서면-2020-법인-4041(2021.03.08)

조특

법인세과-546

「조세특례제한법」제132조 제1항에 따른 최저한세가 적용되는 공제․감면과 최저한세가 적용되지 않는 공제․감면을 동시에 적용하는 경우에는 같은 조 제3항에 따라 최저한세가 적용되는 공제․감면을 먼저 적용하는 것임

내국법인이 「조세특례제한법」제132조 제1항에 따른 최저한세가 적용되는 공제․감면과 최저한세가 적용되지 않는 공제․감면을 동시에 적용하는 경우에는 같은 조 제3항에 따라 최저한세가 적용되는 공제․감면을 먼저 적용하는 것이며, 해당 내국법인이 법인세 신고 시 신청한 공제․감면을 취소하고자 하는 경우에는 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고를 통해 당초 신청한 공제․감면을 취소할 수 있는 것입니다

조세특례제한법제132조

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1. 사실관계

○ 질의법인은 ’00사업연도 법인세 신고 시 법인세법 제59조 제1항에 따른 공제․감면 순서*를 적용하여 공제․감면 신청

* ①세액감면 → ②이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 → ③이월공제가 인정되는 세액공제 중 이월된 세액 → ④이월공제가 인정되는 세액공제 중 당기 발생액

○ ’00.0월 해당관서에서 조특법 제132조 제3항에 따른 공제․감면 순서*를 적용하여 수정신고 안내

* ①최저한세 적용 공제․감면 → ②최저한세 미적용 공제․감면

- 공제․감면 순서가 변경됨에 따라 세액공제 관련 농특세 000 원 납부

2. 질의내용

○(질의1) 법인세법 제59조 제1항과 조특법 제132조 제3항 간 우선 적용

○(질의2) 조특법 제132조 제3항이 우선 적용된다면 기 신청한 세액공제의 신청을 취소할 수 있는지

3. 관련법령

○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다. ＜개정 2014.12.23, 2017.12.19, 2018.12.24＞

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

○ 조세특례제한법 제132조【최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제】

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세( 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 삭제 ＜2019.12.31＞

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제28조, 제28조의2, 제28조의3, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제62조제1항, 제63조제4항 및 제63조의2제4항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제31조제6항, 제32조제4항, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의4제1항 및 제126조의7제8항에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조제1항·제3항, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제62조제4항, 제63조, 제64조, 제68조, 제96조, 제96조의2, 제99조의9, 제102조, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20부터 제121조의22까지의 규정에 따른 법인세의 면제 및 감면. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 제6조제1항 또는 제6항, 제12조의2, 제99조의9, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20부터 제121조의22까지의 규정에 따라 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도의 경우

나. 제6조제7항에 따라 추가로 감면받는 부분의 경우

다. 제63조에 따라 수도권 밖으로 이전하는 경우

라. 제68조에 따라 작물재배업에서 발생하는 소득의 경우

② 거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득에 대한 산출세액에 100분의 45(산출세액이 3천만원 이하인 부분은 100분의 35)를 곱하여 계산한 세액(이하 "소득세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 삭제 ＜2019.12.31＞

2. 제8조, 제10조의2, 제16조, 제28조, 제28조의2, 제28조의3, 제86조의3 및 제132조의2에 따른 손금산입금액 및 소득공제금액

3. 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3제3항, 제10조, 제12조제2항, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제31조제6항, 제32조제4항, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의3, 제122조의4제1항, 제126조의3제2항 및 제126조의7제8항에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조제1항·제3항, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제63조, 제64조, 제96조, 제96조의2, 제99조의9, 제102조, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20부터 제121조의22까지의 규정에 따른 소득세의 면제 및 감면. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 제6조제1항 또는 제6항, 제12조의2, 제99조의9, 제121조의8, 제121조의9, 제121조의17, 제121조의20부터 제121조의22까지의 규정에 따라 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받는 과세연도의 경우

나. 제6조제7항에 따라 추가로 감면받는 부분의 경우

다. 제63조에 따라 수도권 밖으로 이전하는 경우

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.

④ 제1항 및 제2항에 따른 최저한세의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.