주식회사 새미랑 (소송대리인 법무법인 충정 담당변호사 김중곤 외 1인)

용인세무서장

2012. 10. 11.

수원지방법원 2012. 2. 21. 선고 2010구합14337 판결

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 2008. 12. 1.에 한 2006년도 제1기 부가가치세 9,286,270원, 2006년도 제2기 부가가치세 220,796,450원, 2007년도 제1기 부가가치세 9,924,820원, 2007년도 제2기 부가가치세 34,066,100원, 2008년도 제1기 부가가치세 35,987,370원의 부과처분을 모두 취소한다(기록상 위 각 세액에는 가산세가 포함된 것으로 보인다).

1. 제1심 판결 이유의 인용

이 법원이 이 판결에서 설시할 이유는, ① 제1심 판결의 이유 중에서 제7쪽 제18∽19행의 “면세분에 해당하는 매입세액(763,673,000원)을 공제한 사실,” 부분을 “면세분에 해당하는 매입세액(763,673,000원)을 불공제한 사실,”이라고 고쳐 쓰고, ② 아래 “제2항”에서 원고의 주장에 관한 판단을 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 추가 판단 부분

가. 원고의 주장

(1) 원고는 2006. 4. 17.부터 소외 1에게서 이 사건 PM 용역을 제공받다가 소외 1이 2008. 3. 10. 주식회사 대망컨설팅(이하, ‘대망컨설팅’이라 한다)을 설립한 후에도 2008. 3. 25.까지 위 용역을 제공받은 것인데, 관련 법규상 이 사건 PM 용역의 공급시기는 그 역무의 제공이 완료된 2008. 3. 25.로 볼 수 있는 이상, 대망컨설팅이 원고에게 이 사건 PM 용역의 제공을 완료한 것이라고 할 것이므로, 원고가 대망컨설팅으로부터 제공받은 이 사건 PM 용역에 관한 세금계산서(이하, ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 만일 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않으면 원고가 이 사건 세금계산서를 통하여 부가가치세를 면탈할 목적이 없었음에도 결과적으로 이 사건 세금계산서의 매입세액 상당의 부가가치세가 누적과세되어 부당하다.

(2) 피고가 ‘토지 관련 매입세액’으로 보아 매출세액에서 공제하는 것을 허용하지 아니한 원고 지급의 제1심 판시의 각종 주1) 수수료 (이하, ‘이 사건 수수료’라고 한다)는 모두 ‘자본적 지출’에 대비되는 ‘수익적 지출’에 해당함에도 이를 매입세액 불공제의 대상이 되는 토지 관련 매입세액으로 보는 것은, 토지 관련 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 ‘자본적 지출’에 관련된 매입세액으로 한정하고 있는 관련 규정이나 토지의 조성 등을 위한 ‘자본적 지출’을 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요된 비용으로 보는 대법원 판례에 위배된다.

(3) 원고가 시행한 이 사건 사업(아파트 신축·분양사업)의 경우에는, 원칙적으로 이 사건 처분에 적용되는 구 「부가가치세법 시행령」(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제4항 제3호 주2) (이하, ‘ 제3호 규정 ’이라 한다)에 따라 “총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”을 기준으로 공통매입세액에 대한 안분계산이 이루어져야 하고, 피고가 제출한 을 제11호증 등에 의하면 제3호 규정 에 따른 안분계산이 가능함에도 피고는 제3호 규정 에 따른 안분계산이 불가능하다는 전제로 같은 항 제2호 (이하, ‘ 제2호 규정 ’이라 한다)를 적용한 잘못이 있다. 또한, 가사 피고의 주장과 같이 제2호 규정 을 적용할 수밖에 없다고 하더라도, 면세재화인 토지가 이 사건 사업 중 과세사업(국민주택규모 초과 아파트 신축)에 제공된다면 그에 해당하는 토지가액도 과세사업과 관련된 예정공급가액에 포함시켜 계산되어야 함에도 피고는 제2호 규정 에 따라 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 이 사건 사업 중 면세사업(국민주택규모 이하 아파트 신축)에 관련된 예정공급가액에 면세사업과 관련된 토지의 공급가액뿐만 아니라 과세사업과 관련된 토지의 공급가액까지 포함시켜 면세사업에 관련된 매입세액을 부당하게 높게 계산한 잘못이 있다.

나. 판단

(1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 주장에 대하여

(가) 이 사건 처분에 적용되는 구 「부가가치세법」(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제1호 는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 「국세기본법」 제14조 제1항 의 취지에 비추어 볼 때, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다( 대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조),

그런데, ① 비록 원고와 대망컨설팅 사이에 이 사건 PM 용역에 관하여 용역대금을 16억 원으로 하는 용역계약서가 작성되어 있으나, 그 작성일은 원고가 이 법원에서 이 사건 PM 용역 제공의 완료일이라고 주장하는 2008. 3. 25. 이후인 2008. 3. 27.자로 작성된 점(을 제5호증, 기록 126쪽), ② 또한, 대망컨설팅의 법인등기부상의 설립일과 그 사업자등록증상의 개업연월일은 모두 ‘2008. 3. 10.’로 등재되어 있는데(기록 127쪽, 129쪽), 대망컨설팅이 위 설립일로부터 16억 원 상당의 이 사건 PM 용역을 실제로 원고에게 제공하였다고 보기는 어렵다고 판단되는 점, ③ 비록 이 법원에서 원고는 대망컨설팅의 대표자 소외 1이 대망컨설팅의 설립일 이전인 2006. 4. 17.부터 원고에게 이 사건 PM 용역을 제공해 오다가 소외 1이 법인인 대망컨설팅을 설립한 다음 위 용역의 제공을 계속 수행하여 그 제공을 완료한 것이 2008. 3. 25.이라는 취지로도 주장하나, 원고의 주장과 같이 대망컨설팅의 설립일 이전부터 소외 1이 실제로 이 사건 PM 용역을 원고에게 제공하였다는 사실을 뒷받침할 객관적 자료를 발견할 수 없을 뿐만 아니라, 설령 원고의 주장과 같이 소외 1이 2006. 4. 17.부터 위 용역을 제공하였다고 하더라도 법률상으로는 이를 두고 소외 1과 별개의 법인격을 가진 대망컨설팅이 그와 같이 용역을 제공한 것으로 평가할 수도 없다고 할 것인 점 등을 위 법리와 앞서 인용한 여러 사실 및 증거 등과 모두 종합해 볼 때, 대망컨설팅은 이 사건 세금계산서에 기한 이 사건 PM 용역에 관하여 원고와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자에 불과하다고 보일 뿐, 원고에게 실제로 위 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 인정하기는 어렵다고 판단되고, 원고가 제출한 모든 증거와 이 법원에서 추가로 주장하는 사정을 고려한다고 하더라도, 이를 뒤집기에 부족하다.

따라서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 계산서이고, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 계산서라는 사실을 원고가 알지 못한 데에 과실이 없다는 등의 특별한 사정도 없는 이상, 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액을 공제받을 수 없다는 전제에 기초한 이 사건 처분은 적법하다고 볼 것이다.

(나) 또한, 구 「부가가치세법」 제17조 제1항 은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하는 이른바 ‘전단계 세액공제법’을 채택하고 있어, 만일 세금계산서가 그에 필요적으로 기재될 내용이 사실대로 기재되어 있지 아니할 경우에는 구 「부가가치세법」이 정한 납부세액을 산정하는 세금계산서로서의 기능 등을 다하지 못하게 되므로 매입세액을 공제받기 위하여는 매 거래 시마다 재화 또는 용역의 수량과 가액이 정확하게 밝혀질 필요가 있고, 이를 위하여는 그 내용이 사실과 부합하게 기재된 세금계산서의 교부와 수취가 필수적이라고 할 것이다.

결국, 구 「부가가치세법」이 세금계산서의 필요적 기재 사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우에 매입세액을 공제하지 않도록 규정하고 있는 것은 부가가치세제 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위해 일종의 제재장치로서 징벌적 성격을 가진다고 볼 것이므로, 설령 원고에게 이 사건 세금계산서를 통한 탈세의 목적이 없었고, 이 사건 세금계산서에 의한 매입세액 불공제로 원고의 주장과 같은 누적과세의 문제가 발생할 여지가 있다고 하더라도, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 이상, 그에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 피고의 조치가 위법하다고 볼 수는 없다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

(2) 이 사건 수수료가 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다는 주장에 대하여

(가) 구 「부가가치세법」 제17조 제1항 , 제2항 제4호 , 구 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항 각 규정의 내용과 입법 연혁, 토지 관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점 등에 비추어 보면, 위 시행령 규정에서 정한 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하다( 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조).

(나) 그런데, ① 2001. 12. 31. 대통령령 제17460호로 개정된 구 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항 부터 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액’의 유형을, ㉮ 토지의 취득 및 형질변경, 공장 부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액( 제1호 ), ㉯ 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액( 제2호 ), ㉰ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액( 제3호 )으로 세분하여 규정하고 있어, 위 3가지 유형 중에서 1개의 유형에만 해당하면 토지 관련 매입세액에 포함된다고 볼 것인 점, ② 이 사건 수수료 중에서 금융자문 수수료, 감정평가수수료, 법률자문수수료, 신용평가수수료는 아파트의 신축·분양을 목적으로 하는 이 사건 사업에 필요한 토지 구매비용 등의 지출에 필요한 자금을 대출받는 과정에서 지급된 것으로 그 대출금 중 상당 부분이 토지 구매비용으로 사용되었던 점, ③ 또한, 법무사에게 지급한 등기수수료는 토지의 취득을 위하여 당연히 필요한 비용에 해당한다고 볼 것이고, 지구단위계획수립 용역비도 이 사건 사업에 필요한 토지의 취득과 그 사업성 평가와 관련된 비용이라고 볼 것인 점, ④ 나아가, 이 사건 수수료는 위에서 인용한 여러 사실 등에 비추어 볼 때, 궁극적으로는 원고가 이 사건 사업을 수행함에 필요한 토지를 취득·조성·사용하거나 그 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 직·간접적인 비용이라고 판단되는 점, ⑤ 한편, 원고가 이 법원에서 항소이유로 주장하는 대법원 판결들은 이 사건과 사실관계가 다르거나 위와 같이 2001. 12. 31. 이후에 「부가가치세법 시행령」이 개정되어 토지 관련 매입세액의 유형을 구체화하기 이전의 사안으로, 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니한 판결에 해당하는 점 등을 위 법리와 앞서 인용한 여러 사정 및 증거 등과 종합해 볼 때, 원고가 이 법원에서 추가로 주장하는 사정을 모두 고려하더라도, 피고가 이 사건 수수료를 구 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호 , 구 「부가가치세법 시행령」 제60조 제6항 이 규정한 토지 관련 매입세액으로 보아 원고의 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 적법하다(또한, 위와 같이 이 사건 수수료를 토지 관련 매입세액으로 인정하는 이상, 원고가 우리은행으로부터 대출받은 전체 대출금 중에서 토지 구매비용에 해당하는 대출금의 비율을 기준으로 이 사건 수수료에 대하여 매입세액을 불공제한 것이 조세법률주의에 위배된다고 볼 수도 없다).

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

(3) 피고의 공통매입세액 안분계산이 위법하다는 주장에 대하여

(가) 구 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호 는 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있고, 한편 구 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항 은 ‘사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하, ‘공통매입세액’이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다‘고 규정하면서 그 구체적 산식으로, ’면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액‘을 정하고 있으며, 같은 조 제4항 은, ’ 위 제1항 의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호 를 제1호 및 제2호 에 우선하여 적용한다‘고 규정하면서 그 제1호 는 ‘총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율’을, 제2호 는 ‘총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율’을, 제3호 는 ‘총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율’을 각 정하고 있다.

위 관련 규정의 내용에 따르면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분계산함에 있어서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에만 제3호 규정 을 제2호 규정 등에 우선하여 적용할 수 있다 할 것인데, 원고가 제출한 모든 증거와 이 법원에 추가로 주장하는 사정을 고려한다고 하더라도, 이 사건 사업의 ”총예정사용면적”, “면세사업에 관련된 예정사용면적”을 구체적으로 구분하여 산정할 수 없는 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

따라서 피고가 이 사건 사업의 경우 그 매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없고, 제3호 규정 의 ‘총예정사용면적’ 등을 확정할 수 없다고 보아 그 확인이 가능한 제2호 규정 에 따라 예정공급가액의 면세, 과세분 비율대로 안분계산하여 면세사업에 해당하는 매입세액 부분(763,673,000원)을 불공제한 것에 어떠한 위법이 있다 할 수 없다. 결국, 위와 다른 전제로 피고의 이 사건 공통매입세액에 관한 안분계산이 위법하다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(나) 또한, 앞서 살핀 바와 같이 구 「부가가치세법」 제17조 제1항 은 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 매출세액에서 매입세액을 공제함으로써 부가가치세 납부세액을 계산하는 이른바 ‘전단계 세액공제법’을 채택하고 있는데, 위 제17조 제1항 이 매입세액의 공제를 원칙으로 하는 것은 그 매입세액에 대응하는 매출세액이 발생하는 것을 전제로 한 것이므로, 만일 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급이 면세됨으로써 매출세액이 발생하지 않는 경우에는 당해 재화 또는 용역과 관련한 매입세액 역시 공제되지 않는 것으로 하는 것이 부가가치세의 원리에 부합한다고 할 것이다.

그런데 토지는 부가가치를 창출하는 본원적 생산요소로서, 토지의 공급으로 새로운 부가가치가 창출되는 것은 아닐 뿐만 아니라 통상의 생산요소와 달리 상품을 생산하는 과정에서 그 가치가 상품으로 이전되지 않고 생산 후에도 가치가 유지된다는 특성이 있으므로, 구 「부가가치세법」 제12조 제1항 제12호 는 토지의 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 규정하고 있다. 위와 같이 면세재화로 규정된 토지 자체의 공급에 대하여는 그것이 과세사업을 위한 것이거나 면세사업을 위한 것이거나 간에 매출세액이 발생할 수 없다고 할 것이므로, 위에서 본 법리에 비추어 볼 때, 토지를 공급받기 위한 지출이 설령 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하더라도 그에 관련된 매입세액은 공제받을 수 없다고 봄이 타당하다.

결국, 피고가 제2호 규정 에 따라 매출세액에서 공제되지 아니하는 면세사업과 관련된 매입세액을 안분계산함에 있어, 면세사업과 관련된 예정공급가액에 면세사업에 제공된 토지의 예정공급가액뿐만 아니라 과세사업에 제공된 토지의 예정공급가액을 포함시킨 것은 위법하다고 볼 수 없어, 그와 다른 전제에 기초한 원고의 위 주장도 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구를 기각한 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소를 기각한다.

주1) ① 한양증권 주식회사에 대한 금융자문수수료 700,000,000원, ② 주식회사 미래새한감정평가법인에 대한 감정평가수수료 70,000,000원, ③ 법무법인 세하에 대한 법률자문수수료 30,000,000원, ④ 한국신용평가 주식회사에 대한 신용평가수수료 35,000,000원, ⑤ 법무사 소외 2에 대한 토지 신탁등기 및 소유권이전등기 수수료로 합계 233,245,750원, ⑥ 지구단위계획수립 용역비로 도솔테크 주식회사에 대한 75,000,000원과 주식회사 우대이엔피에 대한 206,000,000원

주2) 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 (매입세액의 안분계산) ④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율