1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고(이하 ‘원고 법인’이라 한다)는 건설업을 목적으로 하는 법인으로 2009. 3. 25. C종교단체 D교회(이하 ‘이 사건 교회’라 한다) 담임목사 E과 사이에 부산 동구 F 외 3필지에 관하여 착공일 2009. 3. 25., 준공예정일 2009. 11. 25., 공사대금 1,540,000,000원(1,400,000,000원, 부가가치세 140,000,000원)으로 정하여 이 사건 교회를 신축하기로 하는 도급계약을 체결하였다.

나. 원고 법인은 2010. 1. 14. 이 사건 교회를 준공하였고, 2009. 4. 27.부터 2010. 4. 23.까지 이 사건 교회로부터 12회에 걸쳐 위 도급금액 중 1,435,000,000원(공사용역대금 1,400,000,000원, 부가가치세 35,000,000원, 이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 원고 법인 명의의 국민은행 통장(G, H)으로 수령하였다.

다. 피고는 2011. 8. 16.부터 2011. 9. 22.까지 원고 법인에 대하여 조사대상 기간을 2008. 1. 1. ~ 2010. 12. 31.로 한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고 법인이 이 사건 교회로부터 이 사건 쟁점금액을 수령하고도 매출세금계산서를 발행하지 아니한 채 부가가치세 및 법인세 신고를 누락한 사실을 적발하여, 2010년 1기 부가가치세 244,748,000원, 2010년 2기 부가가치세 18,726,400원, 2010 사업연도 법인세 53,254,447원을 경정하고, 이 사건 쟁점금액 1,435,000,000원 및 가공경비 128,456,620원 합계 1,563,456,620원을 원고 법인의 실질적 대표자인 B에 대한 상여로 소득처분한 후, 2011. 12. 1. 원고 법인에 대하여 B을 소득자로 한 2010 사업연도 상여소득금액 1,563,456,620원의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 처분‘이라 한다)를 하였다. 라.

원고

법인은 2011. 12. 12. 이 사건 처분의 상여소득금액 1,563,456,620원 소득금액변동통지 중 이 사건 쟁점금액 부분에 관한 소득금액변동통지에 대하여 불복하여 이의신청을...