부동산거래관리과-366 (2012.07.13)

양도

「조세특례제한법」제38조의2에 따라 양도소득세를 과세이연 받은 거주자가 당초 포괄적 교환으로 취득한 지주회사 주식을 다시 「조세특례제한법」제38조에 따라 포괄적 교환을 하는 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환하는 때에 당초 과세이연 받은 양도소득세를 과세하는 것임

1. 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2의 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대하여 양도소득세를 과세이연 받은 거주자가 당초 포괄적 교환으로 취득한 지주회사 주식을 다시 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)제38조에 따라 포괄적 교환을 하는 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환하는 때에 당초 과세이연 받은 양도소득세를 과세하는 것입니다.2. 이 경우 적용할 세율은 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환으로 양도할 당시 세법에 따른 세율을 적용하는 것이며, 본건 질의의 경우 「소득세법」(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제108조에 따른 예정신고납부세액공제는 적용되지 아니하는 것입니다.

조세특례제한법제38조의2【주식의현물출자또는교환에의한지주회사의설립등에대한과세특례】

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

1)2005.12.27. A법인(완전모회사), B C D E법인(완전자회사)의 개인주주간 포괄적 주식교환

- B C D E법인의 개인주주는 A법인의 주식을 취득하고, 구 조특법제38조의2에따라 B C D E주식 양도차익에 대해 과세이연 적용

2)2006.1.1. A법인은 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단내 일반지주회사로 전환

3)2011.10. 2. 기업집단 내 다른 지주회사 G법인이 지주회사 요건에 해당하지 아니하게 됨

4)2011.11.10. 지주회사 A법인의 개인주주(종전 B C D E법인의 개인주주)와 G법인간 포괄적 주식교환

- G법인(완전모회사), A법인(완전자회사) 관계 성립

- A법인의 개인주주는 G법인의 주식을 취득하고, 조특법 제38조에 따라 A주식양도차익에 대해 과세이연 적용 신청

5)2011.12.19. G법인(합병법인)과 A법인(피합병법인)간 역합병

- 공정거래위원회에 G법인을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 전환 지주회사로 신고하였으며 현재 심사 진행 중

○ 질의내용

<질의 1>

2011.11월 주식교환에 대하여 종전 구 조특법 제38조의 2에 따라 과세이연 받은 종전주식양도 차익에 대하여 조특법 제38조에 따른 과세이연을 받을 수 있는지여부

<질의 2>

종전주식이 과세이연 되지 않는 경우 종전 주식의 납부할 세액의계산은 종전주식 교환당시 세율을 적용하는지, 현행세율을 적용하는지 여부와 예정신고 납부세액공제는 적용할 것인지 여부

<질의 3>

종전주식의 과세이연에 대하여 과세이연 중단사유 발생시 종전주식 양도차익에상당하는 양도소득세는 종전주식 교환당시 세율 및 예정신고납부세액공제를 적용할 것인지 또는 종전세율을 적용하고 예정신고납부세액공제는 적용할 수 없는 것인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○舊 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 또는 교환에 의한지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)

① 내국인이 주식을 현물출자하여 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 포함하며, 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로이 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우( 상법 제360조의 2의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우를 포함한다) 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 그지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. (2002. 12. 11. 개정)

③ 내국인이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 납부하는 양도소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. (2000. 12. 29. 개정)

1. 제1항의 규정에 의하여 신설되거나 전환된 지주회사 또는 제2항의 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다. (2002. 12. 11. 개정)

2. 양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우 (2000. 12. 29. 개정)

3. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조의 2 제1항 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우 (2000. 12. 29. 개정)

4. 전환지주회사의 발행주식총수중 거주자 및 그 친족이 소유한 주식수의 합계가 자기주식교환일(자기주식교환이 수회에 걸쳐 이루어진 경우에는 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년이 되는 날) 현재 가장 많은 경우 그 거주자 및 그 친족(이하 이 항에서 “최대주주”라 한다)이 자기주식교환을 한 경우로서 그 최대주주가 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 자회사의 임원으로 취임하게 된 경우 (2000. 12. 29. 개정)

④ 거주자에 대하여는 2006년 12월 31일까지 현물출자 또는 자기주식교환하는 경우에 한하여 제1항 내지 제3항의 규정을 적용한다. (2003. 12. 30. 개정)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 주식양도차익의 계산, 현물출자 또는 자기주식교환에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2000. 12. 29. 개정)

○舊 조세특례제한법 시행령 제35조의3【지주회사 설립에 대한 거주자의과세특례】(2005.8.31. 대통령령 제19023호로 개정된 것)

① 거주자가 법 제38조의2제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 전환지주회사의 자기주식과 교환하는 경우 당해 보유주식을 현물출자 또는 교환함으로써 발생하는 소득(이하 이 조에서 "주식과세이연금액"이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 당해 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다.

② 거주자는 법 제38조의2제3항 각호의 1에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액중 당해 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 당해 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에현물출자 또는 자기주식교환 당시의 「소득세법」 제104조제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 당해 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다. 이 경우 법 제38조의2제3항제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서는 이 영 제35조의2제6항의 규정을 준용한다. <개정 2002.12.30, 2005.2.19>

③ 거주자가 법 제38조의2제3항 각호외의 부분 후단의 규정에 의하여 양도소득세에 가산하여 납부하여야 하는 이자상당액은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 법 제38조의2제3항제3호 또는 제4호에 해당되는 사유로 제2항에서 정하는 바에 따라 계산하여 납부하여야 하는 세액

2. 과세의 이연을 받은 과세연도의 종료일 다음날부터 법 제38조의2제3항제3호 또는 제4호의 사유가 발생한 과세연도 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

④ 법 제38조의2제1항 또는 제2항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 현물출자일 또는 자기주식교환일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 현물출자·자기주식교환명세서를 제출하여야 한다.

2차 포괄적 주식교환과 관련된 과세이연 조항 (조특법 §38)

○ 조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2010.12.27 단서삭제>

1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것

2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 장부가액으로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전자회사 주식의 장부가액과 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입한다. <개정 2010.12.27>

1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세 특례】(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것)

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의 2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의 15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “주식의 포괄적 교환등”이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 과세를 이연받을 수 있다. (2010. 1. 1. 신설)

③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다

○ 조세특례제한법 부칙 (2010.1.1. 법률 제9921호)

제1조(시행일) 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제37조, 제38조, 제38조의2제2항 각 호 외의 부분(" 「법인세법」 제46조제2항"의 개정부분만 해당한다), 제46조제4항, 제47조의3("2012년 12월 31일"의 개정부분은 제외한다), 제117조제1항제14호, 제119조제1항제7호ㆍ제10호ㆍ제30호, 제120조제1항제6호ㆍ제9호ㆍ제26호 및 같은 조 제6항제13호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제111조, 제111조의2, 제113조 및 제140조의 개정규정 중 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 폐지와 관련된 부분은 법률 제9346호 교통ㆍ에너지ㆍ환경세법 폐지법률의 시행일부터 시행한다. <개정 2010.3.12>

제22조(주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제38조의 개정규정은 부칙 제1조 단서에 따른 같은 규정의 시행일 이후 최초로 주식의 포괄적 교환ㆍ이전을 하는 분부터 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의 2【주식의 포괄적 교환ㆍ이전에대한 법인의 과세특례】(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

③ 완전자회사의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 보유주식을 법 제38조 제1항에 따라 완전모회사에 주식의 포괄적 교환등을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호와 제2호의 금액 중 작은 금액을 양도소득으로 보아 양도소득세를 과세한다. (2010. 12. 30. 개정)

1. 교환ㆍ이전대가에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사 주식의 취득가액을 뺀 금액 (2010. 6. 8. 신설)

2. 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 (2010. 6. 8. 신설)

④ 거주자등이 제3항에 따라 취득한 완전모회사의 주식의 전부 또는 일부를 양도하는 때에는 다음 계산식에 따른 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사의 주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. (2010. 6. 8. 신설)

(완전자회사 주식의 취득가액 처분한 주식 수

＋ 제3항에 따른 양도소득 × ───────────────────

－ 제3항 제2호의 금액) 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식 수

⑥ 법 제38조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주”란 완전자회사의 「법인세법 시행령」 제43조 제3항에 따른 지배주주 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다. (2010. 6. 8. 신설)

1. 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 부계혈족과 그 부계혈족의 아내 (2010. 6. 8. 신설)

2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 (2010. 6. 8. 신설)

⑦ 완전자회사의 주주에게 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사의 주식을 교부할 때에는 제6항에 따른 주주에게 다음 계산식에 따른 금액 이상의 완전모회사의 주식을 교부하여야 한다. (2010. 6. 8. 신설)

완전모회사가 교환ㆍ이전대가로 지급한 완전모회사의 주식의 총합계액 × 해당 주주의 완전자회사에 대한 지분비율

⑧ 법 제38조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지 여부를 판정할 때 완전자회사가 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 보유하는 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업을 폐지한 것으로 본다. (2010. 6. 8. 신설)

⑪ 법 제38조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다. (2010. 6. 8. 신설)

⑬ 법 제38조 제1항 단서에서 “부득이한 사유가 있는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”와 법 제38조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2010. 6. 8. 신설)

1. 법 제38조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주가 「법인세법 시행령」 제80조의 2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)

2. 법 제38조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항 제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의 2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)

⑭ 법 제38조 제1항을 적용받으려는 완전자회사의 주주는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 과세표준 신고를 할 때 완전모회사와 함께 기획재정부령으로 정하는 주식의 포괄적 교환등 과세특례신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. (2010. 6. 8. 신설)

1차 과세이연 관련 조항 개정 연혁 (현 조특법 §38의2)

○제38조의 2 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에대한 과세특례】 (2010. 12. 27. 제목개정)

① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사(「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 “지주회사”라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. (2010. 12. 27. 개정)

1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 (2010. 12. 27. 개정)

2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 (2010. 12. 27. 개정)

② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할( 「법인세법」 제46조 제2항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 “지주회사”는 “전환지주회사”로, “자회사”는 “지분비율미달자회사”로, “현물출자”는 “현물출자 또는 자기주식교환”으로 본다. (2010. 12. 27. 개정)

1. 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의 2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 (2010. 1. 1. 개정)

가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인 (2010. 1. 1. 개정)

나. 전환지주회사의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인 (2010. 1. 1. 개정)

2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 (2010. 1. 1. 개정)

3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것 (2010. 1. 1. 개정)

③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 “현물출자등”이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다. (2010. 12. 27. 개정)

1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. (2010. 12. 27. 개정)

2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조의 2 제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우

3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우 (2010. 12. 27. 개정)

4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 (2010. 12. 27. 개정)

④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 “중간지주회사”라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. (2010. 1. 1. 개정)

⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항 제3호ㆍ제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. (2010. 12. 27. 신설)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용하는 경우 양도차익의 계산, 자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 현물출자등에 관한 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2010. 12. 27. 개정)

○ 조세특례제한법 부칙 (2010.12.27. 법률 제10406호)

제1조 【시행일】

이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제104조의 23의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제18조의 2 제4항ㆍ제5항의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제73조(제1항 제14호의 개정규정은 제외한다), 제88조의 4 제13항, 제104조의 16 제4항 제2호 및 제129조 제1항의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다.

제18조 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 적용례】

제38조의 2 제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다.

제56조 【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행 전에 이루어진 현물출자 또는 자기주식교환에 대해서는 제38조의 2 제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의 3 【지주회사의 설립 등에 대한 법인의 과세특례】 (2010. 6. 8. 조번개정)

⑫ 법 제38조의 2 제5항에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2010. 12. 30. 신설)

1. 법 제38조의 2 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사, 전환지주회사 및 제3항에 따른 주주등이 「법인세법 시행령」 제80조의 2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 12. 30. 신설)

2. 법 제38조의 2 제1항 제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 「법인세법 시행령」 제80조의 2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 12. 30. 신설)

○ 조세특례제한법 시행령 제35조의 4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자등의 과세특례】 (2010. 6. 8. 조번개정)

① 내국법인의 주주인 거주자, 비거주자 또는 「법인세법」 제91조 제1항에 해당하지 아니하는 외국법인(이하 이 조에서 “거주자등”이라 한다)이 법 제38조의 2 제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 해당 보유주식의 현물출자등에 따라 발생하는 소득(이하 이 조에서 “주식과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자 등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. (2010. 12. 30. 개정)

금융지주회사에 대한 재차과세이연 조문 이관

○ 조세특례제한법 제38조의2 【주식의 현물출자 또는 교환·이전에의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】

④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 "중간지주회사"라 한다)에 이전하거나 중간지주회사의 주식과 교환함에 따라 소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 주주가 2009년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 소득세 또는 법인세에 대하여는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. <신설 2008.12.26>

○ 조세특례제한법 제52조의2 【금융지주회사의 설립등에 대한 과세특례】

⇨ 2008.12.26. 해당 조문삭제

① 내국법인중 금융지주회사법 제2조제1항제1호의 규정에 의한 금융기관 및 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사(이하 이 조와 제117조에서 "금융기관등"이라 한다)의 주주가 2005년 12월 31일까지 금융지주회사법 제20조의 규정에 의하여 당해 금융기관등의 주식을 금융지주회사법에 의한 금융지주회사(이하 이 조와 제117조·제119조 및 제120조에서 "금융지주회사"라 한다)의 주식과 교환하거나 동법 제31조의 규정에 의하여 금융지주회사에 이전하는 경우 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 금융지주회사의 주식가액중 그 주식교환 또는 주식이전으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 금융기관등의 주주가 당해 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

② 금융지주회사로 설립된 내국법인이 당해 사업을 폐지하거나 그 인가가 취소된 경우에는 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세를 이연받은 주식양도차익상당액에 대한 소득세 또는 법인세를 대통령령이 정하는 바에 따라 추징한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 금융기관등의 주식을 다른 금융지주회사에 의하여 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항에서 "중간지주회사"라 한다)의 주식과 교환하거나 중간지주회사에 이전함에 따라 소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 금융기관등의 주주가 그 주식교환 또는 주식이전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 다시 그 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연 받은 소득세 또는 법인세에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 이를 과세하지 아니하고, 금융기관등의 주주가 그 주식교환의 대가로 받은 중간지주회사를 지배하는 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령이 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다.<신설 2000.10.21.>

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 양도차익의 계산, 주식이전 또는 주식교환에 관한 명세서의 제출 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 보는 부득이한 사유

○ 법인세법 시행령 제80조의 2 【적격합병의 요건 등】

① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2010. 6. 8. 신설)

1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)

가. 제5항에 따른 주주등이 각각 합병으로 교부받은 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우 (2010. 12. 30. 개정)

나. 제5항에 따른 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우 (2010. 12. 30. 개정)

다. 제5항에 따른 주주등이 법 제44조 제2항ㆍ제46조 제2항ㆍ제47조 제1항 또는 제47조의 2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는합병, 분할 또는 현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우 (2010. 12. 30. 개정)

라. 제5항에 따른 주주등이 「조세특례제한법」 제37조ㆍ제38조 또는 제38조의 2에 따라 주식등을 포괄적으로 양도, 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우 (2010. 12. 30. 개정)

마. 제5항에 따른 주주등이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우 (2010. 12. 30. 개정)

바. 제5항에 따른 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우 (2011. 3. 31. 신설)

2. 법 제44조 제2항 제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 (2010. 6. 8. 신설)

가. 합병법인이 파산함에 따라 승계받은 자산을 처분한 경우 (2010. 6. 8. 신설)

나. 합병법인이 법 제44조 제2항ㆍ제46조 제2항ㆍ제47조 제1항 또는 제47조의 2 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입하는 합병, 분할 또는 현물출자에 따라 사업을 폐지한 경우 (2010. 12. 30. 개정)

다. 합병법인이 「조세특례제한법」 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 따라 자산을 장부가액으로 양도하면서 사업을 폐지한 경우 (2010. 12. 30. 개정)

라. 합병법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 승계받은 자산을 처분한 경우 (2010. 6. 8. 신설)

독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령

○제15조 【지주회사의 설립ㆍ전환의 신고등】

① 지주회사를 설립하거나 지주회사로 전환한 자는 법 제8조에 따라 공정거래위원회가 정하여 고시하는 바에 따라 다음 각 호의 기한 내에 신고인의 성명, 지주회사, 자회사, 손자회사와 법 제8조의2(지주회사 등의 행위제한 등)제5항에 따른 증손회사(이하 "지주회사등"이라 한다)의 명칭, 자산총액, 부채총액, 주주현황, 주식소유현황, 사업내용등을 기재한 신고서에 신고내용을 입증하는 서류를 첨부하여 공정거래위원회에 제출하여야 한다. <개정 2001.3.27, 2005.3.31, 2007.11.2>

1. 지주회사를 설립하는 경우에는 설립등기일부터 30일이내

2. 다른 회사와의 합병 또는 회사의 분할을 통하여 지주회사로 전환하는 경우에는 합병등기일 또는 분할등기일부터 30일이내

3. 다른 법률에 따라 법 제8조의 적용이 제외되는 회사의 경우에는 다른 법률에서 정하고 있는 제외기간이 지난 날부터 30일 이내

4. 다른 회사의 주식취득, 자산의 증감 및 그 밖의 사유로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에는 제2조(지주회사의 기준)제1항제2호의 자산총액 산정 기준일부터 4개월 이내

② 제1항의 규정에 의한 신고를 하는 자가 법 제10조의2(계열회사에 대한 채무보증의 금지)제1항의 규정에 의한 채무보증제한기업집단에 속하는 회사를 지배하는 동일인 또는 당해동일인의 특수관계인에 해당하는 경우에는 법 제8조의3(채무보증제한기업집단의 지주회사 설립제한) 각호의 규정에 의한 채무보증의 해소실적을 함께 제출하여야 한다. <개정 2001.3.27, 2002.3.30>

③ 제1항의 규정에 의한 지주회사의 설립신고에 있어서 설립에 참여하는 자가 2이상인 경우에는 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 신고의무자중 1인을 대리인으로 정하여 그 대리인이 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 지주회사로서 사업연도중 소유 주식의 감소, 자산의 증감등의 사유로 인하여 제2조(지주회사의 기준)제1항 또는 제2항의 규정에 해당하지 아니하게 되는 회사가 이를 공정거래위원회에 신고한 경우에는 당해사유가 발생한 날부터 이를 지주회사로 보지 아니한다.

⑤ 제4항의 규정에 의하여 신고를 하는 회사는 공정거래위원회가 정하는 바에 따라 당해사유가 발생한 날을 기준으로 한 공인회계사의 회계감사를 받은 대차대조표 및 주식소유현황을 공정거래위원회에 제출하여야 한다. 이 경우 공정거래위원회는 신고를 받은 날부터 30일이내에 그 심사결과를 신고인에게 통지하여야 한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인세과-2390, 2008.09.08.

[사실관계]

- A법인은 내국법인 B와 C로부터 현물출자를 받아 지주회사로 전환됨

- 내국법인 B와 C는 조세특례제한법 제38조의 2 규정에 따라 현물출자로 인해 취득한 A의 주식 가액중 현물출자로 인해 발생한 주식양도차익에 대하여 압축기장충당금을 설정하고 과세특례를 받았음.

- 한편, 사전에 예정된 관계사들의 지주회사 전환계획에 따라 내국법인 A는 또다른 내국법인 D에게 흡수 합병될 예정이며, 합병법인인 D는 합병후 지주회사 요건을 충족함에 따라 즉시 지주회사 전환신고를 수행하려고 함.

[질의내용]

- A법인과 D법인이 합병하는 시점에 A법인에 현물출자한 B법인 및 C법인이 기존에 설정한 압축기장충당금의 처리와 관련하여

- B법인 및 C법인이 A법인에 현물출자한 주식은 합병시 D법인에 그대로 승계되며, 합병후의 D법인도 지주회사 요건을 충족하게 되므로 과세 이연받은 법인세를 납부할 필요가 없는 지 여부

[회신내용]

조세특례제한법 제38조의2 제1항에 의거 내국법인이 주식을 현물출자하여 설립한 법인이 지주회사로 전환함에 따라 현물출자한 법인이 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대하여 법인세 과세이연을 적용받던 중, 당해 지주회사가 다른 법인에 흡수 합병되고 그 합병법인이 지주회사 요건을 계속하여 충족하는 경우에는 과세이연을 계속하여 적용받을 수 있는 것임

○ 법규과-778, 2012.07.10.

1. 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제38조의2의 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례에 따라 주식의 포괄적 교환에 의하여 발생한 주식양도차익에 상당하는 금액에 대하여 양도소득세를 과세이연 받은 거주자가당초 포괄적 교환으로 취득한 지주회사 주식을 다시 「조세특례제한법」(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것)제38조에 따라 주식의 포괄적 교환을 하고 추가 과세이연을 받은 경우 해당 지주회사 주식을 포괄적 교환하는 때에 당초 과세이연 받은 양도소득세를 과세하는 것입니다.

2. 이 경우 적용할 세율은해당 지주회사 주식을 포괄적 교환으로 양도할 당시 세법에 따른 세율을 적용하는 것이며, 본건 질의의 경우 「소득세법」(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제108조에 따른 예정신고납부세액공제는 적용되지 아니하는 것입니다.