1. 피고는 원고에게 4,313,391,340원 및 이에 대한 2006. 5. 9.부터 2011. 5. 2.까지는 연 5%의, 그...

1. 기초사실

가. 피고는 2005. 3. 31. 원고 산하의 영등포세무서장에게 과세표준을 48,638,206,288원으로, 산출세액을 13,120,315,697원으로 각 산정하여 2004 사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. 피고는 2006. 3. 31. 영등포세무서장에게 과세표준을 -15,975,523,516원으로, 산출세액을 0원으로 각 산정하여 2005 사업연도 법인세 신고를 하였다.

다. 또한 피고는 2006. 3. 30. 영등포세무서장에게 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 기하여 피고가 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당함을 이유로 2005 사업연도 결손금 15,975,523,516원을 2004 사엽연도 법인세액의 한도 내에서 소급공제하여 4,313,391,349원을 환급하여 달라는 취지의 신청을 하였고, 이에 영등포세무서장은 2006. 4. 19. 피고에게 2004 사업연도 법인세액 중 4,313,391,340원을 환급하기로 통보하고, 2006. 5. 9. 피고에게 위 환급금을 지급(이하 ‘이 사건 환급금’이라 한다)하였다. 라.

한편, 서울지방국세청은 영등포세무서에 대한 정기감사시 피고의 업종이 부동산공급업에 해당하여 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 결손금 소급공제를 부인하고, 2007. 1. 6. 피고에게 법인세 4,686,068,360원을 과세하는 것으로 과세예고통지를 하였고, 피고는 이에 불복하여 2007. 2. 8. 과세전적부심사청구를 하였으나, 국세청장은 피고의 주장을 불채택 결정하였다.

마. 그 후 영등포세무서장은 2008. 1. 16. 피고가 결손금 소급공제 대상인 법인세법 제25조 제1항 제1호 소정의 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항에 근거하여 이 사건 환급금에 이자상당액을 가산하여 원고에게 4,929,343,630원을 추징하는 부과처분을 하였다.

피고는...