1. 피고가 2013. 5. 9. 원고에 대하여 한 2010년 법인세 55,357,896원, 2011년 법인세 305,907,261원의...

1. 처분의 경위

가. 원고는 해상운송사업, 항만운송사업 등을 영위하는 법인으로, 동해항을 통한 석회석 해상수송을 위하여 동해지방해양항만청(이하 ‘항만청’이라 한다)의 구 청사부지 및 인근 배후지에 하역 기계설비인 쉽로더(Shiploader)와 석회석 저장시설인 싸이로(Silo, 이하 ‘이 사건 싸이로’라 한다) 등(쉽로더와 이 사건 싸이로를 합쳐서 ‘이 사건 물류시설’이라 한다)을 설치하기로 결정하고, 항만청에 아래와 같은 개요의 ‘동해항 석회석 물류시설 조성공사(이하 ’이 사건 공사‘라 한다)’의 시행허가를 신청하여, 2011. 3. 18. 항만청으로부터 비 관리청 항만공사 시행허가를 받았다.

구 분 내 용 공사위치 강원도 동해시 송정동 중앙부두 및 배후지 승인기관 국토해양부 / 동해지방해양항만청 사업기간 2009년~2012년 항만청사 신축규모 지하1층, 지상4층(연면적 4,997.62㎡) 청사 신축 일정 2008. 11. 청사이전협약체결 2010. 6. 17. 건축허가 2011. 3. 18. 시행허가 2011. 5. 12. 착공 2011. 6. 12. 기부채납 이행각서 체결 2012. 12. 3. 청사 사용승인

나. 항만청은 이 사건 공사를 허가하는 과정에서 항만청의 구 청사부지를 원고가 사용하는 대신 새로운 청사를 신축하여 기부채납할 것을 허가조건을 명시하였고, 이에 원고는 청사이전 및 임시청사임차비용, 청사신축비용 등 기부채납(이하 ‘이 사건 기부채납’이라 한다)의 이행을 위한 비용을 지출하였다.

다. 이 사건 물류시설의 설치비 및 이 사건 기부채납 관련비용이 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제26조가 규정하는 임시투자세액공제의 대상에 포함되는지 여부에 관하여, 원고는 2009년 내지 2011년의 법인세 신고 당시...