법인46012-1368 (1999.04.13)

국기

공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의한 “법인으로 보는 단체”에 해당하는 것임.

귀질의의 경우 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의한 “법인으로 보는 단체”에 해당하는 것입니다.위와같은 “법인으로 보는 단체”를 포함한 비영리내국법인은 법인세법 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 같은법 제62조 제1항의 규정에 따라 법인세 과세표준의 신고를 아니할 수 있으며, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것입니다.

국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

1. 질의내용 요약

1. 본교회는 1960년 6월 10일 설립된 교회로 1982년 6월 29일 문화공보부의 법인 설립 허가를 받아 설립된 재단법인 ○○재단에 속한 교회로서 1995년 금융실명제 시행으로 사업자등록을 신청하고자 하여 신청 당시 국세기본법 제 13 조에서 규정하고 있는 법인격 없는 단체로, 법인으로 사업자등록증을 신청하고자 총회의 법인 설립허가증과 소속증명서를 첩부하였으나 세무서 당국에서 개교회는 법인으로 인정할 수 없다하여 법인 아닌 단체의 납세번호 신청으로 서류를 작성하여 고유번호를 부여받았습니다.

2. 그런데 본교회 명의로 예금된 계좌에서 이자소득에 대한 세금이 원천징수되어 원천징수된 세금을 환급받고자 법률적 검토를 한 바 원천징수된 세금을 환급받을 수 있다고 사료되어 개교회는 법인이 아닐지라도 법인으로 등록된 총회에 소속될 경우 법인으로 보아 고지결정된 양도소득세 취소하라는 주문이 담긴 심사례(심사양도 98-4263, 98년5월 28일)를 첨부하여 세금 환급을 위하여 99년 3월 3일자로 ○○세무서장에게 사업자 등록번호 정정 요청에 관한 공문을 보냈습니다.

3. 이에 본 교회측의 법률적 판단은 본교회도 법인으로 보아 징수된 세금을 환급받을 수 있다고 사료되어 아래와 같은 질의를 하오니 하교하여 주시기 바랍니다.

- 아 래 -

1. 첩부된 심사례에서 법인으로 등록된 총회에 소속된 교회는 법인으로 본다는 근거에 의해 교회가 법인으로의 사업자 등록번호를 받을 수 있는지의 여부

2. 심사례와 같이 교회를 법인으로 본다면 최초 사업자 등록번호를 신청할 때 법인으로 신청해야할 서류를 법인 아닌 단체의 납세번호 신청서로 신청하였는데 이것은 세무당국의 유권해석에 따른 것이지 교회측의 의사가 아닌 바 이것을 신청 당시로 소급하여 착오 정정발급을 받을 수 있는지의 여부

3. 첨부된 심사례를 보면 개인명의의 토지임에도 불구하고 교회의 서류를 근거로 교회소유인 것이 증명되어 양도소득세 결정고지가 취소되었습니다. 그런데 본교회는 본교회 명의의 통장임에도 불구하고 개인으로 보아 이자소득세를 원천징수당했습니다. 그러나 심사례와 같은 맥락으로 보면 사업자 번호를 신청당시로 소급 정정 발급을 받지 못한다해도 이미 징수된 세금을 환급받을 수 있다고 사료되는 바 환급 가능에 대한 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 유사사례

○ 심사양도98-4263, 1998.5.8

【제목】

법인으로 등기 안됐으나 교회는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 단체로서 법인으로 보는 단체에 해당되므로 목사 개인명의의 교회부동산 양도에 대한 양도세부과는 부당함

【주문】

○○○세무서장이 1998. 3. 2 청구인에게 결정고지한 양도소득세 54,669,710원은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분내용

청구인은 ○○회 ○○교회(이하 “쟁점교회” 라 한다)의 목사이다.

처분청은 청구인이 1988. 7. 25과 1988. 9. 30 ○○시 ○○구○○동 ○○번지 대지 494 ㎡ (구지번 ○○시 ○○구 △△동 ○○번지 대지 241㎡ 및 동소 ○○번지 대지 253㎡가 합병등기된 후 행정구역 변경된 것임. 이하 “쟁점토지” 라 한다)를 취득하여 1996. 12. 13 청구외 권○○에게 양도한 것에 대하여 1998. 3. 2 1996년 귀속분 양도소득세 54,669,710원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1998. 3. 14 본 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

쟁점토지는 청구인 소유가 아니라 쟁점교회의 소유로서 고유목적에 사용되던 재산이므로 청구인 개인에게 과세한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

쟁점교회는 ○○회 산하의 개별교회로 법인으로 볼 수 없으므로 쟁점교회의 목사인 청구인에게 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점교회의 목사인 청구인 명의로 등기되어 있는 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

국세기본법 제13조 제1항에서 “법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것” 이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 심리판단

처분청은 쟁점토지의 양도에 대하여 청구인에게 양도소득세를 과세하였으나, 청구인은 쟁점토지가 쟁점교회의 소유이므로 청구인 개인재산의 양도로 보아 과세한 처분은 부당하다는 취지의 주장을 하는 바, 쟁점교회 명의 쟁점토지를 개인 또는 법인의 재산으로 볼 것인지에 대하여 다툼이 있다.

위 관련 법령에 의하면 법인격 없는 단체 중 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보아 세법을 적용하도록 규정하고 있다. 따라서, 등기부상 쟁점토지가 청구인 개인 명의로 등기되어 있는 이 건의 경우 쟁점건물이 교회신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산으로서 교회의 고유목적에 직접 사용되고 있는 지에 대하여 살펴본다.

첫째, 청구인이 제시한 법인설립허가증, 소속증명서 및 재직증명서, ○○교회안내 등에 의하면 청구인이 목사로 재직중인 쟁점교회는 1985. 1. 23부터 민법 제32조 및 문화체육부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제5조의 규정에 의하여 법인설립허가를 받아 설립된 재단법인 ○○회 ○○○○재단(총회장 김○○)산하의 ○○회 ○○○회에 소속되어 종교활동을 하여온 사실이 확인되고 있다.

둘째, 쟁점교회는 1993. 2. 11 부동산등기법 제41조의 2의 규정에 근거하여 ○○시 ○○구청장의 종교단체등록대장에 등재(등록번호 : 00000-XXXXX)되어 있음이 ○○시 ○○구청장이 발행한 부동산등기용 종교단체 등록번호증명서에 의하여 확인되고 있다.

셋째, 쟁점교회내에는 주요업무를 수행하는 당회(목사, 장로 등으로 구성됨)가 설치되어 동 기구의 의결을 거쳐 기본재산을 관리하고 있음이 ○○회(통합) 헌법 제53조 및 쟁점교회의 조직표에 의하여 확인되고 있다.

넷째, 청구인이 제시하는 쟁점교회의 당회 회의록 등에 의하면 쟁점토지의 구입대금을 성도들의 헌금과 성도들의 개인담보 대출에 의하여 조달하기로 하면서 쟁점교회 명의로 대출이 되지 않으므로 쟁점교회의 목사인 청구인 명의로 등기하여 동 지상의 건축물을 예배당으로 사용한 사실, 쟁점교회의 이전목적으로 1993. 3. 11 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 임야 2,568㎡를 취득하여 쟁점토지의 매각대금으로 1997. 2. 27 교회건물(1,892.636㎡)을 신축하여 쟁점교회의 교회건물로 사용하고 있는 사실이 확인되고 있다.

이상 살펴본 바에 의하면 쟁점교회는 재단법인 ○○회 ○○○○재단 소속의 개별교회로서 직접 주무관청의 허가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록된 단체로 보기는 어렵지만 종교라는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 단체에 해당한다고 할 것이므로 법인으로 등기되지 아니하였더라도 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 해당된다고 할 것이다(같은 뜻: 국심 96중 2945, 1996. 12. 18; 국세청 심사 경인 97-730, 1997. 9. 5 외 다수). 따라서, 쟁점토지를 청구인 개인재산으로 보아 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세를 청구인에게 양도소득세 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

따라서, 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

○ 국심96서3459, 1997. 1 . 23

【제목】

주무관청에 등록이나 허가설립이 아닌 교회가 신도출연헌금으로 취득부동산으로 고유목적사업 영위시 공익목적출연 기본재산있는 재단으로서 등기 안 된 법인으로 보는 단체임

【요약】

【주문】

처분청이 96. 4. 17 청구인에게 결정고지한 90년도분 양도소득세 76,165,500원 및 동 방위세 15,233,100원(96. 5. 15 양도소득세 38,099,932원으로 감액경정됨)은 이를 취소한다.

【판결이유】

1. 원처분 개요

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○플라자 건물 4층 소재 ○○교회 ○○교회(구 명칭은 ○○제일교회이며 이하 "쟁점교회"라 한다)의 목사인 바, 처분청은 청구교회가 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 225㎡과 79. 8. 15 취득하고, 같은 곳 ○○번지 대지 172㎡, 같은 곳 ○○번지 대지 139㎡ 및 위 지상 교회건물 218.68㎡(이하 대지ㆍ건물을 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)를 83. 4. 29 취득하여 쟁점부동산을 90. 8. 21. 청구외 (주)○○트럭터미널에 양도한 사실에 대하여 96. 4. 17. 쟁점교회의 목사인 청구인에게 90년도분 양도소득세 76,165,500원 및 동 방위세 15,233,100원(96. 5. 15 쟁점부동산 중 ○○동 ○○번지 및 ○○번지 소재 대지에 대한 취득시기를 당초 79. 8. 2.에서 83. 4. 29로 정정하고 쟁점부동산 중 토지에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 38,099,932원으로 감액경정고지함)을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 96. 6. 13 심사청구를 거쳐 96. 9. 24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산을 79. 8. 15 취득하여 쟁점교회로 사용하여 오던 중 (주)○○트럭터미널에게 반강제로 90. 8. 21 양도하게 된 것이며, 쟁점부동산을 양도하고 91. 11. 14 쟁점교회를 세법상 법인으로 보아 처분청에 법인세 과세표준 및 세액신고 납부를 이행하였는데 5년이 지난 96. 4. 17 처분청에서 다시 청구인에게 양도소득세가 결정고지되었는 바, 종교의 보급과 교화를 목적으로 세워진 비영리단체인 쟁점교회가 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체가 아니라고 해서 쟁점교회 소유인 쟁점부동산에 대한 양도차익에 대하여 청구인을 납세의무자로 하여 과세함은 부당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

3. 국세청장 의견

쟁점교회는 국세기본법 및 시행령에서 규정하는 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단ㆍ재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것이거나 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것에 해당되어 법인으로 보는 법인격이 없는 사단ㆍ재단에 해당되지 아니하므로 청구인이 시무하는 교회를 개인으로 보아 쟁점부동산을 양도한 것에 대하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 청구교회를 법인으로 볼 수 있는지에 그 쟁점이 있다.

나. 관련법령

국세기본법 제13조 제1항에서는 "법인격이 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다"고 규정하고 있으며 동법시행령 제8조에서는 "법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것"이라고 규정하고 있다.

소득세법 제1조 제3항에서는 "법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체 중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 그 단체의 대표자 또는 관리인이 선임되어 있고, 이익의 분배방법 및 분배비율이 정하여져 있지 아니한 경우에는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다"고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

쟁점교회는 주변에 (주)○○트럭터미널 공사가 진행되자 부득이 90. 7. 5 쟁점부동산을 (주)○○트럭터미널에 555,000,000원에 양도하는 계약을 체결한 후 같은 해 8월 21일 소유권이전등기를 해 주었고, 같은 해 90. 7. 15 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○플라자 건물 4층 243.67㎡과 750,000,000원에 취득하기로 약정하고 같은 해 8월 31일 쟁점교회 명의로 소유권이전등기하여 교회를 이전한 사실이 있으며, 91. 11. 14 쟁점교회는 처분청에 쟁점부동산 양도에 대한 특별부가세를 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호의 규정에 의하여 감면신청하고 특별부가세분 방위세는 할증하여 7,874,136원을 신고납부하였고 이에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

쟁점교회는 89. 3. 22 민법 제32조의 규정에 의하여 문화체육부로부터 설립허가된 재단법인 ○○재단 산하 ○○서지방회 소속 교회임이 문화체육부장관의 법인설립허가서ㆍ소속증명서 등에 의하여 확인되고 있으며, 쟁점교회는 부동산등기법 제41조의 2의 규정에 근거하여 ○○구청에 종교단체로 등록(등록번호 00000-00000)된 사실이 확인된다.

쟁점교회가 법인인지 여부를 살펴보면, 쟁점교회 개별교회를 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체나 주무관청에 등록된 단체로 보기는 어렵지만, 교회가 그 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 부동산이 있을 경우 이를 공익을 목적으로 출연한 기본재산이 있는 단체로 보는 것이 타당한 것으로 판단되며(국세기본법 기본통칙 1-4-02…13 참조), 따라서 쟁점교회와 같이 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단은 등기되지 아니하더라도 국세기본법 시행령 제8조 제2호(공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것)에 해당되어 법인으로 보는 단체로 보아야 할 것이다. 그러므로 쟁점부동산의 양도에 따른 소득은 특별부가세가 과세되는 것이 타당한 것이므로 청구인을 교회의 대표자로 보아 양도소득세를 과세한 당초 처분은 부당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.