수정신고건에 대한 수정수입세금계산서 발급 가능 여부

가. 청구법인은 2012. 4. 28.부터 2013. 11. 27.까지 중국으로부터 ○○○ 의류(이하 “쟁점물품”이라 한다.)를 수입하면서 수입신고번호 *****-12-******U호 외 ○○○건에 대해 생산지원비용을 누락하여 수입신고하였다. 나. 2013. 11. 20. 청구법인은 수입신고번호 *****-13-******U호에 대한 납세정정신고시 생산지원비용이 과세가격에 가산되지 않은 것을 확인하였고, 다. 청구법인은 기 수입신고한 건에서도 동일한 신고 오류 사실을 발견하고 2013. 12. 2. ○○사무소를 통하여 ○○건, ○○사무소를 통하여 ○○건, 2013. 12. 16. ○○사무소를 통하여 ○○건, 총 ○○○건에 대한 보정신청 및 수정신고를 하고 2013. 12. 18.부터 2013. 12. 20.까지 관세 등 ×××원(부가가치세 ×××원)을 납부하였다. 라. 청구법인은 2013. 12. 3. 처분청의 통관부서로부터 수정신고 보류 요청을 받아 수정신고 진행을 중단하였고, 이후 2013. 12. 11. 처분청은 청구법인에게 기업심사실시를 통지하였다. 마. 처분청은 기업심사 통지일 이후인 2013. 12. 16. 수정신고한 ○○건 중 보정건인 수입신고번호 *****-13-******U호 외 ○○건에 대하여는 수정수입세금계산서를 발급하고, 수정신고 건인 수입신고번호 ***** -12-******U호 외 ○○건에 대하여는 수정수입세금계산서(부가가치세 합계 ×××원)를 발급하지 않았다. 바. 청구법인은 2014. 5. 15. 수정수입세금계산서가 미발급된 ○○건에 대해 처분청에게 수정수입세금계산서 발급 요청을 하였고, 처분청은 2014. 5. 19. 청구물품은 수정수입세금계산서 발급대상이 아님을 회신하였다. 사. 청구법인은 이에 불복하여 2014. 7. 3. 관세청에 심사청구를 제기하였다.

청구인주장

청구법인이 스스로 수정신고를 진행하던 중에 처분청의 지시에 따라 수정신고가 중단된 것임에도, 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목 “수입자의 귀책사유”에 해당한다며 수정수입세금계산서 발급을 거부한 것은 부당하다. 청구법인은 처분청의 수정신고 중단지시가 없었더라면 수정신고를 완료하여 수정세금계산서를 발급받을 수 있었으나, 처분청은 아무런 근거도 없이 수정신고 진행을 보류 요청하였고, 이후 수정신고 진행여부에 대한 아무런 언질도 없이 기업심사 통지를 하였는바, 기업심사 통지일 이후에 수정신고건에 대해서는 수정세금계산서를 발급받지 못하게 되었다. 따라서 이 건 원인행위 및 귀책사유는 처분청에 있으므로 수정세금계산서는 발급되어야 한다. 또한, 부가가치세법 제35조 제2항 제2호에서 “세관 공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고「관세법」에 따라 수정신고 하는 경우”라고 규정하고 있어 수정수입세금계산서 발급제한의 전제조건을 두고 있다. 청구법인은 관세조사 등의 행위가 발생하기 이전에 생산지원비 누락사실을 자체적으로 발견하여 자발적으로 처분청에 수정신고 목록을 제출하였고 수정신고를 진행하던 중에 처분청의 지시에 의해 수정신고가 중단된 것인바, 청구법인의 경우는 관세조사 등의 행위가 발생하여 경정될 것을 미리알고 수정 신고한 경우에 해당하지 않으므로 수정수입세금계산서는 발급되어야 한다.

처분청주장

「부가가치세법 시행령」 제72조 제4항 제3호에 따르면 “수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우” 수정수입세금계산서 발급 대상이라고 규정되어 있으며, 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침에 따르면 단순착오로 확인되는 경우는 “세관에 수입신고시 제출한 부속서류(Invoice, B/L 등)에 기재된 내용과 달리 수입신고서를 착오로 잘못 작성한 것이 확인된 경우”라고 되어 있다. 청구법인의 수정신고 일자는 2013. 12. 16.로 처분청의 기업심사 통지일인 2013. 12. 11. 이후이며, 이는 청구법인(담당직원)의 착오에 의해 청구법인의 해외공장에 직접 공급한 원부자재 등 생산지원비용을 신고누락한 것임으로 수정신고의 귀책사유는 청구법인에게 있으며, 청구법인은 본인의 귀책사유가 없다고 주장하나 이에 대한 구체적이고 객관적인 어떠한 자료도 제출하지 않고 있다. 또한, 청구법인은 관세 전문가인 관세사를 통해서 수정신고를 하고 있던 상황이었으며, 설사 처분청의 통관부서 직원의 제지를 받은 바 있다고 하더라도 관세사라면 위 직원이 수정신고를 제지할 권한이 없다는 점을 충분히 인식할 수 있었을 것이어서 수정신고를 하지 못한 귀책사유가 처분청에 있다고 보기 어렵다.

쟁점사항

수정신고건에 대한 수정수입세금계산서 발급 가능 여부

심리 및 판단

[쟁점물품설명] [사실관계및판단] 청구법인은 2012. 4. 28.부터 2013. 11. 27.까지 중국으로부터 쟁점물품을 수입하면서 생산지원비를 누락하였고, 2013 11. 20. 수입신고번호 *****-13-******U호에 대한 납세정정신고시 생산지원비가 누락된 사실을 알게 되어 자체조사를 통해 이전 수입신고에서도 오류 사실을 확인하게 되었다. 청구법인은 2013. 12. 2. 수입신고 오류건 총 *****-12-******U호 외 ○○○건 중 ○○○건에 대해 처분청에 보정신청 및 수정신고를 하였으나, 2013. 12. 3. 처분청의 통관부서에서 수정신고를 보류할 것을 요청하였고 이에 청구법인은 수정신고 진행을 중단하게 되었다. 2013. 12. 11. 처분청은 청구법인에게 기업심사실시 통지를 하였고, 청구법인은 기업심사 통지일 이후인 2013. 12. 26. 수입신고 오류건 188건 중 나머지 42건에 대해 보정신청(○○건) 및 수정신고(○○건)를 하였으나 처분청은「부가가치세법」제35조 및 동법 시행령 제72조에 의거 기업심사 통지일 이후에 수정신고한 수입신고번호 *****-12-******U호 외 12건에 대하여는 수정수입세금계산서가 발급되지 않았다.[청구법인의 보정 및 수정신고 내역] 「부가가치세법」제35조제2항제2호 다목 및 동법 시행령 제72조제3항, 제4항제3호에 의하면 “세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등의 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고 하는 경우에는 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등의 특별한 사정이 있는 경우에만 수정수입세금계산서를 발급해 줄 수 있다”라고 규정하고 있다. 청구법인은 관세조사 통지를 받은 2013. 12. 11. 이전에 이미 생산지원비 누락사실을 발견하여 2013. 12. 2. 총 ○○○건 중 ○○○건에 대해 보정신청 및 수정신고를 하였다. 청구법인이 수정신고 관련자료를 2013. 12. 1.부터 2013. 12. 6.까지 충정관세사에게 송부한 사실이 확인되고(심사청구서 입증 제2호 ‘수정신고요청 이메일 9건’), 이중 2013. 12. 2.까지 수신확인된 자료는 2013. 12. 2. 보정 및 수정신고(○○건)하였으나 2013. 12. 3. 처분청 통관부서의 수정신고 보류 요청으로 수정신고를 중단하게 되었으며, 당일 처분청은 수입신고 오류내역을 파악하고자 청구법인에게 자료제출을 요구하였고, 청구법인은 2014. 12. 5. 처분청 통관부서에 방문하여 수입신고 오류 전체 내역(과세가격 누락자료)을 제출한 사실이 확인된다.(처분청 자료 ‘(주)○○○ 진행과정’) 살피건데, 처분청의 통관부서 직원이 수정신고를 제지할 권한이 없다고 할지라도 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부를 판단하는 데 있어서는 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 그에 대한 민원인의 신뢰가능성에 비추어 판단하여야 할 것(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누 12159 판결)으로, 청구법인이 처분청의 요청에 따라 수정신고를 중단하고 수입신고 오류내역(과세가격 누락자료)을 제출한 것은 처분청을 신뢰하여 그 요청을 따른 것으로 판단되는 점, 청구법인은 관세조사 통지일(2013. 12. 11)이전부터 수정신고를 진행하고 있었고 수정신고와 관련한 자료가 2013. 12. 6. 관세사에게 송부 완료되는 등 관세 조사가 발생하여 처분청이 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고를 하였다고 볼 수 없는 점, 수정신고 중단이 없었더라면 관세조사 통지일 이전에 수정신고가 가능한 점 등을 종합하여 볼 때 수정수입세금계산서 미발급의 귀책사유가 청구인에게 있다고 할 수 없는바, 처분청의 이 사건 수정신고 건에 대해 수정수입세금계산서 발급을 거부한 것은 부적법한 처분으로 판단된다.

결론

이 건 심사청구는 심리 결과 청구법인의 청구가 이유 있다고 판단되므로 ｢관세법｣ 제128조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

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