2004-0037 (2004.02.23)

취득

기각

보육시설로 운영하는 것은 종교용에 직접 사용한 것으로 볼 수도 없음

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세 】 / 지방세법 시행령 제79조【비영리사업자의 범위】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1999.5.26. (재)ㅇㅇ교회유지재단(이하 “ㅇㅇ교회”라 한다)으로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 3,048㎡와 지상의 교회건물 연면적 988.72㎡(A동 : 494.94㎡, B동 : 493.78㎡, 이하 “이 사건 교회”라 한다)를 취득한데 대하여 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2003.7.25. 현지확인 결과 이 사건 교회 중 일부(B동 249.62㎡ 및 부속토지 769.52㎡)에 설치 운영 중인 영유아보육시설(이하 “이 사건 보육시설”이라 한다)의 시설신고증에 경영자가 전 소유자인 ㅇㅇ교회로 등재되어 있으므로 그 보육시설 부분에 대한 비과세 세액은 추징대상으로 보아 취득세 6,059,220원, 농어촌특별세 666,510원, 등록세 10,906,600원, 지방교육세 1,999,530원, 합계 19,631,860원(가산세 포함)을 2003.10.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1999.5.26. ㅇㅇ교회로부터 이 사건 교회를 유상승계 취득한 후 교회부설 영유아보육시설인 이 사건 보육시설의 시설신고증에 시설장을 청구인이 고용한 청구외 ㅇㅇㅇ로 변경하여 운영하다가 2003.8.5. 경영법인을 청구인으로 변경한 것으로서, 이 사건 교회를 취득한 직후 개최한 당회회의록에 어린이집 운영에 관한 내용이 구체적으로 명시되어 있고, 1999.3.4.부터 2002.4.16.까지 사이의 유아교육기관종합보험에 계약자가 청구인의 담임목사인 ㅇㅇㅇ로 되어 있으며, 교회주보에 청구인이 어린이집을 직접 운영한다고 공지한 사실 등에서 이 사건 보육시설은 청구인 직접 운영하는 것이 입증되므로 이 사건 부과처분은 취소하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 교회부설 영유아보육시설을 타인이 운영하는 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 제사 종교 자선 학술 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호의 자를 말한다”고 규정하고, 제1호 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”, 제6호에서 “영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자”로 규정하고 있으며, 영유아보육법 제7조제2항에서 “민간보육시설 직장보육시설 또는 가정보육시설을 설치 운영하고자 하는 자는 시장 군수에게 신고하여야 한다”고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.3.30. 이 사건 교회에 대한 매매대금을 1,200,000,000원으로 하고, 잔금지급일을 1999.5.26.로 하는 매매계약을 체결하고, 1999.5.24. 처분청으로부터 시설명칭은 ㅇㅇ어린이집, 경영법인은 ㅇㅇ교회, 시설장은 ㅇㅇㅇ로 하는 보육시설신고증을 교부받았으며, 1999.5.26. 이 사건 교회 취득에 따른 잔금을 지급하고, 1999.5.27. 소유권이전등기를 경료 하였으며, 2003.7.25. 처분청 담당공무원(7급 ㅇㅇㅇ외 1)이 이 사건 교회에 대한 현지확인 결과 이 사건 보육시설의 경영법인이 ㅇㅇ교회로 등재되어 있었고, 2003.8.5. 청구인은 이 사건 보육시설의 경영법인을 청구인으로 변경한 보육시설신고증을 처분청으로부터 교부받은 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 보육시설을 직접 경영하였으므로 비과세대상이라고 주장하므로 이에 대하여 보면, 영유아보육시설로서 취득세가 비과세 되려면 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 비영리사업자로서의 요건을 갖추어야 하는데 청구인의 경우 1999.5.26. 이 사건 교회를 유상승계 취득하면서 교회부설 보육시설로 운영중인 보육시설용 부동산도 함께 취득하였으나, 그 후 4년 2개월이 경과한 2003.7.25. 처분청의 세무공무원이 이 사건 부동산에 대한 사용실태를 파악하기 위한 현지조사시이 사건 보육시설의 경영자는 전 소유자인 ㅇㅇ교회로 되어 있고 시설장은 청구인이 고용한 ㅇㅇㅇ로 변경되어 있는 점을 볼 때, 이 사건 보육시설의 경우 청구인을 보육시설을 직접 운영하는 사업자로 볼 수 없다 하겠으므로 비과세요건을 충족시키지 못하는 것이라 하겠고, 또한 이 사건 보육시설을 종교용에 직접 사용한 것으로 볼 수도 없으므로 처분청의 이 사건 부과처분은 잘 못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 2. 23

행 정 자 치 부 장 관