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판시사항
가. 학교법인이 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받기 위한 절차적 요건
나. 부동산임대업자가 임대용 건물을 타인에게 양도한 경우 이에 대한 부가가치 세부과처분을 납세자가 부동산매매업자가 아니라는 이유로 취소한 것이 이유불비 또는 판단유탈에 해당한다고 본 사례
판결요지
가. 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 구 법인세법 제59조의3 제3항 (1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에 의하여 삭제되기 전의 것), 같은법시행령 제124조의8 제4항(1989.12.30. 삭제되기 전의 것) 의 각 규정에 따른 면제신청서를 제출하여야 한다.
나. 과세관청인 피고가, 원고법인이 부동산임대사업자로서 임대용역을 제공하는 부가가치세 납세의무자인데, 그 임대용역에 제공하던 이 사건 건물을 타인에게 양도함으로써 재화의 공급을 한 것으로 보아 부가가치세부과처분을 한 것이라면, 원심이 부동산임대업자가 그 임대업에 제공된 자산을 양도한 경우가 부가가치세의 과세대상인 재화의 공급에 해당하는지의 여부에 관하여 판단하지 아니하고 원고가 부동산매매업자가 아니라 하여 위 부과처분을 취소한 것은 이유불비나 판단유탈의 위법을 범한 것이다.
원고, 상고인 겸 피상고인
학교법인 중앙문화학원 소송대리인 변호사 전정구
피고, 피상고인 겸 상고인
동작세무서장
주문
원심판결 중 피고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
원고의 상고를 기각한다.
원고의 상고로 인한 비용은 원고의 부담으로 한다.
이유
원고 소송대리인의 상고이유를 본다.
구 법인세법 제59조의3 제2항 제3호 에 의하면 (1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에 의하여 삭제되기 전의 것) 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 변제하도록 되어 있고, 같은 제3항 은 제2항 의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정되어 있으며 구법인세법시행령 제124조의8 제4항 은 법 제59조의3 제2항 제3호 의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 한다고 각 규정되어 있는 바, 위 각 규정들을 종합하면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 위 각 규정에 따른 면제신청서를 제출하여야 한다고 보아야할 것이다 ( 당원 1989.5.9. 선고 88누4652 판결 ; 1989.7.25. 선고. 88누10794 판결 참조).
원고 소송대리인이 지적하는 대법원 1986.3.11. 선고 85누695 판결 은 산림소득에 관한 조세 면제에 관한 것으로서 이 사건과는 사안이 같지 않다. 논지는 그 이유없다.
피고 소송수행자의 상고이유를 본다.
원심은 학교법인인 원고법인이 1974.11. 서울 서초구 방배동 754의1및 754의2 대지 259평을 취득하여 1979.3.경 그 지상에 지하 1층, 지상 2층 연건평488.27평 규모의 상가 및 사무실 건물을 신축하고 이를 수익용 기본재산으로 삼아 타에 임대하여 부동산임대업(1978.3.1.사업자등록)을 영위하다가 1986.12.5. 위 대지 및 건물을 소외 박 황순 등에게 금 1,425,000,000원에 매도하였는데, 피고가 그중 건물의 양도에 대하여 부가가치세 금114,327,810원을 부과 고지한 사실은 당사자간에 다툼이 없다고 한 후, 부가가치세법 제1조 제1 , 2 , 3항 및 제5항 , 동법시행령 제1조 제1항 , 제2조 제1항 제4호 단서의 규정에 의하면, 부동산매매업은 재화를 공급하는 사업으로 보게 되어 부가가치세 과세대상거래에 속한다 할 것인데, 동법시행규칙 제1조 제1항 은 부동산매매업의 범위에 관하여 "부동산의 매매 또는 그 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나 사업상의 목적으로 1과세기간중 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우에는 부동산매매업을 영위하는 것으로 본다."고 규정하고 있는 바, 원고법인은 그동안 매매를 사업의 종류로 하여 사업자등록을 한일도 없고 위와 같은 부동산매매업으로 볼 거래를 한 일도 없으므로 원고법인의 이 사건 부동산의 매매를 가리켜 부가가치세의 과세대상이 되는 부동산매매업에 해당한다고는 할 수 없으므로 피고가 원고법인의 이 사건 부동산의 매매를 부가가치세의 과세대상거래로 보아 한 이 사건 부과처분은 위법하므로 이를 취소한다고 판시하였다.
결국 원심은, 원고법인은 부동산매매업자가 아니므로 이 사건 건물의 매매는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하지 않으므로 이 사건 부가가치세부과처분은 위법하다는 것이다.
그러나 기록에 의하면, 피고는 원고법인이 부동산임대사업자로서 임대용을 제공하는 부가가치세납세의무자인데 그 임대용역에 제공하던 이 사건 건물을타인에게 양도하므로써 재화의 공급을 한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것이고 원고법인을 부동산매매업자로 보아 이 사건 건물의 양도를 재화의 공급으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것이 아님을 알수 있으므로, 원심이 부동산임대업자가 그 임대업에 제공된 자산을 양도한 경우에 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당하는지의 여부에 대하여 판단하지 아니하고 원고가 부동산매매업자가 아니라 하여 이 사건 부과처분을 취소한 것은 이유불비나 판단유탈의 위법을 범하였다 할 것이고 상고이유 중에는 이와 같은 주장도 포함되어 있다고 보여지므로 논지 이유있다.
그러므로 원고의 상고는 그 이유없으므로 이를 기각하고 상고비용은 원고의 부담으로 하며, 피고의 상고는 그 이유있으므로 원심판결 중 피고 패소부분을파기하여 그 부분 사건을 서울고등법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.