2004-0072 (2004.03.29)

등록

경정

분할 전의 기존법인이 신축중에 있던 건축물을 분할법인인 이 분할 이후에 취득한 경우 등록세 중과세 대상에서 제외된다고 보아야 할 것인데도 이를 등록세 중과세 대상으로 보아 중과세율을 적용한 등록세를 신고납부토록 하여 이를 수납한 처분은 부당함

지방세법 제138조【대도시 지역 내 법인등기 등의 중과 】 / 지방세법 제131조【부동산등기의 세율】 / 지방세법 시행령 제102조【대도시내 법인 등 중과세의 범위와 적용기준】

처분청은 2003년 11월 13일 청구인이 신고 납부한 등록세 185,980,360원 지방교육세 37,196,070원 합계 223,176,430원을 등록세 61,993,450원 지방교육세 12,398,680원 합계 74,392,130원으로 경정한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 2002.7.3. (주)ㅇㅇㅇ 로부터 기업(인적)분할에 의하여 설립된 청구인이 (주)ㅇㅇㅇ가 2002.2.6. 건축허가를 얻어 신축 중에 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 건물 7,775.79㎡(이하 “이 사건 건축물”이라고 한다)를 승계 받아 본점 소재지로 등기하고, 2003.10.14. 완공 후 소유권보전등기를 위하여 등록세를 납부함에 있어서 대도시내 신설법인이 5년 내 취득하는 부동산의 등기로 보고 이 사건 건축물의 신축비용 7,749,181,700원을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항에 의거 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 185,980,360원, 지방교육세 37,196,070원, 합계 223,176,430원을 2003.11.13. 신고납부하자 수납하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1972.2.24. 설립된 (주)ㅇㅇ출판사가 1998.8.31. (주)ㅇㅇㅇ와 (주)ㅇㅇㅇ 유통을 흡수 합병하여 1999.12.16. (주)ㅇㅇㅇ로 상호를 변경한 후 2002.2.6. 건축허가를 득하여 이 사건 건축물을 건축하던 중, 2003.7.3. (주)ㅇㅇㅇ는 존속법인으로 하고, 청구인은 (주)ㅇㅇ출판사라는 명칭으로 분할함에 따라 신설법인으로 되면서 동시에 건축 중에 있는 이 사건 건축물을 승계 받아 완공한 후 소유권보존등기를 하기 위하여 등록세 납부에 있어서, 분할 전 법인인 (주)ㅇㅇㅇ가 대도시 내에서 5년 이상 사업을 영위하였으므로 청구인도 대도시내에서 설립 후 5년이 경과된 법인으로 보아야 하므로 등록세 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시에서 5년 이상 사업을 영위한 기존법인에서 분할된 신설법인이 설립 후 5년 이내 취득하는 부동산의 등기가 등록세 중과대상이 되는지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다…라고 규정하고, 그 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기라고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(…) 이전에 취득하는 일체의 부동산등기(…)라고 한 다음, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”는 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.…라고 규정하고, 그 제6항에서는 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할( 법인세법시행령 제82조 제3항 제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1972.2.24. (주)ㅇㅇ출판사를 설립한 후 1998.8.31. (주)ㅇㅇㅇ와 (주)ㅇㅇㅇ유통을 흡수합병하고, 1999.12.16. (주)ㅇㅇㅇ로 상호변경 후 2003.7.3. 기업분할을 하면서 청구외 (주)ㅇㅇㅇ는 분할존속법인으로 하고, 청구인은 (주)ㅇㅇ출판사라는 명칭으로 분할신설법인을 설립하였고, 분할과 관련하여 분할전 법인이 건축 중이던 이 사건 건축물을 승계 받아 2003.10.14. 취득한 후 이 사건 건축물의 신축비용에 지방세법 제138조제1항의 규정에 의거 중과세율을 적용하여 산출한 등록세액을 신고납부한 사실을 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 분할전 법인이 5년 이상 사업을 영위하였으므로 분할로 인하여 신설된 법인이 취득한 부동산에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 지방세법시행령 제102조제6항에서는 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할( 법인세법시행령 제82조제3항제1호 내지 제3호의 요건을 갖춘 경우에 한한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우에는 이를 중과세대상으로 보지 아니한다고 하는 규정하고 있으며, 대도시내의 법인등기와 부동산등기에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 대도시내로의 인구유입과 경제력의 집중을 억제하겠다는데 그 목적이 있다 할 것으로서, 이러한 입법목적에 비추어 분할로 인하여 신설된 법인에 대하여 등록세를 중과세하지 아니하는 것은 형식상 법인분할의 경우 법인설립등기를 함으로써 대도시내에서 새로이 법인이 신설되지만 사실상으로는 종전의 법인의 일부가 분할되어 계속 존속하는 것으로서 이러한 법인이 취득하는 부동산에 대하여서 중과세하는 것은 중과세의 입법목적과 기존법인과의 과세형평에 비추어 타당하지 아니하다고 보아 중과세 대상에서 제외하는 것이며, 조세특례제한법 제119조제1항에서 법인분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하고 있으므로, 이 경우 법인분할로 인한 중과세 제외대상은 법인설립등기뿐만 아니라 부동산 등기까지 포함하는 것으로 보는 것이 분할법인을 등록세 중과세 제외대상으로 규정한 실익이 있다 할 것으로서, 청구인의 경우와 같이 분할 전의 기존법인이 신축중에 있던 이 사건 건축물을 분할법인인 청구인이 분할 이후에 취득한 경우 기존법인이 취득한 바와 같이 등록세 중과세 대상에서 제외된다고 보아야 할 것인데도, 처분청이 이를 등록세 중과세 대상으로 보아 중과세율을 적용한 등록세를 신고납부토록 하여 이를 수납한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구인의 심사청구는 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 3. 29.

행 정 자 치 부 장 관