11.10.부터 화물자동차 운송업 등 영위)에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 화물지입차량 47대의 사업권 양도대가 OOO4원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 및 특수관계 법인인 OOO(주)에 무상 양도한 차량 14대의 사업권 평가액 OOO원(이하 “쟁점부당행위계산부인금액”이라 한다)을 신고누락수입금액으로 보아 2014.9.26. 청구법인에게 부가가치세 OOO원및법인세 OOO원을 각 경정·고지하고, OOO원을전·현 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 지입차량 47대의 사업권 수입금액 누락액은 양도계약서상 양도대가 합계액인 OOO원이며, 처분청이 거래처에 대한 확인 및 기타 객관적인 증빙 없이 양도계약서 상의 양도대가와 대표이사 명의의 계좌로 입금된 금액 중 큰 금액을 신고누락 수입금액으로 과세한 처분은 잘못이다.

(가) 처분청은 지입차량 47대의 사업권 양도계약서 상 가액이 OOO원임에도 전·현 대표이사 서OOO의 계좌로 입금된 금액을 근거로 OOO원을 신고누락수입금액으로 보아 차액 OOO원이 과다 계상되었다.

(나) 화물자동차운송사업 업계에서 불법적으로 거래되는 지입차량 사업권 매각금액은 연도별로 차이가 있겠으나 통상적으로 5톤 미만은 대당 OOO원, 5톤 이상은 대당 OOO원 수준이며, 청구법인의 양도계약서 상 톤별 대당 평균양도대가는 아래와 같이 5톤 이하OOO원 수준이므로 업계 거래관행 간에 별 차이가 없다.

OOO

(다) 처분청이 수입금액 누락으로 본 쟁점금액의 47대 대당 평균가액은 OOO원으로 모두가 14톤을 초과하는 경우에도 받기 힘든 가격이며, 청구법인의 양도차량 47대 중 19대(40.4%)가 5톤 이하인 점을 고려할 때 쟁점금액은 현실적으로 실현 불가능한 거래금액이다.

(라) 처분청은 서OOO원의 개인계좌로 입금된 총액(OOO원)에서 미수지입료(OOO원)를 차감한 쟁점금액(OOO원)을 지입차량 47대의 사업권 양도대가로 보았으나, 계좌로 입금된 총 OOO원에는 사실상 지입차량 사업권의 양도대가로 볼 수 없거나 입금자가 확인되지 아니한 금액까지 포함되어 있기 때문에 양도계약서상 금액보다 OOO원이 과다 산정된 것으로 이를 구체적으로 살펴보면 다음과 같다.

1)2011년 제2기에 류OOO이 입금한 금액 OOO원은 청구법인이 OOO와 계약하고OOO80아7004호, 7027호, 7024호, 7023호, 7057호, 7065호, 7052호, 7106호, 3357호) 및OOO80아7125호, 7108호)로 매각한 11대의 번호판 매각대금임에도 불구하고, 처분청은 착오로 2012년 1기에 “입금자 없음”으로 입금된 3건OOO원을 OOO와 타지역회사로의 매각대금으로 보아 중복 계산하였다.

2)2012년 제2기 및 2013년 제1기에 이OOO이 입금한 금액 OOO원과 이OOO이 입금한 금액 OOO원은 청구법인이 OOO와 계약하고OOO80아7088호, 7077호, 7039호, 7112호, 7109호), 타지역회사(OOO80아7098호) 및OOO80아7096호)로 매각된 지입차량 7대의 번호판 매각대금 OOO원과 이OOO으로부터의 차입한 금액 OOO원이 포함된 금액이므로 제외하여야 하며, 2012년 제1기 “입금자 없음”으로 입금된 1건 OOO원도 중복 계산된 것이다.

3)2012년 제2기에 이OOO으로부터 입금된 금액 OOO원은OOO80아7030호)에 매각된 1대의 번호판 매각대금 OOO원과 차입금 및 미수지입료 OOO원이 포함된 금액이다.

4)2011년 제2기에 류OOO으로부터 입금된 금액 OOO원은OOO80아7044호)에 매각한 4톤 지입차량 1대의 번호판 매각대금 OOO원과 미수지입료 등OOO원이 포함된 금액이며, 2012년 제2기에 최OOO으로부터 입금된 금액 OOO원은OOO80아7115호)에 매각한 4.5톤 지입차량 1대의 번호판 매각대금 OOO원 및 미수지입료 등 OOO원이 포함된 금액이다.

(2) 청구법인이 2013년에 OOO(주)에 무상 양도한 지입차량 14대의 사업권에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용함은 잘못이다.

(가)2004년 화물자동차의 공급과잉을 막기 위한 「화물자동차 운수사업법」 개정으로 화물운송사업이 종전 등록제에서 허가제로 변경되어 신규허가(증차)가 사실상 금지되자, 상당수의 지입회사가 지입차량을 타 광역시도로 이전하는 번호판 매각방식을 통해 지입차량을 이전받은 지역의 지입회사는 사업권을 포함하여 양수받은 것으로 신고하면서 번호판을 반납함으로써 신규 번호판을 받아 증차 효과를 보고, 이전한 지역에서는 기존 번호의 등록증에 이전 전출말소 차량으로 기재되기에 대폐차를 한 것처럼 위장하여 다시 한 대의 차량을 등록함으로써 불법적으로 증차하는 등 실수요 목적의 지입차량 이전 못지않게 불법적인 증차로 인한 이익을 얻을 목적으로 지입차량의 번호판 매각이 업계에서 성행하고 있는 실정이다.

(나) 그러나, 청구법인은 전 대표이사 김OOO와 4년간 11번의 법정 다툼으로 인해 법인통장이 압류되어 차량지입료를 법인계좌로 수금할 수 없어 정상적인 법인자금 집행이 곤란하였고, 소송으로 인하여 경영에 전념할 수도 없었으며, OOO원의 소송비용, OOO원의 임금 청구 및 OOO원의 손해배상 청구에 대비하여 별도 자금을 마련할 방안이 없었고, 장기간 소송으로 인하여 소속 지입차주들이 회사에 대한 불안감을 느껴 타 지입회사로 이전을 원하였으므로, 청구법인은 부득이하게 지입차량을 사업권과 함께 타 지역의 지입회사에 양도하여 운영자금과 소송비용 등에 충당하고 지입차주의 불안을 해소할 목적으로 이전한 것이며, 불법증차로 인한 이득 또는지입차량의 매각을 통한 이익 목적으로는 이전하지 아니하였는바, 이는 번호판 매각이 소송이 시작된 2010년 10월부터 이루어지고 이전 이후에 1대의 차량도 불법증차하지 아니한 점, 법인의 자금부족으로 연체된 각종 공과금과 소송비용 등이 번호판 매각대금에서 지급되어 청구일 현재 청구법인 및 최대주주 모두 자금부족으로 처분청이 고지한 세액 및 제2차납세의무 고지세액이 체납되어 있는 점을 통해 알 수 있다.

(다) OOO(주)는 2010.4.2. 설립된 신설법인으로 2012.11.1. 현 대표이사 하OOO이 인수한 회사로서, 김OOO와의 계속된 소송으로 불안감을 느끼지만 타 지입회사로의 이전을 원하지 않는 지입차주들의 불안감을 해소할 목적으로, 14대의 지입차량에 대하여는 단순히 지입회사 명의만을 관계회사인 OOO(주)로 명의를 이전해 둔 것이다.

(라) 향후 김OOO가 자기지분 3,990주를 취득하여 청구법인의 경영에 복귀할 경우, 현 경영주의 경영권 행사에 중대한 침해가 예상되고 정상적인 청구법인 관리가 힘들 것으로 예상되므로, 최악의 경우 경영권 다툼으로 인하여 청구법인이 해산된다 하더라도 지입차주 및 청구법인의 최대주주 및 경영자의 삶의 터전을 지킬 수 있도록 그 명의만을 이전한 것이므로 양도대가를 받지 아니하였다.

(마) OOO(주)의 대표이사와 청구법인의 대표이사가 동일인이며, 본점소재지도 동일하고, 청구법인의 사무실에서 별도 직원 없이 청구법인의 직원 1인이 함께 관리하고 있을 뿐만 아니라, 차고지 역시 동일하게 사용하고 있고, 청구법인으로부터 양수받은 14대의 지입차량 이외의 다른 지입차량은 없으며, 청구법인의 종전 거래처를 통하여 영업하고 있어 지입회사 이전으로 인한 변동사항이 없으므로, 법률적으로는 독립되어 있으나 실질적 경제적으로는 단일회사이다.

(바) 따라서, 청구법인의 경우 지입차량을 이전할 만한 부득이한 사정이 있다고 인정되며, 그 이전하는 방식이 타 지역으로 이전을 원하는 차량은 매각방식으로, 이전을 원하지 않는 차량은 단순 명의이전방식으로 하고, 연체금이 있어 이전할 수 없는 차량은 계속 관리하는 등 3가지 방식으로 나누어 이전하였으므로 그 명의 이전에는 청구법인이 미래에 예상되는 위험으로부터 지입차주와 경영자를 보호하기 위한 구체적인 사정이 있으며, 「화물자동차운수사업법」 상 허용되지 아니한 불법적인 번호판 매각을 청구법인이 아니하였다하여 세법상 이를 과세하는 것은 세법이 오히려 불법적인 행위를 조장하는 측면이 있고, 나아가 OOO(주)에 대한 지입차량의 이전이 단순한 명의 변경에 불과할 뿐만 아니라, 청구법인의 장부에 계상되지 아니한 부외자산인 영업권(회계학적으로 자기창설 영업권은 자산으로 인정하지 아니함)의 경우에는 대가를 수수하지 아니하였다고 하여 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로는 볼 수 없다.

(사) 설령, 부당행위계산부인의 대상에 해당되더라도 “부당행위부인금액”은 단순히 기업회계와 세무회계의 차이로 인한 것이므로, 허위계약서 작성 및 허위 기장 등 「국세기본법」 상의 적극적인 부정행위를 대상으로 한 부당과소신고가산세의 대상이 아닌바, 부가가치세 및 법인세 과세시 일반과소신고가산세를 적용하고, 중소기업특별세액감면(당초 미신고)을 적용하여야 한다.

(3) 부외 경비 OOO원을 추가로 손금산입하고, 김OOO에게 지급한 퇴직금 OOO원을 인정상여처분대상에서 제외하여야 한다.

(가)청구법인의 2010～2013사업연도 결산 시 누락된 부외 경비 OOO 등 지급이자 OOO원, 4대 보험료 OOO원, 김OOO에게 지급한 잡급 OOO원)은 추가로 손금산입하여야 하며, 대표이사의 개인계좌(수입금액 누락분 입금계좌)에서 지출되었으므로 상여처분대상에서 제외하여야 한다.

(나) 김OOO에 대한 임금지급판결(대법원 2012다101992, 2013.2.15.)로 인하여 2013.3.28. 청구법인이 김OOO에게 지급한 퇴직금 OOO원 중 OOO원은 청구법인의 자금이 아닌 대표이사의 자금에서 지급되었고, 대표이사가 수입금액 누락액 이외 별도의 부외자금이 없어 수입금액 누락금액에서 지출된 것이므로 상여처분대상에서 제외하여야 한다.

(4)청구법인은 「조세특례제한법」 상 중소기업특별세액감면의 적용대상임에도 불구하고, 2010～2013사업연도의 법인세 신고 시 감면신청을 하지 아니하였다. 중소기업특별세액감면은 법인세 신고 시 감면신청을 하지 아니하였더라도 처분청의 경정 시 감면요건이 충족되면 세액을 감면하는 것이 타당하므로 신고소득금액 및 신고누락 수입금액에 대하여 감면을 적용하여야 한다.

(5)청구법인은 2012년에 OOO원, 2013년에 OOO원의 배당금(지분율 12.5%)을 ㈜OOO로부터 받고 영업외수익으로 계상하였으나, 법인세 신고 시「법인세법」제18조의3(수입배당금액의 익금불산입)의 규정에 의거 익금불산입으로 세무조정하지 아니하였으므로, 이는 익금불산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)지입차량 47대의 사업권 양도대가는 쟁점금액으로 봄이 타당하다.

(가) 청구법인은 2010년 9월부터 2014년 2월까지 속칭 번호판 매각방식을 통해 지입차량 47대의 사업권을 타 지입회사들에게 양도한 후 양도대금을 전 대표이사인 서OOO 및 현 대표이사인 하OOO의 개인계좌로 입금받아 부가가치세 및 법인세 신고 시 수입금액을 누락하였다.

(나) 조사 당시 청구법인이 제출한 ‘차량보유 현황 및 양도내역’과 차량매수자로부터 대표자 및 주주 등의 계좌로 입금된 금액이 서로 일치하지 아니하여 청구법인에게 수차례 소명을 요구하였으나 이에 불응하였으므로, ‘차량보유 현황 및 양도내역’ 상 양도가액과 계좌 입금액 중 큰 금액에서 미수지입료를 차감한 금액을 신고누락 수입금액으로 확정하였으며, 아래와 같은 사유로 쟁점금액을 신고누락 수입금액으로 본 당초 처분은 정당하다.

1)OOO과의 거래내역을 살펴보면 계약서상에는 계약일자가 명시되어 있지 않고, OOO의 인장이나 대표자 등의 서명이 없어 계약서의 신빙성이 없으며, 청구법인은 2011.11.22. 및 2011.11.30. 2회에 걸쳐 류OOO로부터 입금된 금액 OOO원이 OOO80아7108 및 OOO80아7125호 등 지입차량 2대를 포함한 총 11대의 양도대가라고 주장하나, 양도계약서에도 일반화물자동차운송사업차량 9대 및 사업권 양도양수가 명기되어 있어 2대를 제외한 9대에 대한 대가로 확인되며,2대의 차량은 별개의 거래로 추후 OOO에 매각된 사실이 청구법인이 제출한 양도계약서에 의거 확인되고, 당초 소명 시에도 2012년 6월에 OOO에 양도한 것으로 소명한 사실이 있다.

2)2012년 제2기 및 2013년 제1기에 이OOO으로부터 입금된 금액 OOO원 및 이OOO으로부터 입금된 금액 OOO원 중 이OOO으로부터 차입한 금액 OOO원이 포함되어 있다고 주장하나,조사종결시까지 이OOO으로부터 수취한 금액에 대하여 차입금이 포함되어 있음을 확인할 수 있는 증빙서류를 제시하지 못하였으며, 이를 변제한 증빙 또한 제시하지 못하였다.

3)2012년 제2기에 이OOO으로부터 입금된 금액 OOO원이 OOO80아7030호의 양도대금으로서 차량가액 OOO원 외에 미수지입료 OOO원이 포함된 금액이라고 주장하나,청구법인이 제출한 ‘과세기간별 지입차량 사업권 양도내역 명세서’에는 미수지입료가 계상되어 있지 않고, 월 지입료 OOO원(공급대가)으로 역산하면 OOO원의 미수액은 272개월이 소요되는 바,해당 지입차량의 2005년 4월 개업일로부터 2012년 3월 타사업장으로 전출 시까지 약 3배의 미수지입료가 계상된 것이며, ‘사업권 양도내역 명세서’ 상의 미수지입료 외에 기타 청구주장을 확인할 수 있는 증빙이 없다.

4)2011년 제2기에 류OOO으로부터 입금된 금액 OOO원에 지입료 OOO원, 2012년 제2기에 최OOO으로부터 입금된 금액 OOO원에 지입료 OOO원이 포함되어 있다고 주장하나, 실제 계약서 등을 제시하지 아니하였고, 당초 제출된 ‘과세기간별 지입차량사업권 양도내역 명세서’에 기재된 류OOO원의 지입료 외에 실제 지입료를 확인할 수 있는 증빙자료를 제시하지 못하였다.

5)2012년 제1기에 “입금자 없음”으로 표기된 지입차량 OOO80아7100호의 경우,청구법인이 제출한 ‘차량보유 현황 및 양도내역’상의 양도대상 차량에 해당하지 않으므로 동 차량이 OOO에 함께 양도된 차량임을 확인할 수 없다.

(2)청구법인이 지입차량 14대의 사업권을 특수관계자인 OOO(주)에게 시가보다 낮은 가액으로 양도한바, 부당행위계산부인 대상이다.

(가) 청구법인은 쟁점부당행위계산부인금액이 사실상 지입회사 명의변경에 불과하여 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 주주 구성을 보면 청구법인은 2012.12.31. 현재 지분율이 하OOO 15.42%으로 되어 있고, OOO(주)는 하OOO 30%로 주주 및 지분율이 상이하여 명의만 변경한 것이 아닌 특수관계에 있는 별개의 법인으로 보아야 한다.

(나)OOO의 경영권 분쟁에 따라 이를 방어하기 위한 목적으로법인의 자산을 특수관계법인에게 무상으로 양도하여 해당법인을 부실화하는 것이 건전한 상관행 또는 경제적 합리성이 있다고 볼 수 없다.

(다) 또한, 청구법인이동일한 과세기간 중 타 법인에게 양도한 지입차량 사업권의 가격은 대당 최소 OOO원 이상이나, 이를 무상으로 특수관계자인 OOO(주)에 이전하여 부가가치세 및 법인세 부담을 부당하게 감소시켰는바, 부당행위계산부인 및 부당과소신고가산세를 적용한 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 당초 신고 시 누락된부외경비를 손금산입하고 상여처분에서 제외하며, 법인의 자금에서 지출되지 아니한 김OOO의 퇴직금 등을 상여처분에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조사 당시 청구법인이 제출한 ‘과세기간별 지입차량사업권 양도내역 명세서’에 대한 소명 및 필요경비 등을 요구하였으나, 조사종결일까지 소명하지 아니하여 이를 손금에 산입하지 아니하였는바, 청구주장에 대한 확인( 법인결산 반영 및 다른 과목으로 비용처리, 업무와 관련된 지출 등)이 필요하고, 사주일가의 경영권 관련 분쟁의 방어를 위하여 지출된 소송비용, 자문비용은 청구법인의 손금에 산입할 수 없다.

(4)부당과소신고가산세가 부과된 소득에 대하여는 중소기업특별세액감면의 적용이 배제되는 것인바, 조사 적출된 부분(쟁점1 및 쟁점2)에 대하여는 모두 부당과소신고가산세가 부과되었으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

(5) 2012년 및 2013년에 (주)OOO터미널로부터 받은 배당금이익금불산입 대상이라는 주장은 조사종결 시까지 없었던 사항이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점금액이 지입차량 47대의 사업권 양도대가인지 여부

② 특수관계자인 OOO(주)에게 무상 양도한 지입차량 14대의 사업권에 대하여 부당행위계산부인규정 및 부당과소신고가산세를 적용한 처분의 당부

③ 부외경비(OOO원)의 손금인정 여부 및 2013년 김OOO에게 지급한 퇴직금(OOO원)의 대표자인정상여 해당 여부

④2010～2013사업연도에 대한 중소기업특별세액감면 적용대상 여부

⑤ 수입배당금(2012년 OOO원 및 2013년 OOO원)의익금불산입(30%) 대상인지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)청구법인은 1946.11.10. 설립되었고 화물자동차 운수사업 등을 목적사업으로 등재한 사실이 법인등기부등본을 통해 확인된다.

(나) 청구법인은 2010년 9월부터 2014년 2월까지 속칭 번호판 매각방식을 통해 지입차량 47대의 사업권을 OOO 등 타 지입회사들에게 양도하였으나, 양도대금을 청구법인의 금융계좌가 아닌 전·현 대표이사인 서OOO의 개인계좌로 입금받은 후 부가가치세 및 법인세 신고 시 수입금액을 신고하지 아니하였다.

(다) 처분청은 당초 조사시 청구법인이 지입차량 사업권의 양도계약서를 미제출하자청구법인이 관리하던 지입차량 140대에 대한 “차량보유현황및 양도내역”과 사업권 양도대금이 계좌로 입금된 내용을 비교분석하여 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 수입금액 누락액을 산정하였다.

OOO

(라) 청구법인은지입차량 47대 사업권의 양도계약서 상 양도대가가OOO원이라고 주장하나, 관련 양도계약서는 OOO과 체결한 일부 양도계약서만 제출하였다.

(마)청구법인은 2013년 제1기에 이OOO이 입금한 금액 OOO원에는대여금 OOO원이 포함되어 있으므로 이를 수입금액 누락액에서 제외해야 한다고 주장하고 있으나, 청구주장을 입증할 수 있는 증빙은 제출하지 못하고 있다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 화물자동차운송업계의 지입차량 사업권의 거래가액이 통상 5톤 미만은 1대당 OOO원 수준이고 청구법인이 양도한 47대 중 5톤 이하가 19대(40.4%)인 반면에 처분청이 대표이사 계좌입금액 등을 토대로 산정한 1대당 평균거래가액은 OOO원으로 나타나는 점, 지입차량 사업권의 양도대가가 아닌 대표이사 대여금까지 포함된 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 지입차량(47대)의 사업권 양도대가를 다시 확인 조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2013년 특수관계자인 OOO(주)에 지입차량 14대의 사업권을 무상으로 양도하였고, 처분청은 청구법인이 특수관계 없는 자에게 양도한 동일한 톤수의 지입차량 사업권 양도대가를 시가로 보아 아래 <표3>과 같이 쟁점부당행위계산부인금액을 산정하였다.

OOO

(나) 처분청이 제출한 자료에 따르면, 청구법인의2012사업연도말 현재 청구법인의 주주 현황은 하OOO 15.42%으로 되어 있고, OOO(주)는 하OOO 30%로 되어 있다.

(다) 「화물자동차 운수사업법 시행규칙」 제23조의 개정으로 2014.9.19.부터 아래와 같이 화물자동차 운송사업의 양도 양수가 변경되었다.

OOO

(라) 청구법인과 OOO(주)는 모두 OOO시에 사업장을 두고 있고, 청구법인의 화물자동차 운송사업 허가기준대수는 5톤 이상 화물자동차 1대이며, OOO(주)에게 지입차량 14대의 사업권을 양도할 당시 총 61대의 사업권을 보유한 것으로 확인된다.

따라서, 2014.9.19. 「화물자동차 운수사업법」 개정 전에도 허가기준대수 이상을 소유한 화물자동차 운송사업자가 같은 업종의 다른 운송사업자에게 초과하는 부분을 양도하는 것은 허용되었는바,청구법인이 2013년에 OOO(주)에게 지입차량 14대의 사업권을양도한 것은 「화물자동차 운수사업법」상 불법행위에 해당하지 아니한다.

(마)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호는 ‘자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우’를 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’로 규정하고 있고,청구법인과 OOO(주)는 같은법 시행령 제87조 제1항 제4호에 따른 특수관계인에 해당하는 점, 청구법인이 OOO(주)에게 지입차량 14대의 사업권을 양도한 것은 「화물자동차 운수사업법」상 불법행위에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 비특수관계인 간에 지입차량 사업권을 양도 양수할 경우 통상적으로 대가를 수수하고 있는 점,사주일가의 경영권 분쟁에 따라 이를 방어하기 위한 목적으로지입차량의 사업권을 특수관계인에게 무상으로 양도하는 것은건전한 사회통념 및 상거래 관행으로보기 어려운 점등에 비추어, 청구법인이 OOO(주)에게 지입차량 14대의 사업권을 무상으로 양도한 것은 특수관계인과의 거래로 인하여 청구법인의 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우에 해당한다고 보이는바, 청구법인이 특수관계 없는 자에게 양도한 동일한 톤수의 지입차량 사업권의 양도대가를 시가로 하여 처분청이 부당행위계산부인규정을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

그러나, 처분청은 단지 청구법인이 특수관계인에게 지입차량 사업권을 무상으로 양도한 행위에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용한 것일 뿐이고, 청구법인이 장부의 거짓기장, 거짓 증빙의 수취 등과 같은 조세탈루를 위한 적극적인 은닉행위를 한 사실은 나타나지 아니하는바, 쟁점부당행위계산부인금액에 대하여 일반과소신고가산세 및 중소기업특별세액감면을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 아래 <표4>의 지출금액은 당초 결산 시 누락한 부외 경비이므로 손금 산입하여야 하고, 동 금액이 대표이사인 하OOO의 개인계좌(수입금액 누락분 입금계좌)에서 지출되었으므로 상여처분대상에서 제외되어야 한다고 주장하며, 관련 증빙으로 계정별 원장, OOO은행 대출여신계좌 거래기록 조회 및 OOO 대출금거래내역조회서, 보험료 납부확인서, 하OOO의 OOO계좌 입출금 거래내역, 서OOO 계좌에서 김OOO에게 일용급여 명목으로 송금한 OOO 입출금 거래내역을 제출하였다.

OOO

(나) 청구법인이 김OOO에 대한 임금지급판결(대법원 2012다101992, 2013.2.15. 선고)에 따라 2013.3.28. 지급한 퇴직금 OOO원은 청구법인의 자금이 아닌 대표이사의 자금에서 지급되었으므로 상여처분대상에서 제외하여야 한다고 주장하며, 증빙으로 관련 판결서 사본, 대표이사 하OOO의 OOO은행 거래내역 조회 및 청구법인 명의로 박OOO의 소송대리인)에게 OOO원을 입금한 무통장입금증 사본 등을 제출하였다.

(다)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2013.3.28. 김OOO에게 지급한 퇴직금 OOO원 중 OOO원은 청구법인의 자금이 아닌 대표이사 하OOO의 자금에서 지급된 것이므로 동 금액을 대표자 상여처분금액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 퇴직금 지급과 관련한 청구법인의 회계처리를 살펴보면 청구법인은 2013.3.25. 퇴직금 미지급액을 전기오류수정손실로 처리(세무상 손금산입·기타)한 후 2013.3.28. 하OOO원을 지급시 미지급금의 감소로 회계처리하였으나 그 상대계정의 회계처리 내용은 확인되지 아니한 상태로, 만약, 미지급금 상계의 상대계정이 ‘현금’이라면 하OOO이 부담한 퇴직금을 청구법인이 다시 하OOO에게 지급하였을 개연성이 있고, ‘대표이사 가수금(부채)’이라면 청구법인이 언제든지 가수금(부채)을 변제하는 방법으로 하OOO에게 유출될 여지가 있다고 보이는바, 청구법인이 제출한 자료의 진위 여부 및 회계처리 내용 등을 재조사하여 일차적으로 하OOO이 부담한 퇴직금을 최종적으로 청구법인이 부담하지 아니하였는지 확인하여그결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

또한, 청구법인은 부외경비 OOO원을 추가로 손금산입하여야 한다고 주장하나, 처분청의 세무조사 과정에서 주장한바 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 제출한 입증자료를 토대로 업무와 관련된 지출인지,다른 비용으로의 계상 여부 등을 재조사하여 그결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법」 제7조 제1항 및 같은 법 시행령 제6조에서 ‘중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있고, 중소기업에 대한 특별세액감면은 중소기업으로서 법령에서 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하는 것이므로, 청구법인이 2010～2013사업연도 법인세 신고시 중소기업에 대한 특별세액감면신청이 없었다 하더라도 감면요건이 충족되면 감면을 적용하는 것이 타당하다고 할 것인바, 청구법인은 「조세특례제한법」 제7조 제1항 제1호 처목 및 같은 법 시행령 제5조 제8항에 따른 물류산업을 영위하는 업체로 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용대상으로 보이므로, 「조세특례제한법」 제7조 및 제128조 제3항을 적용하여 2010～2013사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2012년 및 2013년에 ㈜OOO원을 각 배당(지분율 12.5%)받아 영업외수익으로 계상하고,「법인세법」제18조의3을 적용하여 익금불산입으로 세무조정하지 않고 법인세를 각 신고하였다.

(나)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「법인세법」 제18조의3에서는 일반법인이 50% 이하를 출자한 내국법인으로부터 받은 수입배당금은 동 금액의 30% 상당액에서 같은 법 시행령 제17조의3 제3항에서 규정한 지급이자를 차감한 금액을 익금불산입하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 ㈜OOO로부터2012년 및 2013년 각 지급받은 수입배당금에 대하여 「법인세법」 제18조의3을 적용하여 이 건 법인세를 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조·제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.