상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요와 쟁점

가. 사안의 개요 (1) 원고는 독일 루프트한자(Lufthansa Tecknic AG, 이하 ‘LHT’라고 한다)로부터 항공기 부품 등을 수입하면서 종래 관세법상 세율불균형품목 감면 규정에 의하여 세금을 감면받아 왔는데, 2011. 7. 1. 대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘한-EU FTA’라고 한다)이 발효되자 2011. 7. 1.부터 2013. 2. 17.까지 합계 941건의 항공기 부품 수입에 대해 FTA 협정관세(무관세) 적용을 신청하였고, 그 일부인 616건 수입에 대해서는 예전과 마찬가지로 세율불균형품목 감면도 중복적으로 신청하였다.

(2) 그런데 수입검증 서면조사 결과 LHT가 협정관세 적용 대상의 인증수출자가 아니고 LHT의 송품장 기재에 착오가 있었던 것이 밝혀졌고, 피고는 2013. 6. 27. 원고에게 위 941건의 수입물품 중 세율불균형품목 감면이 함께 신청되지 않은 나머지 325건에 대하여 관세 약 20억 원과 부가가치세 약 29억 원 및 각 가산세 합계 약 10억 5,700만 원(관세 가산세 334,581,380원, 부가가치세 가산세 723,075,120원으로서, 이하 ‘이 사건 가산세’라고 한다)을 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). (3) 원고는 관세법 시행령 제112조 제2항 제1호 규정에 따른 감면신청서 제출기한 내인 2013. 7. 1. 위 325건 수입물품에 대하여 세율불균형품목 감면 신청을 하였다.

피고는 2013. 7. 26. 원고에게 그에 대한 관세와 부가가치세의 각 본세를 감면하여 환급하였으나, 이 사건 가산세는 돌려주지 않았다.

(4) 이에 원고는 이 사건 가산세 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였고, 제1심과 원심은 가산세 부과가 위법하다고 판단하였다.

피고가 이에 불복하여, 가산세는 본세와 독립하여 부과징수할 수...