2007-0230 (2007.04.09)

등록

취소

청구인을 종교를 목적으로 하는 단체로 보는 것이 타당하다 할 것으로서, 처분청이 이러한 정관상의 설립 목적이나 목적사업, 재산 출연과정 등을 전체적으로 고려하지 아니하고 청구인을 종교단체에 해당되지 않는다고 판단하여 등록세 등을 추징한 처분은 잘못임

지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】 / 지방세법시행령 제79조【비영리사업자의 범위】

처분청이 2007.2.12. 청구인에게 부과고지한 등록세 436,711,810원, 지방교육세 80,132,320원, 합계 516,844,130원(가산세 포함)을 취소한다.

1. 원처분의 요지

청구인이 2007.1.3. 청구외 (재)○○선교회로부터 서울특별시 ○○구 ○○동 12번지 CCMM빌딩 3층과 5층 건축물 12,308.68㎡와 그 부속토지 1,076.79㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 증여 취득한 후 소유권 이전등기를 하면서 이 사건 부동산의 감정평가액을 과세표준으로 하여 지방세법 제131조제1항제2호 단서의 등록세율(1,000분의 8)에 지방세법 제138조의 중과세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부한 후 증여로 취득한 경우 시가표준액을 과세표준으로 하여야 하는데도 감정평가액을 과세표준으로 한 것은 잘못인 사실을 확인하고 시가표준액을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 등을 추가로 신고납부하였다. 그러나 처분청은 청구인이 지방세법 제127조제1항 제1호에서 규정하는 비영리사업자에 해당되지 않는데도 1,000분의 8의 등록세율에 중과세율을 적용하여 등록세를 신고납부한 것은 잘못이라고 보아 이 사건 부동산의 시가표준액(17,166,750,220원)에 지방세법 제138조제1항의 중과세율(1,000분의 45)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 436,711,810원, 지방교육세 80,132,320원, 합계 516,844,130원(가산세 포함)를 2007.2.12. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 종교단체에 해당되는 지 여부는 정관의 내용과 그 인적구성 등을 종합하여 판단하여야 할 것으로서, 청구인의 법인설립 당시 설립목적을 “예수그리스도의 복음을 전함으로써 기독교 세계관의 가치를 구현하고 공의로운 사회 건설에 앞장서며 자유민주주의 사상에 이바지함을 목적으로 한다”고 규정되어 있으며, 이러한 설립목적을 달성하기 위하여 문서선교사업 및 선교사업지원, 선교지원을 위한 매스미디어 운영, 기독문화 창달 사업 등을 수행한다고 규정하고 있었으나, 목적사업의 한 가지인 “민족복음화와 세계선교를 위한 종합일간지 및 기타 간행물 발간사업”에 대한 부분이 종교단체로 보이지 않을 수 있는 오해의 소지가 있어 이를 “민족복음화와 세계선교를 위한 문서선교사업 및 선교사업 지원”으로 개정하고 정관변경 승인을 받아 청구인이 종교단체로서 종교사업을 주목적으로 하고 있음을 명백히 하였고,청구인의 인적 구성상으로도 대부분이 목사 및 전도사 등으로 구성되어 있고, 이사는 모두 한국기독교를 대표하는 자들로 구성되어 실제로 종교활동을 하고 있을 뿐만 아니라, 주무관청인 문화관광부에서도 청구인을 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로 인정하여 설립허가를 하였으며, 재정경제부의 담당과장도 청구인을 종교법인으로 인정하여 소득공제대상이 되는 지정기부금 단체로 인정하고 있고, 관할세무서에도 비영리 종교법인으로 등록되어 있으며,

관련 판례나 사례에서도 종교활동의 다양성을 인정하여 종교법인의 범위를 넓게 인정하고 있는 추세인데도, 처분청이 행정자치부의 질의회신을 근거로 청구인이 종교단체에 해당되지 않는다고 판단하여 등록세 등을 추가로 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체에 해당하는 지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제127조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하고 있고, 같은 법 제131조 제1항에서 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정한 다음, 그 제2호에서 제1호 이외의 무상으로 인한 부동산 취득의 경우 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다라고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제79조 제1항에서 법 제107조 제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다고 규정하고서, 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 규정하고 있고, 같은 법시행령 제94조 제1항에서 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 2006.9.16. 청구외 (재)○○선교회선교회는 기본재산을 제3자에게 출연한 목적으로 “(재)○○선교회 정관변경(목적사업 중 ‘신문’ 양도) 및 기본 재산 중○○동 12번지○○빌딩 5층을 신설예정인 (재)○○일보에 양도”한다는 내용의 정관변경 신청을 처분청에 하였고,2006.9.21. 처분청에서는 이러한 정관변경신청에 대하여 “신설예정인 가칭 (재)○○일보에 (재)○○선교회 재산 증여 가능여부”를 문화관광부 종무담당관실에 질의하였으며, 2006.9.26. 문화관광부장관은 종교법인의 기본재산을 비종교법인에게 증여할 수 없다는 내용의 질의 회신(문광부 종무-2890)을 하였으며, 이에 따라 처분청은2006.9.26. 청구외 (재)○○선교회에 정관변경 등 불가통보를 하였으며, 이에 다시 청구외 (재)○○선교회에서는 2006.10월경 종합일간지인 (주)○○일보를 특수지인 종교신문으로 전환하는 비영리종교법인 설립신청을 서울특별시장에게 하였으나, 2006.10.30. 서울특별시장은 이러한 설립신청 반려하였고, 2006.11월경 청구인은 (주)○○일보와 별개의 (재)○○문화재단 설립신청을문화관광부장관(담당 : 미디어정책팀)에게 하여2006.12.12. 법인 설립허가를 받았으며, 설립허가 당시 청구인의 설립목적은 “예수그리스도의 복음을 전함으로써 기독교 세계관의 가치를 구현하고 공의로운 사회건설에 앞장서며 자유민주주의 사상에 이바지함”으로, 목적사업은 ①민족복음화와 세계선교를 위한 종합일간지 및 기타 간행물 발간사업,② 목적사업에 수반되는 교육, 출판, 홍보 등 선교지원을 위한 매스미디어 운영, ③ 기독문화창달사업, ④ 목적을 같이하는 교회 및 기관과의 협력 및 후원사업, ⑤ 기타 위 목적을 달성하기 위하여 필요한 사업으로 되어 있었고,2006.12.15. 청구외 (재)○○선교회는 2차로 정관변경신청을 처분청에 하자, 2006.12.20.처분청에서는 다시 문화관광부장관(담당 :종무담당관)에게 “문화관광부 미디어정책팀으로부터 설립허가를 받은 청구인이 종교관계 비영리법인으로 볼 수 있는지 여부”에 관하여재질의를 하자2006.12.26. 문화관광부장관은 “법인의 설립목적 및 목적사업 등을 참작하여 변경허가 여부를 결정”하라는 내용으로 질의 회신을 하였으며, 2006.12.29. 처분청에서는 청구외 (재)○○선교회에게 “정관 제4조 목적사업 중 일부(신문)와 정관 제25조1항1호 별지1의 기본재산일부(○○동 12번지 ○○빌딩 5층. 토지-531.967㎡, 건물-6,080.76㎡)를 설립목적 및 목적사업(일반적 종교활동)이 밀접히 관련된 재단법인 ○○문화재단에 양도 및 출연”하는 내용의 정관변경 허가를 하였으며, 이러한 정관변경 허가에 따라2006.12.29.청구외 (재)○○선교회가 청구인에 이 사건 부동산을 출연하였고, 청구인은2007.1.18. ○○세무서장에게 업태를 “ 부동산업, 제조업, 서비스업”, 종목을 “임대, 신문 및 정기간행물 인쇄, 제판 및 조판업, 인터넷정보제공”으로 하여 사업자등록을 하였고,2007.2.8. 문화관광부장관은 재정경제부장관에게 청구인을 법인세법상 지정기부금단체로 추천하였고, 2007.3.20. 재정경제부 법인세제과장은 청구인이 소득금액 계산시 소득공제(세금감면)가 가능한 지정기부금이 인정되는 공익법인이라는 내용의 확인서를 작성하여 교부하였으며, 청구인은 2007.3.20. 정관상 목적사업중 “민족복음화와 세계선교를 위한 종합일간지 및 기타 간행물 발간사업”을 민족복음화와 세계선교를 위한 “문서선교사업 및 선교사업 지원”으로 정관변경 허가를 받은 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 정관상 설립목적과 목적사업 및 인적구성과 유관단체에서의 종교단체 인정사실, 관련판례 등을 종합해보면 종교를 목적으로 하는 단체에 해당된다고 보아야 할 것인데도 처분청이 종교단체에 해당되지 않는 것으로 판단하여 등록세를 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제127조 제1호 및 같은 법시행령 제79조 제1항 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 보도록 규정하고 있는 바, 당해 규정에서의 종교를 목적으로 하는 단체에 해당하는 지 여부는 당해 단체의 설립 취지나 목적, 목적사업, 실제의 운영형태 등을 전체적으로 고려하여 종교사업과의 관련성 정도에 따라 판단하여야 할 것으로서, 청구인의 경우 문화관광부로부터 법인설립 허가를 받을 당시 정관상 설립목적이 종교활동에 있음을 명백히 하고 있고 목적사업으로도 선교를 위한 종합일간지 등의 발간사업 뿐만 아니라 다른 종교 목적사업이 포함되어 있으며, 문화관광부의 종교관계법인 행정지침 제12조에서 기본재산을 처분하는 경우 정관변경허가를 받도록 하고 있고, 같은 지침 제15조에서정관변경 허가시 “처분의 사유가 타당한가,민법, 규칙 및 정관에 따른 적법한 절차를 거쳤는가(의결정족수 확인)”를 검토하도록 규정하고, 그 운영요령에서 “원칙적으로 기본재산을 감소시키는 경우에는 허가 불가. 다만, 재산이 감소되더라도 법인운영에 큰 지장이 없거나 법인 목적에 어긋나지 않는 범위내에서 새로운 법인에 출연하는 경우 등 부득이한 경우에는 제외”하도록 운영하고 있으므로, 종교단체인 청구외 (재)○○선교회가 정관변경 허가를 받아 청구인에게 이 사건 부동산을 출연한 것은 청구인이 종교법인에 해당된다는 전제가 있기 때문에 가능했던 것이고,

또한 종교단체의 경우에도 수익사업의 일환으로서 영리법인을 운영할 수도 있다 할 것이므로 청구인이 종교단체에 해당하는 지 여부는 청구외 (주)○○일보가 영리법인이라는 사실과는 별개의 판단을 요하는 사항이라 하겠으며, 종교단체가 수익사업을 영위하는 경우를 대비하여 지방세법 제127조 제1항 단서에서 수익사업에 사용하는 경우에는 등록세를 부과할 수 있도록 규정하고 있는 점을 고려해 볼 때, 청구인이 청구외 (주)○○일보를 운영할 목적이 있다는 사실만으로 비영리사업자인 종교단체에 해당되지 않는다고 단정할 수는 없다 할 것이고, 청구인의 법인설립 허가시 소관기관인 문화관광부장관이 비영리법인의설립및감독에관한 규칙을 준수하도록 하고 있는 사실과 재정경제부장관에게 공익법인으로서 지정기부금단체로 지정되도록 추천한 사실, 재정경제부 법인세과장이 지정기부금단체에 해당한다는 확인서를 발급하여 준 사실 및 관할세무서인 ○○세무서의 법인사업자기본사항조회서상에서도 청구인이 종교의 보급 등을 목적으로 하는 공익사업으로 등재되어 있는 점을 종합해 볼 때, 청구인을 종교를 목적으로 하는 단체로 보는 것이 타당하다 할 것으로서, 처분청이 이러한 정관상의 설립 목적이나 목적사업, 재산 출연과정 등을 전체적으로 고려하지 아니하고 청구인을 종교단체에 해당되지 않는다고 판단하여 이 사건 등록세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 4. 30.

행 정 자 치 부 장 관